[Rsiena-commits] r82 - in pkg: RSiena RSiena/R RSiena/inst/doc RSiena/man RSienaTest RSienaTest/R RSienaTest/doc RSienaTest/inst/doc RSienaTest/man

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Sat Apr 24 22:31:55 CEST 2010 

Author: ripleyrm
Date: 2010-04-24 22:31:53 +0200 (Sat, 24 Apr 2010)
New Revision: 82

Added:
   pkg/RSiena/R/effectsMethods.r
   pkg/RSiena/man/edit.sienaEffects.Rd
   pkg/RSiena/man/print.sienaEffects.Rd
   pkg/RSienaTest/R/effectsMethods.r
   pkg/RSienaTest/man/edit.sienaEffects.Rd
   pkg/RSienaTest/man/print.sienaEffects.Rd
Modified:
   pkg/RSiena/NAMESPACE
   pkg/RSiena/R/sienaeffects.r
   pkg/RSiena/changeLog
   pkg/RSiena/inst/doc/s_man400.pdf
   pkg/RSienaTest/NAMESPACE
   pkg/RSienaTest/R/sienaeffects.r
   pkg/RSienaTest/changeLog
   pkg/RSienaTest/doc/s_man400.tex
   pkg/RSienaTest/inst/doc/s_man400.pdf
Log:
New print and edit methods for effects objects

Modified: pkg/RSiena/NAMESPACE
===================================================================
--- pkg/RSiena/NAMESPACE	2010-04-24 15:09:30 UTC (rev 81)
+++ pkg/RSiena/NAMESPACE	2010-04-24 20:31:53 UTC (rev 82)
@@ -37,4 +37,8 @@
 S3method(print, sienaTimeTest)
 S3method(summary, sienaTimeTest)
 S3method(print, summary.sienaTimeTest)
-S3method(plot, sienaTimeTest)
\ No newline at end of file
+S3method(plot, sienaTimeTest)
+S3method(print, sienaEffects)
+S3method(summary, sienaEffects)
+S3method(print, summary.sienaEffects)
+S3method(edit, sienaEffects)

Added: pkg/RSiena/R/effectsMethods.r
===================================================================
--- pkg/RSiena/R/effectsMethods.r	                        (rev 0)
+++ pkg/RSiena/R/effectsMethods.r	2010-04-24 20:31:53 UTC (rev 82)
@@ -0,0 +1,123 @@
+##/*****************************************************************************
+## * SIENA: Simulation Investigation for Empirical Network Analysis
+## *
+## * Web: http://www.stats.ox.ac.uk/~snijders/siena
+## *
+## * File: effectsMethods.r
+## *
+## * Description: This file contains the print and edit methods for the
+## * class sienaEffects
+## *
+## ****************************************************************************/
+##@print.sienaEffects Methods
+print.sienaEffects <- function(x, fileName=NULL, ...)
+{
+    if (!inherits(x, "sienaEffects"))
+        stop("not a legitimate Siena effects object")
+
+    nDependents <- length(unique(x$name))
+    userSpecifieds <- x$shortName[x$include] %in% c("unspInt", "behUnspInt")
+    endowments <- !x$type[x$include] %in% c("rate", "eval")
+
+    specs <- x[x$include, c("name", "effectName", "include", "fix", "test",
+                            "initialValue", "parm")]
+    if (nDependents == 1)
+    {
+        specs <- specs[, -1]
+    }
+    if (any(endowments))
+    {
+        specs <- cbind(specs, type=x[x$include, "type"])
+    }
+    if (any(userSpecifieds))
+    {
+        specs <- cbind(specs, x[x$include, c("effect1", "effect2")])
+        if (any (x$effect3[x$include] > 0))
+        {
+            specs <- cbind(specs, effect3=x[x$include, "effect3"])
+        }
+    }
+    specs[, "initialValue"] <- format(round(specs$initialValue,digits=5),
+                                      width=10)
+    row.names(specs) <- 1:nrow(specs)
+
+    if (typeof(fileName)=="character")
+    {
+        sink(fileName, split=TRUE)
+    }
+
+    print(as.matrix(specs), quote=FALSE)
+
+    if (typeof(fileName)=="character")
+    {
+        sink()
+    }
+    invisible(x)
+}
+
+##@summary.sienaEffects Methods
+summary.sienaEffects <- function(object, fileName=NULL, includeOnly=TRUE, ...)
+{
+    if (!inherits(object, "sienaEffects"))
+        stop("not a legitimate Siena effects object")
+    if (includeOnly)
+    {
+        object <- object[object$include, ]
+    }
+    class(object) <- c("summary.sienaEffects", class(object))
+    object
+}
+
+##@print.summary.sienaEffects Methods
+print.summary.sienaEffects <- function(x, fileName=NULL, ...)
+{
+    if (!inherits(x, "summary.sienaEffects"))
+        stop("not a legitimate summary of a Siena effects object")
+
+    ## find out if any columns need removing because they will not print
+
+    problem <- sapply(x, function(x)
+                  {
+                      inherits(try(unlist(x[[1]]), silent=TRUE), "try-error")
+                  }
+                      )
+    if (any(problem))
+    {
+        x1 <- x[, problem]
+        x <- x[, !problem]
+    }
+    if (typeof(fileName)=="character")
+    {
+        sink(fileName, split=TRUE)
+    }
+    print.data.frame(x)
+    if (any(problem))
+    {
+        lapply(x1, print)
+    }
+    if (typeof(fileName)=="character")
+    {
+        sink()
+    }
+    invisible(x)
+}
+
+edit.sienaEffects <- function(name, ...)
+{
+    ## store the original column order
+    originalNames <- names(name)
+    ## move function name and other things out of the way
+    priorityColumns <- c("name", "effectName", "type", "include", "fix",
+                         "test", "initialValue", "parm", "shortName")
+    priorityX <- name[, priorityColumns]
+    notPriorityX <- name[, -c(match(priorityColumns, names(x)))]
+    x <- cbind(priorityX, notPriorityX)
+
+    ## get edit.data.frame to do the actual edit
+    tmp <- NextMethod(, , edit.row.names=FALSE)
+
+    ## re-sort the columns
+    tmp <- tmp[, match(originalNames, names(tmp))]
+    class(tmp) <- c("sienaEffects", class(tmp))
+    tmp
+}


Property changes on: pkg/RSiena/R/effectsMethods.r
___________________________________________________________________
Name: svn:eol-style
   + native

Modified: pkg/RSiena/R/sienaeffects.r
===================================================================
--- pkg/RSiena/R/sienaeffects.r	2010-04-24 15:09:30 UTC (rev 81)
+++ pkg/RSiena/R/sienaeffects.r	2010-04-24 20:31:53 UTC (rev 82)
@@ -13,7 +13,7 @@
                            type="eval", interaction1="", interaction2="",
                            character=FALSE)
 {
-   
+
     if (character)
     {
         dots <- sapply(list(...), function(x)x)
@@ -40,7 +40,7 @@
     myeff$interaction1 == interaction1 &
     myeff$interaction2 == interaction2
     myeff[use, "include"] <- include
-    print(myeff[use, c("name", "shortName", "type", "interaction1",
+    print.data.frame(myeff[use, c("name", "shortName", "type", "interaction1",
                        "interaction2", "include")])
     myeff
 }
@@ -153,7 +153,7 @@
     myeff[intn, c("effect1", "effect2", "effect3")] <-
         c(effect1, effect2, effect3)
 
-    print(myeff[intn, c("name", "shortName", "type", "interaction1",
+    print.data.frame(myeff[intn, c("name", "shortName", "type", "interaction1",
                      "interaction2", "include", "effect1", "effect2",
                         "effect3")])
     myeff
@@ -188,7 +188,7 @@
     myeff[use, "fix"] <- fix
     myeff[use, "test"] <- test
     myeff[use, "initialValue"] <- initialValue
-    print(myeff[use, c("name", "shortName", "type", "interaction1",
+    print.data.frame(myeff[use, c("name", "shortName", "type", "interaction1",
                        "interaction2", "include", "parm", "fix", "test",
                        "initialValue")])
     myeff

Modified: pkg/RSiena/changeLog
===================================================================
--- pkg/RSiena/changeLog	2010-04-24 15:09:30 UTC (rev 81)
+++ pkg/RSiena/changeLog	2010-04-24 20:31:53 UTC (rev 82)
@@ -1,3 +1,9 @@
+2010-04-24 R-forge revision 82
+
+	* R/effectsMethods.r, man/print.sienaEffects.Rd,
+	man/edit.sienaEffects.Rd, NAMESPACE: print, summary and edit
+	methods for sienaEffects objects.
+
 2010-04-24 R-forge revision 81
 
 	* src/model/effects/structuralRateEffect.cpp: fix crash caused by

Modified: pkg/RSiena/inst/doc/s_man400.pdf
===================================================================
--- pkg/RSiena/inst/doc/s_man400.pdf	2010-04-24 15:09:30 UTC (rev 81)
+++ pkg/RSiena/inst/doc/s_man400.pdf	2010-04-24 20:31:53 UTC (rev 82)
@@ -7914,24 +7914,25 @@
 /ProcSet [ /PDF /Text ]
 >> endobj
 1354 0 obj <<
-/Length 2078      
+/Length 2162      
 /Filter /FlateDecode
 >>
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-xÚÅYKsÛ8¾çWèHU…2AR$5·‰7žš­g*£ÚËÎ`¶PáCq\ûç·Ý (F‰ìl”½H`ºÑ_?-Ñâ—Wÿ¿Ù¾ººIÅB¤«$ÍâÅö~QlVQT,òL¬¢L,¶ÕâßÁ›e(D¼®w²}Pv&ù:(»f/ªè©ïè_ISkeèáã22Vw­]þ½ýçÕM±Ø¬6YœáIÑ"ŒÅªˆùíNóÎwË0.õ [GHÙóæ-Ÿö®ì;^ehIE›×0,²@Òª4èÚú‰ÖWª—ºöŒ/Ὡ$;M4z”E"Q%ŸÙïí6XˆÀ,E°Z†ëlü­£?L÷`dÓ€”(!
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-¨,§CÃ$oý¤ìÅþ»j:¯¤½é 6ÌÂãN±,¥—VC÷9^A‚æsÐ󌯑í§×éó”iÚIŸlÌ>#ÃûF`¾+Ki§yÇáàÅÒ¶+†K QÖ©ö&îÞ­]òO|`ïÓFH$!h´œßÕ²ý`/%ߟ]çsptÅÙÄø¦ñqæ±~„Ý$°Ïy»YOq_ͬÁã è21Yé’kŽ²EÎäzÅze¤%_.0ò“Æ—£döíòÇùyùÅ3ýÆsÂú…pºÑŸ¼5K¾CŽÅIpÛ‡ÈrÌ~V\e›«<:
-â㋲€[Jl,r–¹ÎßIk&Ä*Z6è/¬ôèLjtAeOW:­Þ%#Ny_íÝÈ~'-[Q¡b4K*,ë^ïk5w󥲶3s«<QUõä…ÐrM>χ6cžF”SÙiª«;é*…#a°¬8WâåA¥f¦ÁðÚQѪ=™¢$•–‹ £Ïvd|u£[ö„iðí¢Qmùyï0«Ÿüì‰ócìç|Ë+ÛüŸìgô<÷Jöƒù<èÌÓ8š¶3÷8•&
-²äXYÇaàbyR–Oe­¦ùô¡iëšZvÖG°;È$n!ãF‚{?½ƒvLt|'©ä*C>8ví´¬>•î<R|8x¦qv@Ÿç‚'ι\LJ1r†½Ï$Y
-žŸ³tly!Ï”ùÔƒ²³Â²ï­o÷ê.ÿÉ_Ò`õr‰—{'ÆGÛÑ‘^|½h}ä]RÊwóe몦޴>ζ]e( 6.¥wi“›9˜‘ËÚ?ËLâûŒ‚1+fÖE…Õq2“»ÖNƒƒ;‡øóÉ©lkuª[õkKߌÖâØnÖÅhfG­‚cáÒt•²y%öØ6^“N±qÁF6íÝ"™#%Î;ænUOd×~³4ãúo@ãXJÄ/K¦‚+¤¹ÓPp]»o1ÌÔ›;×ã+<”p­n­¶}è®&\g«l_Á‹×Ð.¶+„o\ã©;ì\´N…0iu³wÑÓ„) ÑZwÚõã
-NÂ5e?¸LÇ›žD¡èžˆúeqy[ix/òR@¡žtOTHT*‘ ù±<	u®kòŠypMl at l¦6 SYFÔ뱑æÈÓ’ôkœ„IØ„–g‰¹LêÞƒ%š¼¦Âv/Äi^w©Î©VþQ"Å<‘EP€jé+ÎïdEƒÎè
-	-#.ò±Æ\²{Ç5w a×v†ñ=TêžNM·KËç¶mSw ;3;‹L¦ð]ŠS’Œß2‡¶R¦~ã4ÄÏüàB±óø`ð¹Hh£¼8Zóvûê¿ñÑÁ7
+xÚ½YKsÛ8¾çWèHUh‚¤Hjno<5[3ÎT¢ÚËÎ`¶°áCq\ûç·Ý (F‰œMä‹
+ ؍þúë£ÅÃ"Züú*âÿ¯·¯®nR±i˜¤Y¼ØÞ/ŠMEÅ"ÏDeb±­ÿ^/WBÄëàz'Ûe—«$_e×ì¥Qýê;ú¯¤©µ2ôãã22Vw­]þ½ýçÕM±Ø„›,ÎðMÑb‹°ˆù%۝æ“ï–«¸ÔƒnÝDÈžoùmo˾ã]†¶ÄQ´ù	†EHÚ•][?ÑþJõR×^ð%<7Õäq§iŽ~Ê¿"‘¨’ßÙï6XˆÀ,E.Wëlü­£?M÷`dÓ€–¨!*%D¸Y¯I)»ë†ÅI¸°Ö5›¤|,ÎŽÒüÞ=м?­íëZš»~÷Ë-:C+šWÆ“Þ­î;óÀϵ‡ûɃ΢кïPî§e‘!ˆ-PÖW7"ØÀ°ISÐcfQNz€Hù왩)q”À¼ÛG"ZEé*NA‚ut+N7 ×Gx ¥BÐÿ[õHË{jØ=Ø2βÀM#Íír†Å]ªÒ=M5ªßu•¥µ{¼\z¯U+i¨Ø¢¼¡³Î‚ÿ¸™¯\ÄŠÔ‹ȳìû.℁üEàRÍgœXD„1ø$	ÂÈúïW¤Q˜G/Âé“bÞ
+ôþRV·Œ¸ÒH»£á£îw,¡ìY“ûßä`°ãNôÚokU`~Ä?ù`ïé´b!Wbæ…øV¥dUy•z#÷ìTÍؾۏ>Xk–5«âü¡×à
+
+Žd?Ú oärB·ó$Nƒû¡-{ÇŠî'Éo·×oÿøó÷7Û7Î?a~܃”ÎÝaÜÈOºÁ›z¨Öð§ª5{ û­’`ðZâ®'t*eµliVÙ^7^w– kÕ)
+Û3Ïêñü\
+˜X'Ýû>:Ñ,©‚KŽ‹‹4 ¿N‹(h;:¦Ñ–Pˆ{ª%ÚCòÇí©‹ÐVªÅs{Úþq	N,–w5ï$ÂÇ5Ç85ª_°ú'4lX3U£¼áW)!ˆU|?%ˆä,%äïU´ìAó3h–¦E~ÛêFm‘ÕÁ áKp™ˆ‘R³	©Ã)©gA^àÿœx‡¦Ý-gH@–FºõO“};Ó[¤ýPPׁ˝Ä1ÒȲWÆ?¼z¢×ã5Æmü5ôºÖ=ÿ„ÍGü‰nY·u9TS¾Cv€ÓÄŠM¥ú’pKö¨´Ü×/Z¸÷g•õÀô”ÎÉÓ‡m0¾¡EÌGâW0ÖèXçaø­y†¹OJÖÑ;Ž©”˜ÔOÌT°úkwï³ÚºE—hž<8{vÈËžG´Â«÷cËD$³Žõ1°Øëó‹o#þQžJÛSH9`C¬ü(™¢„à1è‹	7ñ5'Q¬™aºÄ .ˆpE¬’'R°5‡»ôæGXwýq¢ÊnñæØœôå3XW¼Þ³9Þ=¿zï?à>
+þ… ‡Ô
+–S¢a’ÄRöbÿC57ÒÞtáq§X—R©Õæ}žWA‡°¹Æ´‡Cô<ëkd;*ävFúLešúAâ'!ù†²'|62¿Q÷e)í4u#à8¼ ¼XÛ¶cÃp=8ê:eaïäîÙÚUBDá3¾Ï!—„°ÑrŽ|WËöƒ½˜ç½ï~=ÇG'ÒXªN¼o"g¤õŽ“À9çg=~5s0À KÆd¥K.D:J9™ë–¡–|¹ÊÈOV”	$%çõÏ$ŽK1þäÝYòr8N‚Cä>Ä–cñ³â*Û\åÑQ¼”ÜRr›`Ás«ˆÍ̵ütz`A„Q<þ¨ŽÕ£3éÑ.ë§ÖžRW:­á%CNy¶ö<²ßIËn”p°ý’ŠËº×ûZaÅÝ|©¬íÌÜ-O”ÖcMy)¸\ëùèfÌÓˆsª=Muu']¹ðaœ,[ÎÕyyP©™s0¾vT¹j?M’êËˁюg;3>ºÑ-“aüC» hT[~Ê;ÌÂê'ÿcÖÌy:ßúÊ6?ȃ²ÿ—{î•ìóyÜ™§r´lg9Õ&
+²äØXÇ‘ ¼ŒÒUùTÖjšTÚØ®¹egí»ƒlâ’8î'¸çÓËIhÇlÇw”J®5䃓×NËëS9Ï#ň;´ƒú<#<ñ{©dõ=¿Œ±3ì}>	Øjõ´sº±õ…2SúSÊÎê?H}<câÏì.	Ê¿¥ÕúüÄ i;z%…_5Z=V®W)å?pÈÖTM	µ>ι]}( D.¥'µÉÍÉåŠ/“ý>£lÌŠ™{QyuœÐä®ÅÓààÎ…"þ¢t*å
+Ou­~ké3ÚZ“àf]ŒnvÔ18V.MÃl“úØkÛxK:ÃÆ;Ù´‡‹Ó,qÝ	w«zšvm8K+®sNiòËZ£«àiî4”]F×îóKUçÎõú
+%Ü«[«m¿rW³Zga¶Ž/ˆ`ƒ•klXµ!Â7®ñ­;ì_´Î„°hu³wñ3…) Ñ[wÚõã
+aÃ=e?¸lÇ»žD¥èžhöËêò±ÒðYÄR0C½éžf!W©hD
+äÇ48…ãYëü 
+H`.O¾æ%bú5—²Œf¯Ç†š›ž¦‘dØãXAa³²Lž%f3©{¶ð—@…m_zLN»©ð¸KvNµô’Ù¸(æÉ,‚LKq}'+tF?hHjq‘…æ’é÷܁…]ûÆ÷P®ûyj½¸SZ~oÛÑ1u°3³w‘˾WqJ“ñóîÐVÊÔO#1NcüŒ¢ˆãÇ @eyq´çÍöÕÿ #¡
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@@ -13677,8 +13678,8 @@
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 >> endobj
@@ -13687,327 +13688,327 @@
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To get the complete diff run:
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