[Lme4-commits] r1624 - pkg/lme4Eigen/tests
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Tue Feb 28 05:29:24 CET 2012
Author: bbolker
Date: 2012-02-28 05:29:24 +0100 (Tue, 28 Feb 2012)
New Revision: 1624
Added:
pkg/lme4Eigen/tests/getME.R
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pkg/lme4Eigen/tests/Elston2001_tickdata.txt
Log:
tests of names for beta and theta
get rid of raw data file for grouse ticks
Deleted: pkg/lme4Eigen/tests/Elston2001_tickdata.txt
===================================================================
--- pkg/lme4Eigen/tests/Elston2001_tickdata.txt 2012-02-27 20:09:49 UTC (rev 1623)
+++ pkg/lme4Eigen/tests/Elston2001_tickdata.txt 2012-02-28 04:29:24 UTC (rev 1624)
@@ -1,405 +0,0 @@
- INDEX TICKS BROOD HEIGHT YEAR LOCATION
- 1 0 501 465 95 32
- 2 0 501 465 95 32
- 3 0 502 472 95 36
- 4 0 503 475 95 37
- 5 0 503 475 95 37
- 6 3 503 475 95 37
- 7 2 503 475 95 37
- 8 0 504 488 95 44
- 9 0 504 488 95 44
- 10 2 504 488 95 44
- 11 0 505 492 95 47
- 12 0 505 492 95 47
- 13 0 505 492 95 47
- 14 0 506 490 95 45
- 15 0 506 490 95 45
- 16 0 506 490 95 45
- 17 0 507 464 95 31
- 18 0 507 464 95 31
- 19 0 507 464 95 31
- 20 1 507 464 95 31
- 21 2 507 464 95 31
- 22 1 509 457 95 28
- 23 0 510 457 95 28
- 24 0 511 457 95 28
- 25 5 511 457 95 28
- 26 8 512 451 95 26
- 27 3 512 451 95 26
- 28 4 512 451 95 26
- 29 7 513 437 95 17
- 30 0 513 437 95 17
- 31 4 513 437 95 17
- 32 4 514 430 95 14
- 33 1 514 430 95 14
- 34 0 514 430 95 14
- 35 0 514 430 95 14
- 36 3 514 430 95 14
- 37 1 514 430 95 14
- 38 6 515 427 95 13
- 39 0 515 427 95 13
- 40 1 515 427 95 13
- 41 0 515 427 95 13
- 42 2 516 419 95 7
- 43 7 516 419 95 7
- 44 31 516 419 95 7
- 45 34 517 411 95 4
- 46 17 517 411 95 4
- 47 16 517 411 95 4
- 48 66 518 419 95 7
- 49 49 518 419 95 7
- 50 82 518 419 95 7
- 51 85 518 419 95 7
- 52 64 518 419 95 7
- 53 11 519 424 95 11
- 54 14 519 424 95 11
- 55 4 519 424 95 11
- 56 10 519 424 95 11
- 57 3 520 427 95 13
- 58 15 520 427 95 13
- 59 8 520 427 95 13
- 60 9 521 422 95 9
- 61 11 521 422 95 9
- 62 7 521 422 95 9
- 63 13 521 422 95 9
- 64 3 522 503 95 53
- 65 0 523 496 95 51
- 66 0 523 496 95 51
- 67 1 523 496 95 51
- 68 1 523 496 95 51
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- 70 0 525 507 95 54
- 71 0 525 507 95 54
- 72 0 525 507 95 54
- 73 0 526 496 95 51
- 74 0 526 496 95 51
- 75 0 526 496 95 51
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- 77 1 526 496 95 51
- 78 0 526 496 95 51
- 79 2 528 466 95 33
- 80 0 528 466 95 33
- 81 3 528 466 95 33
- 82 1 531 488 95 44
- 83 7 533 442 95 19
- 84 2 533 442 95 19
- 85 16 533 442 95 19
- 86 12 533 442 95 19
- 87 0 533 442 95 19
- 88 1 535 442 95 19
- 89 0 537 533 95 63
- 90 0 537 533 95 63
- 91 1 537 533 95 63
- 92 0 537 533 95 63
- 93 0 537 533 95 63
- 94 1 537 533 95 63
- 95 0 537 533 95 63
- 96 0 538 533 95 63
- 97 0 539 515 95 59
- 98 0 539 515 95 59
- 99 0 539 515 95 59
- 100 0 539 515 95 59
- 101 5 540 518 95 60
- 102 2 540 518 95 60
- 103 2 542 493 95 48
- 104 1 542 493 95 48
- 105 1 542 493 95 48
- 106 0 548 468 95 34
- 107 0 548 468 95 34
- 108 1 548 468 95 34
- 109 1 549 476 95 38
- 110 1 549 476 95 38
- 111 0 549 476 95 38
- 112 0 549 476 95 38
- 113 5 550 446 95 22
- 114 3 550 446 95 22
- 115 2 553 460 95 30
- 116 2 559 525 95 62
- 117 1 559 525 95 62
- 118 1 601 410 96 3
- 119 0 601 410 96 3
- 120 2 601 410 96 3
- 121 5 601 410 96 3
- 122 1 601 410 96 3
- 123 2 601 410 96 3
- 124 2 601 410 96 3
- 125 3 602 417 96 6
- 126 14 602 417 96 6
- 127 11 602 417 96 6
- 128 9 602 417 96 6
- 129 4 602 417 96 6
- 130 10 602 417 96 6
- 131 33 602 417 96 6
- 132 19 602 417 96 6
- 133 16 602 417 96 6
- 134 16 603 430 96 14
- 135 13 603 430 96 14
- 136 11 603 430 96 14
- 137 7 603 430 96 14
- 138 4 603 430 96 14
- 139 11 603 430 96 14
- 140 1 604 456 96 27
- 141 1 604 456 96 27
- 142 4 604 456 96 27
- 143 6 605 457 96 28
- 144 2 605 457 96 28
- 145 7 605 457 96 28
- 146 8 605 457 96 28
- 147 14 605 457 96 28
- 148 6 606 430 96 14
- 149 13 606 430 96 14
- 150 5 606 430 96 14
- 151 8 606 430 96 14
- 152 13 606 430 96 14
- 153 17 606 430 96 14
- 154 5 606 430 96 14
- 155 1 606 430 96 14
- 156 1 606 430 96 14
- 157 2 606 430 96 14
- 158 7 607 423 96 10
- 159 7 608 421 96 8
- 160 11 608 421 96 8
- 161 1 609 525 96 62
- 162 0 609 525 96 62
- 163 5 610 509 96 55
- 164 4 610 509 96 55
- 165 0 611 499 96 52
- 166 0 611 499 96 52
- 167 0 611 499 96 52
- 168 7 612 503 96 53
- 169 5 612 503 96 53
- 170 3 612 503 96 53
- 171 1 612 503 96 53
- 172 6 612 503 96 53
- 173 1 614 492 96 47
- 174 2 614 492 96 47
- 175 14 615 491 96 46
- 176 5 615 491 96 46
- 177 27 615 491 96 46
- 178 1 616 475 96 37
- 179 2 616 475 96 37
- 180 3 616 475 96 37
- 181 0 616 475 96 37
- 182 1 617 479 96 40
- 183 0 617 479 96 40
- 184 5 617 479 96 40
- 185 5 617 479 96 40
- 186 8 617 479 96 40
- 187 21 617 479 96 40
- 188 15 618 472 96 36
- 189 15 618 472 96 36
- 190 6 618 472 96 36
- 191 19 618 472 96 36
- 192 14 618 472 96 36
- 193 1 621 485 96 42
- 194 1 621 485 96 42
- 195 3 621 485 96 42
- 196 2 621 485 96 42
- 197 3 621 485 96 42
- 198 2 623 495 96 50
- 199 5 623 495 96 50
- 200 0 624 472 96 36
- 201 6 624 472 96 36
- 202 3 624 472 96 36
- 203 1 625 458 96 29
- 204 0 625 458 96 29
- 205 1 625 458 96 29
- 206 6 625 458 96 29
- 207 1 625 458 96 29
- 208 85 626 449 96 24
- 209 45 626 449 96 24
- 210 68 626 449 96 24
- 211 84 626 449 96 24
- 212 50 626 449 96 24
- 213 13 628 442 96 19
- 214 1 628 442 96 19
- 215 19 629 448 96 23
- 216 26 629 448 96 23
- 217 9 629 448 96 23
- 218 2 629 448 96 23
- 219 4 629 448 96 23
- 220 3 629 448 96 23
- 221 22 630 448 96 23
- 222 32 630 448 96 23
- 223 5 631 403 96 1
- 224 21 631 403 96 1
- 225 26 631 403 96 1
- 226 13 631 403 96 1
- 227 23 631 403 96 1
- 228 42 632 411 96 4
- 229 38 632 411 96 4
- 230 61 632 411 96 4
- 231 79 632 411 96 4
- 232 39 632 411 96 4
- 233 41 632 411 96 4
- 234 15 634 415 96 5
- 235 23 634 415 96 5
- 236 14 634 415 96 5
- 237 7 635 427 96 13
- 238 24 636 424 96 11
- 239 3 638 525 96 62
- 240 1 638 525 96 62
- 241 2 640 521 96 61
- 242 1 640 521 96 61
- 243 0 640 521 96 61
- 244 3 641 518 96 60
- 245 8 641 518 96 60
- 246 1 642 495 96 50
- 247 2 642 495 96 50
- 248 0 642 495 96 50
- 249 8 643 495 96 50
- 250 3 643 495 96 50
- 251 14 643 495 96 50
- 252 16 643 495 96 50
- 253 18 643 495 96 50
- 254 11 643 495 96 50
- 255 13 643 495 96 50
- 256 6 645 460 96 30
- 257 7 645 460 96 30
- 258 10 645 460 96 30
- 259 5 647 442 96 19
- 260 7 647 442 96 19
- 261 25 648 443 96 20
- 262 11 648 443 96 20
- 263 6 648 443 96 20
- 264 4 648 443 96 20
- 265 7 648 443 96 20
- 266 4 650 425 96 12
- 267 6 650 425 96 12
- 268 2 650 425 96 12
- 269 5 651 439 96 18
- 270 3 651 439 96 18
- 271 7 651 439 96 18
- 272 3 652 444 96 21
- 273 1 701 450 97 25
- 274 4 701 450 97 25
- 275 4 701 450 97 25
- 276 2 701 450 97 25
- 277 5 701 450 97 25
- 278 3 702 446 97 22
- 279 0 702 446 97 22
- 280 3 702 446 97 22
- 281 1 702 446 97 22
- 282 2 702 446 97 22
- 283 3 702 446 97 22
- 284 1 704 472 97 36
- 285 0 704 472 97 36
- 286 4 704 472 97 36
- 287 0 704 472 97 36
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- 289 0 705 472 97 36
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- 291 0 706 460 97 30
- 292 0 706 460 97 30
- 293 1 708 442 97 19
- 294 3 708 442 97 19
- 295 4 708 442 97 19
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- 299 0 709 525 97 62
- 300 0 709 525 97 62
- 301 1 709 525 97 62
- 302 0 710 533 97 63
- 303 1 710 533 97 63
- 304 2 710 533 97 63
- 305 0 710 533 97 63
- 306 0 710 533 97 63
- 307 0 710 533 97 63
- 308 1 711 513 97 57
- 309 0 711 513 97 57
- 310 0 711 513 97 57
- 311 1 711 513 97 57
- 312 1 711 513 97 57
- 313 0 711 513 97 57
- 314 0 711 513 97 57
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- 316 0 712 514 97 58
- 317 0 713 511 97 56
- 318 0 713 511 97 56
- 319 1 713 511 97 56
- 320 0 713 511 97 56
- 321 0 713 511 97 56
- 322 0 714 511 97 56
- 323 0 714 511 97 56
- 324 1 714 511 97 56
- 325 0 714 511 97 56
- 326 0 714 511 97 56
- 327 0 714 511 97 56
- 328 0 715 496 97 51
- 329 0 715 496 97 51
- 330 0 715 496 97 51
- 331 0 715 496 97 51
- 332 1 716 494 97 49
- 333 0 716 494 97 49
- 334 0 717 494 97 49
- 335 0 717 494 97 49
- 336 0 717 494 97 49
- 337 2 718 411 97 4
- 338 4 718 411 97 4
- 339 4 718 411 97 4
- 340 1 718 411 97 4
- 341 2 718 411 97 4
- 342 2 719 411 97 4
- 343 1 719 411 97 4
- 344 4 719 411 97 4
- 345 1 719 411 97 4
- 346 3 719 411 97 4
- 347 3 719 411 97 4
- 348 2 720 423 97 10
- 349 0 720 423 97 10
- 350 3 721 424 97 11
- 351 2 722 403 97 1
- 352 0 722 403 97 1
- 353 1 722 403 97 1
- 354 0 723 409 97 2
- 355 3 723 409 97 2
- 356 1 723 409 97 2
- 357 10 724 434 97 16
- 358 4 724 434 97 16
- 359 1 724 434 97 16
- 360 2 725 477 97 39
- 361 0 725 477 97 39
- 362 1 725 477 97 39
- 363 0 727 472 97 36
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- 365 0 728 468 97 34
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- 370 0 731 495 97 50
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- 379 4 736 457 97 28
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- 390 1 738 464 97 31
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- 402 2 743 450 97 25
- 403 0 743 450 97 25
-
Added: pkg/lme4Eigen/tests/getME.R
===================================================================
--- pkg/lme4Eigen/tests/getME.R (rev 0)
+++ pkg/lme4Eigen/tests/getME.R 2012-02-28 04:29:24 UTC (rev 1624)
@@ -0,0 +1,14 @@
+## tests of getME: are names correct?
+
+library(lme4Eigen)
+fm1 <- lmer(diameter ~ (1|plate) + (1|sample), Penicillin)
+getME(fm1,"beta")
+getME(fm1,"theta")
+
+fm2 <- lmer(angle ~ recipe * temperature + (1|recipe:replicate), cake)
+getME(fm2,"beta")
+getME(fm2,"theta")
+
+getME(lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), sleepstudy),"theta")
+getME(lmer(Reaction ~ Days + (1|Subject) + (0+Days|Subject),
+ sleepstudy),"theta")
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