[Lme4-commits] r1613 - pkg/lme4Eigen/tests
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Thu Feb 23 19:39:03 CET 2012
Author: bbolker
Date: 2012-02-23 19:39:03 +0100 (Thu, 23 Feb 2012)
New Revision: 1613
Added:
pkg/lme4Eigen/tests/Elston2001_tickdata.txt
pkg/lme4Eigen/tests/elston.R
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add elston data and example
(should eventually move data to data/ directory, document, etc. --
or move to mlmRev)
Added: pkg/lme4Eigen/tests/Elston2001_tickdata.txt
===================================================================
--- pkg/lme4Eigen/tests/Elston2001_tickdata.txt (rev 0)
+++ pkg/lme4Eigen/tests/Elston2001_tickdata.txt 2012-02-23 18:39:03 UTC (rev 1613)
@@ -0,0 +1,405 @@
+ INDEX TICKS BROOD HEIGHT YEAR LOCATION
+ 1 0 501 465 95 32
+ 2 0 501 465 95 32
+ 3 0 502 472 95 36
+ 4 0 503 475 95 37
+ 5 0 503 475 95 37
+ 6 3 503 475 95 37
+ 7 2 503 475 95 37
+ 8 0 504 488 95 44
+ 9 0 504 488 95 44
+ 10 2 504 488 95 44
+ 11 0 505 492 95 47
+ 12 0 505 492 95 47
+ 13 0 505 492 95 47
+ 14 0 506 490 95 45
+ 15 0 506 490 95 45
+ 16 0 506 490 95 45
+ 17 0 507 464 95 31
+ 18 0 507 464 95 31
+ 19 0 507 464 95 31
+ 20 1 507 464 95 31
+ 21 2 507 464 95 31
+ 22 1 509 457 95 28
+ 23 0 510 457 95 28
+ 24 0 511 457 95 28
+ 25 5 511 457 95 28
+ 26 8 512 451 95 26
+ 27 3 512 451 95 26
+ 28 4 512 451 95 26
+ 29 7 513 437 95 17
+ 30 0 513 437 95 17
+ 31 4 513 437 95 17
+ 32 4 514 430 95 14
+ 33 1 514 430 95 14
+ 34 0 514 430 95 14
+ 35 0 514 430 95 14
+ 36 3 514 430 95 14
+ 37 1 514 430 95 14
+ 38 6 515 427 95 13
+ 39 0 515 427 95 13
+ 40 1 515 427 95 13
+ 41 0 515 427 95 13
+ 42 2 516 419 95 7
+ 43 7 516 419 95 7
+ 44 31 516 419 95 7
+ 45 34 517 411 95 4
+ 46 17 517 411 95 4
+ 47 16 517 411 95 4
+ 48 66 518 419 95 7
+ 49 49 518 419 95 7
+ 50 82 518 419 95 7
+ 51 85 518 419 95 7
+ 52 64 518 419 95 7
+ 53 11 519 424 95 11
+ 54 14 519 424 95 11
+ 55 4 519 424 95 11
+ 56 10 519 424 95 11
+ 57 3 520 427 95 13
+ 58 15 520 427 95 13
+ 59 8 520 427 95 13
+ 60 9 521 422 95 9
+ 61 11 521 422 95 9
+ 62 7 521 422 95 9
+ 63 13 521 422 95 9
+ 64 3 522 503 95 53
+ 65 0 523 496 95 51
+ 66 0 523 496 95 51
+ 67 1 523 496 95 51
+ 68 1 523 496 95 51
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+ 70 0 525 507 95 54
+ 71 0 525 507 95 54
+ 72 0 525 507 95 54
+ 73 0 526 496 95 51
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+ 75 0 526 496 95 51
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+ 77 1 526 496 95 51
+ 78 0 526 496 95 51
+ 79 2 528 466 95 33
+ 80 0 528 466 95 33
+ 81 3 528 466 95 33
+ 82 1 531 488 95 44
+ 83 7 533 442 95 19
+ 84 2 533 442 95 19
+ 85 16 533 442 95 19
+ 86 12 533 442 95 19
+ 87 0 533 442 95 19
+ 88 1 535 442 95 19
+ 89 0 537 533 95 63
+ 90 0 537 533 95 63
+ 91 1 537 533 95 63
+ 92 0 537 533 95 63
+ 93 0 537 533 95 63
+ 94 1 537 533 95 63
+ 95 0 537 533 95 63
+ 96 0 538 533 95 63
+ 97 0 539 515 95 59
+ 98 0 539 515 95 59
+ 99 0 539 515 95 59
+ 100 0 539 515 95 59
+ 101 5 540 518 95 60
+ 102 2 540 518 95 60
+ 103 2 542 493 95 48
+ 104 1 542 493 95 48
+ 105 1 542 493 95 48
+ 106 0 548 468 95 34
+ 107 0 548 468 95 34
+ 108 1 548 468 95 34
+ 109 1 549 476 95 38
+ 110 1 549 476 95 38
+ 111 0 549 476 95 38
+ 112 0 549 476 95 38
+ 113 5 550 446 95 22
+ 114 3 550 446 95 22
+ 115 2 553 460 95 30
+ 116 2 559 525 95 62
+ 117 1 559 525 95 62
+ 118 1 601 410 96 3
+ 119 0 601 410 96 3
+ 120 2 601 410 96 3
+ 121 5 601 410 96 3
+ 122 1 601 410 96 3
+ 123 2 601 410 96 3
+ 124 2 601 410 96 3
+ 125 3 602 417 96 6
+ 126 14 602 417 96 6
+ 127 11 602 417 96 6
+ 128 9 602 417 96 6
+ 129 4 602 417 96 6
+ 130 10 602 417 96 6
+ 131 33 602 417 96 6
+ 132 19 602 417 96 6
+ 133 16 602 417 96 6
+ 134 16 603 430 96 14
+ 135 13 603 430 96 14
+ 136 11 603 430 96 14
+ 137 7 603 430 96 14
+ 138 4 603 430 96 14
+ 139 11 603 430 96 14
+ 140 1 604 456 96 27
+ 141 1 604 456 96 27
+ 142 4 604 456 96 27
+ 143 6 605 457 96 28
+ 144 2 605 457 96 28
+ 145 7 605 457 96 28
+ 146 8 605 457 96 28
+ 147 14 605 457 96 28
+ 148 6 606 430 96 14
+ 149 13 606 430 96 14
+ 150 5 606 430 96 14
+ 151 8 606 430 96 14
+ 152 13 606 430 96 14
+ 153 17 606 430 96 14
+ 154 5 606 430 96 14
+ 155 1 606 430 96 14
+ 156 1 606 430 96 14
+ 157 2 606 430 96 14
+ 158 7 607 423 96 10
+ 159 7 608 421 96 8
+ 160 11 608 421 96 8
+ 161 1 609 525 96 62
+ 162 0 609 525 96 62
+ 163 5 610 509 96 55
+ 164 4 610 509 96 55
+ 165 0 611 499 96 52
+ 166 0 611 499 96 52
+ 167 0 611 499 96 52
+ 168 7 612 503 96 53
+ 169 5 612 503 96 53
+ 170 3 612 503 96 53
+ 171 1 612 503 96 53
+ 172 6 612 503 96 53
+ 173 1 614 492 96 47
+ 174 2 614 492 96 47
+ 175 14 615 491 96 46
+ 176 5 615 491 96 46
+ 177 27 615 491 96 46
+ 178 1 616 475 96 37
+ 179 2 616 475 96 37
+ 180 3 616 475 96 37
+ 181 0 616 475 96 37
+ 182 1 617 479 96 40
+ 183 0 617 479 96 40
+ 184 5 617 479 96 40
+ 185 5 617 479 96 40
+ 186 8 617 479 96 40
+ 187 21 617 479 96 40
+ 188 15 618 472 96 36
+ 189 15 618 472 96 36
+ 190 6 618 472 96 36
+ 191 19 618 472 96 36
+ 192 14 618 472 96 36
+ 193 1 621 485 96 42
+ 194 1 621 485 96 42
+ 195 3 621 485 96 42
+ 196 2 621 485 96 42
+ 197 3 621 485 96 42
+ 198 2 623 495 96 50
+ 199 5 623 495 96 50
+ 200 0 624 472 96 36
+ 201 6 624 472 96 36
+ 202 3 624 472 96 36
+ 203 1 625 458 96 29
+ 204 0 625 458 96 29
+ 205 1 625 458 96 29
+ 206 6 625 458 96 29
+ 207 1 625 458 96 29
+ 208 85 626 449 96 24
+ 209 45 626 449 96 24
+ 210 68 626 449 96 24
+ 211 84 626 449 96 24
+ 212 50 626 449 96 24
+ 213 13 628 442 96 19
+ 214 1 628 442 96 19
+ 215 19 629 448 96 23
+ 216 26 629 448 96 23
+ 217 9 629 448 96 23
+ 218 2 629 448 96 23
+ 219 4 629 448 96 23
+ 220 3 629 448 96 23
+ 221 22 630 448 96 23
+ 222 32 630 448 96 23
+ 223 5 631 403 96 1
+ 224 21 631 403 96 1
+ 225 26 631 403 96 1
+ 226 13 631 403 96 1
+ 227 23 631 403 96 1
+ 228 42 632 411 96 4
+ 229 38 632 411 96 4
+ 230 61 632 411 96 4
+ 231 79 632 411 96 4
+ 232 39 632 411 96 4
+ 233 41 632 411 96 4
+ 234 15 634 415 96 5
+ 235 23 634 415 96 5
+ 236 14 634 415 96 5
+ 237 7 635 427 96 13
+ 238 24 636 424 96 11
+ 239 3 638 525 96 62
+ 240 1 638 525 96 62
+ 241 2 640 521 96 61
+ 242 1 640 521 96 61
+ 243 0 640 521 96 61
+ 244 3 641 518 96 60
+ 245 8 641 518 96 60
+ 246 1 642 495 96 50
+ 247 2 642 495 96 50
+ 248 0 642 495 96 50
+ 249 8 643 495 96 50
+ 250 3 643 495 96 50
+ 251 14 643 495 96 50
+ 252 16 643 495 96 50
+ 253 18 643 495 96 50
+ 254 11 643 495 96 50
+ 255 13 643 495 96 50
+ 256 6 645 460 96 30
+ 257 7 645 460 96 30
+ 258 10 645 460 96 30
+ 259 5 647 442 96 19
+ 260 7 647 442 96 19
+ 261 25 648 443 96 20
+ 262 11 648 443 96 20
+ 263 6 648 443 96 20
+ 264 4 648 443 96 20
+ 265 7 648 443 96 20
+ 266 4 650 425 96 12
+ 267 6 650 425 96 12
+ 268 2 650 425 96 12
+ 269 5 651 439 96 18
+ 270 3 651 439 96 18
+ 271 7 651 439 96 18
+ 272 3 652 444 96 21
+ 273 1 701 450 97 25
+ 274 4 701 450 97 25
+ 275 4 701 450 97 25
+ 276 2 701 450 97 25
+ 277 5 701 450 97 25
+ 278 3 702 446 97 22
+ 279 0 702 446 97 22
+ 280 3 702 446 97 22
+ 281 1 702 446 97 22
+ 282 2 702 446 97 22
+ 283 3 702 446 97 22
+ 284 1 704 472 97 36
+ 285 0 704 472 97 36
+ 286 4 704 472 97 36
+ 287 0 704 472 97 36
+ 288 0 704 472 97 36
+ 289 0 705 472 97 36
+ 290 0 706 460 97 30
+ 291 0 706 460 97 30
+ 292 0 706 460 97 30
+ 293 1 708 442 97 19
+ 294 3 708 442 97 19
+ 295 4 708 442 97 19
+ 296 0 708 442 97 19
+ 297 4 708 442 97 19
+ 298 2 708 442 97 19
+ 299 0 709 525 97 62
+ 300 0 709 525 97 62
+ 301 1 709 525 97 62
+ 302 0 710 533 97 63
+ 303 1 710 533 97 63
+ 304 2 710 533 97 63
+ 305 0 710 533 97 63
+ 306 0 710 533 97 63
+ 307 0 710 533 97 63
+ 308 1 711 513 97 57
+ 309 0 711 513 97 57
+ 310 0 711 513 97 57
+ 311 1 711 513 97 57
+ 312 1 711 513 97 57
+ 313 0 711 513 97 57
+ 314 0 711 513 97 57
+ 315 0 712 514 97 58
+ 316 0 712 514 97 58
+ 317 0 713 511 97 56
+ 318 0 713 511 97 56
+ 319 1 713 511 97 56
+ 320 0 713 511 97 56
+ 321 0 713 511 97 56
+ 322 0 714 511 97 56
+ 323 0 714 511 97 56
+ 324 1 714 511 97 56
+ 325 0 714 511 97 56
+ 326 0 714 511 97 56
+ 327 0 714 511 97 56
+ 328 0 715 496 97 51
+ 329 0 715 496 97 51
+ 330 0 715 496 97 51
+ 331 0 715 496 97 51
+ 332 1 716 494 97 49
+ 333 0 716 494 97 49
+ 334 0 717 494 97 49
+ 335 0 717 494 97 49
+ 336 0 717 494 97 49
+ 337 2 718 411 97 4
+ 338 4 718 411 97 4
+ 339 4 718 411 97 4
+ 340 1 718 411 97 4
+ 341 2 718 411 97 4
+ 342 2 719 411 97 4
+ 343 1 719 411 97 4
+ 344 4 719 411 97 4
+ 345 1 719 411 97 4
+ 346 3 719 411 97 4
+ 347 3 719 411 97 4
+ 348 2 720 423 97 10
+ 349 0 720 423 97 10
+ 350 3 721 424 97 11
+ 351 2 722 403 97 1
+ 352 0 722 403 97 1
+ 353 1 722 403 97 1
+ 354 0 723 409 97 2
+ 355 3 723 409 97 2
+ 356 1 723 409 97 2
+ 357 10 724 434 97 16
+ 358 4 724 434 97 16
+ 359 1 724 434 97 16
+ 360 2 725 477 97 39
+ 361 0 725 477 97 39
+ 362 1 725 477 97 39
+ 363 0 727 472 97 36
+ 364 0 728 468 97 34
+ 365 0 728 468 97 34
+ 366 0 729 470 97 35
+ 367 0 730 486 97 43
+ 368 0 731 495 97 50
+ 369 0 731 495 97 50
+ 370 0 731 495 97 50
+ 371 0 731 495 97 50
+ 372 0 731 495 97 50
+ 373 0 732 483 97 41
+ 374 0 732 483 97 41
+ 375 2 732 483 97 41
+ 376 2 733 442 97 19
+ 377 2 733 442 97 19
+ 378 0 734 457 97 28
+ 379 4 736 457 97 28
+ 380 5 736 457 97 28
+ 381 2 737 457 97 28
+ 382 3 737 457 97 28
+ 383 2 737 457 97 28
+ 384 2 737 457 97 28
+ 385 1 737 457 97 28
+ 386 2 737 457 97 28
+ 387 0 737 457 97 28
+ 388 2 738 464 97 31
+ 389 0 738 464 97 31
+ 390 1 738 464 97 31
+ 391 0 739 433 97 15
+ 392 3 739 433 97 15
+ 393 1 739 433 97 15
+ 394 0 739 433 97 15
+ 395 0 740 442 97 19
+ 396 0 740 442 97 19
+ 397 0 741 433 97 15
+ 398 1 741 433 97 15
+ 399 0 741 433 97 15
+ 400 0 742 430 97 14
+ 401 0 742 430 97 14
+ 402 2 743 450 97 25
+ 403 0 743 450 97 25
+
Added: pkg/lme4Eigen/tests/elston.R
===================================================================
--- pkg/lme4Eigen/tests/elston.R (rev 0)
+++ pkg/lme4Eigen/tests/elston.R 2012-02-23 18:39:03 UTC (rev 1613)
@@ -0,0 +1,61 @@
+tickdata <- read.table("Elston2001_tickdata.txt",header=TRUE,
+ colClasses=c("factor","numeric","factor","numeric","factor","factor"))
+
+tickdata <- transform(tickdata,cHEIGHT=scale(HEIGHT,scale=FALSE))
+
+form <- TICKS~YEAR+HEIGHT+(1|BROOD)+(1|INDEX)+(1|LOCATION)
+## fit with lme4
+library(lme4)
+t1 <- system.time(full_mod1 <- glmer(form, family="poisson",data=tickdata))
+c1 <- c(fixef(full_mod1),unlist(VarCorr(full_mod1)), logLik=logLik(full_mod1),time=t1["elapsed"])
+allcoefs1 <- c(unlist(full_mod1 at ST),fixef(full_mod1))
+detach("package:lme4")
+
+## fit with lme4Eigen
+library(lme4Eigen)
+t2 <- system.time(full_mod2 <- glmer(form, family="poisson",data=tickdata))
+c2 <- c(fixef(full_mod2),unlist(VarCorr(full_mod2)), logLik=logLik(full_mod2),time=t2["elapsed"])
+
+allcoefs <- function(x) c(getME(x,"theta"),getME(x,"beta"))
+
+## deviance function
+mm <- glmer(form, family="poisson",data=tickdata,devFunOnly=TRUE,tolPwrss=1e-12,verbose=4,
+ compDev=FALSE)
+mm(allcoefs1)
+## works with compDev=FALSE, fails with compDev=TRUE
+
+## refit
+full_mod3 <- refit(full_mod2,tickdata$TICKS)
+
+fn <- "elston_fits.RData"
+## FIXME::: some possibility of differing results? 1780.
+## what changed ???
+if (!file.exists(fn)) {
+ tvec <- seq(-13,-7,by=0.1)
+ dmat <- matrix(nrow=length(tvec),ncol=9,
+ dimnames=list(NULL,c("deviance","time_elapsed",
+ paste("theta",1:3,sep=""),paste("beta",1:4,sep=""))))
+ for (i in seq_along(tvec)) {
+ tt <- system.time(gg <- glmer(form,family="poisson",data=tickdata,tolPwrss=10^tvec[i]))["elapsed"]
+ cat(i,tvec[i],deviance(gg),"\n")
+ dmat[i,] <- c(deviance(gg),tt,allcoefs(gg))
+ }
+ dmat <- data.frame(logtol=tvec,dmat)
+ save("dmat",file=fn)
+} else load(fn)
+
+newdev <- apply(dmat[,-(1:3)],1,mm)
+library(ggplot2)
+library(reshape)
+qplot(logtol,value,data=melt(dmat,id.var="logtol"),geom=c("line"))+
+ facet_wrap(~variable,scale="free")+
+ geom_line(data=data.frame(logtol=dmat$logtol,value=newdev,variable="deviance"),
+ colour="blue")+
+ geom_hline(data=data.frame(variable="deviance",val=mm(allcoefs1)),
+ aes(yintercept=val),colour="red")+theme_bw()+
+ geom_vline(data=data.frame(variable="deviance",val=-10),
+ aes(xintercept=val),colour="gray")
+
+detach("package:lme4Eigen")
+cbind(c1,c2)
+
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