[GenABEL-dev] 'free' genetic model, test on significance

[Maksim Struchalin]

Hi All from the devel list,

Sodbo (cc) is going to test GxG and GxE interactions in his date using 
genotypic variance heterogeneity comparison (VariABEL package). 
Currently, VariABEL can test only genotyped date or imputed dosages and 
for only three genetic models (additive, dominant, recessive). But Sodbo 
would like to make a test which does not assume any genetic model. As I 
proposed, for this, we need to run the model 'trait_residuals2 ~ P_AB + 
P_BB', where trait_residuals2 is the squared residuals of a trait 
adjusted on covariates (environmental factors and others), P_AB and P_BB 
are probabilities of having AB and BB genotypes by a given individual 
(imputed SNPs from MACH). Now, I am in charge of implementing such a 
test in VariABEL and thinking about how to test the significance jointly 
for P_AB and P_BB. Because of its simIicity, I propose to implement a 
test expained in page 46 of 
http://academic.reed.edu/economics/parker/s10/312/notes/Notes5.pdf in a 
section 'Alternative calculation of F under classical assumption'. This 
test gives a 'liiiiiiitle' bit overestimated p-value if copmare to the 
test implemented in summary.lm() in R.

We would like to ask an advice on this issue from all of you. Does this 
regression model and the test on significance allows us to test a SNP 
without a prior assumption on genetic model?
Any comments are welcome.

best,
Maksim



On 12/02/2014 03:48, Yury Aulchenko wrote:
> Hi Maksim,
>
> It may be good if you could formulate your ideas concerning the 2df 
> test and send these to the devel list - then we will have a chance to 
> pick on the brains of people who are very knowledgable about 
> statistics (e.g. Xia and William)
>
> Let us know if you could do this.
>
> best wishes,
> Yurii
>
> On Feb 11, 2014, at 06:56, Maksim Struchalin <m.v.struchalin at mail.ru 
> <mailto:m.v.struchalin at mail.ru>> wrote:
>
>> Привет Содбо и Юра,
>>
>> Хотелось бы узнать какие данных вам нужны на выходе. Я могу вывести 
>> такие параметры:
>> - beta_AB, sigma_AB - эффект и ошибка для AB
>> - beta_BB, sigma_BB - эффект и ошибка для BB
>> - chisq_AB, chisq_BB - хи-квадраты для AB и BB
>> - wald test для AB и BB
>> - F тест на разницу (sigma_0 - sigma_1), где sigma_0 - дисперсия 
>> 'признака в квадрате', а sigma_1 - дисперсия остатков после 
>> регрессии. Этот тест покажет совместную статистическую достоверность 
>> AB и BB.
>> (см. стр. 46, глава "Alternative calculation..." в 
>> http://academic.reed.edu/economics/parker/s10/312/notes/Notes5.pdf).
>>
>> Я пока имплементирую Валд тесты для AB и BB, 2df тест буду в самом конце.
>>
>> Максим
>>
>>
>> On 09/02/2014 20:12, Sodbo Sharapov wrote:
>>> Добрый день!
>>>
>>> Данные доступны по ссылке:https:
>>> https://www.dropbox.com/s/w6gayszobvgzr7o/Ara_2_Maksim.rdata.zip
>>>
>>> Признак один - "X30.Mo98" - концентрация молибдена. SNP только на 
>>> 2ой хромосоме (на ней есть хиты). В ara_gwaa.rdata хранятся признак 
>>> и реальные генотипы.
>>> В prob_ara_2_Maksim.rdata хранятся симулированные генотипы - в 
>>> формате импутированных генотипов. Среди них есть 10 реальных SNP - 
>>> это хиты.
>>> В prob_ara_2_Maksim.fvd/fvi - тоже самое в DatABEL формате - для 
>>> импутированных SNP формат будет такой
>>> Будут вопросы - пишите=)
>>>
>>>
>>> 7 февраля 2014 г., 20:03 пользователь Yury Aulchenko 
>>> <yurii.aulchenko at gmail.com <mailto:yurii.aulchenko at gmail.com>> написал:
>>>
>>>     Sodbo, togda navernoye stoit snachala sgenerit' danniye i
>>>     poslat' Maximu, a potom sozvonites', obsudite testy
>>>
>>>     nu i napominayu chto v principe eto horosho by sdelat' za
>>>     nedelyu-dve konechno do stadii chtob ty mog nachat' analiz
>>>     real'nih dannih :)
>>>
>>>     Y
>>>
>>>     On Feb 7, 2014, at 10:13, Maksim Struchalin
>>>     <m.v.struchalin at mail.ru <mailto:m.v.struchalin at mail.ru>> wrote:
>>>
>>>     > Это было бы замечательно. Тесты нужны в любом случае.
>>>     > Максим
>>>     >
>>>     > On 07/02/2014 16:06, Yurii Aulchenko wrote:
>>>     >> Максим, Содбо, в идеале - пусть Содбо напишет несколько юнит
>>>     тестов для ВариА
>>>     >>
>>>     >> ----------------------
>>>     >> Yurii Aulchenko
>>>     >> (sent from mobile device)
>>>     >>
>>>     >>> On Feb 7, 2014, at 9:53 AM, Maksim Struchalin
>>>     <m.v.struchalin at mail.ru <mailto:m.v.struchalin at mail.ru>> wrote:
>>>     >>>
>>>     >>> Привет, Содбо,
>>>     >>>
>>>     >>> Я сейчас занимась 2df тестом. Можешь мне послать кусочек
>>>     данных для
>>>     >>> которых ты собираешься гнать этот тест. Меня интересует
>>>     формат данных +
>>>     >>> я его буду использовать для отладки софта.
>>>     >>>
>>>     >>> Бест регардс :-),
>>>     >>> Максим
>>>     >
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> -- 
>>> ___________________________________
>>> _
>>> _With best regards
>>>
>>> Sodbo Zh. Sharapov
>>> Phone:  +79831347688
>>> Email: sharapovsodbo at gmail.com <mailto:sharapovsodbo at gmail.com>
>>> sharapov at bionet.nsc.ru <mailto:sharapov at bionet.nsc.ru>
>>> Skype:   sharapovsodbo
>>
>

-------------- next part --------------
An HTML attachment was scrubbed...
URL: <http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/genabel-devel/attachments/20140212/37dd604a/attachment-0001.html>