<html>
<head>
<meta content="text/html; charset=KOI8-R" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
<div class="moz-cite-prefix">Hi All from the devel list,<br>
<br>
Sodbo (cc) is going to test GxG and GxE interactions in his date
using genotypic variance heterogeneity comparison (VariABEL
package). Currently, VariABEL can test only genotyped date or
imputed dosages and for only three genetic models (additive,
dominant, recessive). But Sodbo would like to make a test which
does not assume any genetic model. As I proposed, for this, we
need to run the model 'trait_residuals2 ~ P_AB + P_BB', where
trait_residuals2 is the squared residuals of a trait adjusted on
covariates (environmental factors and others), P_AB and P_BB are
probabilities of having AB and BB genotypes by a given individual
(imputed SNPs from MACH). Now, I am in charge of implementing such
a test in VariABEL and thinking about how to test the significance
jointly for P_AB and P_BB. Because of its simIicity, I propose to
implement a test expained in page 46 of
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://academic.reed.edu/economics/parker/s10/312/notes/Notes5.pdf">http://academic.reed.edu/economics/parker/s10/312/notes/Notes5.pdf</a>
in a section 'Alternative calculation of F under classical
assumption'. This test gives a 'liiiiiiitle' bit overestimated
p-value if copmare to the test implemented in summary.lm() in R.<br>
<br>
We would like to ask an advice on this issue from all of you. Does
this regression model and the test on significance allows us to
test a SNP without a prior assumption on genetic model?<br>
Any comments are welcome.<br>
<br>
best,<br>
Maksim<br>
<br>
<br>
<br>
On 12/02/2014 03:48, Yury Aulchenko wrote:<br>
</div>
<blockquote
cite="mid:D9430932-1A37-4DB8-AE6C-471DABE56BE7@gmail.com"
type="cite">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
charset=KOI8-R">
Hi Maksim,
<div><br>
</div>
<div>It may be good if you could formulate your ideas concerning
the 2df test and send these to the devel list - then we will
have a chance to pick on the brains of people who are very
knowledgable about statistics (e.g. Xia and William)</div>
<div><br>
</div>
<div>Let us know if you could do this.</div>
<div><br>
</div>
<div>best wishes,</div>
<div>Yurii</div>
<div><br>
<div>
<div>On Feb 11, 2014, at 06:56, Maksim Struchalin <<a
moz-do-not-send="true"
href="mailto:m.v.struchalin@mail.ru">m.v.struchalin@mail.ru</a>>
wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<meta content="text/html; charset=KOI8-R"
http-equiv="Content-Type">
<div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
<div class="moz-cite-prefix">Привет Содбо и Юра,<br>
<br>
Хотелось бы узнать какие данных вам нужны на выходе. Я
могу вывести такие параметры:<br>
- beta_AB, sigma_AB - эффект и ошибка для AB <br>
- beta_BB, sigma_BB - эффект и ошибка для BB<br>
- chisq_AB, chisq_BB - хи-квадраты для AB и BB<br>
- wald test для AB и BB<br>
- F тест на разницу (sigma_0 - sigma_1), где sigma_0 -
дисперсия 'признака в квадрате', а sigma_1 - дисперсия
остатков после регрессии. Этот тест покажет совместную
статистическую достоверность AB и BB.<br>
(см. стр. 46, глава "Alternative calculation..." в <a
moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext"
href="http://academic.reed.edu/economics/parker/s10/312/notes/Notes5.pdf">http://academic.reed.edu/economics/parker/s10/312/notes/Notes5.pdf</a>).<br>
<br>
Я пока имплементирую Валд тесты для AB и BB, 2df тест
буду в самом конце.<br>
<br>
Максим<br>
<br>
<br>
On 09/02/2014 20:12, Sodbo Sharapov wrote:<br>
</div>
<blockquote
cite="mid:CAPF08KsLMQqZiv_muPFH+Bz1ANfc3_o0hQJmXX0LGESG_8J1LQ@mail.gmail.com"
type="cite">
<div dir="ltr">Добрый день!
<div><br>
</div>
<div>Данные доступны по ссылке:https:</div>
<div><a moz-do-not-send="true"
href="https://www.dropbox.com/s/w6gayszobvgzr7o/Ara_2_Maksim.rdata.zip">https://www.dropbox.com/s/w6gayszobvgzr7o/Ara_2_Maksim.rdata.zip</a><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Признак один - "X30.Mo98" - концентрация
молибдена. SNP только на 2ой хромосоме (на ней есть
хиты). В ara_gwaa.rdata хранятся признак и реальные
генотипы.</div>
<div>В prob_ara_2_Maksim.rdata хранятся симулированные
генотипы - в формате импутированных генотипов. Среди
них есть 10 реальных SNP - это хиты. </div>
<div>В prob_ara_2_Maksim.fvd/fvi - тоже самое в
DatABEL формате - для импутированных SNP формат
будет такой</div>
<div>Будут вопросы - пишите=) </div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">7 февраля 2014 г., 20:03
пользователь Yury Aulchenko <span dir="ltr"><<a
moz-do-not-send="true"
href="mailto:yurii.aulchenko@gmail.com"
target="_blank">yurii.aulchenko@gmail.com</a>></span>
написал:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="im HOEnZb">Sodbo, togda navernoye
stoit snachala sgenerit' danniye i poslat'
Maximu, a potom sozvonites', obsudite testy<br>
<br>
nu i napominayu chto v principe eto horosho by
sdelat' za nedelyu-dve konechno do stadii chtob
ty mog nachat' analiz real'nih dannih :)<br>
<br>
Y<br>
<br>
On Feb 7, 2014, at 10:13, Maksim Struchalin <<a
moz-do-not-send="true"
href="mailto:m.v.struchalin@mail.ru">m.v.struchalin@mail.ru</a>>
wrote:<br>
<br>
</div>
<div class="HOEnZb">
<div class="h5">> Это было бы замечательно.
Тесты нужны в любом случае.<br>
> Максим<br>
><br>
> On 07/02/2014 16:06, Yurii Aulchenko
wrote:<br>
>> Максим, Содбо, в идеале - пусть Содбо
напишет несколько юнит тестов для ВариА<br>
>><br>
>> ----------------------<br>
>> Yurii Aulchenko<br>
>> (sent from mobile device)<br>
>><br>
>>> On Feb 7, 2014, at 9:53 AM,
Maksim Struchalin <<a
moz-do-not-send="true"
href="mailto:m.v.struchalin@mail.ru">m.v.struchalin@mail.ru</a>>
wrote:<br>
>>><br>
>>> Привет, Содбо,<br>
>>><br>
>>> Я сейчас занимась 2df тестом.
Можешь мне послать кусочек данных для<br>
>>> которых ты собираешься гнать этот
тест. Меня интересует формат данных +<br>
>>> я его буду использовать для
отладки софта.<br>
>>><br>
>>> Бест регардс :-),<br>
>>> Максим<br>
><br>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr"><u>_________________________________</u>
<div><u><br>
</u>With best regards<br>
<br>
Sodbo Zh. Sharapov
<div>Phone: +79831347688</div>
<div> Email: <a moz-do-not-send="true"
href="mailto:sharapovsodbo@gmail.com"
target="_blank">sharapovsodbo@gmail.com</a></div>
<div> <a moz-do-not-send="true"
href="mailto:sharapov@bionet.nsc.ru"
target="_blank">sharapov@bionet.nsc.ru</a></div>
<div>Skype: sharapovsodbo </div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</blockquote>
<br>
</body>
</html>