[adegenet-forum] problems in importing data

[Jombart, Thibaut]

Hello, 

no problem for the 'disturbance', but usually a better way to get a quick answer is to provide the code that poses a problem. I called 'X' your sample dataset.
I guess the problem is you did not exclude the Ids when converting the genetic information into a genind.
Solution is below:
#####
> X
   Id mk1 mk2 mk3
1 A45  AA  AB  BB
2 A46  BB  AA  AB
3 A47  AB  BB  AA
> obj=df2genind(X[,-1], ncode=2, ind.names=X[,1])
> obj

   #####################
   ### Genind object ### 
   #####################
- genotypes of individuals - 

S4 class:  genind
@call: df2genind(X = X[, -1], ncode = 2, ind.names = X[, 1])

@tab:  3 x 6 matrix of genotypes

@ind.names: vector of  3 individual names
@loc.names: vector of  3 locus names
@loc.nall: number of alleles per locus
@loc.fac: locus factor for the  6 columns of @tab
@all.names: list of  3 components yielding allele names for each locus
@ploidy:  2
@type:  codom

Optionnal contents: 
@pop:  - empty -
@pop.names:  - empty -

@other: - empty -

> genind2df(obj, sep="/")
    mk1 mk2 mk3
A45 A/A A/B B/B
A46 B/B A/A A/B
A47 A/B B/B A/A
#####

Best

Thibaut
________________________________________
From: adegenet-forum-bounces at lists.r-forge.r-project.org [adegenet-forum-bounces at lists.r-forge.r-project.org] On Behalf Of Dragani Tommaso [Tommaso.Dragani at istitutotumori.mi.it]
Sent: 16 December 2010 10:26
To: adegenet-forum at lists.r-forge.r-project.org
Subject: [adegenet-forum] problems in importing data

Dears,
Sorry to disturb you again, but I do not succeed in importing in 'adegenet' a relatively simple .txt dataset like:

Id      mk1     mk2     mk3
A45     AA      AB      BB
A46     BB      AA      AB
A47     AB      BB      AA

Where Id is the sample identification and mk1 to mk3 are the names of the SNPs.
I tried to follow the manual and the tutorial, but without good results.

I would like to run adegenet to identify the number of clusters in our population of about 1500 individuals genotyped at about 100 autosomal SNPs.

With many thanks for your help.

Sincerely,

Tommaso A. Dragani






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