[Stacomir-commits] r152 - branch0.5/stacomir/R
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Tue Aug 16 13:59:47 CEST 2016
Author: briand
Date: 2016-08-16 13:59:47 +0200 (Tue, 16 Aug 2016)
New Revision: 152
Modified:
branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDC.r
branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDF.r
branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationMult.r
branch0.5/stacomir/R/fn_EcritBilanJournalier.r
branch0.5/stacomir/R/interface_graphique.r
Log:
Prise en compte des commentaire Rcheck (suite) => pointe vers les packages externes avec import
Modified: branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDC.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDC.r 2016-08-16 09:19:37 UTC (rev 151)
+++ branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDC.r 2016-08-16 11:59:47 UTC (rev 152)
@@ -1,21 +1,3 @@
-# Nom fichier : BilanFonctionnementDC.R (classe)
-# Projet : controle migrateur / suivi passe
-# Organisme : IAV/CSP
-# Auteur : Cedric Briand
-# Contact : cedric.briand"at"eptb-vilaine.fr
-# Date de creation : 12/01/2009 14:38:09
-# Compatibilite :
-# Etat : developpement en cours, fonctionne
-# programmer l'affichage du choix de la date (classe horodate devt en cours) => PB � regler dans la relation calendar horodate
-# 05/02/2009 21:21:40 OK fonctionne
-# programmer les graphiques, et notamment les coupures entre les mois, a partir de la table des dates de debut et de fin
-# il faut inserer des lignes correspondant aux debuts et fin de mois afin qu'aucun intervalle ne se trouve a cheval sur deux mois
-# 05/02/2009 21:21:54 OK done => il faudra penser � inserer ce type de modif pour le fonctionnement du DF
-# Description Calcul du fonctionnement du DC � partir des parametres
-# extraits de la base migrateur
-# Interface graphique : attribue au bouton DC
-# Creer un graphique ("en boites") des resultats de fonctionnement du DC avec deux choix de graphiques OK fonctionne
-
#' Class "BilanFonctionnementDC" Bilan du fonctionnement du dispositif de
#' comptage
#'
@@ -150,17 +132,17 @@
t_periodefonctdispositif_per_mois$mois1<-strftime(as.POSIXlt(t_periodefonctdispositif_per_mois$tempsdebut),"%b")
t_periodefonctdispositif_per_mois$mois<-strftime(as.POSIXlt(t_periodefonctdispositif_per_mois$tempsdebut),"%m")
t_periodefonctdispositif_per_mois$annee<-strftime(as.POSIXlt(t_periodefonctdispositif_per_mois$tempsdebut),"%Y")
- superpose.polygon<-trellis.par.get("superpose.polygon")
+ superpose.polygon<-lattice::trellis.par.get("superpose.polygon")
superpose.polygon$col<-c("#4C00FF","orange")
superpose.polygon$border<-FALSE
- trellis.par.set("superpose.polygon",superpose.polygon)
- bar<-barchart(
+ lattice::trellis.par.set("superpose.polygon",superpose.polygon)
+ bar<-lattice::barchart(
as.numeric(t_periodefonctdispositif_per_mois$sumduree)~as.factor(t_periodefonctdispositif_per_mois$mois)|as.factor(t_periodefonctdispositif_per_mois$annee),
groups=t_periodefonctdispositif_per_mois$per_tar_code,
stack=TRUE,
xlab=get("msg",envir_stacomi)$BilanFonctionnementDC.3,
ylab=get("msg",envir_stacomi)$BilanFonctionnementDC.4,
- main=list(label=paste(get("msg",envir_stacomi)$BilanFonctionnementDC.5,fonctionnementDC at dc@dc_selectionne), gp=gpar(col="grey", fontsize=8)),
+ main=list(label=paste(get("msg",envir_stacomi)$BilanFonctionnementDC.5,fonctionnementDC at dc@dc_selectionne), gp=grid::gpar(col="grey", fontsize=8)),
auto.key=list(rectangles=TRUE,space="bottom",
text=c(get("msg",envir_stacomi)$BilanFonctionnementDC.6,get("msg",envir_stacomi)$FonctionnementDC.7)),
scales= list(x=list(t_periodefonctdispositif_per_mois$mois),
@@ -216,23 +198,23 @@
#bty="n",
cex=0.8)
r <- as.Date(round(range(duree), "day"))
- axis.Date(1, at=seq(r[1], r[2], by="weeks"),format="%d-%b")
+ graphics::axis.Date(1, at=seq(r[1], r[2], by="weeks"),format="%d-%b")
if (dim(t_periodefonctdispositif_per)[1]==0 ) { # s'il n'y a pas de periode de fontionnement dans la base
- rect( xleft=debut,
+ graphics::rect( xleft=debut,
ybottom=0.6,
xright=fin,
ytop=0.9,
col = mypalette[4],
border = NA,
lwd = 1)
- rect( xleft=debut,
+ graphics::rect( xleft=debut,
ybottom=0.1,
xright=fin,
ytop=0.4,
col = mypalette[1],
border = NA,
lwd = 1)
- legend( x= "bottom",
+ graphics::legend( x= "bottom",
legend=get("msg",envir_stacomi)$BilanFonctionnementDC.10 ,# three terms in the legend
pch=c(16,16),
col=c(mypalette[4],mypalette[6],mypalette[1]),
@@ -242,7 +224,7 @@
} else {
if (sum(t_periodefonctdispositif_per$per_etat_fonctionnement==1)>0){
- rect( xleft =graphdate(as.Date(t_periodefonctdispositif_per$per_date_debut[t_periodefonctdispositif_per$per_etat_fonctionnement==1])),
+ graphics::rect( xleft =graphdate(as.Date(t_periodefonctdispositif_per$per_date_debut[t_periodefonctdispositif_per$per_etat_fonctionnement==1])),
ybottom=0.6,
xright=graphdate(as.Date(t_periodefonctdispositif_per$per_date_fin[t_periodefonctdispositif_per$per_etat_fonctionnement==1])),
ytop=0.9,
@@ -250,7 +232,7 @@
border = NA,
lwd = 1) }
if (sum(t_periodefonctdispositif_per$per_etat_fonctionnement==0)>0) {
- rect( xleft =graphdate(as.Date(t_periodefonctdispositif_per$per_date_debut[t_periodefonctdispositif_per$per_etat_fonctionnement==0])),
+ graphics::rect( xleft =graphdate(as.Date(t_periodefonctdispositif_per$per_date_debut[t_periodefonctdispositif_per$per_etat_fonctionnement==0])),
ybottom=0.6,
xright=graphdate(as.Date(t_periodefonctdispositif_per$per_date_fin[t_periodefonctdispositif_per$per_etat_fonctionnement==0])),
ytop=0.9,
@@ -266,7 +248,7 @@
for (j in 1 : length(listeperiode)){
nomperiode[j]<-substr(listeperiode[[j]]$nom,1,17)
- rect( xleft=graphdate(listeperiode[[j]]$debut),
+ graphics::rect( xleft=graphdate(listeperiode[[j]]$debut),
ybottom=0.1,
xright=graphdate(listeperiode[[j]]$fin),
ytop=0.4,
@@ -274,7 +256,7 @@
border = NA,
lwd = 1)
}
- legend (x= debut,
+ graphics::legend (x= debut,
y=0.6,
legend= get("msg",envir_stacomi)$BilanFonctionnementDC.11,
pch=c(15,15),
@@ -284,7 +266,7 @@
text.width=(fin-debut)/6 ,
cex=0.8
)
- legend (x= debut,
+ graphics::legend (x= debut,
y=0.1,
legend= c(nomperiode),
pch=c(15,15),
@@ -294,8 +276,8 @@
text.width=(fin-debut)/4,
cex=0.8
)
- text(x=debut,y=0.95, label=get("msg",envir_stacomi)$BilanFonctionnementDC.12,font=4,pos=4)
- text(x=debut,y=0.45, label=get("msg",envir_stacomi)$BilanFonctionnementDC.13, font=4,pos=4)
+ graphics::text(x=debut,y=0.95, label=get("msg",envir_stacomi)$BilanFonctionnementDC.12,font=4,pos=4)
+ graphics::text(x=debut,y=0.45, label=get("msg",envir_stacomi)$BilanFonctionnementDC.13, font=4,pos=4)
}
}
#
Modified: branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDF.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDF.r 2016-08-16 09:19:37 UTC (rev 151)
+++ branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDF.r 2016-08-16 11:59:47 UTC (rev 152)
@@ -169,17 +169,22 @@
#modif de l'ordre pour apparence graphique
t_periodefonctdispositif_per_mois=t_periodefonctdispositif_per_mois[order(t_periodefonctdispositif_per_mois$type_fonct., decreasing = TRUE),]
- g<- ggplot(t_periodefonctdispositif_per_mois,aes(x=mois,y=duree,fill=libelle))+facet_grid(annee~.)+ggtitle(paste(get("msg",envir_stacomi)$BilanFonctionnementDF.7,fonctionnementDF at df@df_selectionne))
- g<-g+geom_bar(stat='identity')+scale_fill_manual(values = c("#E41A1C","#E6AB02", "#9E0142","#1B9E77","#999999"))
+ g<- ggplot(t_periodefonctdispositif_per_mois,
+ aes(x=mois,y=duree,fill=libelle))+
+ facet_grid(annee~.)+ggtitle(paste(get("msg",envir_stacomi)$BilanFonctionnementDF.7,fonctionnementDF at df@df_selectionne))
+ g<-g+geom_bar(stat='identity')+
+ scale_fill_manual(values = c("#E41A1C","#E6AB02", "#9E0142","#1B9E77","#999999"))
#modif de l'ordre pour apparence graphique
t_periodefonctdispositif_per_mois=t_periodefonctdispositif_per_mois[order(t_periodefonctdispositif_per_mois$fonctionnement),]
t_periodefonctdispositif_per_mois$fonctionnement=as.factor( t_periodefonctdispositif_per_mois$fonctionnement)
g1<- ggplot(t_periodefonctdispositif_per_mois,aes(x=mois,y=duree))+facet_grid(annee~.)+ggtitle(paste(get("msg",envir_stacomi)$BilanFonctionnementDF.7,fonctionnementDF at df@df_selectionne))
- g1<-g1+geom_bar(stat='identity',aes(fill=fonctionnement))+scale_fill_manual(values = c("#E41A1C","#4DAF4A"))
+ g1<-g1+
+ geom_bar(stat='identity',aes(fill=fonctionnement))+
+ scale_fill_manual(values = c("#E41A1C","#4DAF4A"))
if(length(unique(t_periodefonctdispositif_per_mois$annee))>1) {
- x11(40,40); print(g)
- x11 (40,40) ;print(g1)
+ grDevices::x11(40,40); print(g)
+ grDevices::x11 (40,40) ;print(g1)
}else {
x11(60,40)
vplayout <- function(x, y) { grid::viewport(layout.pos.row = x, layout.pos.col = y) }
@@ -232,7 +237,7 @@
#bty="n",
cex=0.8)
r <- round(range(duree), "day")
- axis(1, at=graphdate(seq(r[1], r[2], by="weeks")),labels=strftime(as.POSIXlt(seq(r[1], r[2], by="weeks")),format="%d-%b"))
+ graphics::axis(1, at=graphdate(seq(r[1], r[2], by="weeks")),labels=strftime(as.POSIXlt(seq(r[1], r[2], by="weeks")),format="%d-%b"))
if (dim(t_periodefonctdispositif_per)[1]==0 ) {
rect( xleft=debut,
ybottom=0.6,
Modified: branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationMult.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationMult.r 2016-08-16 09:19:37 UTC (rev 151)
+++ branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationMult.r 2016-08-16 11:59:47 UTC (rev 152)
@@ -697,9 +697,9 @@
rownames(mat1)<-as.character(time.sequence)
rownames(mat2)<-datasub$lot_identifiant
imat1<-intervals::Intervals(mat1)
- closed(imat1)<-c(FALSE,FALSE)
+ interval::closed(imat1)<-c(FALSE,FALSE)
imat2<-intervals::Intervals(mat2)
- closed(imat2)<-c(FALSE,FALSE)
+ interval::closed(imat2)<-c(FALSE,FALSE)
listei<-intervals::interval_overlap(imat2,imat1)
listei2<-listei # copie de la liste pour l'écraser
for (i in 1:length(listei)){
@@ -719,12 +719,12 @@
difftime(
time.sequence[vec[1]]+as.difftime(1,units="days"),
datasub[datasub$lot_identifiant==idlot,"ope_date_debut"],
- unit="days"),
+ units="days"),
rep(1,length(vec)-2),
difftime(
datasub[datasub$lot_identifiant==idlot,"ope_date_fin"],
time.sequence[vec[length(vec)]],
- unit="days")
+ units="days")
)
listei2[[i]]<-as.numeric(tps)/(as.numeric(sum(tps))) # on ramène à 1
stopifnot(all.equal(as.numeric(sum(listei2[[i]])),1))
Modified: branch0.5/stacomir/R/fn_EcritBilanJournalier.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/fn_EcritBilanJournalier.r 2016-08-16 09:19:37 UTC (rev 151)
+++ branch0.5/stacomir/R/fn_EcritBilanJournalier.r 2016-08-16 11:59:47 UTC (rev 152)
@@ -95,7 +95,7 @@
requete at baseODBC<-get("baseODBC",envir=envir_stacomi)
requete at silent=TRUE
requete at open=TRUE
- progres<-winProgressBar(title = get("msg",envir=envir_stacomi)$fn_EcritBilanJournalier.5,
+ progres<-utils::winProgressBar(title = get("msg",envir=envir_stacomi)$fn_EcritBilanJournalier.5,
label = "progression %",
min = 0,
max = 1,
Modified: branch0.5/stacomir/R/interface_graphique.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/interface_graphique.r 2016-08-16 09:19:37 UTC (rev 151)
+++ branch0.5/stacomir/R/interface_graphique.r 2016-08-16 11:59:47 UTC (rev 152)
@@ -187,7 +187,9 @@
#'
#' @param gr_interface Will be used to launch the program as graphical
#' @import stringr
-#' @import intervals
+#' @import intervals intervals
+#' @import intervals closed<-
+#' @import intervals interval_overlap
#' @import RColorBrewer
#' @import package gWidgets
#' @import package gWidgetsRGtk2
@@ -211,7 +213,16 @@
#' @import package sqldf
#' @importFrom dplyr dcast
#' @importFrom reshape2 melt
-#'
+#' @importFrom lattice barchart
+#' @importFrom lattice trellis.par.get
+#' @importFrom lattice trellis.par.set
+#' @importFrom grid gpar
+#' @importFrom grDevices x11
+#' @importFrom graphics axis.Date
+#' @importFrom graphics rect
+#' @importFrom graphics legend
+#' @importFrom graphics text
+#' @importFrom graphics axis
#' interface or in command line
#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand"at"eptb-vilaine.fr}
stacomi=function(gr_interface=TRUE){
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