[Stacomir-commits] r151 - branch0.5/stacomir/R
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Tue Aug 16 11:19:37 CEST 2016
Author: briand
Date: 2016-08-16 11:19:37 +0200 (Tue, 16 Aug 2016)
New Revision: 151
Modified:
branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationMult.r
branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationPar.r
branch0.5/stacomir/R/Bilan_stades_pigm.r
branch0.5/stacomir/R/funSousListeBilanMigrationPar.r
branch0.5/stacomir/R/interface_graphique.r
Log:
Prise en compte des commentaire Rcheck => pointe vers les packages externes avec import
Modified: branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationMult.r
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--- branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationMult.r 2016-08-15 07:17:36 UTC (rev 150)
+++ branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationMult.r 2016-08-16 09:19:37 UTC (rev 151)
@@ -784,7 +784,7 @@
ORDER BY ope_dic_identifiant,debut_pas, lot_tax_code, lot_std_code,type_de_quantite ")
}
stopifnot(all.equal(sum(datasub$value,na.rm=TRUE),sum(datasub2$value,na.rm=TRUE)))
- datasub3<-dcast(datasub2, debut_pas+fin_pas+ope_dic_identifiant+lot_tax_code+lot_std_code+type_de_quantite~lot_methode_obtention,value.var="value")
+ datasub3<-dplyr::dcast(datasub2, debut_pas+fin_pas+ope_dic_identifiant+lot_tax_code+lot_std_code+type_de_quantite~lot_methode_obtention,value.var="value")
if (!"MESURE"%in%colnames(datasub3)) datasub3$MESURE=0
if (!"CALCULE"%in%colnames(datasub3)) datasub3$CALCULE=0
if (!"EXPERT"%in%colnames(datasub3)) datasub3$EXPERT=0
Modified: branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationPar.r
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--- branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationPar.r 2016-08-15 07:17:36 UTC (rev 150)
+++ branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationPar.r 2016-08-16 09:19:37 UTC (rev 151)
@@ -212,14 +212,14 @@
if (bilanMigrationPar at parqual@data$par_nom!="aucune"& bilanMigrationPar at parquan@data$par_nom!="aucune") {# il y a des qualites et des quantites de lots
nmvarqan=gsub(" ","_",bilanMigrationPar at parquan@data$par_nom) # nom variable quantitative
colnames(bilanMigrationPar at data)<-gsub("quantite",nmvarqan,colnames(bilanMigrationPar at data))
- mb=melt(bilanMigrationPar at data,id.vars=c(1:4),measure.vars=grep(nmvarqan,colnames(bilanMigrationPar at data)))
+ mb=reshape2::melt(bilanMigrationPar at data,id.vars=c(1:4),measure.vars=grep(nmvarqan,colnames(bilanMigrationPar at data)))
# ici je ne sors que les variables quantitatives pour les graphes ulterieurs (j'ignore les effectifs)
} else if (bilanMigrationPar at parqual@data$par_nom!="aucune"){ # c'est que des caracteristiques qualitatives
- mb=melt(bilanMigrationPar at data,id.vars=c(1:4),measure.vars=grep("effectif",colnames(bilanMigrationPar at data))) # effectifs en fonction des variables qualitatives, il n'y a qu'une seule colonne
+ mb=reshape2::melt(bilanMigrationPar at data,id.vars=c(1:4),measure.vars=grep("effectif",colnames(bilanMigrationPar at data))) # effectifs en fonction des variables qualitatives, il n'y a qu'une seule colonne
} else if (bilanMigrationPar at parquan@data$par_nom!="aucune"){ # c'est que des caracteristiques quantitatives
nmvarqan=gsub(" ","_",bilanMigrationPar at parquan@data$par_nom) # nom variable quantitative
colnames(bilanMigrationPar at data)<-gsub("quantite",nmvarqan,colnames(bilanMigrationPar at data)) # je renomme la variable quant
- mb=melt(bilanMigrationPar at data,id.vars=c(1:4),measure.vars=grep(nmvarqan,colnames(bilanMigrationPar at data))) # valeurs quantitatives (il n'y a qu'une)
+ mb=reshape2::melt(bilanMigrationPar at data,id.vars=c(1:4),measure.vars=grep(nmvarqan,colnames(bilanMigrationPar at data))) # valeurs quantitatives (il n'y a qu'une)
} else if (bilanMigrationPar at parquan@data$par_nom=="aucune"&bilanMigrationPar at parqual@data$par_nom=="aucune"){
stop("normalement ce cas est impossible")
# ce cas est impossible
Modified: branch0.5/stacomir/R/Bilan_stades_pigm.r
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--- branch0.5/stacomir/R/Bilan_stades_pigm.r 2016-08-15 07:17:36 UTC (rev 150)
+++ branch0.5/stacomir/R/Bilan_stades_pigm.r 2016-08-16 09:19:37 UTC (rev 151)
@@ -159,7 +159,7 @@
#' @seealso \code{\linkS4class{Bilan_stades_pigm}}
fntablestade<-function(stades,choixpere="lotpere"){
if (choixpere=="lotpere"){
- tablestades=ftable(xtabs(stades$lot_effectif ~ stades$lot_pere +
+ tablestades=stats::ftable(stats::xtabs(stades$lot_effectif ~ stades$lot_pere +
+ stades$val_libelle))
tablestades<-tab2df(tablestades)# fonction developpee dans utilitaires
# recuperation des dates correspondant aux numeros d'operation
@@ -180,9 +180,9 @@
dates=sort(dates)
# je colle les numeros de lots peres en les reordonnant en fonction du classt des dates
} else if (choixpere=="date"){
- tablestades=ftable(xtabs(stades$lot_effectif ~ stades$ope_date_debut +
+ tablestades=stats::ftable(stats::xtabs(stades$lot_effectif ~ stades$ope_date_debut +
+ stades$val_libelle))
- print(xtabs(stades$lot_effectif ~ stades$ope_date_debut +
+ print(stats::xtabs(stades$lot_effectif ~ stades$ope_date_debut +
+ stades$val_libelle))
dates<-sort(unique(stades$ope_date_debut))
tablestades<-tab2df(tablestades) # fonction developpee dans utilitaires
Modified: branch0.5/stacomir/R/funSousListeBilanMigrationPar.r
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--- branch0.5/stacomir/R/funSousListeBilanMigrationPar.r 2016-08-15 07:17:36 UTC (rev 150)
+++ branch0.5/stacomir/R/funSousListeBilanMigrationPar.r 2016-08-16 09:19:37 UTC (rev 151)
@@ -129,7 +129,7 @@
periodePas = 0 # var temporaire pour la duree d'application d'un certain taux
# Boucle sur chaque taux et application d'un coefficient de ponderation
- for (i in 1: lenth(lesTauxEch)) {
+ for (i in 1: length(lesTauxEch)) {
# tauxI * dureeI
periodePas = datesFinTauxEch[i] - datesDebutTauxEch[i]
tauxEch = tauxEch + as.double(lesTauxEch[i]*periodePas)
Modified: branch0.5/stacomir/R/interface_graphique.r
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--- branch0.5/stacomir/R/interface_graphique.r 2016-08-15 07:17:36 UTC (rev 150)
+++ branch0.5/stacomir/R/interface_graphique.r 2016-08-16 09:19:37 UTC (rev 151)
@@ -205,6 +205,12 @@
#' @importFrom utils read.csv
#' @importFrom utils stack
#' @importFrom RODBC odbcClose
+#' @importFrom stats ftable
+#' @importFrom stats xtabs
+#' @import package RPostgreSQL
+#' @import package sqldf
+#' @importFrom dplyr dcast
+#' @importFrom reshape2 melt
#'
#' interface or in command line
#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand"at"eptb-vilaine.fr}
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