[Yuima-commits] r583 - in pkg/yuima: . R inst inst/ybook man
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Thu Jan 26 06:55:35 CET 2017
Author: iacus
Date: 2017-01-26 06:55:35 +0100 (Thu, 26 Jan 2017)
New Revision: 583
Added:
pkg/yuima/inst/ybook/
pkg/yuima/inst/ybook/chapter1.R
pkg/yuima/inst/ybook/chapter2.R
pkg/yuima/inst/ybook/chapter3.R
pkg/yuima/inst/ybook/chapter4.R
pkg/yuima/inst/ybook/chapter5.R
pkg/yuima/inst/ybook/chapter6.R
pkg/yuima/inst/ybook/chapter7.R
Modified:
pkg/yuima/DESCRIPTION
pkg/yuima/NAMESPACE
pkg/yuima/R/yuima.R
pkg/yuima/man/toLatex.Rd
Log:
added ybook R code
Modified: pkg/yuima/DESCRIPTION
===================================================================
--- pkg/yuima/DESCRIPTION 2017-01-26 01:02:31 UTC (rev 582)
+++ pkg/yuima/DESCRIPTION 2017-01-26 05:55:35 UTC (rev 583)
@@ -1,7 +1,7 @@
Package: yuima
Type: Package
Title: The YUIMA Project Package for SDEs
-Version: 1.5.6
+Version: 1.5.7
Depends: R(>= 2.10.0), methods, zoo, stats4, utils, expm, cubature, mvtnorm
Imports: Rcpp (>= 0.12.1)
Author: YUIMA Project Team
Modified: pkg/yuima/NAMESPACE
===================================================================
--- pkg/yuima/NAMESPACE 2017-01-26 01:02:31 UTC (rev 582)
+++ pkg/yuima/NAMESPACE 2017-01-26 05:55:35 UTC (rev 583)
@@ -129,6 +129,7 @@
## function which we want to expose to the user
## all other functions are used internally by the
## package
+export(ybook)
export(setYuima)
export(setModel) ## builds sde model
export(setData)
Modified: pkg/yuima/R/yuima.R
===================================================================
--- pkg/yuima/R/yuima.R 2017-01-26 01:02:31 UTC (rev 582)
+++ pkg/yuima/R/yuima.R 2017-01-26 05:55:35 UTC (rev 583)
@@ -1,4 +1,13 @@
-yuima.stop <- function(x)
+ybook <- function(chapter){
+ chapter <- as.integer(chapter[1])
+ if(chapter %in% 1:7){
+ file.show(file.path(.libPaths()[1],"yuima","ybook",sprintf("chapter%d.R",chapter)))
+ } else {
+ cat("\nPlease choose an integer number within 1 and 7")
+ }
+}
+
+yuima.stop <- function(x)
stop(sprintf("\nYUIMA: %s\n", x))
yuima.warn <- function(x)
Added: pkg/yuima/inst/ybook/chapter1.R
===================================================================
--- pkg/yuima/inst/ybook/chapter1.R (rev 0)
+++ pkg/yuima/inst/ybook/chapter1.R 2017-01-26 05:55:35 UTC (rev 583)
@@ -0,0 +1,1014 @@
+### R code from vignette source '/Users/jago/Dropbox (VOICES)/yuima-book/chapter1.Rnw'
+
+###################################################
+### code chunk number 1: chapter1.Rnw:3-6
+###################################################
+options(width=60)
+options(continue=" ")
+require(yuima)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 2: chapter1.Rnw:110-112
+###################################################
+data(cars)
+class(cars)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 3: chapter1.Rnw:115-118
+###################################################
+summary(cars)
+mod <- lm(dist~speed, data=cars)
+summary(mod)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 4: chapter1.Rnw:121-122
+###################################################
+class(mod)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 5: chapter1.Rnw:125-126
+###################################################
+methods(summary)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 6: chapter1.Rnw:130-135
+###################################################
+x <- 1:4
+x
+class(x)
+class(x) <- "lm"
+class(x)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 7: chapter1.Rnw:140-146
+###################################################
+require(stats4)
+set.seed(123)
+y <- rnorm(100, mean=1.5)
+f <- function(theta=0) -sum(dnorm(x=y, mean=theta,log=TRUE))
+fit <- mle(f)
+fit
+
+
+###################################################
+### code chunk number 8: chapter1.Rnw:149-150
+###################################################
+str(fit)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 9: chapter1.Rnw:153-154
+###################################################
+fit at coef
+
+
+###################################################
+### code chunk number 10: chapter1.Rnw:157-158
+###################################################
+showMethods(summary)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 11: chapter1.Rnw:165-166 (eval = FALSE)
+###################################################
+## install.packages("yuima")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 12: chapter1.Rnw:176-177 (eval = FALSE)
+###################################################
+## install.packages("yuima",repos="http://R-Forge.R-project.org")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 13: chapter1.Rnw:181-183 (eval = FALSE)
+###################################################
+## install.packages("yuima",repos="http://R-Forge.R-project.org",
+## type="source")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 14: chapter1.Rnw:188-189
+###################################################
+library(yuima)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 15: chapter1.Rnw:288-289
+###################################################
+mod1 <- setModel(drift = "-3*x", diffusion = "1/(1+x^2)")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 16: chapter1.Rnw:295-296
+###################################################
+str(mod1)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 17: chapter1.Rnw:302-303
+###################################################
+mod1
+
+
+###################################################
+### code chunk number 18: chapter1.Rnw:315-317
+###################################################
+mod1b <- setModel(drift = "-3*s*y", diffusion = "1/(1+y^2)",
+state.var="y", time.var="s")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 19: chapter1.Rnw:320-322
+###################################################
+tmp <- capture.output(str(mod1b))
+cat(tmp[c(2,3,4,17,19,23)],sep="\n")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 20: chapter1.Rnw:334-335
+###################################################
+mod2 <- setModel(drift = "-mu*x", diffusion = "1/(1+x^gamma)")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 21: chapter1.Rnw:340-342
+###################################################
+capture.output(str(mod2)) -> tmp
+cat(tmp[c(2,3,4,9:13,17,19,23)],sep="\n")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 22: chapter1.Rnw:345-346
+###################################################
+mod2
+
+
+###################################################
+### code chunk number 23: sim-mod1
+###################################################
+set.seed(123)
+X <- simulate(mod1)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 24: plot-mod1
+###################################################
+plot(X)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 25: chapter1.Rnw:370-374
+###################################################
+pdf("figures/plot-mod1.pdf",width=9,height=4)
+par(mar=c(4,4,0,0))
+plot(X)
+dev.off()
+
+
+###################################################
+### code chunk number 26: plot-mod1bis
+###################################################
+x0 <- 1
+set.seed(123)
+X <- simulate(mod1, xinit=x0)
+plot(X)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 27: chapter1.Rnw:390-394
+###################################################
+pdf("figures/plot-mod1bis.pdf",width=9,height=4)
+par(mar=c(4,4,0,0))
+plot(X)
+dev.off()
+
+
+###################################################
+### code chunk number 28: chapter1.Rnw:401-402
+###################################################
+str(X at data,vec.len=2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 29: chapter1.Rnw:405-406
+###################################################
+str(X at sampling,vec.len=2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 30: chapter1.Rnw:411-413
+###################################################
+tmp <- capture.output(str(X))
+cat(tmp[c(14:16,29,31,35,36)],sep="\n")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 31: chapter1.Rnw:416-417
+###################################################
+X
+
+
+###################################################
+### code chunk number 32: plot-mod1ter
+###################################################
+x0 <- 1
+set.seed(123)
+X <- simulate(mod1, xinit=x0, Initial=0.5, Terminal=1.2)
+X
+plot(X)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 33: chapter1.Rnw:428-432
+###################################################
+pdf("figures/plot-mod1ter.pdf",width=9,height=4)
+par(mar=c(4,4,0,0))
+plot(X)
+dev.off()
+
+
+###################################################
+### code chunk number 34: chapter1.Rnw:439-440
+###################################################
+str(X at sampling,vec.len=2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 35: plot-mod1b
+###################################################
+set.seed(123)
+X <- simulate(mod1b, xinit=x0)
+X
+plot(X)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 36: chapter1.Rnw:458-462
+###################################################
+pdf("figures/plot-mod1b.pdf",width=9,height=4)
+par(mar=c(4,4,0,0))
+plot(X)
+dev.off()
+
+
+###################################################
+### code chunk number 37: sim-mod2
+###################################################
+set.seed(123)
+X <- simulate(mod2,true.param=list(mu=1,gamma=3))
+plot(X)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 38: plot-mod2
+###################################################
+pdf("figures/plot-mod2.pdf",width=9,height=4)
+par(mar=c(4,4,0,0))
+plot(X)
+dev.off()
+
+
+###################################################
+### code chunk number 39: setModel1
+###################################################
+sol <- c("x1","x2") # variable for numerical solution
+b <- c("-theta*x1","-x1-gamma*x2") # drift vector
+s <- matrix(c("1","x1","0","delta","x2","0"),2,3) # diffusion matrix
+mymod <- setModel(drift = b, diffusion = s, solve.variable = sol)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 40: chapter1.Rnw:551-552
+###################################################
+samp <- setSampling(Terminal=3, n=3000)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 41: chapter1.Rnw:555-556
+###################################################
+str(samp)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 42: chapter1.Rnw:560-564
+###################################################
+set.seed(123)
+X2 <- simulate(mymod, sampling=samp,
+ true.param=list(theta=1,gamma=1,delta=1))
+X2
+
+
+###################################################
+### code chunk number 43: chapter1.Rnw:567-568
+###################################################
+str(X2 at sampling)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 44: sub1
+###################################################
+newsamp <- setSampling(
+random=list(rdist=c( function(x) rexp(x, rate=10),
+function(x) rexp(x, rate=20))) )
+str(newsamp)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 45: sub2
+###################################################
+newdata <- subsampling(X2, sampling=newsamp)
+newdata
+plot(X2,plot.type="single", lty=c(1,3),ylab="X2")
+points(get.zoo.data(newdata)[[1]],col="red")
+points(get.zoo.data(newdata)[[2]],col="green",pch=18)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 46: plot-sub2
+###################################################
+pdf("figures/plot-sub2.pdf",width=9,height=4)
+par(mar=c(4,4,0,0))
+plot(X2,plot.type="single", lty=c(1,3),ylab="X2")
+points(get.zoo.data(newdata)[[1]],col="red")
+points(get.zoo.data(newdata)[[2]],col="green",pch=18)
+dev.off()
+
+
+###################################################
+### code chunk number 47: sub3
+###################################################
+newsamp <- setSampling(Terminal=3, delta=c(0.1,0.2), n=NULL)
+newsamp
+newdata <- subsampling(X2, sampling=newsamp)
+newdata
+plot(X2,plot.type="single", lty=c(1,3),ylab="X2")
+points(get.zoo.data(newdata)[[1]],col="red")
+points(get.zoo.data(newdata)[[2]],col="green", pch=18)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 48: plot-sub3
+###################################################
+pdf("figures/plot-sub3.pdf",width=9,height=4)
+par(mar=c(4,4,0,0))
+plot(X2,plot.type="single", lty=c(1,3),ylab="X2")
+points(get.zoo.data(newdata)[[1]],col="red")
+points(get.zoo.data(newdata)[[2]],col="green", pch=18)
+dev.off()
+
+
+###################################################
+### code chunk number 49: chapter1.Rnw:629-630
+###################################################
+str(newdata at sampling)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 50: sub4
+###################################################
+set.seed(123)
+Y.sub <- simulate(mymod,sampling=setSampling(delta=0.001,n=1000),
+ subsampling=setSampling(delta=0.01,n=100),
+ true.par=list(theta=1,delta=1,gamma=1))
+set.seed(123)
+Y <- simulate(mymod, sampling=setSampling(delta=0.001,n=1000),
+ true.par=list(theta=1,delta=1,gamma=1))
+plot(Y, plot.type="single")
+points(get.zoo.data(Y.sub)[[1]],col="red")
+points(get.zoo.data(Y.sub)[[2]],col="green",pch=18)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 51: plot-sub4
+###################################################
+pdf("figures/plot-sub4.pdf",width=9,height=4)
+par(mar=c(4,4,0,0))
+plot(Y, plot.type="single")
+points(get.zoo.data(Y.sub)[[1]],col="red")
+points(get.zoo.data(Y.sub)[[2]],col="green",pch=18)
+dev.off()
+
+
+###################################################
+### code chunk number 52: sub5
+###################################################
+plot(Y.sub, plot.type="single")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 53: plot-sub5
+###################################################
+pdf("figures/plot-sub5.pdf",width=9,height=4)
+par(mar=c(4,4,0,0))
+plot(Y.sub, plot.type="single")
+dev.off()
+
+
+###################################################
+### code chunk number 54: chapter1.Rnw:675-677
+###################################################
+Y
+Y.sub
+
+
+###################################################
+### code chunk number 55: chapter1.Rnw:681-682 (eval = FALSE)
+###################################################
+## my.yuima <- setYuima(data=setData(X), model=mod)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 56: chapter1.Rnw:688-690
+###################################################
+data <- read.csv("http://chart.yahoo.com/table.csv?s=IBM&g=d&x=.csv",
+ stringsAsFactor=FALSE)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 57: chapter1.Rnw:694-695
+###################################################
+head(data)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 58: chapter1.Rnw:698-700
+###################################################
+tmp <- zoo(data$Close,order.by=as.Date(data$Date, format="%Y-%m-%d"))
+str(tmp)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 59: chapter1.Rnw:704-706
+###################################################
+x <- setYuima(data=setData(tmp))
+str(x at data)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 60: chapter1.Rnw:713-715
+###################################################
+y <- setYuima(data=setData(tmp, delta=1/252))
+str(y at data)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 61: setData
+###################################################
+plot(x, main="data with the original time stamps")
+plot(y, main="time stamps of data rescaled")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 62: plot-setData
+###################################################
+pdf("figures/plot-setData.pdf",width=9,height=6)
+par(mar=c(4,4,2,0), mfrow=c(2,1))
+plot(x, main="data with the original time stamps")
+plot(y, main="time stamps of data rescaled")
+dev.off()
+
+
+###################################################
+### code chunk number 63: chapter1.Rnw:736-738
+###################################################
+x
+y
+
+
+###################################################
+### code chunk number 64: quantmod
+###################################################
+library(quantmod)
+getSymbols("IBM")
+attr(IBM, "src")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 65: chapter1.Rnw:753-755
+###################################################
+getSymbols("IBM",src="google")
+attr(IBM, "src")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 66: chapter1.Rnw:758-763
+###################################################
+getSymbols("DEXUSEU",src="FRED")
+attr(DEXUSEU, "src")
+getSymbols("EUR/USD",src="oanda")
+attr(EURUSD, "src")
+str(EURUSD)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 67: chapter1.Rnw:768-771
+###################################################
+require(fImport)
+X <- yahooSeries("IBM")
+str(X)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 68: chapter1.Rnw:774-776
+###################################################
+X <- yahooImport("IBM")
+str(X)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 69: chapter1.Rnw:783-789
+###################################################
+library(tseries)
+x <- get.hist.quote("IBM")
+str(x)
+x <- get.hist.quote(instrument = "EUR/USD", provider = "oanda",
+ start = Sys.Date() - 300)
+str(x)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 70: chapter1.Rnw:801-803
+###################################################
+mydat <- get.zoo.data(y)[[1]]
+str(mydat)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 71: chapter1.Rnw:806-808
+###################################################
+str(y at data@original.data)
+head(y at data@original.data)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 72: chapter1.Rnw:826-829
+###################################################
+set.seed(123)
+some.data <- rnorm(12)
+str(some.data)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 73: chapter1.Rnw:832-834
+###################################################
+X <- ts(some.data, frequency = 4, start = c(1961, 2))
+X
+
+
+###################################################
+### code chunk number 74: chapter1.Rnw:837-840
+###################################################
+set.seed(123)
+X <- ts(some.data, start = c(1964, 2), frequency = 12)
+X
+
+
+###################################################
+### code chunk number 75: chapter1.Rnw:845-850
+###################################################
+time(X)[1:12]
+deltat(X)
+start(X)
+end(X)
+frequency(X)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 76: chapter1.Rnw:853-854
+###################################################
+window(X, frequency=4)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 77: chapter1.Rnw:860-864
+###################################################
+require(zoo)
+X <- zoo( some.data )
+X
+str(X)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 78: chapter1.Rnw:867-868
+###################################################
+index(X)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 79: chapter1.Rnw:871-873
+###################################################
+rtimes <- cumsum(rexp(12,rate=0.2))
+rtimes
+
+
+###################################################
+### code chunk number 80: chapter1.Rnw:876-879
+###################################################
+X <- zoo( rnorm(12), order.by = rtimes)
+X
+str(X)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 81: chapter1.Rnw:882-884
+###################################################
+Xreg <- zooreg(some.data, start = c(1964, 2), frequency = 12)
+time(Xreg)[1:12]
+
+
+###################################################
+### code chunk number 82: chapter1.Rnw:887-890
+###################################################
+Y <- as.ts(X)
+time(X)
+time(Y)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 83: chapter1.Rnw:894-900
+###################################################
+require(xts)
+my.time.stamps <- as.Date(rtimes)
+my.time.stamps
+X <- xts( some.data , order.by = my.time.stamps)
+X
+str(X)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 84: chapter1.Rnw:905-911
+###################################################
+X.ts <- ts(some.data, start = c(1964, 2), frequency = 12)
+X.ts
+X.zoo <- as.zoo(X.ts)
+X.zoo
+X.xts <- as.xts(X.ts)
+X.xts
+
+
+###################################################
+### code chunk number 85: xts
+###################################################
+plot(X)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 86: chapter1.Rnw:919-923
+###################################################
+pdf("figures/plot-xts.pdf",width=9,height=4)
+par(mar=c(4,4,2,0))
+plot(X)
+dev.off()
+
+
+###################################################
+### code chunk number 87: chapter1.Rnw:936-940
+###################################################
+require(tseries)
+X <- irts( rtimes, some.data)
+X
+str(X)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 88: chapter1.Rnw:946-950
+###################################################
+require(timeSeries)
+X <- timeSeries( some.data, my.time.stamps)
+X
+str(X)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 89: chapter1.Rnw:959-961
+###################################################
+d <- ISOdate(2008,7,3)
+d
+
+
+###################################################
+### code chunk number 90: chapter1.Rnw:964-965
+###################################################
+args(ISOdate)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 91: chapter1.Rnw:969-970
+###################################################
+class(d)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 92: chapter1.Rnw:973-975
+###################################################
+names(as.POSIXlt(d))
+unlist(as.POSIXlt(d))
+
+
+###################################################
+### code chunk number 93: chapter1.Rnw:979-993
+###################################################
+format(d,"%a") # week day
+format(d,"%A")
+
+format(d,"%b") # month
+format(d,"%B")
+
+format(d,"%c") # full date
+
+format(d,"%D") # yy/dd/mm
+format(d,"%T") # hh:mm:ss
+
+format(d,"%A %B %d %H:%M:%S %Y")
+format(d,"%A %d/%m/%Y")
+format(d,"%d/%m/%Y (%A)")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 94: chapter1.Rnw:997-999
+###################################################
+x <- c("10jan1962", "2feb1970", "11jul2011", "27jun1968")
+strptime(x, "%d%b%Y")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 95: chapter1.Rnw:1002-1007
+###################################################
+Sys.getlocale()
+Sys.setlocale("LC_ALL", "it_it")
+strptime(x, "%d%b%Y")
+Sys.setlocale("LC_ALL", "en_GB")
+strptime(x, "%d%b%Y")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 96: chapter1.Rnw:1010-1012
+###################################################
+format(ISOdate(2006,6,9),"%H:%M:%S")
+format(as.POSIXct("2006-06-09"),"%H:%M:%S")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 97: chapter1.Rnw:1016-1018
+###################################################
+holidayNYSE()
+holidayNERC()
+
+
+###################################################
+### code chunk number 98: chapter1.Rnw:1021-1022
+###################################################
+ISOdate(2006,7,10) - ISOdate(2005, 3, 1)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 99: chapter1.Rnw:1025-1027
+###################################################
+my.dates <- timeDate(c("2001-01-09", "2001-02-25"))
+diff(my.dates)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 100: chapter1.Rnw:1030-1031
+###################################################
+listFinCenter("America*")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 101: chapter1.Rnw:1034-1038
+###################################################
+dA <- timeDate("2011-02-05", Fin="Europe/Zurich")
+dB <- timeDate("2016-01-22", Fin="America/Chicago")
+dA
+dB
+
+
+###################################################
+### code chunk number 102: chapter1.Rnw:1046-1050
+###################################################
+set.seed(123)
+mydata <- rnorm(9)
+chardata <- sprintf("2010-0%s-01", 9:1)
+chardata
+
+
+###################################################
+### code chunk number 103: chapter1.Rnw:1053-1056
+###################################################
+X1 <- zoo(mydata, as.Date(chardata))
+X2 <- xts(mydata, as.Date(chardata))
+X3 <- timeSeries(mydata, chardata)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 104: chapter1.Rnw:1059-1062
+###################################################
+X1
+X2
+X3
+
+
+###################################################
+### code chunk number 105: chapter1.Rnw:1065-1071
+###################################################
+zA <- zoo(mydata, as.POSIXct(chardata))
+zB <- zoo(mydata, ISOdatetime(2016, 9:1, 1, 0,0,0))
+zC <- zoo(mydata, ISOdate(2016, 9:1, 1, 0))
+zA
+zB
+zC
+
+
+###################################################
+### code chunk number 106: chapter1.Rnw:1076-1090
+###################################################
+set.seed(123)
+val1 <- rnorm(9)
+val2 <- rnorm(6)
+mydate1 <- ISOdate(2016,1:9,1)
+mydate2 <- ISOdate(2015,6:11,1)
+Z1 <- zoo(val1, mydate1)
+Z2 <- zoo(val2, mydate2)
+rbind(Z1,Z2)
+X1 <- xts(val1, mydate1)
+X2 <- xts(val2, mydate2)
+rbind(X1,X2)
+W1 <- timeSeries(val1, mydate1)
+W2 <- timeSeries(val2, mydate2)
+rbind(W1,W2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 107: chapter1.Rnw:1093-1095
+###################################################
+mydate2 <- ISOdate(2016,4:9,1)
+Z2 <- zoo(val2, mydate2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 108: chapter1.Rnw:1098-1099 (eval = FALSE)
+###################################################
+## rbind(Z1,Z2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 109: chapter1.Rnw:1101-1102
+###################################################
+cat(unclass(try(rbind(Z1,Z2))))
+
+
+###################################################
+### code chunk number 110: chapter1.Rnw:1105-1109
+###################################################
+X2 <- xts(val2, mydate2)
+rbind(X1,X2)
+W2 <- timeSeries(val2, mydate2)
+rbind(W1,W2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 111: chapter1.Rnw:1113-1115
+###################################################
+merge(Z1,Z2)
+merge(X1,X2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 112: chapter1.Rnw:1118-1119
+###################################################
+merge(W1,W2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 113: chapter1.Rnw:1122-1124
+###################################################
+W2 <- timeSeries(val2, mydate2, units="MyData")
+merge(W1,W2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 114: chapter1.Rnw:1127-1131
+###################################################
+mydate1 <- ISOdate(2016,1:9,1)
+mydate2 <- ISOdate(2015,6:11,1)
+W1 <- timeSeries(val1, mydate1)
+W2 <- timeSeries(val2, mydate2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 115: chapter1.Rnw:1134-1135
+###################################################
+rbind(W1,W2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 116: chapter1.Rnw:1138-1139
+###################################################
+rbind(W2,W1)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 117: chapter1.Rnw:1142-1144
+###################################################
+sort( rbind(W2,W1) )
+sort( rbind(W2,W1), decr=TRUE)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 118: chapter1.Rnw:1147-1149
+###################################################
+W2
+rev(W2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 119: chapter1.Rnw:1155-1158
+###################################################
+require(sde)
+data(quotes)
+str(quotes)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 120: chapter1.Rnw:1162-1164
+###################################################
+quotes[2,2:4]
+quotes[10:20,"INTEL"]
+
+
+###################################################
+### code chunk number 121: chapter1.Rnw:1167-1168
+###################################################
+quotes$INTEL[10:20]
+
+
+###################################################
+### code chunk number 122: chapter1.Rnw:1171-1174
+###################################################
+mydate <- as.Date(sprintf("2006-08-%.2d",20:10))
+mydate
+quotes[mydate, 5:9]
+
+
+###################################################
+### code chunk number 123: chapter1.Rnw:1178-1181
+###################################################
+initial <- as.Date("2007-05-15")
+terminal <- as.Date("2007-05-21")
+quotes[ (time(quotes) >= initial) & (time(quotes)<= terminal), 4:9]
+
+
+###################################################
+### code chunk number 124: chapter1.Rnw:1188-1190
+###################################################
+mod2 <- setModel(drift = "-mu*x", diffusion = "1/(1+x^gamma)")
+mod2
+
+
+###################################################
+### code chunk number 125: chapter1.Rnw:1193-1194
+###################################################
+toLatex(mod2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 126: chapter1.Rnw:1197-1198
+###################################################
+toLatex(mod2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 127: chapter1.Rnw:1201-1205
+###################################################
+sol <- c("x1","x2") # variable for numerical solution
+b <- c("-theta*x1","-x1-gamma*x2") # drift vector
+s <- matrix(c("1","x1","0","delta","x2","0"),2,3) # diff. matrix
+mymod <- setModel(drift = b, diffusion = s, solve.variable = sol)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 128: chapter1.Rnw:1208-1209
+###################################################
+toLatex(mymod)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 129: chapter1.Rnw:1217-1218 (eval = FALSE)
+###################################################
+## install.packages("yuimaGUI")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 130: chapter1.Rnw:1222-1224 (eval = FALSE)
+###################################################
+## library(yuimaGUI)
+## yuimaGUI()
+
+
Added: pkg/yuima/inst/ybook/chapter2.R
===================================================================
--- pkg/yuima/inst/ybook/chapter2.R (rev 0)
+++ pkg/yuima/inst/ybook/chapter2.R 2017-01-26 05:55:35 UTC (rev 583)
@@ -0,0 +1,1485 @@
+### R code from vignette source '/Users/jago/Dropbox (VOICES)/yuima-book/chapter2.Rnw'
+
+###################################################
+### code chunk number 1: chapter2.Rnw:3-6
+###################################################
+options(width=60)
+options(continue=" ")
+require(yuima)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 2: chapter2.Rnw:25-28
+###################################################
+mod1 <- setModel(drift = "-3*x", diffusion = "1/(1+x^2)",
+ xinit="rnorm(1)")
+str(mod1)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 3: plot-mod1diff
+###################################################
+set.seed(123)
+x1 <- simulate(mod1)
+x2 <- simulate(mod1)
+par(mfrow=c(1,2))
+plot(x1)
+plot(x2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 4: chapter2.Rnw:42-51
+###################################################
+pdf("figures/plot-mod1diff.pdf",width=9,height=4)
+par(mar=c(4,4,0,0))
+set.seed(123)
+x1 <- simulate(mod1)
+x2 <- simulate(mod1)
+par(mfrow=c(1,2))
+plot(x1)
+plot(x2)
+dev.off()
+
+
+###################################################
+### code chunk number 5: chapter2.Rnw:58-62
+###################################################
+mod2 <- setModel(drift = "-3*x", diffusion = "1/(1+x^2)",
+ xinit="rnorm(1, mean=mu)")
+mod2
+str(mod2)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 6: chapter2.Rnw:66-67 (eval = FALSE)
+###################################################
+## x <- simulate(mod2, true.par=list(mu=1))
+
+
+###################################################
+### code chunk number 7: plot-mod1diff2
+###################################################
+mod1 <- setModel(drift = "-3*x", diffusion = "1/(1+x^2)")
+set.seed(123)
+x1 <- simulate(mod1, xinit=1)
[TRUNCATED]
To get the complete diff run:
svnlook diff /svnroot/yuima -r 583
More information about the Yuima-commits
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