[Stacomir-commits] r163 - pkg/stacomir/inst/config
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Fri Aug 19 21:54:53 CEST 2016
Author: briand
Date: 2016-08-19 21:54:53 +0200 (Fri, 19 Aug 2016)
New Revision: 163
Added:
pkg/stacomir/inst/config/generate_Roxygen2.R
pkg/stacomir/inst/config/generate_data.R
pkg/stacomir/inst/config/libraries.r
pkg/stacomir/inst/config/stacomi_manual_launch.r
pkg/stacomir/inst/config/testfile.R
pkg/stacomir/inst/config/testthat.R
Removed:
pkg/stacomir/inst/config/stacomi.r
Log:
Copied: pkg/stacomir/inst/config/generate_Roxygen2.R (from rev 161, branch0.5/stacomir/inst/config/generate_Roxygen2.R)
===================================================================
--- pkg/stacomir/inst/config/generate_Roxygen2.R (rev 0)
+++ pkg/stacomir/inst/config/generate_Roxygen2.R 2016-08-19 19:54:53 UTC (rev 163)
@@ -0,0 +1,32 @@
+# TODO: Add comment
+#
+# Author: cedric.briand
+###############################################################################
+
+install.packages("roxygen2")
+install.packages("Rd2roxygen") # reverse documentation
+####################"
+# reversing documentation
+######################"
+require(Rd2roxygen)
+setwd("F:/workspace/stacomir/branch0.5/")
+Rd2roxygen(pkg="stacomir")
+#########"
+# pour les classes S4
+##########
+files<-list.files("F:/workspace/stacomir/branch0.5/stacomir/man")
+files<-files[grep("class",files)]
+for (i in 1:length(files)){
+parse_and_save(stringr::str_c("F:/workspace/stacomir/branch0.5/stacomir/man/",files[i]),
+ gsub(".rd","",stringr::str_c("F:/temp/",files[i])))
+}
+#########################""
+# Building documentation
+######################
+#use either :
+require(devtools)
+document("F:/workspace/stacomir/branch0.5/stacomir")
+# or :
+#vignette("roxygen2")
+require(roxygen2)
+roxygen2::roxygenise("F:/workspace/stacomir/branch0.5/stacomir");warnings()[1:10]
\ No newline at end of file
Copied: pkg/stacomir/inst/config/generate_data.R (from rev 161, branch0.5/stacomir/inst/config/generate_data.R)
===================================================================
--- pkg/stacomir/inst/config/generate_data.R (rev 0)
+++ pkg/stacomir/inst/config/generate_data.R 2016-08-19 19:54:53 UTC (rev 163)
@@ -0,0 +1,11 @@
+#################################
+# generates dataset for BilanMigrationMult
+# from iav three dc with eels
+##################################
+bMM_Arzal=new("BilanMigrationMult")
+bMM_Arzal=load(bMM_Arzal,
+dc=c(5,6,12),
+taxons=c("Anguilla anguilla"),
+stades=c("AGG","AGJ","CIV"),datedebut="2011-01-01",datefin="2011-12-31")
+bMM_Arzal<-connect(bMM_Arzal)
+devtools::use_data(bMM_Arzal,internal=FALSE,overwrite=TRUE)
\ No newline at end of file
Copied: pkg/stacomir/inst/config/libraries.r (from rev 161, branch0.5/stacomir/inst/config/libraries.r)
===================================================================
--- pkg/stacomir/inst/config/libraries.r (rev 0)
+++ pkg/stacomir/inst/config/libraries.r 2016-08-19 19:54:53 UTC (rev 163)
@@ -0,0 +1,41 @@
+#' function to call and load the libraries used in stacomi
+#'
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand"at"eptb-vilaine.fr}
+libraries=function() {
+necessary = c( 'RODBC','ggplot2','gWidgets','gWidgetsRGtk2',
+ 'lattice','RColorBrewer','Rcmdr','xtable','scales','reshape2','grid','stringr','intervals','sqldf','RPostgreSQL') # 'tcltk2','XML', 'Hmisc''svMisc''proto''R2HTML'
+if(!all(necessary %in% installed.packages()[, 'Package']))
+ install.packages(necessary[!necessary %in% installed.packages()[, 'Package']], dependencies = TRUE)
+#if (!'XML'%in%installed.packages()[, 'Package']) install.packages("XML", repos = "http://www.omegahat.org/R")
+#require('tcltk2')
+require('ggplot2')
+#require('gWidgets') # already called by depends
+#require('RODBC')
+##require('Hmisc')
+options(guiToolkit = "RGtk2")
+#require('lattice')
+#require('RColorBrewer')
+require('stacomirtools')
+#require('RODBC')
+##require('R2HTML')
+##require('proto')
+#require('xtable')
+##require('Hmisc')
+##if(require('XML')) library('XML')
+##require('svMisc')
+#require('stringr')
+#require('grid')
+#require('reshape2')
+#require('scales')
+#require('intervals')
+##require('Rcmdr') not done there as is causes the interface to load
+#require('sqldf')
+#require('RPostgreSQL')
+
+}
+ # pour sa fonction Calendar
+#require('sma')# fonction is.odd
+
+
+
+
Deleted: pkg/stacomir/inst/config/stacomi.r
===================================================================
--- pkg/stacomir/inst/config/stacomi.r 2016-08-19 19:54:25 UTC (rev 162)
+++ pkg/stacomir/inst/config/stacomi.r 2016-08-19 19:54:53 UTC (rev 163)
@@ -1,112 +0,0 @@
-# Nom fichier : stacomi
-# Projet : controle migrateur
-# Organisme : IAV/ONEMA
-# Auteur : Cedric Briand
-# Contact : cedric.briand"at"eptb-vilaine.fr
-# Date de creation : 11/04/2006 15:51:44
-# Compatibilite : PostgreSQL 8.4
-# R 2.10.1
-# Etat : fonctionne
-# Description interface principale, fonction de lancement
-# chargement des librairies
-#**********************************************************************
-# initiation des parametres en fonctions des utilisateurs
-rm(list=ls(all=TRUE))
-# les donnees sont stockees dans un fichier xml stocke dans le repertoire par defaut,
-# ce fichier peut etre edite pour modifier des parametres
-
-## lancement du programme proprement dit
-# if (exists("group")) {rm(group)}
-# if (exists("graphes")) {rm(graphes) }
-#ci dessous en lancement manuel il est necessaire d'indiquer le chemin du repertoire de travail
-# avant toute chose
-#require(XML)
-options(guiToolkit = "RGtk2")
-filecsv="C:/Program Files/stacomi/calcmig.csv"
-doc<-read.csv(filecsv,header=TRUE,sep=";")
-tableau_config = t(doc)
-
-les_utilisateurs <- tableau_config[1]
-datawd=tableau_config["datawd",]
-assign("datawd",datawd,envir=envir_stacomi)
-pgwd=tableau_config["pgwd",]
-baseODBC=c(tableau_config["lienODBC",],tableau_config["uid",],tableau_config["pwd",])
-setwd(pgwd)
-# pour voir apparaitre toutes les requ�tes dans R
-# assign("showmerequest",1,envir=envir_stacomi)
-source ("libraries.r")
-
-libraries()
-
-source("utilitaires.r") # contient funout (pour ecrire dans la console) et filechoose
-source("messages.R")
-source("fn_table_per_dis.r")
-source("fn_sql_dis.r")
-source("funtraitementdate.r")
-#source("vector_to_listsql.r")
-source("funstatJournalier.r")
-source("fn_EcritBilanMensuel.r")
-source("fn_EcritBilanJournalier.r")
-
-#listes de connection a la base de donnee (programmation S4)
-source("create_generic.r")
-#cree les fonctions generiques et l'environnement envir_stacomi
-source("RefDF.r")
-source("RefDC.r")
-source ("RefTaxon.r")
-source("RefStades.r")
-source("PasdeTemps.r")
-source("PasDeTempsJournalier.r")
-source("Refpar.r")
-source("Refparquan.r")
-source("Refparqual.r")
-source("RefAnnee.r")
-source("RefCoe.r") # coeff de conversion poids effectif
-source("RefListe.r") #liste de donnees pour un choice
-source("RefChoix.r")
-source("ReftextBox.r")
-source("RefCheckBox.r")
-source("RefPoidsMoyenPeche.r")
-source("RefStationMesure.r")
-source("Refperiode.r")
-source("RefHorodate.r")
-source("RefMsg.r")
-source("BilanFonctionnementDC.r")
-source("BilanFonctionnementDF.r")
-source("BilanMigration.r")
-source("BilanConditionEnv.r")
-source("BilanMigrationConditionEnv.r")
-source("BilanMigrationPar.r")
-source("BilanMigrationInterAnnuelle.r")
-source("Bilan_lot.r")
-source("Bilan_taille.r")
-source("Bilan_poids_moyen.r")
-source("BilanEspeces.r")
-source("Bilan_stades_pigm.r")
-source("setAs.r")
-#source ("ggplot_user_interface.r")
-#ggplot_user_interface()
-
-# fonctions
-source("funSousListeBilanMigration.r")
-source("funSousListeBilanMigrationPar.R")
-source("funBilanMigrationAnnuel.R")
-source("funtraitement_poids.r")
-source("fungraph_civelle.r")
-source("fungraph.r")
-source("fungraph_env.r")
-source("funstat.r")
-source("funtable.r")
-source("interface_BilanMigrationInterAnnuelle.r")
-source("interface_Bilan_lot.r")
-source("interface_bilan_poids_moyen.r")
-source("interface_Bilan_taille.r")
-source("interface_BilanConditionEnv.r")
-source("interface_BilanMigration.r")
-source("interface_BilanMigrationConditionEnv.r")
-source("interface_BilanMigrationPar.r")
-source("interface_BilanFonctionnementDC.r")
-source("interface_BilanFonctionnementDF.r")
-source("interface_graphique.r")
-# interface_BilanEspeces dans BilanEspeces
- stacomi(gr_interface=TRUE)
\ No newline at end of file
Copied: pkg/stacomir/inst/config/stacomi_manual_launch.r (from rev 161, branch0.5/stacomir/inst/config/stacomi_manual_launch.r)
===================================================================
--- pkg/stacomir/inst/config/stacomi_manual_launch.r (rev 0)
+++ pkg/stacomir/inst/config/stacomi_manual_launch.r 2016-08-19 19:54:53 UTC (rev 163)
@@ -0,0 +1,116 @@
+# Nom fichier : stacomi
+# Projet : controle migrateur
+# Organisme : IAV/ONEMA
+# Auteur : Cedric Briand
+# Contact : cedric.briand"at"eptb-vilaine.fr
+# Date de creation : 11/04/2006 15:51:44
+# Compatibilite : PostgreSQL 8.4
+# R 2.10.1
+# Etat : fonctionne
+# Description interface principale, fonction de lancement
+# chargement des librairies
+#**********************************************************************
+# initiation des parametres en fonctions des utilisateurs
+rm(list=ls(all=TRUE))
+# les donnees sont stockees dans un fichier xml stocke dans le repertoire par defaut,
+# ce fichier peut etre edite pour modifier des parametres
+
+## lancement du programme proprement dit
+# if (exists("group")) {rm(group)}
+# if (exists("graphes")) {rm(graphes) }
+#ci dessous en lancement manuel il est necessaire d'indiquer le chemin du repertoire de travail
+# avant toute chose
+#require(XML)
+options(guiToolkit = "RGtk2")
+filecsv="C:/Program Files/stacomi/calcmig.csv"
+doc<-read.csv(filecsv,header=TRUE,sep=";")
+tableau_config = t(doc)
+
+les_utilisateurs <- tableau_config[1]
+#datawd=tableau_config["datawd",]
+#assign("datawd",datawd,envir=envir_stacomi)
+pgwd=tableau_config["pgwd",]
+baseODBC=c(tableau_config["lienODBC",],tableau_config["uid",],tableau_config["pwd",])
+setwd(pgwd)
+# pour voir apparaitre toutes les requetes dans R
+# assign("showmerequest",1,envir=envir_stacomi)
+source ("F:/workspace/stacomir/branch0.5/stacomir/inst/config/libraries.r")
+
+libraries()
+
+source("utilitaires.r") # contient funout (pour ecrire dans la console) et filechoose
+source("messages.R")
+source("fn_table_per_dis.r")
+source("fn_sql_dis.r")
+source("funtraitementdate.r")
+#source("vector_to_listsql.r")
+source("funstatJournalier.r")
+source("fn_EcritBilanMensuel.r")
+source("fn_EcritBilanJournalier.r")
+
+#listes de connection a la base de donnee (programmation S4)
+source("create_generic.r")
+#cree les fonctions generiques et l'environnement envir_stacomi
+source("RefDF.r")
+source("RefDC.r")
+source ("RefTaxon.r")
+source("RefStades.r")
+source("PasdeTemps.r")
+source("PasDeTempsJournalier.r")
+source("Refpar.r")
+source("Refparquan.r")
+source("Refparqual.r")
+source("RefAnnee.r")
+source("RefCoe.r") # coeff de conversion poids effectif
+source("RefListe.r") #liste de donnees pour un choice
+source("RefChoix.r")
+source("ReftextBox.r")
+source("RefCheckBox.r")
+source("RefPoidsMoyenPeche.r")
+source("RefStationMesure.r")
+source("Refperiode.r")
+source("RefHorodate.r")
+source("RefMsg.r")
+source("BilanFonctionnementDC.r")
+source("BilanFonctionnementDF.r")
+source("BilanMigration.r")
+source("BilanMigrationMult.r")
+source("BilanConditionEnv.r")
+source("BilanMigrationConditionEnv.r")
+source("BilanMigrationPar.r")
+source("BilanMigrationInterAnnuelle.r")
+source("Bilan_carlot.r")
+source("Bilan_taille.r")
+source("Bilan_poids_moyen.r")
+source("BilanEspeces.r")
+source("Bilan_stades_pigm.r")
+source("setAs.r")
+#source ("ggplot_user_interface.r")
+#ggplot_user_interface()
+
+# fonctions
+source("funSousListeBilanMigration.r")
+source("funSousListeBilanMigrationPar.R")
+source("funBilanMigrationAnnuel.R")
+source("funtraitement_poids.r")
+source("fungraph_civelle.r")
+source("fungraph.r")
+source("fungraph_env.r")
+source("funstat.r")
+source("funtable.r")
+source("interface_BilanMigrationInterAnnuelle.r")
+source("interface_Bilan_lot.r")
+source("interface_bilan_poids_moyen.r")
+source("interface_Bilan_taille.r")
+source("interface_BilanConditionEnv.r")
+source("interface_BilanMigration.r")
+source("interface_BilanMigrationConditionEnv.r")
+source("interface_BilanMigrationPar.r")
+source("interface_BilanFonctionnementDC.r")
+source("interface_BilanFonctionnementDF.r")
+source("interface_BilanMigrationMult.r")
+source("stacomi.r")
+# interface_BilanEspeces dans BilanEspeces
+ stacomi(gr_interface=FALSE)
+ # pour aller chercher les donnees
+ setwd("F:/workspace/stacomir/branch0.5/stacomir")
Copied: pkg/stacomir/inst/config/testfile.R (from rev 161, branch0.5/stacomir/inst/config/testfile.R)
===================================================================
--- pkg/stacomir/inst/config/testfile.R (rev 0)
+++ pkg/stacomir/inst/config/testfile.R 2016-08-19 19:54:53 UTC (rev 163)
@@ -0,0 +1,73 @@
+source("F:/workspace/stacomir/branch0.5/stacomir/inst/config/stacomi.r")
+# interface_graphique()
+bilanMigrationMult=new("BilanMigrationMult")
+
+
+
+bilanMigrationMult=load(bilanMigrationMult,
+dc=c(5,6,12),
+taxons=c("Anguilla anguilla"),
+stades=c("AGG","AGJ","CIV"),datedebut="2011-01-01",datefin="2011-12-31")
+
+bilanMigrationMult=calcule(bilanMigrationMult)
+hbilanMigrationMultgraph()
+hbilanMigrationMultgraph2()
+hbilanMigrationMultgraph3()
+
+
+source("F:/workspace/stacomir/branch0.5/stacomir/inst/config/stacomi.r")
+# les options sont récupérées par défaut...
+# je les change pour les tests sur migration
+ls(envir=envir_stacomi) # liste des objects présents dans l'environnement de travail créé par le package
+baseODBC<-get("baseODBC",envir=envir_stacomi)
+baseODBC[c(2,3)]<-rep("migradour",2)
+# réassignation dans l'environnement de travail
+assign("baseODBC",baseODBC,envir_stacomi)
+sch<-get("sch",envir=envir_stacomi) # "iav."
+assign("sch","migradour.",envir_stacomi)
+rm(baseODBC,sch) # j'enlève les objects de l'environnement global
+
+options(sqldf.RPostgreSQL.user = "migradour",
+ sqldf.RPostgreSQL.password ="migradour",
+ sqldf.RPostgreSQL.dbname = "bd_contmig_nat",
+ sqldf.RPostgreSQL.host = "localhost",# 1.100.1.6
+ sqldf.RPostgreSQL.port = "5432")
+sqldf("SELECT
+ouv_sta_code as sta_code,
+ouv_code,
+ouv_libelle,
+dis2.dis_identifiant as df,
+dis2.dis_commentaires as df_commentaires,
+dif_code,
+dis1.dis_identifiant as dc,
+dis1.dis_commentaires as dc_commentaires,
+dic_code
+from migradour.tg_dispositif_dis dis1
+JOIN migradour.t_dispositifcomptage_dic ON dic_dis_identifiant=dis_identifiant
+JOIN migradour.t_dispositiffranchissement_dif dif ON dic_dif_identifiant=dif_dis_identifiant
+JOIN migradour.tg_dispositif_dis dis2 ON dif_dis_identifiant=dis2.dis_identifiant
+JOIN migradour.t_ouvrage_ouv ouv ON dif_ouv_identifiant=ouv_identifiant")
+#1 ArtixPasse 20
+#2 SordePasse 32
+#3 SCqAscenseur 22
+#4 GuerlainPasse 33
+#5 SoeixPasse 34
+#6 CherautePasse 35
+#7 ChopoloPasse 36
+#8 OlhaPasse 39
+#9 HalsouPasse 37
+#10 UxondoaPasse 38
+#11 MasseysPasse 40
+#12 PuyooPasse 43
+# Baigts ?
+# interface_graphique() # pour lancer avec l'interface
+bilanMigrationMult=new("BilanMigrationMult")
+bilanMigrationMult=load(bilanMigrationMult,dc=c(20,22,32,33,34,35,36,37,38,39,40),
+ taxons=c("Oncorhynchus mykiss","Salmo salar","Salmo trutta trutta"),
+ stades=c("11","IND","SML"),
+ datedebut="01/01/2013",
+ datefin="31/12/2013")
+bilanMigrationMult=calcule(bilanMigrationMult)
+hbilanMigrationMultgraph()
+hbilanMigrationMultgraph3()
+
Copied: pkg/stacomir/inst/config/testthat.R (from rev 161, branch0.5/stacomir/inst/config/testthat.R)
===================================================================
--- pkg/stacomir/inst/config/testthat.R (rev 0)
+++ pkg/stacomir/inst/config/testthat.R 2016-08-19 19:54:53 UTC (rev 163)
@@ -0,0 +1,7 @@
+# TODO: Add comment
+#
+# Author: cedric.briand
+###############################################################################
+
+require(testthat)
+test_dir("F:/workspace/stacomir/branch0.5/stacomir/inst/test")
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