[Stacomir-commits] r158 - in branch0.5/stacomir: . R examples/01_BilanMigrationMult
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Thu Aug 18 14:16:03 CEST 2016
Author: briand
Date: 2016-08-18 14:16:03 +0200 (Thu, 18 Aug 2016)
New Revision: 158
Modified:
branch0.5/stacomir/DESCRIPTION
branch0.5/stacomir/NAMESPACE
branch0.5/stacomir/R/BilanConditionEnv.r
branch0.5/stacomir/R/BilanEspeces.r
branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDC.r
branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDF.r
branch0.5/stacomir/R/BilanMigration.r
branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationConditionEnv.r
branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationInterAnnuelle.r
branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationMult.r
branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationPar.r
branch0.5/stacomir/R/Bilan_carlot.r
branch0.5/stacomir/R/Bilan_poids_moyen.r
branch0.5/stacomir/R/Bilan_stades_pigm.r
branch0.5/stacomir/R/Bilan_taille.r
branch0.5/stacomir/R/PasdeTemps.r
branch0.5/stacomir/R/RefHorodate.r
branch0.5/stacomir/R/RefListe.r
branch0.5/stacomir/R/RefPoidsMoyenPeche.r
branch0.5/stacomir/R/RefStades.r
branch0.5/stacomir/R/Refpar.r
branch0.5/stacomir/R/Refparqual.r
branch0.5/stacomir/R/Refparquan.r
branch0.5/stacomir/R/Refperiode.r
branch0.5/stacomir/R/data.r
branch0.5/stacomir/R/fungraph.r
branch0.5/stacomir/R/fungraph_civelle.r
branch0.5/stacomir/R/stacomi.r
branch0.5/stacomir/examples/01_BilanMigrationMult/bilanMigrationMult_Arzal.R
Log:
Modified: branch0.5/stacomir/DESCRIPTION
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/DESCRIPTION 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/DESCRIPTION 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -73,27 +73,26 @@
'interface_Bilan_taille.r'
'interface_bilan_poids_moyen.r'
'interface_chooselang.r'
- 'interface_graphique.r'
'messages.r'
'setAs.r'
+ 'stacomi.r'
LazyLoad: yes
-LazyData: true
+LazyData: true
Depends:
+ R (>= 3.0.0),
+ methods,
stacomirtools
Imports:
RODBC,
intervals,
RColorBrewer,
- methods,
stringr,
gWidgets,
gWidgetsRGtk2,
RPostgreSQL,
- dplyr,
ggplot2,
reshape2,
sqldf,
- methods,
graphics,
utils,
stats,
Modified: branch0.5/stacomir/NAMESPACE
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/NAMESPACE 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/NAMESPACE 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -58,6 +58,7 @@
importFrom(graphics,axis)
importFrom(graphics,axis.Date)
importFrom(graphics,legend)
+importFrom(graphics,par)
importFrom(graphics,rect)
importFrom(graphics,text)
importFrom(grid,gpar)
@@ -72,10 +73,6 @@
importFrom(lattice,simpleKey)
importFrom(lattice,trellis.par.get)
importFrom(lattice,trellis.par.set)
-importFrom(methods,"slot<-")
-importFrom(methods,as)
-importFrom(methods,new)
-importFrom(methods,slot)
importFrom(reshape2,dcast)
importFrom(reshape2,melt)
importFrom(stats,ftable)
Modified: branch0.5/stacomir/R/BilanConditionEnv.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/BilanConditionEnv.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/BilanConditionEnv.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -7,14 +7,10 @@
#' Annual overview of environmental conditions. Enables to draw charts and
#' write files.
#'
-#'
-#' @name BilanConditionEnv-class
#' @include RefHorodate.r
#' @include RefStationMesure.r
#' @include create_generic.r
#' @include utilitaires.r
-#' @aliases BilanConditionEnv-class BilanConditionEnv
-
#' @section Objects from the Class: Objects can be created by calls of the form
#' \code{new("BilanConditionEnv", horodate=new("Horodate"),
#' stationMesure=new("RefStationMesure"), data=data.frame(),
@@ -146,7 +142,7 @@
# toutes les mesures pour la station de mesure selectionnee
nameColonne <- as.character(stm$stm_libelle)
- datstm <- chnames(dat,"env_valeur_quantitatif", nameColonne)
+ datstm <- stacomirtools::chnames(dat,"env_valeur_quantitatif", nameColonne)
datstm <- datstm[datstm$env_stm_identifiant==stmidentifiant,]
#AES<-structure(as.list(c("x"=as.name(datstm$env_date_debut),"y"=as.name(eval(nameColonne)))),class="uneval")
@@ -177,7 +173,7 @@
# le dataframe contenant le res de la requete
dat<-bilanConditionEnv at data
- dat<-chnames(dat,"env_stm_identifiant","stm_identifiant")
+ dat<-stacomirtools::chnames(dat,"env_stm_identifiant","stm_identifiant")
dat<-merge(dat,bilanConditionEnv at stationMesure@data,by="stm_identifiant")
funout(get("msg",envir=envir_stacomi)$BilanCondtionEnv.5)
liste = tapply(dat$env_valeur_quantitatif,dat$stm_libelle,summary)
Modified: branch0.5/stacomir/R/BilanEspeces.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/BilanEspeces.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/BilanEspeces.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -10,8 +10,6 @@
#' year/week/month
#'
#'
-#' @name BilanEspeces-class
-#' @aliases BilanEspeces-class BilanEspeces
#' @include RefDC.r
#' @include RefListe.r
#' @section Objects from the Class: Objects can be created by calls of the form
Modified: branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDC.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDC.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDC.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -43,7 +43,7 @@
#' connect method for BilanFonctionnementDC
#'
#' loads the working periods and type of arrest or disfunction of the DC
-#' @return An object of class \ref{BilanFonctionnementDC}
+#' @return An object of class \code{BilanFonctionnementDC}
#'
#' @author cedric.briand
setMethod("connect",signature=signature("BilanFonctionnementDC"),definition=function(object,h) {
Modified: branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDF.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDF.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/BilanFonctionnementDF.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -40,7 +40,7 @@
#' connect method for BilanFonctionnementDF
#'
#' loads the working periods and type of arrest or disfunction of the DF
-#' @return An object of class \ref{BilanFonctionnementDF}
+#' @return An object of class \code{BilanFonctionnementDF}
#'
#' @author cedric.briand
setMethod("connect",signature=signature("BilanFonctionnementDF"),definition=function(object,h) {
@@ -163,7 +163,7 @@
close(progres)
# graphique
- t_periodefonctdispositif_per_mois<-chnames(t_periodefonctdispositif_per_mois, old_variable_name=c("sumduree","per_tar_code","per_etat_fonctionnement"),
+ t_periodefonctdispositif_per_mois<-stacomirtools::chnames(t_periodefonctdispositif_per_mois, old_variable_name=c("sumduree","per_tar_code","per_etat_fonctionnement"),
new_variable_name=get("msg",envir_stacomi)$BilanFonctionnementDF.6)
#modif de l'ordre pour apparence graphique
Modified: branch0.5/stacomir/R/BilanMigration.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/BilanMigration.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/BilanMigration.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -6,9 +6,6 @@
#'
#' Balance of fish migrations
#'
-#'
-#' @name BilanMigration-class
-#' @aliases BilanMigration BilanMigration-class
#' @include RefTaxon.r
#' @include RefStades.r
#' @include PasDeTempsJournalier.r
@@ -174,7 +171,7 @@
#' handler du calcul hBilanMigrationgraph
#' appelle les fonctions fungraph pour faire le bilan des migrations
#' et permet la sauvegarde des bilans journaliers dans la base
-#' @note pb si autre chose que journalier les pas de temps ont été contraints à des pas de temps journaliers pour ce graphique
+#' @note pb si autre chose que journalier les pas de temps ont �t� contraints � des pas de temps journaliers pour ce graphique
#' @param h
#' @param ...
#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand"at"eptb-vilaine.fr}
Modified: branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationConditionEnv.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationConditionEnv.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationConditionEnv.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -6,9 +6,6 @@
#' conditions in the same chart
#'
#'
-#' @name BilanMigrationConditionEnv-class
-#' @aliases BilanMigrationConditionEnv BilanMigrationConditionEnv-class
-
#' @section Objects from the Class: Objects can be created by calls of the form
#' \code{new("BilanMigrationConditionEnv",
#' bilanMigration=new("BilanMigration"),
@@ -74,21 +71,21 @@
#object<-bilanMigrationConditionEnv
setMethod("calcule",signature=signature("BilanMigrationConditionEnv"),definition=function(object,...){
# le chargement de bilanMigration utilise la methode calcule de BilanMigration
- # qui charge les objects et en plus fait un calcul dessus, à la fin cette methode assigne les objects
- # dans l'environnement stacomi et c'est là qu'il faut aller les chercher
- # pour eviter de lancer les calculs et d'avoir la demande de stations à la fin du bilan migration...
+ # qui charge les objects et en plus fait un calcul dessus, � la fin cette methode assigne les objects
+ # dans l'environnement stacomi et c'est l� qu'il faut aller les chercher
+ # pour eviter de lancer les calculs et d'avoir la demande de stations � la fin du bilan migration...
if (!exists("refStationMesure",envir_stacomi)) {
funout(get("msg",envir=envir_stacomi)$BilanCondtionEnv.2,arret=TRUE)
}
calcule(object at bilanMigration)
object at bilanMigration=get("bilanMigration",envir=envir_stacomi)
# j'extraie les dates de debut et de fin de l'object pas de temps de l'object bilanmigration
- # il faut stocker un ojet RefHorodate dans l'environnement envir_stacomi pour reussir à le recharger dans l'object
+ # il faut stocker un ojet RefHorodate dans l'environnement envir_stacomi pour reussir � le recharger dans l'object
# bilanCOnditionEnv
horodatedebut=new("RefHorodate")
horodatedebut at horodate=object at bilanMigration@pasDeTemps at dateDebut # format POSIXlt
horodatefin=new("RefHorodate")
- horodatefin at horodate=DateFin(object at bilanMigration@pasDeTemps) # format ¨POSIXct
+ horodatefin at horodate=DateFin(object at bilanMigration@pasDeTemps) # format �POSIXct
# tiens c'est bizarre deux classes differents (POSIXlt et POSIXt) rentrent dans horodate
# ben oui parce que RefHorodate est un object de classe POSIXT qui dans R est le papa des deux autres...
horodatefin at horodate=as.POSIXlt(horodatefin at horodate)
@@ -100,7 +97,7 @@
# Usage assign(x, value, pos = -1, envir = as.environment(pos),..)
assign(x="bilanConditionEnv_date_debut",horodatedebut,envir=envir_stacomi)
assign(x="bilanConditionEnv_date_fin",horodatefin,envir=envir_stacomi)
- object at bilanConditionEnv=charge(object at bilanConditionEnv) # là ça marche
+ object at bilanConditionEnv=charge(object at bilanConditionEnv) # l� �a marche
# les objects sont maintenant charges et calcules, j'assigne BilanConditionEnv qui les contient
# dans l'environnement envir_stacomi
funout(get("msg",envir=envir_stacomi)$BilanMigrationConditionEnv.1)
@@ -175,14 +172,14 @@
if (is.na(tableauCEst$env_val_identifiant[1])){
#variable quantitative
tableauCEst<-tableauCEst[,c("env_date_debutchar","env_valeur_quantitatif")]
- tableauCEst<-chnames(tableauCEst,"env_valeur_quantitatif",sta)
+ tableauCEst<-stacomirtools::chnames(tableauCEst,"env_valeur_quantitatif",sta)
stations[stations$stm_libelle==sta,"stm_typevar"]<-"quantitatif"
- # je renomme la colonne à rentrer par le nom de la station
+ # je renomme la colonne � rentrer par le nom de la station
} else {
# variable qualitative
tableauCEst<-tableauCEst[,c("env_date_debutchar","env_val_identifiant")]
tableauCEst$"env_val_identifiant"=as.factor(tableauCEst$"env_val_identifiant")
- tableauCEst<-chnames(tableauCEst,"env_val_identifiant",sta)
+ tableauCEst<-stacomirtools::chnames(tableauCEst,"env_val_identifiant",sta)
stations[stations$stm_libelle==sta,"stm_typevar"]<-"qualitatif"
} # end else
@@ -194,7 +191,7 @@
get("msg",envir=envir_stacomi)$BilanMigrationConditionEnv.6,
length(duree),
")\n"),arret=TRUE)
- #si la jointure à rajoute des lignes ça craint je ne sais pas comment se fera le traitement
+ #si la jointure � rajoute des lignes �a craint je ne sais pas comment se fera le traitement
} # end for
taxon= as.character(bilanMigrationConditionEnv at bilanMigration@taxons at data$tax_nom_latin)
stade= as.character(bilanMigrationConditionEnv at bilanMigration@stades at data$std_libelle)
Modified: branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationInterAnnuelle.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationInterAnnuelle.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationInterAnnuelle.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -4,8 +4,6 @@
#' conditions in the same chart
#'
#'
-#' @name BilanMigrationConditionEnv-class
-#' @aliases BilanMigrationConditionEnv BilanMigrationConditionEnv-class
#' @include RefAnnee.r
#' @section Objects from the Class: Objects can be created by calls of the form
#' \code{new("BilanMigrationConditionEnv",
@@ -166,7 +164,7 @@
# TODO traitement des poids
dat=bilanMigrationInterAnnuelle at data
dat<-dat[dat$bjo_labelquantite=="Effectif_total",]
- dat<-chnames(dat,c("bjo_annee","bjo_jour","bjo_labelquantite","bjo_valeur"), c("annee","jour","labelquantite","valeur"))
+ dat<-stacomirtools::chnames(dat,c("bjo_annee","bjo_jour","bjo_labelquantite","bjo_valeur"), c("annee","jour","labelquantite","valeur"))
# il faut un champ date, on ramene tout les monde �
dat$jour = as.POSIXct(strptime(strftime(dat$jour,'2000-%m-%d %H:%M:%S'),format='%Y-%m-%d %H:%M:%S'),tz="GMT")
dat$annee=as.factor(dat$annee)
@@ -270,7 +268,7 @@
# ci dessous les calculs s'appliquent bien aux jours
# remplacement des valeurs manquantes par des zeros par creation d'une sequence journaliere
dat<-dat[dat$bjo_labelquantite=="Effectif_total",]
- dat<-chnames(dat,c("bjo_annee","bjo_jour","bjo_labelquantite","bjo_valeur"), c("annee","jour","labelquantite","valeur"))
+ dat<-stacomirtools::chnames(dat,c("bjo_annee","bjo_jour","bjo_labelquantite","bjo_valeur"), c("annee","jour","labelquantite","valeur"))
dat=dat[,c("annee","jour","valeur")]
dat$jour=trunc.POSIXt(dat$jour, digits='days')
dat$jour = as.Date(strptime(strftime(dat$jour,'2000-%m-%d'),'%Y-%m-%d'))
@@ -576,7 +574,7 @@
# TODO traitement des poids
dat=bilanMigrationInterAnnuelle at data
dat<-dat[dat$bjo_labelquantite=="Effectif_total",]
- dat<-chnames(dat,c("bjo_dis_identifiant","bjo_tax_code","bjo_std_code","bjo_annee","bjo_jour","bjo_labelquantite","bjo_valeur","bjo_horodateexport"), c("DC","Taxon","Stade","Annee","Jour","Label_quantite","Nombre","Date d'export du bilan"))
+ dat<-stacomirtools::chnames(dat,c("bjo_dis_identifiant","bjo_tax_code","bjo_std_code","bjo_annee","bjo_jour","bjo_labelquantite","bjo_valeur","bjo_horodateexport"), c("DC","Taxon","Stade","Annee","Jour","Label_quantite","Nombre","Date d'export du bilan"))
dat$Annee=as.factor(dat$Annee)
dat = dat[,-1]
tmp = dat$Jour
Modified: branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationMult.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationMult.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationMult.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -4,19 +4,17 @@
#' This migration count can be built either by the graphical interface or in command line
#' \code{new("BilanMigrationMult",
#' dc=new("RefDC"),taxons=("RefTaxon"),stades=new("RefStades"),pasDeTemps=new("PasDeTempsJournalier"),data=data.frame(),calcdata=list(),
-#' coef_conversion=data.frame()}.
+#' coef_conversion=data.frame())}.
#' @note A Migration Bilan comes from a migration monitoring : the fishes are monitored in a section of river, this section is
#' called a control station (station). Most often, there is a dam, one or several fishways (DF) which comprise one or several counting devices (DC).
#' On each counting device, the migration is recorded. It can be either an instant recording (video control) or the use of traps,
-#' Operations are monitoring during a period. To each operation, several species of fishes can be recorded (samples). In the case of migratory
+#' Operations are monitoring operations during a period. For each operation, several species of fishes can be recorded (samples). In the case of migratory
#' fishes the stage of development is important as it may indicate generic migrations, to and fro, between the river and the sea.
#' Hence a Multiple Migration Bilan is built from several one or several counting devices (DC), one or several Taxa (Taxon), one or several stages
#' (stage). The migration can be also recorded not as numbers, but in the case of glass eels, as weight, which will be later transformed to number,
#' from daily conversion coefficients. The methods in this class test whether the counts are numbers or another type of quantity.
#' This class makes different calculations than BilanMigration, it does not handle escapement coefficients,
#' it uses quantities other than numbers if necessary (only used for glass eel in the connect method).
-#' @name BilanMigrationMult-class
-#' @aliases BilanMigrationMult BilanMigrationMult-class
#' @slot dc An object of class \code{RefDC}
#' @slot taxons An object of class \code{RefTaxon}
#' @slot stades An object of class \code{RefStades}
@@ -187,7 +185,7 @@
# bilans avec overlaps
#----------------------
data<-fun_bilanMigrationMult_Overlaps(time.sequence = time.sequence, datasub = datasub,negative=negative)
- # pour compatibilité avec les bilanMigration
+ # pour compatibilit� avec les bilanMigration
data$taux_d_echappement=-1
lestableaux[[stringr::str_c("dc_",dic)]][["data"]]<-data
lestableaux[[stringr::str_c("dc_",dic)]][["method"]]<-"overlaps"
@@ -218,7 +216,7 @@
lestableaux[[stringr::str_c("dc_",dic)]][["negative"]]<-negative
}
} # end for dic
- # TODO developper une méthode pour sumneg
+ # TODO developper une m�thode pour sumneg
bilanMigrationMult at calcdata<-lestableaux
assign("bilanMigrationMult",bilanMigrationMult,envir_stacomi)
funout(get("msg",envir_stacomi)$BilanMigrationMult.3)
@@ -233,7 +231,7 @@
#' @return BilanMigrationMult with slot @data filled from the database
#' @export
setMethod("connect",signature=signature("BilanMigrationMult"),definition=function(object,...){
- # récuperation du BilanMigration
+ # r�cuperation du BilanMigration
bilanMigrationMult<-object
# retrieve the argument of the function and passes it to bilanMigrationMult
# easier to debug
@@ -276,7 +274,7 @@
req<-connect(req)
bilanMigrationMult at data=req at query
- # récuperation des coefficients si il y a des civelles dans le bilan
+ # r�cuperation des coefficients si il y a des civelles dans le bilan
if (2038%in%bilanMigrationMult at taxons@data$tax_code&'CIV'%in%bilanMigrationMult at stades@data$std_code){
req=new("RequeteODBCwheredate")
req at baseODBC<-get("baseODBC",envir=envir_stacomi)
@@ -340,8 +338,8 @@
stade=lesstades[stadenum,"std_libelle"]
dc=lesdc[dcnum]
- # préparation du jeu de données pour la fonction fungraph_civ
- #developpée pour la classe BilanMigration
+ # pr�paration du jeu de donn�es pour la fonction fungraph_civ
+ #developp�e pour la classe BilanMigration
data<-bilanMigrationMult at calcdata[[stringr::str_c("dc_",dc)]][["data"]]
data<-data[data$lot_tax_code==lestaxons[taxonnum,"tax_code"] &
data$lot_std_code==lesstades[stadenum,"std_code"],]
@@ -541,7 +539,7 @@
heure=FALSE)
annee=unique(strftime(as.POSIXlt(bilanMigrationMult at time.sequence),"%Y"))
dis_commentaire= paste(as.character(bilanMigrationMult at dc@dc_selectionne),collapse=",")
- grdata<-chnames(grdata,c("ope_dic_identifiant","lot_tax_code","lot_std_code"),c("DC","taxon","stade"))
+ grdata<-stacomirtools::chnames(grdata,c("ope_dic_identifiant","lot_tax_code","lot_std_code"),c("DC","taxon","stade"))
grdata$DC<-as.factor(grdata$DC)
grdata$taxon<-as.factor(grdata$taxon)
if (length(unique(grdata$taxon))==1){
@@ -607,8 +605,8 @@
stade=lesstades[stadenum,"std_libelle"]
DC=lesdc[dcnum]
- # préparation du jeu de données pour la fonction fungraph_civ
- #developpée pour la classe BilanMigration
+ # pr�paration du jeu de donn�es pour la fonction fungraph_civ
+ #developp�e pour la classe BilanMigration
data<-bilanMigrationMult at calcdata[[stringr::str_c("dc_",DC)]][["data"]]
data<-data[data$lot_tax_code==lestaxons[taxonnum,"tax_code"] &
data$lot_std_code==lesstades[stadenum,"std_code"],]
@@ -698,19 +696,19 @@
imat2<-intervals::Intervals(mat2)
intervals::closed(imat2)<-c(FALSE,FALSE)
listei<-intervals::interval_overlap(imat2,imat1)
- listei2<-listei # copie de la liste pour l'écraser
+ listei2<-listei # copie de la liste pour l'�craser
for (i in 1:length(listei)){
vec<-listei[[i]]
if (length(vec)==0){
# pas de lot
listei2[[i]]=0
} else if (length(vec)==1){
- # l'ensemble du lot est inclus dans la journée
+ # l'ensemble du lot est inclus dans la journ�e
listei2[[i]]=1
} else {
- # le premier jour va du début de l'opé à la fin de la première date
+ # le premier jour va du d�but de l'op� � la fin de la premi�re date
# puis n-2 jour
- # puis le dernier jour de la date de début à la fin de l'ope
+ # puis le dernier jour de la date de d�but � la fin de l'ope
idlot=names(listei)[i]
tps=c(
difftime(
@@ -723,7 +721,7 @@
time.sequence[vec[length(vec)]],
units="days")
)
- listei2[[i]]<-as.numeric(tps)/(as.numeric(sum(tps))) # on ramène à 1
+ listei2[[i]]<-as.numeric(tps)/(as.numeric(sum(tps))) # on ram�ne � 1
stopifnot(all.equal(as.numeric(sum(listei2[[i]])),1))
}
}
@@ -738,8 +736,8 @@
ts_id=as.numeric(strftime(time.sequence,format="%j")),stringsAsFactors =FALSE)
dfts<-merge(df.ts,df,by="ts_id")
datasub1<-merge(dfts,datasub,by="lot_identifiant")
- # ci dessous pour faire du group by c'est quand même bien de passer par sqldf
- datasub1$value<-as.numeric(datasub1$value) # sinon arrondis à des entiers
+ # ci dessous pour faire du group by c'est quand m�me bien de passer par sqldf
+ datasub1$value<-as.numeric(datasub1$value) # sinon arrondis � des entiers
if (negative){
datasub2<-sqldf::sqldf("SELECT debut_pas,
fin_pas,
@@ -790,7 +788,7 @@
datasub3$CALCULE[is.na(datasub3$CALCULE)]<-0
datasub3$EXPERT[is.na(datasub3$EXPERT)]<-0
datasub3$PONCTUEL[is.na(datasub3$PONCTUEL)]<-0
- # pour compatibilité
+ # pour compatibilit�
datasub3<-cbind(data.frame("No.pas"=as.numeric(strftime(datasub3$debut_pas,format="%j"))-1),datasub3)
datasub3$Effectif_total=rowSums(datasub3[,c("MESURE","CALCULE","EXPERT","PONCTUEL")])
return(datasub3)
@@ -816,7 +814,7 @@
ts_id=strftime(time.sequence,format="%j"),stringsAsFactors =FALSE)
datasub$ts_id<-strftime(datasub$ope_date_debut,format="%j")
datasub1<-merge(df.ts,datasub,by="ts_id")
- # ci dessous pour faire du group by c'est quand même bien de passer par sqldf
+ # ci dessous pour faire du group by c'est quand m�me bien de passer par sqldf
if (negative){
datasub2<-sqldf::sqldf("SELECT debut_pas,
fin_pas,
Modified: branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationPar.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationPar.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/BilanMigrationPar.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -225,7 +225,7 @@
stop("normalement ce cas est impossible")
# ce cas est impossible
}
- mb=chnames(mb,"value","sommes")
+ mb=stacomirtools::chnames(mb,"value","sommes")
mb=funtraitementdate(data=mb,nom_coldt="Date")
# transformation du tableau de donnees
Modified: branch0.5/stacomir/R/Bilan_carlot.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/Bilan_carlot.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/Bilan_carlot.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -151,7 +151,7 @@
jour_an=TRUE,
jour_mois=FALSE,
heure=FALSE)
- vue_ope_lot=chnames(vue_ope_lot,
+ vue_ope_lot=stacomirtools::chnames(vue_ope_lot,
c("ope_identifiant","lot_identifiant","ope_dic_identifiant","lot_pere",
"ope_date_debut","ope_date_fin","lot_effectif","lot_quantite","lot_tax_code","lot_std_code","tax_nom_latin","std_libelle","dev_code","dev_libelle","par_nom","car_par_code","car_methode_obtention","car_val_identifiant", "car_valeur_quantitatif","val_libelle", "annee","mois","quinzaine","semaine","jour_365"),
c("ope","lot","dic","lot_pere",
Modified: branch0.5/stacomir/R/Bilan_poids_moyen.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/Bilan_poids_moyen.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/Bilan_poids_moyen.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -11,8 +11,6 @@
#' number coefficients
#'
#'
-#' @name Bilan_poids_moyen-class
-#' @aliases Bilan_poids_moyen-class Bilan_poids_moyen
#' @include RefCoe.r
#' @note We have also tools available to import glass eel measurement from
#' experimental fishing in the estuary For the charge method dates for the
@@ -178,7 +176,7 @@
coeff$date=as.POSIXct(coeff$coe_date_debut)
funout(get("msg",envir_stacomi)$Bilan_poids_moyen.3)
# changement des noms
- donnees=chnames(donnees,c("lot_identifiant","ope_date_debut","ope_date_fin","lot_effectif","poids","poids_moyen","duree","datemoy"),
+ donnees=stacomirtools::chnames(donnees,c("lot_identifiant","ope_date_debut","ope_date_fin","lot_effectif","poids","poids_moyen","duree","datemoy"),
c("lot","date","date_fin","effectif","poids","poids_moyen","duree","date"))
# correction de manques d'effectifs dans la base
if (sum(is.na(donnees$effectif))>0) warnings(paste(get("msg",envir_stacomi)$Bilan_poids_moyen.4, paste(unique(donnees$lot[is.na(donnees$effectif)]),collapse=" ")))
@@ -190,8 +188,10 @@
# fonction handler appellees
hgra=function(h,...){
- p<<-qplot(x=date,y=poids_moyen,data=don)
+ p<-qplot(x=date,y=poids_moyen,data=don)
print(p)
+ assign("p",p,envir=envir_stacomi)
+ funout("object p assigned to envir_stacomi")
}
hcoe=function(h,...){
type_poids= switch (bilan_poids_moyen at liste@listechoix,
Modified: branch0.5/stacomir/R/Bilan_stades_pigm.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/Bilan_stades_pigm.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/Bilan_stades_pigm.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -665,7 +665,7 @@
newdates=seq(from=xlim[1],to=xlim[2],by="day")
if (graphstades) {
- par("mar"=c(2, 4, 0, 2)+ 0.1)
+ graphics::par("mar"=c(2, 4, 0, 2)+ 0.1)
# si l'autre graphique n'est pas trace on etend les marges
main1=""
} else {
@@ -720,7 +720,7 @@
# stades cumules calcul necessaire pour points et graphique durees
# le graphique ne supporte pas plusieurs echantillons a la même date d'ou le choix
- par("mar"=c(2, 4, 3, 2)+ 0.1)
+ graphics::par("mar"=c(2, 4, 3, 2)+ 0.1)
surface(dates,tablestades,couleur=gray(5:1/6),ordre=c(1,2,3,4,5),
axe=TRUE,
xaxt="n",
Modified: branch0.5/stacomir/R/Bilan_taille.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/Bilan_taille.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/Bilan_taille.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -14,9 +14,6 @@
#' and size group Once the data are loaded, the program checks if the size
#' class group is indicated at the sample or susample level
#'
-#' @name Bilan_taille-class
-#' @aliases Bilan_taille-class Bilan_taille
-
#' @section Objects from the Class: Objects can be created by calls of the form
#' \code{new("Bilan_taille", ...)}
#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand"at"eptb-vilaine.fr}
Modified: branch0.5/stacomir/R/PasdeTemps.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/PasdeTemps.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/PasdeTemps.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -75,16 +75,6 @@
#' Describes a time step
#'
#'
-#' @name PasDeTemps-class
-#' @aliases PasDeTemps PasDeTemps-class currentDateDebut,PasDeTemps-method
-#' currentDateDebut currentDateFin,PasDeTemps-method currentDateFin
-#' DateFin,PasDeTemps-method DateFin LesPasDeTemps ValeurPasDeTemps
-#' getAnnees,PasDeTemps-method getAnnees getdateDebut,PasDeTemps-method
-#' getdateDebut getLibellesPas,PasDeTemps-method getLibellesPas
-#' getnoPasCourant,PasDeTemps-method getnoPasCourant
-#' setdateDebut,PasDeTemps-method setdateDebut suivant,PasDeTemps-method
-#' suivant validite_PasDeTemps dureePas
-
#' @section Objects from the Class: Objects can be created by calls of the form
#' \code{new("PasDeTemps",
#' dateDebut="POSIXt",dureePas=numeric(),nbPas=numeric(),noPasCourant=integer())}.
@@ -130,9 +120,6 @@
#' Character to represent a PasDeTemps
#'
#'
-#' @name PasDeTempsChar-class
-#' @aliases PasDeTempsChar PasDeTempsChar-class validite_PasDeTempsChar
-
#' @section Objects from the Class: Objects can be created by calls of the form
#' \code{new("PasDeTempsChar", \dots{})}
#' @author cedric.briand"at"eptb-vilaine.fr
@@ -327,7 +314,7 @@
object=setdateDebut(object,svalue(datedeb))
assign("pasDeTemps",object,envir_stacomi)
funout("Les pas de temps ont ete charges\n")
- # charge le deuxième onglet du notebook
+ # charge le deuxi�me onglet du notebook
#svalue(notebook)<-2
}
hchoixpas=function(h,...){
Modified: branch0.5/stacomir/R/RefHorodate.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/RefHorodate.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/RefHorodate.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -42,7 +42,7 @@
return ( strftime(as.POSIXlt(object at horodate),format="%Y-%m-%d %H:%M:%S") )
})
-#Fixe la date de debut à partir d'un champ charactere de type "%Y-%m-%d %H:%M:%S"
+#Fixe la date de debut � partir d'un champ charactere de type "%Y-%m-%d %H:%M:%S"
setGeneric("setRefHorodate",def=function(object,...) standardGeneric("setRefHorodate"))
@@ -68,7 +68,6 @@
#' choix method for RefHorodate
-#' @name choix
#'
#' @return Selects the date in the graphical interface
#'
Modified: branch0.5/stacomir/R/RefListe.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/RefListe.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/RefListe.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -1,13 +1,10 @@
# Nom fichier : RefListe (classe)
-# Description Classe permettant charger un choix dans une liste utilisée par un objectBilan
+# Description Classe permettant charger un choix dans une liste utilis�e par un objectBilan
#' Class "RefListe"
#'
#' Enables to load a "RefChoix" object fom a list given by a "Bilan" object
#'
#'
-#' @name RefListe-class
-#' @aliases RefListe-class RefListe
-
#' @slot liste choix="character" A vector of character to choose within a droplist
#' @slot label="character" the title of the box
#' @section Objects from the Class: Objects can be created by calls of the form
@@ -62,7 +59,7 @@
funout(paste(object at label,"\n"))
}
frame_list<<-gframe(object at label)
- # TODO à modifier en assign() si je dois passer plusieurs listes puis les supprimer, il faudra alors detruire les listes par leur nom
+ # TODO � modifier en assign() si je dois passer plusieurs listes puis les supprimer, il faudra alors detruire les listes par leur nom
add(group,frame_list)
list_libelle=fun_char_spe(object at listechoix)
choix=gdroplist(items=list_libelle,container=frame_list,handler=hlist)
Modified: branch0.5/stacomir/R/RefPoidsMoyenPeche.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/RefPoidsMoyenPeche.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/RefPoidsMoyenPeche.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -1,24 +1,8 @@
-# Nom fichier : RefPoidsMoyenPeche(classe)
-# Projet : controle migrateur
-# Organisme : IAV
-# Auteur : Cedric Briand
-# Contact : cedric.briand"at"eptb-vilaine.fr
-# Date de creation : 31/03/2008 17:21:25 / modif10/01/2009 22:50:42
-# Compatibilite :
-# Etat :
-# Description Classe appellee pour sa methode charge qui permet le chargement des lots de la base MORTCIV des peches experimentales
-# entre une date de debut et une date de fin
-# Utilise dans Bilan_poids_moyen uniquement pour Arzal
-#
-
#' Class "RefPoidsMoyenPeche"
#'
#' Class which enables to load bunches of elver of experimental fishings
#'
#'
-#' @name RefPoidsMoyenPeche
-#' @aliases RefPoidsMoyenPeche-class RefPoidsMoyenPeche
-
#' @section Objects from the Class: Objects can be created by calls of the form
#' \code{new("RefPoidsMoyenPeche",
#' data=data.frame(),datedebut="POSIXlt",datefin="POSIXlt")}. \describe{
@@ -73,5 +57,5 @@
object at data<-requete at query
return(object)
})
-# pas de methode choix, le choix est dej� fait dans l'annee de l'interface
+# pas de methode choix, le choix est deja fait dans l'annee de l'interface
#charge(refPoidsMoyenPeche)
\ No newline at end of file
Modified: branch0.5/stacomir/R/RefStades.r
===================================================================
--- branch0.5/stacomir/R/RefStades.r 2016-08-18 12:15:48 UTC (rev 157)
+++ branch0.5/stacomir/R/RefStades.r 2016-08-18 12:16:03 UTC (rev 158)
@@ -5,8 +5,6 @@
#' Representation of a fish phase
#'
#'
-#' @name RefStades-class
-#' @aliases RefStades-class RefStades
#' @section Objects from the Class: Objects can be created by calls of the form
#' \code{new("RefStades", data="data.frame")}. \describe{
#' \item{list("data")}{Object of class \code{"data.frame"} ~ The phases
@@ -159,7 +157,7 @@
}
}
[TRUNCATED]
To get the complete diff run:
svnlook diff /svnroot/stacomir -r 158
More information about the Stacomir-commits
mailing list