[Seqinr-commits] r2092 - pkg/inst/sequences

[noreply at r-forge.r-project.org]

Author: jeanlobry
Date: 2018-02-24 12:12:45 +0100 (Sat, 24 Feb 2018)
New Revision: 2092

Added:
   pkg/inst/sequences/LTPs128_SSU_aligned_First_Two.fasta
Log:
 

Added: pkg/inst/sequences/LTPs128_SSU_aligned_First_Two.fasta
===================================================================
--- pkg/inst/sequences/LTPs128_SSU_aligned_First_Two.fasta	                        (rev 0)
+++ pkg/inst/sequences/LTPs128_SSU_aligned_First_Two.fasta	2018-02-24 11:12:45 UTC (rev 2092)
@@ -0,0 +1,142 @@
+>D50541	1	1411	1411bp	rna	Abiotrophia defectiva	Aerococcaceae
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... AGA-GUUU-- ---GA--U-C A-U-G-G-CU --C-AG-G-A -C--G-A--A -C-G-C--U- G-G-C--G-G
+--C-G-U-G- ---------C ----C-U--A A-U--AC-A- ---U-G--C- ---A-A-G-- U-C--GA-A- CG-A------
+-A-CC---G- C--G------ --------A- ---------- -----CU-A- G-G-U-G--- ---------- ----------
+---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------
+--CUU-G--- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------
+---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------C- -A--C-U-U-
+G--G-U---- ---------- --C-A-A--- -G--GU--G- ----AG-U-G -G-C-GA-A- -C-G-G-G-- U--G-A-G-U
+-A-AC-A-C- G-U-G-GG-- UAA--C-CU- A--C-C-UCA --UA-G---- ---------- ------U-G- G-G--G--G-
+AU-AA-C--A G--U-C-G-- G-A-A-A-CG A-C-U-G-CU -A-A-UA-C- C-G-C-AU-A ----G-G--- A-C-A--U--
+-G-G-N--A- U--C------ ---------- ---------- ---------- ---------- A-CA-U---- ----------
+---------- ---------- ---------- ---------G -A---U--U- C--------- ------A--- -G------U-
+--------G- A-G-GAAA-- -G-G-U-GG- ----C----- ---------- ---------- ---------- ----------
+---------- ---------- --------G- CA--A----- ---------- ---------- ---------- ----------
+GC-UA--U-- C-GC--U-A- A-GA-G-AUG G-A-CC-C-G C-G-G-U-G- C-A------U U-A--G-CU- AG-U-UGGU-
+A-G-G-G-UA AG-GN-C-C- U-ACC-AA-G G-C-G-A-UG A--------- ---U-GC-AU -A--G-C-C- G-A-CCU-G-
+AG--A--G-G -GU-G-AU-C -G-G-CCA-C -A--UU-G-G -G-A-C-UG- A-GA---C-A C-G-G-CCC- AAA---CUCC
+-U-AC--GG- G-A-G-GC-A -GC--A-G-U -A--GG-G-A A-UC-UU--C C-G-C--AA- U-G-G-AC-- GC-A--A-G-
+U-C-U-G-A- C-G-G-A-GC -A-A-C-GCC -GC-G-U-G- A-G-U-GA-A -G--A-A-GG -UC------- ----------
+---------- UU-CG-G-A- UC-G-UAAA- G-C-UC-UG- UU-G-U-U-A GA--G--A-A -G---AA-CA GC-G--C-A-
+U--A-G--A- -----G---U A----A--C- -U----GC-- U-AUG-C-GU -G-U-G-A-C G-GU--A-U- CU--A-A-C-
+C--A-G--A- AA-GC-C--A C-G-G-C-UA A-C--U-A-C -G-U-G-C-C A-GC-A-G-C -CGC--GG-- UA-AU--AC-
+-GU-AG-GUG --GCG-A-G- C-G-UU-GU- C-CGG-AU-U U-A-UU-GG- GC--GU-A-A A-GG-GA-GU ---G-UA-G-
+GC-G-G-U-C U-U-U-UAA- G-U-C-U-G- A-U-G-UG-A -AA-GC-C-C -AC-G-G-CU -C-AA-C-C- G-U-G-G-A-
+G-G----G-U --C-A---U- -U-------- ---------- ---------- G--GAAA-C- U-G-G-GA-- G-A-C-----
+---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ------U-U- G-A-G-U-G-
+-C-AG-AA-G -AG-G-A-G- AG-C---GG- A-AUU--C-C -A-U-GU-GU -A-G-CG-GU G-AA-A-UGC -GU-AG-AU-
+A-UA-U-G-G -A-G-G-AAC -A-CC--AGU ---G-GC-GA A-G--G-C-G G--C-U-C-U -CUG--G-UC -U-GU-A--A
+-C-U-GA-CG C--U-GA-GG --C-U-CG-A --AA-G-C-- ------G-UG --GG-G--AG -C-A-AA-CA --GG-AU-UA
+-GAUA-CC-C -U--G-GUA- G-U-C-CA-- C-G-CCG-U- -AAA--C-G- AUGA-G-UG- C---U----- ----------
+---------- ---------- ---------- ---------- ---A-A--G- -U--G-U-U- G-G-A-G-G- -G--G-----
+UU-CC----- ---A---C-C -C-U-U--C- A-G-U-GC-U -GG--A-G-U -U-AA--N-G -C-A-AU-AA -G-C-A-C-U
+-CC-GC-C-U -G-GG-G-AG -UA-CG-G-- -C-C-G-C-A A-GG--N-U- G-AA-AC-U- C-AA-A-GGA A-UU-G-A-C
+GGG-G-A--C CC--GC---- ---------- ---------- ---------- ----A-C-AA -GC-G-GU-G --G-A-G-CA
+U-GU-G-G-U U-U-AA-UU- C-G-A-AGC- AAC-G-C-G- AA-G-A-A-C C--UU-A-CC -AG-GU-C-U U-G-A--C-A
+-U-C------ ---------C ---C--G--- ACG--A-CC- G--C-U--CU --A---G-A- G-A-U--A-G --A--G-U-U
+------U--U -------U-U ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------
+--------U- -UC-----G- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----G----A
+---------A ----CG-UCG --G---U--G --A---C-A- GG-U--G-G- -UG--CA-UG G-UU-G-UC- G-UC-A-GC-
+UCG-U-G-U- -C-GU--GA- GA-UGU-U-G G-G-UU-AA- ---------- -----GU-CC C--G-C--A- A-C-GA-G-C
+-GC-A-ACC- C-C-UA-UA- A-C-U-AG-- U-U-G-C-C- --A-G-C--A --U------- ---------- ----------
+---------- ---------- ---------- ---------- ----U-NA-G ---------- ---------- A--U-G---G
+-G-G--A-CU -C-U-A-G-U -UA-G-ACU- G-CC-G-G-U -G-A----CA A-A-C-C-G- -G-A-G-GA- AG-G-U-GGG
+-G-A-UG-AC -G-UC-AA-- A-U-C-AUC- A-U-G-C-CC -CUU-A-U-G -A-C-C-U-G G-GC-UA-C- -AC-AC-G-U
+G-C--UA--C AA-UG-G-A- UG-G-U-A-C -AAC-GAG-C ---------- ---------- -A-G-C-GA- A-C-U-N-G-
+C-G-A-GG-G -U-A-A-G-C --G-A-A-UC U-C---U-A- AAAG-C-CA- U-U-C-U-CA G--UUC--GG A--U-U-GUA
+G-UCU-GC-A A-CU-C-G-A -CU-AC-A-U -G-A--A-G- CC-GG-AAU- CG-C-UA-G- UA-AU-C-G- C-G-GA-UC-
+A-G-C--A-C -GC-C-G--C -G-G-U--G- AAU-AC--GU -U--CCCGG- G--U-C--U- UG--U-AC-A CA-C-C-G-C
+-CC-GU.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... ........
+>KP233895	1	1520	1520bp	rna	Abyssivirga alkaniphila	Lachnospiraceae
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... AGA-GUUU-- ---GA--U-C C-U-G-G-CU --C-AG-G-A -U--G-A--A -C-G-C--U- G-G-C--G-G
+--C-G-U-G- ---------C ----U-U--A A-C--AC-A- ---U-G--C- ---A-A-G-- U-C--GA-G- CG-A------
+-G-A----A- G--C------ ----UAUCU- A--------- -----UU-G- A-A-C-C--- ---------- ----------
+---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------
+--UUC-G--- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------
+---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------G- -G--U-G-A-
+U--UUA--GA UA-------- ----G-U--- -G--GA--A- ----AG-C-G -G-C-GG-A- -C-G-G-G-- U--G-A-G-U
+-A-AC-G-C- G-U-G-GG-- UAA--C-CU- G--C-C-CUA --UG-C---- ---------- ------A-G- G-G--G--G-
+AU-AA-C--A C--A-U-U-- G-A-A-A-AG U-G-U-G-CU -A-A-UA-C- C-G-C-AU-A -A--G-A--- C-C-A--C--
+-A-G-A--G- U--C------ ---------- ---------- ---------- ---------- G-CA-U---- ----------
+---------- ---------- ---------- ---------G -A---C--U- C--------- ------G--- -G------U-
+--------G- G-U-AAAA-- -A-C------ ---------- ---------- ---------- ---------- ----------
+---------- ---------- --------U- CC--G----- ---------- ---------- ---------- ----------
+-------G-- U-AG--C-A- U-AG-G-AUG G-A-CC-C-G C-G-U-C-U- G-A------U U-A--G-CU- AG-U-AGGU-
+A-A-G-G-UA AC-GG-C-U- U-ACC-UA-G G-C-G-A-CG A--------- ---U-CA-GU -A--G-C-C- G-A-CCU-G-
+AG--A--G-G -GU-G-AU-C -G-G-CCA-C -A--UU-G-G -G-A-C-UG- A-GA---C-A C-G-G-CCC- AAA---CUCC
+-U-AC--GG- G-A-G-GC-A -GC--A-G-U -G--GG-G-A A-UA-UU--G C-A-C--AA- U-G-G-GG-- GA-A--A-C-
+C-C-U-G-A- U-G-C-A-GC -G-A-C-GCC -GC-G-U-G- A-A-G-GA-A -G--A-A-GG -UU------- ----------
+---------- UU-CG-G-A- UC-G-UAAA- C-U-UC-UA- UC-A-G-C-A GG--G--A-A -G---A---- ----------
+---------- -----U---A G--------- ---------- ---------- ---U-G-A-C A-GU--A-C- CU--G-A-C-
+U--A-A--G- AA-GC-C--C C-G-G-C-UA A-C--U-A-C -G-U-G-C-C A-GC-A-G-C -CGC--GG-- UA-AU--AC-
+-GU-AG-GGG --GCA-A-G- C-G-UU-AU- C-CGG-AU-U U-A-CU-GG- GU--GU-A-A A-GG-GU-GC ---G-UA-G-
+GC-G-G-C-G A-A-G-UAA- G-U-C-A-G- A-U-G-UG-A -AA-GC-C-C -GA-G-G-CU -C-AA-C-C- U-C-G-G-G-
+A-C----U-G --C-A---U- -U-------- ---------- ---------- U--GAAA-C- U-G-C-UU-- U-G-C-----
+---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ------U-A- G-A-G-U-G-
+-C-AG-GA-G -AG-G-A-A- AG-C---GG- A-AUU--C-C -U-A-GU-GU -A-G-CG-GU G-AA-A-UGC -GU-AG-AU-
+A-UU-A-G-G -A-G-G-AAC -A-CC--AGU ---G-GC-GA A-G--G-C-G G--C-U-U-U -CUG--G-AC -U-GU-A--A
+-C-U-GA-CG C--U-GA-GG --C-A-CG-A --AA-G-C-- ------G-UG --GG-G--AG -C-G-AA-CA --GG-AU-UA
+-GAUA-CC-C -U--G-GUA- G-U-C-CA-- C-G-CCG-U- -AAA--C-G- AUGA-A-UG- C---U----- ----------
+---------- ---------- ---------- ---------- ---A-G--G- -U--G-U-C- G-G-G-G-G- -U--------
+-C-G------ -------A-A -C-C-U--C- G-G-U-GC-C -GC--A-G-C -A-AA--C-G -C-A-UU-AA -G-C-A-U-U
+-CC-AC-C-U -G-GG-G-AG -UA-CG-A-- -U-C-G-C-A A-GA--U-U- G-AA-AC-U- C-AA-A-GGA A-UU-G-A-C
+GGG-G-G--C CC--GC---- ---------- ---------- ---------- ----A-C-AA -GC-G-GU-G --G-A-G-CA
+U-GU-G-G-U U-U-AA-UU- C-G-A-AGC- AAC-G-C-G- AA-G-A-A-C C--UU-A-CC -AA-AU-C-U U-G-A--C-A
+-U-C------ ---------C ---U--U--C U-G--A-CC- G--U-U--CC --U---U-A- A-U-C--G-G --A--A-C-U
+---------U -U-----U-C ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------
+--------U- -UC------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----G----G
+----A----A ----CAGA-A --G---U--G --A---C-A- GG-U--G-G- -UG--CA-UG G-UU-G-UC- G-UC-A-GC-
+UCG-U-G-U- -C-GU--GA- GA-UGU-U-G G-G-UU-AA- ---------- -----GU-CC C--G-C--A- A-C-GA-G-C
+-GC-A-ACC- C-U-UA-UC- U-U-U-AG-- U-A-G-C-C- --A-G-C--A --AGU----- ---------- ----------
+---------- ---------- ---------- ---------- ----U-AA-- ---------- ------G--- U--U-G---G
+-G-G--A-CU -C-U-A-G-A -GA-G-ACU- G-CC-G-G-G -G-A----CA A-C-U-C-G- -G-A-G-GA- AG-G-U-GGG
+-G-A-UG-AC -G-UC-AA-- A-U-C-AUC- A-U-G-C-CC -CUU-A-U-G -A-U-U-U-G G-GC-UA-C- -AC-AC-G-U
+G-C--UA--C AA-UG-G-C- GG-U-G-A-C -AAA-GGG-A ---------- ---------- -A-G-C-AA- A-A-U-G-G-
+U-G-A-CA-U -G-G-A-G-C --A-A-A-UC C-C---A-A- AAAA-G-CC- G-U-C-C-CA G--UUC--GG A--U-U-GUA
+G-UCU-GC-A A-CU-C-G-A -CU-AC-A-U -G-A--A-G- UU-GG-AAU- CG-C-UA-G- UA-AU-C-G- C-G-AA-UC-
+A-G--A-A-U -GU-C-G--C -G-G-U--G- AAU-AC--GU -U--CCCGG- G--C-C--U- UG--U-AC-A CA-C-C-G-C
+-CC-GU-C-A --CA--C-CA -UG-GG-A-G --UUG-G-AA -GC-GC-C-C -GAA--G-C- C-AG--UG-A -C-U-C-A-A
+-C-U------ ---------- ---------- ---------- ---------- G-CA-A---- ---------- ----------
+---------- ---------- ---------- ---------- -A--G-A--G A-G--A-G-- C-U-G--U-- CG--A-A--G
+-G-U-G--A- A-GC-CG-A- -UG-A-CU-A -G--GG-UG- -AA---G-U- CG--UAA--C -AA-GG-UA- G-C-CG-U--
+A-UCGGAA-- --GG-UG-C- G--GC-UGGA UCACCUCCUU .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
+.......... .......... .......... ........