[Seqinr-commits] r1808 - www/src/misc
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Wed Jun 11 11:06:27 CEST 2014
Author: jeanlobry
Date: 2014-06-11 11:06:27 +0200 (Wed, 11 Jun 2014)
New Revision: 1808
Modified:
www/src/misc/seqinRtodolist.txt
Log:
NS and NK are now documented
Modified: www/src/misc/seqinRtodolist.txt
===================================================================
--- www/src/misc/seqinRtodolist.txt 2014-06-11 09:02:13 UTC (rev 1807)
+++ www/src/misc/seqinRtodolist.txt 2014-06-11 09:06:27 UTC (rev 1808)
@@ -53,14 +53,8 @@
------ PENDING --------
-o D'un e-mail de Manolo du 05-MARS-2007 :
- QUOTE
- J'ai ajoute 2 criteres de selection:
- NS= et NK= pour mettre une espece ou un mot-cle (@ possible) dans une liste
- UNQUOTE
- --> Mettre a jour la doc de query() et le manuel.
- --> Doc query.Rd mise à jour dans 3.0-11, reste manuel à faire.
+
o Le probleme du controsle trop strict sur acgt comme seuls chars acceptes.
Faire une option professionnelle read.fasta(checkIUPAC= c("dnastrict", "dnaambiguous",
aastrict","aaambiguous","relax"), gapallowed = FALSE, gapchar = "-", forcetolower = FALSE)
@@ -70,6 +64,13 @@
o Mettre la doc a jour sur la gestion des caracteres ambigus dans la vignette.
------ TOUT CA, CA A DEJA ETE FAIT ---
+o D'un e-mail de Manolo du 05-MARS-2007 :
+ QUOTE
+ J'ai ajoute 2 criteres de selection:
+ NS= et NK= pour mettre une espece ou un mot-cle (@ possible) dans une liste
+ UNQUOTE
+ --> Mettre a jour la doc de query() et le manuel.
+ --> Doc query.Rd et querylang.rnw mise à jour dans 3.0-11.
o faire de m16.seq un dataset standard (oriC chez E. coli). --> 1.1-3
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