[Rprotobuf-commits] r878 - papers/jss
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Sun Mar 23 23:48:08 CET 2014
Author: edd
Date: 2014-03-23 23:48:07 +0100 (Sun, 23 Mar 2014)
New Revision: 878
Added:
papers/jss/article.R
Modified:
papers/jss/Makefile
papers/jss/article.Rnw
Log:
also 'R CMD Stangle' to create single R file with code -- is that what they ask for?
Modified: papers/jss/Makefile
===================================================================
--- papers/jss/Makefile 2014-03-23 22:44:03 UTC (rev 877)
+++ papers/jss/Makefile 2014-03-23 22:48:07 UTC (rev 878)
@@ -10,6 +10,7 @@
bibtex article
pdflatex article.tex
pdflatex article.tex
+ R CMD Stangle article.Rnw
jssarchive:
(cd .. && zip -r jssarchive.zip jss/)
Added: papers/jss/article.R
===================================================================
--- papers/jss/article.R (rev 0)
+++ papers/jss/article.R 2014-03-23 22:48:07 UTC (rev 878)
@@ -0,0 +1,340 @@
+### R code from vignette source 'article.Rnw'
+
+###################################################
+### code chunk number 1: article.Rnw:125-131
+###################################################
+## cf http://www.jstatsoft.org/style#q12
+options(prompt = "R> ",
+ continue = "+ ",
+ width = 70,
+ useFancyQuotes = FALSE,
+ digits = 4)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 2: article.Rnw:313-321
+###################################################
+library("RProtoBuf")
+p <- new(tutorial.Person, id=1,
+ name="Dirk")
+p$name
+p$name <- "Murray"
+cat(as.character(p))
+serialize(p, NULL)
+class(p)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 3: article.Rnw:376-377
+###################################################
+ls("RProtoBuf:DescriptorPool")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 4: article.Rnw:391-393
+###################################################
+p1 <- new(tutorial.Person)
+p <- new(tutorial.Person, name = "Murray", id = 1)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 5: article.Rnw:402-405
+###################################################
+p$name
+p$id
+p$email <- "murray at stokely.org"
+
+
+###################################################
+### code chunk number 6: article.Rnw:413-416
+###################################################
+p[["name"]] <- "Murray Stokely"
+p[[ 2 ]] <- 3
+p[["email"]]
+
+
+###################################################
+### code chunk number 7: article.Rnw:429-430
+###################################################
+p
+
+
+###################################################
+### code chunk number 8: article.Rnw:437-438
+###################################################
+writeLines(as.character(p))
+
+
+###################################################
+### code chunk number 9: article.Rnw:451-452
+###################################################
+serialize(p, NULL)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 10: article.Rnw:457-460
+###################################################
+tf1 <- tempfile()
+serialize(p, tf1)
+readBin(tf1, raw(0), 500)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 11: article.Rnw:465-470
+###################################################
+tf2 <- tempfile()
+con <- file(tf2, open = "wb")
+serialize(p, con)
+close(con)
+readBin(tf2, raw(0), 500)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 12: article.Rnw:476-480
+###################################################
+p$serialize(tf1)
+con <- file(tf2, open = "wb")
+p$serialize(con)
+close(con)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 13: article.Rnw:500-502
+###################################################
+msg <- read(tutorial.Person, tf1)
+writeLines(as.character(msg))
+
+
+###################################################
+### code chunk number 14: article.Rnw:508-512
+###################################################
+con <- file(tf2, open = "rb")
+message <- read(tutorial.Person, con)
+close(con)
+writeLines(as.character(message))
+
+
+###################################################
+### code chunk number 15: article.Rnw:517-519
+###################################################
+payload <- readBin(tf1, raw(0), 5000)
+message <- read(tutorial.Person, payload)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 16: article.Rnw:526-531
+###################################################
+message <- tutorial.Person$read(tf1)
+con <- file(tf2, open = "rb")
+message <- tutorial.Person$read(con)
+close(con)
+message <- tutorial.Person$read(payload)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 17: article.Rnw:610-611
+###################################################
+new(tutorial.Person)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 18: article.Rnw:675-682
+###################################################
+tutorial.Person$email
+
+tutorial.Person$PhoneType
+
+tutorial.Person$PhoneNumber
+
+tutorial.Person.PhoneNumber
+
+
+###################################################
+### code chunk number 19: article.Rnw:798-800
+###################################################
+tutorial.Person$PhoneType
+tutorial.Person$PhoneType$WORK
+
+
+###################################################
+### code chunk number 20: article.Rnw:849-852
+###################################################
+tutorial.Person$PhoneType$value(1)
+tutorial.Person$PhoneType$value(name="HOME")
+tutorial.Person$PhoneType$value(number=1)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 21: article.Rnw:921-924
+###################################################
+f <- tutorial.Person$fileDescriptor()
+f
+f$Person
+
+
+###################################################
+### code chunk number 22: article.Rnw:987-994
+###################################################
+if (!exists("protobuf_unittest.TestAllTypes",
+ "RProtoBuf:DescriptorPool")) {
+ unittest.proto.file <- system.file("unitTests", "data",
+ "unittest.proto",
+ package="RProtoBuf")
+ readProtoFiles(file=unittest.proto.file)
+}
+
+
+###################################################
+### code chunk number 23: article.Rnw:1016-1020
+###################################################
+as.integer(2^31-1)
+as.integer(2^31 - 1) + as.integer(1)
+2^31
+class(2^31)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 24: article.Rnw:1031-1032
+###################################################
+2^53 == (2^53 + 1)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 25: article.Rnw:1044-1047
+###################################################
+test <- new(protobuf_unittest.TestAllTypes)
+test$repeated_int64 <- c(2^53, 2^53+1)
+length(unique(test$repeated_int64))
+
+
+###################################################
+### code chunk number 26: article.Rnw:1054-1055
+###################################################
+test$repeated_int64 <- c("9007199254740992", "9007199254740993")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 27: article.Rnw:1066-1072
+###################################################
+options("RProtoBuf.int64AsString" = FALSE)
+test$repeated_int64
+length(unique(test$repeated_int64))
+options("RProtoBuf.int64AsString" = TRUE)
+test$repeated_int64
+length(unique(test$repeated_int64))
+
+
+###################################################
+### code chunk number 28: article.Rnw:1075-1076
+###################################################
+options("RProtoBuf.int64AsString" = FALSE)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 29: article.Rnw:1093-1095
+###################################################
+msg <- serialize_pb(iris, NULL)
+identical(iris, unserialize_pb(msg))
+
+
+###################################################
+### code chunk number 30: article.Rnw:1126-1129
+###################################################
+datasets <- as.data.frame(data(package="datasets")$results)
+datasets$name <- sub("\\s+.*$", "", datasets$Item)
+n <- nrow(datasets)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 31: article.Rnw:1139-1140
+###################################################
+m <- sum(sapply(datasets$name, function(x) can_serialize_pb(get(x))))
+
+
+###################################################
+### code chunk number 32: article.Rnw:1153-1160
+###################################################
+attr(CO2, "formula")
+msg <- serialize_pb(CO2, NULL)
+object <- unserialize_pb(msg)
+identical(CO2, object)
+identical(class(CO2), class(object))
+identical(dim(CO2), dim(object))
+attr(object, "formula")
+
+
+###################################################
+### code chunk number 33: article.Rnw:1176-1195
+###################################################
+datasets$object.size <- unname(sapply(datasets$name, function(x) object.size(eval(as.name(x)))))
+
+datasets$R.serialize.size <- unname(sapply(datasets$name, function(x) length(serialize(eval(as.name(x)), NULL))))
+
+datasets$R.serialize.size <- unname(sapply(datasets$name, function(x) length(serialize(eval(as.name(x)), NULL))))
+
+datasets$R.serialize.size.gz <- unname(sapply(datasets$name, function(x) length(memCompress(serialize(eval(as.name(x)), NULL), "gzip"))))
+
+datasets$RProtoBuf.serialize.size <- unname(sapply(datasets$name, function(x) length(serialize_pb(eval(as.name(x)), NULL))))
+
+datasets$RProtoBuf.serialize.size.gz <- unname(sapply(datasets$name, function(x) length(memCompress(serialize_pb(eval(as.name(x)), NULL), "gzip"))))
+
+clean.df <- data.frame(dataset=datasets$name,
+ object.size=datasets$object.size,
+ "serialized"=datasets$R.serialize.size,
+ "gzipped serialized"=datasets$R.serialize.size.gz,
+ "RProtoBuf"=datasets$RProtoBuf.serialize.size,
+ "gzipped RProtoBuf"=datasets$RProtoBuf.serialize.size.gz,
+ check.names=FALSE)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 34: article.Rnw:1403-1408
+###################################################
+require(RProtoBuf)
+require(HistogramTools)
+readProtoFiles(package="HistogramTools")
+hist <- HistogramTools.HistogramState$read("hist.pb")
+plot(as.histogram(hist))
+
+
+###################################################
+### code chunk number 35: article.Rnw:1476-1483 (eval = FALSE)
+###################################################
+## library("RProtoBuf")
+## library("httr")
+##
+## req <- GET('https://public.opencpu.org/ocpu/library/MASS/data/Animals/pb')
+## output <- unserialize_pb(req$content)
+##
+## identical(output, MASS::Animals)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 36: article.Rnw:1542-1558 (eval = FALSE)
+###################################################
+## library("httr")
+## library("RProtoBuf")
+##
+## args <- list(n=42, mean=100)
+## payload <- serialize_pb(args, NULL)
+##
+## req <- POST (
+## url = "https://public.opencpu.org/ocpu/library/stats/R/rnorm/pb",
+## body = payload,
+## add_headers (
+## "Content-Type" = "application/x-protobuf"
+## )
+## )
+##
+## output <- unserialize_pb(req$content)
+## print(output)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 37: article.Rnw:1562-1565 (eval = FALSE)
+###################################################
+## fnargs <- unserialize_pb(inputmsg)
+## val <- do.call(stats::rnorm, fnargs)
+## outputmsg <- serialize_pb(val)
+
+
Modified: papers/jss/article.Rnw
===================================================================
--- papers/jss/article.Rnw 2014-03-23 22:44:03 UTC (rev 877)
+++ papers/jss/article.Rnw 2014-03-23 22:48:07 UTC (rev 878)
@@ -124,7 +124,11 @@
%% guarantees better line breaks
<<echo=FALSE,print=FALSE>>=
## cf http://www.jstatsoft.org/style#q12
-options(prompt = "R> ", continue = "+ ", width = 70, useFancyQuotes = FALSE, digits=4)
+options(prompt = "R> ",
+ continue = "+ ",
+ width = 70,
+ useFancyQuotes = FALSE,
+ digits = 4)
@
\maketitle
@@ -981,13 +985,13 @@
distinct values.
<<echo=FALSE,print=FALSE>>=
- if (!exists("protobuf_unittest.TestAllTypes",
- "RProtoBuf:DescriptorPool")) {
- unittest.proto.file <- system.file("unitTests", "data",
- "unittest.proto",
- package="RProtoBuf")
- readProtoFiles(file=unittest.proto.file)
- }
+if (!exists("protobuf_unittest.TestAllTypes",
+ "RProtoBuf:DescriptorPool")) {
+ unittest.proto.file <- system.file("unitTests", "data",
+ "unittest.proto",
+ package="RProtoBuf")
+ readProtoFiles(file=unittest.proto.file)
+}
@
% We want a cleaner error message here.
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