[Rcpp-devel] Building shared libs with Rcpp does not work as before after Debian update

[Andreas Recke]

Hi,

until recently, I used a very simple mechanism to compile and link my
C++/Rcpp/RcppArmadillo code for using it in R.
Since the last update, however, something has changed with the linking,
and the Rcpp shared library is not linked to
the final libary as before.
My question is, whether I need to change the my code to take these
changes into account? Is there a compatibility problem
with earlier versions of R and Rcpp?
I would like to have at least the option to use the command line to
compile my code and to have it working even with different
versions of R and Rcpp, especially because I found a way to use the
THRUST library for parallel computing with Rcpp, Boost and R.

So here is my problem:

 ******************* test.cpp ***************
 #include <iostream>
 #include <iomanip>
 #include <cmath>
 #include <RcppArmadillo.h>

 using namespace Rcpp;

 double norm(double x, double y)
 {
     return sqrt(x*x + y*y);
 }

 RcppExport SEXP norm_wrapper(SEXP x_,SEXP y_)
 {
   // step 0: convert input to C++ types
   double x = as<double>(x_), y= as<double>(y_);
   // step 1: call the underlying C ++ function
   double res = norm (x,y);
   // step 2: return the result as a SEXP
   return wrap(res);
 }
 *******************

*************** my makevars ****************

PKG_CXXFLAGS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()") $(shell Rscript -e "RcppArmadillo:::CxxFlags()")
PKG_LIBS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()") $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) -lboost_system -lboost_thread

********************************************


************* in bash, I compile with ***********
R CMD SHLIB test.cpp

****************************************************

************* in R console ****************

>dyn.load("test.so")
>.Call("norm_wrapper", x_=2, y_=3)

and I get the error message, that function "dataptr" is not provided by
package "Rcpp" ...

******************************************
looking at test.so with nm , function "dataptr" is marked as unknown

Until recently, the above described procedure worked fine. Maybe it is
possible to keep it available for
compatibility reasons.

Andreas


By the way: I have R version 3.0.3 (2014-03-06) -- "Warm Puppy" on
x86_64-pc-linux-gnu (64-bit), with Rcpp 0.11.1 from 3/12/2014

--
Dr. Andreas Recke
Facharzt
Klinik für Dermatologie, Allergologie und Venerologie
Universitätsklinikum Schleswig-Holstein, Campus Lübeck
Ratzeburger Allee 160
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Tel.: +49 451 500 2530
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Universitätsklinikum Schleswig-Holstein
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