[Pomp-commits] r787 - www/vignettes
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Tue Oct 9 23:15:37 CEST 2012
Author: kingaa
Date: 2012-10-09 23:15:36 +0200 (Tue, 09 Oct 2012)
New Revision: 787
Modified:
www/vignettes/advanced_topics_in_pomp.R
www/vignettes/advanced_topics_in_pomp.Rnw
www/vignettes/advanced_topics_in_pomp.pdf
www/vignettes/bsmc-ricker-flat-prior.rda
www/vignettes/bsmc-ricker-normal-prior.rda
www/vignettes/complex-sir-def.rda
www/vignettes/gompertz-multi-mif.rda
www/vignettes/gompertz-trajmatch.rda
www/vignettes/intro_to_pomp.pdf
www/vignettes/plugin-C-code.rda
www/vignettes/plugin-R-code.rda
www/vignettes/ricker-first-probe.rda
www/vignettes/ricker-mif.rda
www/vignettes/ricker-probe-match.rda
www/vignettes/ricker-probe.rda
www/vignettes/sim-sim.rda
www/vignettes/sir-pomp-def.rda
www/vignettes/vectorized-C-code.rda
www/vignettes/vectorized-R-code.rda
Log:
- update vignette
Modified: www/vignettes/advanced_topics_in_pomp.R
===================================================================
--- www/vignettes/advanced_topics_in_pomp.R 2012-10-09 13:27:10 UTC (rev 786)
+++ www/vignettes/advanced_topics_in_pomp.R 2012-10-09 21:15:36 UTC (rev 787)
@@ -37,23 +37,29 @@
###################################################
-### code chunk number 3: plugin-R-code-sim
+### code chunk number 3: plugin-R-code-sim (eval = FALSE)
###################################################
+## simdat.Rplug <- simulate(ou2.Rplug,params=coef(ou2),nsim=5000,states=T)
+
+
+###################################################
+### code chunk number 4: plugin-R-code-eval
+###################################################
binary.file <- "plugin-R-code.rda"
if (file.exists(binary.file)) {
load(binary.file)
} else {
tic <- Sys.time()
-simdat.Rplug <- simulate(ou2.Rplug,params=coef(ou2),nsim=1000,states=T)
-toc <- Sys.time()
-etime.Rplug <- toc-tic
-n.Rplug <- dim(simdat.Rplug)[2]
-save(etime.Rplug,n.Rplug,file=binary.file,compress='xz')
+simdat.Rplug <- simulate(ou2.Rplug,params=coef(ou2),nsim=5000,states=T)
+ toc <- Sys.time()
+ etime.Rplug <- toc-tic
+ n.Rplug <- dim(simdat.Rplug)[2]
+ save(etime.Rplug,n.Rplug,file=binary.file,compress='xz')
}
###################################################
-### code chunk number 4: vectorized-R-code (eval = FALSE)
+### code chunk number 5: vectorized-R-code (eval = FALSE)
###################################################
## ou2.Rvect.rprocess <- function (xstart, times, params, ...) {
## nrep <- ncol(xstart) # number of realizations
@@ -90,13 +96,13 @@
###################################################
-### code chunk number 5: vectorized-R-pomp (eval = FALSE)
+### code chunk number 6: vectorized-R-pomp (eval = FALSE)
###################################################
## ou2.Rvect <- pomp(ou2.Rplug,rprocess=ou2.Rvect.rprocess)
###################################################
-### code chunk number 6: theta (eval = FALSE)
+### code chunk number 7: theta (eval = FALSE)
###################################################
## theta <- c(
## x1.0=-3, x2.0=4,
@@ -107,16 +113,13 @@
###################################################
-### code chunk number 7: vectorized-R-code-sim (eval = FALSE)
+### code chunk number 8: vectorized-R-code-sim (eval = FALSE)
###################################################
-## tic <- Sys.time()
-## simdat.Rvect <- simulate(ou2.Rvect,params=theta,states=T,nsim=1000)
-## toc <- Sys.time()
-## etime.Rvect <- toc-tic
+## simdat.Rvect <- simulate(ou2.Rvect,params=theta,states=T,nsim=100000)
###################################################
-### code chunk number 8: vectorized-R-code-eval
+### code chunk number 9: vectorized-R-code-eval
###################################################
binary.file <- "vectorized-R-code.rda"
if (file.exists(binary.file)) {
@@ -161,9 +164,9 @@
alpha.1=0.8, alpha.2=-0.5, alpha.3=0.3, alpha.4=0.9,
sigma.1=3, sigma.2=-0.5, sigma.3=2
)
-tic <- Sys.time()
-simdat.Rvect <- simulate(ou2.Rvect,params=theta,states=T,nsim=1000)
-toc <- Sys.time()
+ tic <- Sys.time()
+simdat.Rvect <- simulate(ou2.Rvect,params=theta,states=T,nsim=100000)
+ toc <- Sys.time()
etime.Rvect <- toc-tic
units(etime.Rvect) <- units(etime.Rplug)
n.Rvect <- dim(simdat.Rvect)[2]
@@ -172,19 +175,19 @@
###################################################
-### code chunk number 9: view-ou2-source (eval = FALSE)
+### code chunk number 10: view-ou2-source (eval = FALSE)
###################################################
## file.show(file=system.file("examples/ou2.c",package="pomp"))
###################################################
-### code chunk number 10: view-pomp.h (eval = FALSE)
+### code chunk number 11: view-pomp.h (eval = FALSE)
###################################################
## file.show(file=system.file("include/pomp.h",package="pomp"))
###################################################
-### code chunk number 11: plugin-C-code (eval = FALSE)
+### code chunk number 12: plugin-C-code (eval = FALSE)
###################################################
## ou2.Cplug <- pomp(
## ou2.Rplug,
@@ -200,16 +203,13 @@
###################################################
-### code chunk number 12: plugin-C-sim (eval = FALSE)
+### code chunk number 13: plugin-C-sim (eval = FALSE)
###################################################
-## tic <- Sys.time()
## simdat.Cplug <- simulate(ou2.Cplug,params=theta,states=T,nsim=100000)
-## toc <- Sys.time()
-## etime.Cplug <- toc-tic
###################################################
-### code chunk number 13: plugin-C-sim-eval
+### code chunk number 14: plugin-C-sim-eval
###################################################
binary.file <- "plugin-C-code.rda"
if (file.exists(binary.file)) {
@@ -226,9 +226,9 @@
statenames=c("x1","x2"),
obsnames=c("y1","y2")
)
-tic <- Sys.time()
+ tic <- Sys.time()
simdat.Cplug <- simulate(ou2.Cplug,params=theta,states=T,nsim=100000)
-toc <- Sys.time()
+ toc <- Sys.time()
etime.Cplug <- toc-tic
n.Cplug <- dim(simdat.Cplug)[2]
units(etime.Cplug) <- units(etime.Rplug)
@@ -238,13 +238,13 @@
###################################################
-### code chunk number 14: advanced_topics_in_pomp.Rnw:279-280 (eval = FALSE)
+### code chunk number 15: advanced_topics_in_pomp.Rnw:282-283 (eval = FALSE)
###################################################
## file.show(file=system.file("examples/ou2.c",package="pomp"))
###################################################
-### code chunk number 15: vectorized-C-code
+### code chunk number 16: vectorized-C-code
###################################################
ou2.Cvect.rprocess <- function (xstart, times, params, ...) {
nvar <- nrow(xstart)
@@ -266,45 +266,36 @@
###################################################
-### code chunk number 16: vectorized-C-code-pomp
+### code chunk number 17: vectorized-C-code-pomp
###################################################
ou2.Cvect <- pomp(
ou2.Rplug,
rprocess=ou2.Cvect.rprocess
)
+paramnames <- c(
+ "alpha.1","alpha.2","alpha.3","alpha.4",
+ "sigma.1","sigma.2","sigma.3",
+ "tau",
+ "x1.0","x2.0"
+ )
###################################################
-### code chunk number 17: vectorized-C-code-sim (eval = FALSE)
+### code chunk number 18: vectorized-C-code-sim (eval = FALSE)
###################################################
-## tic <- Sys.time()
-## paramnames <- c(
-## "alpha.1","alpha.2","alpha.3","alpha.4",
-## "sigma.1","sigma.2","sigma.3",
-## "tau",
-## "x1.0","x2.0"
-## )
## simdat.Cvect <- simulate(ou2.Cvect,params=theta[paramnames],nsim=100000,states=T)
-## toc <- Sys.time()
-## etime.Cvect <- toc-tic
###################################################
-### code chunk number 18: vectorized-C-code-eval
+### code chunk number 19: vectorized-C-code-eval
###################################################
binary.file <- "vectorized-C-code.rda"
if (file.exists(binary.file)) {
load(binary.file)
} else {
-tic <- Sys.time()
-paramnames <- c(
- "alpha.1","alpha.2","alpha.3","alpha.4",
- "sigma.1","sigma.2","sigma.3",
- "tau",
- "x1.0","x2.0"
- )
+ tic <- Sys.time()
simdat.Cvect <- simulate(ou2.Cvect,params=theta[paramnames],nsim=100000,states=T)
-toc <- Sys.time()
+ toc <- Sys.time()
etime.Cvect <- toc-tic
n.Cvect <- dim(simdat.Cvect)[2]
units(etime.Cvect) <- units(etime.Rplug)
@@ -314,7 +305,7 @@
###################################################
-### code chunk number 19: sir-def
+### code chunk number 20: sir-def
###################################################
pomp(
data=data.frame(
@@ -372,13 +363,13 @@
###################################################
-### code chunk number 20: view-sir-source (eval = FALSE)
+### code chunk number 21: view-sir-source (eval = FALSE)
###################################################
## file.show(file=system.file("examples/sir.c",package="pomp"))
###################################################
-### code chunk number 21: sir-sim (eval = FALSE)
+### code chunk number 22: sir-sim (eval = FALSE)
###################################################
## params <- c(
## gamma=26,mu=0.02,iota=0.01,
@@ -395,7 +386,7 @@
###################################################
-### code chunk number 22: sir-sim-eval
+### code chunk number 23: sir-sim-eval
###################################################
binary.file <- "sim-sim.rda"
if (file.exists(binary.file)) {
@@ -418,7 +409,7 @@
###################################################
-### code chunk number 23: advanced_topics_in_pomp.Rnw:488-495
+### code chunk number 24: advanced_topics_in_pomp.Rnw:490-497
###################################################
data(ou2)
true.p <- coef(ou2)
@@ -430,7 +421,7 @@
###################################################
-### code chunk number 24: advanced_topics_in_pomp.Rnw:504-507
+### code chunk number 25: advanced_topics_in_pomp.Rnw:506-509
###################################################
x <- rprocess(ou2,xstart=x0,times=time(ou2,t0=T),params=true.p)
dim(x)
@@ -438,7 +429,7 @@
###################################################
-### code chunk number 25: advanced_topics_in_pomp.Rnw:515-519
+### code chunk number 26: advanced_topics_in_pomp.Rnw:517-521
###################################################
x <- x[,,-1,drop=F]
y <- rmeasure(ou2,x=x,times=time(ou2),params=true.p)
@@ -447,7 +438,7 @@
###################################################
-### code chunk number 26: advanced_topics_in_pomp.Rnw:525-528
+### code chunk number 27: advanced_topics_in_pomp.Rnw:527-530
###################################################
fp <- dprocess(ou2,x=x,times=time(ou2),params=true.p)
dim(fp)
@@ -455,7 +446,7 @@
###################################################
-### code chunk number 27: advanced_topics_in_pomp.Rnw:530-533
+### code chunk number 28: advanced_topics_in_pomp.Rnw:532-535
###################################################
fm <- dmeasure(ou2,y=y[,1,],x=x,times=time(ou2),params=true.p)
dim(fm)
@@ -463,13 +454,13 @@
###################################################
-### code chunk number 28: all-data-loadable (eval = FALSE)
+### code chunk number 29: all-data-loadable (eval = FALSE)
###################################################
## data(package="pomp")
###################################################
-### code chunk number 29: pomp-builder (eval = FALSE)
+### code chunk number 30: pomp-builder (eval = FALSE)
###################################################
## rmeas <- "
## double size = 1.0/sigma/sigma;
@@ -592,7 +583,7 @@
###################################################
-### code chunk number 30: pomp-builder-eval
+### code chunk number 31: pomp-builder-eval
###################################################
if (Sys.getenv("POMP_BUILD_VIGNETTES")=="yes") {
require(pomp)
@@ -722,7 +713,7 @@
###################################################
-### code chunk number 31: restore-opts
+### code chunk number 32: restore-opts
###################################################
options(glop)
Modified: www/vignettes/advanced_topics_in_pomp.Rnw
===================================================================
--- www/vignettes/advanced_topics_in_pomp.Rnw 2012-10-09 13:27:10 UTC (rev 786)
+++ www/vignettes/advanced_topics_in_pomp.Rnw 2012-10-09 21:15:36 UTC (rev 787)
@@ -117,17 +117,20 @@
)
) -> ou2.Rplug
@
-<<plugin-R-code-sim,echo=F>>=
+<<plugin-R-code-sim,echo=T,eval=F>>=
+simdat.Rplug <- simulate(ou2.Rplug,params=coef(ou2),nsim=5000,states=T)
+@
+<<plugin-R-code-eval,echo=F,eval=T>>=
binary.file <- "plugin-R-code.rda"
if (file.exists(binary.file)) {
load(binary.file)
} else {
tic <- Sys.time()
-simdat.Rplug <- simulate(ou2.Rplug,params=coef(ou2),nsim=1000,states=T)
-toc <- Sys.time()
-etime.Rplug <- toc-tic
-n.Rplug <- dim(simdat.Rplug)[2]
-save(etime.Rplug,n.Rplug,file=binary.file,compress='xz')
+<<plugin-R-code-sim>>
+ toc <- Sys.time()
+ etime.Rplug <- toc-tic
+ n.Rplug <- dim(simdat.Rplug)[2]
+ save(etime.Rplug,n.Rplug,file=binary.file,compress='xz')
}
@
Notice how we specify the process model simulator using the \code{rprocess} plug-in \code{discrete.time.sim}.
@@ -200,13 +203,10 @@
sigma.1=3, sigma.2=-0.5, sigma.3=2
)
@
-<<vectorized-R-code-sim,eval=F>>=
-tic <- Sys.time()
-simdat.Rvect <- simulate(ou2.Rvect,params=theta,states=T,nsim=1000)
-toc <- Sys.time()
-etime.Rvect <- toc-tic
+<<vectorized-R-code-sim,eval=F,echo=T>>=
+simdat.Rvect <- simulate(ou2.Rvect,params=theta,states=T,nsim=100000)
@
-<<vectorized-R-code-eval,eval=T>>=
+<<vectorized-R-code-eval,eval=T,echo=F>>=
binary.file <- "vectorized-R-code.rda"
if (file.exists(binary.file)) {
load(binary.file)
@@ -214,7 +214,10 @@
<<vectorized-R-code>>
<<vectorized-R-pomp>>
<<theta>>
+ tic <- Sys.time()
<<vectorized-R-code-sim>>
+ toc <- Sys.time()
+etime.Rvect <- toc-tic
units(etime.Rvect) <- units(etime.Rplug)
n.Rvect <- dim(simdat.Rvect)[2]
save(etime.Rvect,n.Rvect,file=binary.file,compress='xz')
@@ -250,17 +253,17 @@
obsnames=c("y1","y2")
)
<<plugin-C-sim,eval=F>>=
-tic <- Sys.time()
simdat.Cplug <- simulate(ou2.Cplug,params=theta,states=T,nsim=100000)
-toc <- Sys.time()
-etime.Cplug <- toc-tic
<<plugin-C-sim-eval,eval=T,echo=F>>=
binary.file <- "plugin-C-code.rda"
if (file.exists(binary.file)) {
load(binary.file)
} else {
<<plugin-C-code>>
+ tic <- Sys.time()
<<plugin-C-sim>>
+ toc <- Sys.time()
+etime.Cplug <- toc-tic
n.Cplug <- dim(simdat.Cplug)[2]
units(etime.Cplug) <- units(etime.Rplug)
speedup <- as.numeric(etime.Rplug/n.Rplug)/as.numeric(etime.Cplug/n.Cplug)
@@ -307,25 +310,24 @@
ou2.Rplug,
rprocess=ou2.Cvect.rprocess
)
-@
-<<vectorized-C-code-sim,echo=T,eval=F>>=
-tic <- Sys.time()
paramnames <- c(
"alpha.1","alpha.2","alpha.3","alpha.4",
"sigma.1","sigma.2","sigma.3",
"tau",
"x1.0","x2.0"
)
+<<vectorized-C-code-sim,echo=T,eval=F>>=
simdat.Cvect <- simulate(ou2.Cvect,params=theta[paramnames],nsim=100000,states=T)
-toc <- Sys.time()
-etime.Cvect <- toc-tic
@
<<vectorized-C-code-eval,echo=F,eval=T>>=
binary.file <- "vectorized-C-code.rda"
if (file.exists(binary.file)) {
load(binary.file)
} else {
+ tic <- Sys.time()
<<vectorized-C-code-sim>>
+ toc <- Sys.time()
+etime.Cvect <- toc-tic
n.Cvect <- dim(simdat.Cvect)[2]
units(etime.Cvect) <- units(etime.Rplug)
speedup <- as.numeric(etime.Rplug/n.Rplug)/as.numeric(etime.Cvect/n.Cvect)
Modified: www/vignettes/advanced_topics_in_pomp.pdf
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/bsmc-ricker-flat-prior.rda
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/bsmc-ricker-normal-prior.rda
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/complex-sir-def.rda
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/gompertz-multi-mif.rda
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/gompertz-trajmatch.rda
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/intro_to_pomp.pdf
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/plugin-C-code.rda
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/plugin-R-code.rda
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/ricker-first-probe.rda
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/ricker-mif.rda
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/ricker-probe-match.rda
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/ricker-probe.rda
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(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/sim-sim.rda
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/sir-pomp-def.rda
===================================================================
(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/vectorized-C-code.rda
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(Binary files differ)
Modified: www/vignettes/vectorized-R-code.rda
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(Binary files differ)
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