[Genabel-commits] r1390 - pkg/GenABEL/tests
noreply at r-forge.r-project.org
noreply at r-forge.r-project.org
Thu Nov 14 07:13:05 CET 2013
Author: maksim
Date: 2013-11-14 07:13:05 +0100 (Thu, 14 Nov 2013)
New Revision: 1390
Added:
pkg/GenABEL/tests/test_mmscore_results_revision_1321
Log:
This file is used by function test.mmscore from file runit.mmscore.R. It contains result output from mmscore of revision 1321.
Added: pkg/GenABEL/tests/test_mmscore_results_revision_1321
===================================================================
--- pkg/GenABEL/tests/test_mmscore_results_revision_1321 (rev 0)
+++ pkg/GenABEL/tests/test_mmscore_results_revision_1321 2013-11-14 06:13:05 UTC (rev 1390)
@@ -0,0 +1,3001 @@
+Chromosome Position Strand A1 A2 N effB se_effB chi2.1df P1df Pc1df effAB effBB chi2.2df P2df
+rs1646456 1 653 + C G 200 -1.30793577059828 1.1824795758681 1.2234480649715 0.268685027819618 0.268685027819618 NA NA 0 NA
+rs7950586 1 849 - T A 198 -3.05408329377945 2.41652003828347 1.59727963021269 0.206289153214247 0.206289153214247 NA NA 0 NA
+rs4785242 1 1766 - T C 198 -1.33704154371982 1.05489556311169 1.60646353438792 0.20498963350507 0.20498963350507 NA NA 0 NA
+rs4435802 1 5291 + C A 199 -3.73616122152696 1.8732090662972 3.97812765139643 0.046094774282197 0.046094774282197 NA NA 0 NA
+rs2847446 1 5555 + T A 195 -0.325287237689113 1.08326013923982 0.0901713400111812 0.763959445211058 0.763959445211058 NA NA 0 NA
+rs946364 1 8533 - T C 194 -0.31799287025502 1.26091183855466 0.0636012016262699 0.800892053362401 0.800892053362401 NA NA 0 NA
+rs299251 1 10737 + A G 198 0.214658523936328 2.22084402867822 0.0093424366082874 0.922999360107953 0.922999360107953 NA NA 0 NA
+rs2456488 1 11779 + G C 198 1.49896638549352 1.06233190243878 1.99096369196388 0.158240153359298 0.158240153359298 NA NA 0 NA
+rs1292700 1 12710 - A C 198 -1.23044964707803 1.00341705428204 1.50371224353788 0.22010105495383 0.22010105495383 NA NA 0 NA
+rs3712159 1 12965 - G T 195 -1.19344117368084 2.29489039993675 0.270444488635012 0.603033761351398 0.603033761351398 NA NA 0 NA
+rs4602970 1 13406 - G T 200 3.55813288544108 2.7371719996607 1.68981884827907 0.193624850673761 0.193624850673761 NA NA 0 NA
+rs8183220 1 17110 - G A 196 -3.20468945624394 2.26196196599423 2.00724926086158 0.156548942018919 0.156548942018919 NA NA 0 NA
+rs1559539 1 18457 + G T 199 0.845009334291984 1.57917611301355 0.286326721439467 0.592584126897984 0.592584126897984 NA NA 0 NA
+rs6599877 1 19833 + A T 199 -2.17444666505811 1.14130080472595 3.62992182873685 0.0567494819374399 0.0567494819374399 NA NA 0 NA
+rs175910 1 22311 - G T 198 -0.764716548036178 1.21654062733017 0.39513703994113 0.529611439565185 0.529611439565185 NA NA 0 NA
+rs1919938 1 22314 + T G 199 1.0709001480669 1.12549740112648 0.905334278313601 0.341355410335104 0.341355410335104 NA NA 0 NA
+rs5370174 1 22450 + T A 197 -1.03008228002875 1.60914586192861 0.409782122031805 0.522080112314164 0.522080112314164 NA NA 0 NA
+rs8892781 1 23644 - T A 198 1.38516971245402 5.16539510180936 0.071911588292865 0.788573575941746 0.788573575941746 NA NA 0 NA
+rs888001 1 24332 - A C 197 1.45263124483331 4.21984570424635 0.118499800528971 0.730667306878161 0.730667306878161 NA NA 0 NA
+rs4619550 1 25768 - G T 197 -1.66367148963264 1.65922380131669 1.0053683529767 0.316015000976951 0.316015000976951 NA NA 0 NA
+rs1116030 1 27044 + A G 198 -2.60804487524092 1.80867217303491 2.07926769365328 0.149311794395854 0.149311794395854 NA NA 0 NA
+rs934875 1 27739 + A T 197 -1.77810085807815 1.56797432568947 1.2859819968508 0.256789739935891 0.256789739935891 NA NA 0 NA
+rs7844309 1 31482 - C G 196 0.357587174261953 1.02492287818784 0.121725478868446 0.72717055143699 0.72717055143699 NA NA 0 NA
+rs9604299 1 33575 + A T 198 2.21199245285074 1.98372350821477 1.24338321904643 0.264820019870844 0.264820019870844 NA NA 0 NA
+rs6735432 1 34812 + C G 198 -1.19746366485985 1.57696704320568 0.576606394394645 0.447645588741417 0.447645588741417 NA NA 0 NA
+rs5580333 1 37259 - G C 198 -3.4006294629487 3.16594996850073 1.1537468586758 0.282766172305538 0.282766172305538 NA NA 0 NA
+rs2968893 1 37507 + T C 198 -1.55730221135324 2.15597327771424 0.521745909948467 0.470097875274502 0.470097875274502 NA NA 0 NA
+rs9807290 1 42149 + G T 199 0.850223618493785 1.48548406860263 0.327589771652205 0.567081776315749 0.567081776315749 NA NA 0 NA
+rs9218131 1 43942 - T A 199 -1.89912286452251 2.26847209911518 0.700872856470532 0.402490557181171 0.402490557181171 NA NA 0 NA
+rs8199275 1 45032 + T A 199 -1.62471668249511 2.41145407507098 0.453938782777986 0.500470399829971 0.500470399829971 NA NA 0 NA
+rs2689086 1 47084 + G A 196 1.23548843210358 2.10854089755152 0.343331229501394 0.557912655510234 0.557912655510234 NA NA 0 NA
+rs1517354 1 47682 - C A 196 0.764525866524459 1.16604617846667 0.429885570047706 0.512045102612897 0.512045102612897 NA NA 0 NA
+rs5308242 1 49872 - T A 198 3.65489862436708 1.34128934611664 7.42515836773837 0.00643181642175962 0.00643181642175962 NA NA 0 NA
+rs249927 1 51795 - T G 199 2.5926564588628 1.47063389637939 3.10799853149375 0.0779086441401694 0.0779086441401694 NA NA 0 NA
+rs4961344 1 53176 + G T 200 -2.31038669764958 1.62375382526046 2.02455218839554 0.154774542128882 0.154774542128882 NA NA 0 NA
+rs7305258 1 53254 + A G 199 2.76408277197392 1.14181376107474 5.86018791614374 0.015487140454244 0.015487140454244 NA NA 0 NA
+rs6770110 1 53651 - A G 199 -2.61678723648557 1.1295980294429 5.36647330656703 0.0205274408951504 0.0205274408951504 NA NA 0 NA
+rs8059824 1 53687 + A C 200 3.5781430708609 1.33782018434713 7.15352196895372 0.00748169236188656 0.00748169236188656 NA NA 0 NA
+rs5889476 1 54374 - C A 198 -1.99078739213842 1.54015805905449 1.67077965375763 0.196154138815248 0.196154138815248 NA NA 0 NA
+rs3406206 1 55838 - T A 198 -0.0713711606705591 1.03755576867522 0.00473175903761737 0.945158543109645 0.945158543109645 NA NA 0 NA
+rs34949 1 56690 + C G 197 -0.0015554272022036 1.04815788138912 2.2021453021017e-06 0.998815969505519 0.998815969505519 NA NA 0 NA
+rs2974132 1 56963 - C T 197 1.06102059151249 2.90498378018706 0.133401342801551 0.714931153159291 0.714931153159291 NA NA 0 NA
+rs9395473 1 57803 + T A 199 0.140786590901646 1.04202848032848 0.0182542253379014 0.892526328046113 0.892526328046113 NA NA 0 NA
+rs1525102 1 58063 + A T 197 -0.200194395695667 1.04605369704738 0.0366265382725627 0.848227409477403 0.848227409477403 NA NA 0 NA
+rs4602281 1 58779 - T G 195 0.662738622114495 1.06307791718986 0.38864614771925 0.533011903695505 0.533011903695505 NA NA 0 NA
+rs2537006 1 59031 + G A 197 0.47145521721318 1.04817237279246 0.202309126507541 0.652863406240251 0.652863406240251 NA NA 0 NA
+rs9740406 1 64799 + G T 195 0.189311010670561 1.1100697230452 0.0290838055987429 0.864585677904324 0.864585677904324 NA NA 0 NA
+rs5657810 1 66993 - C G 199 -1.99356898125176 1.09294636688169 3.32709218219677 0.068147257588709 0.068147257588709 NA NA 0 NA
+rs9080376 1 67292 - C T 199 0.853047934499282 2.00954467620377 0.180198652782873 0.671202577051169 0.671202577051169 NA NA 0 NA
+rs5986931 1 67816 - T G 196 2.74765437241515 4.59001717904388 0.358340241340797 0.549429470966278 0.549429470966278 NA NA 0 NA
+rs1307787 1 68574 + G A 195 -1.12332720349768 1.36718199399212 0.675087229358231 0.411283569792475 0.411283569792475 NA NA 0 NA
+rs4078445 1 71064 + A T 197 -2.47894186133247 2.83145527242712 0.766501963195863 0.38130137809213 0.38130137809213 NA NA 0 NA
+rs2939190 1 71843 - A G 199 -1.91886100914915 1.32330913266927 2.10263755412919 0.147045292821401 0.147045292821401 NA NA 0 NA
+rs457110 1 73128 - C A 199 -2.73762001128476 3.68023004332981 0.553345523477054 0.45695392802885 0.45695392802885 NA NA 0 NA
+rs1857718 1 73611 - T C 199 -1.74627981393462 2.22927362813071 0.613621984345935 0.433427319192452 0.433427319192452 NA NA 0 NA
+rs3304816 1 76637 + C A 199 0.0894991914861185 1.08625076342154 0.00678856584392676 0.934334398257498 0.934334398257498 NA NA 0 NA
+rs9597519 1 76710 + G A 196 2.33324531477574 5.88142559899782 0.157382192016703 0.691578194549564 0.691578194549564 NA NA 0 NA
+rs6029233 1 77973 + A C 198 1.26149333462699 1.26701251077908 0.991306865263179 0.319423174852012 0.319423174852012 NA NA 0 NA
+rs848771 1 78182 - C A 198 -2.81056362387267 3.68081886152513 0.583039462614701 0.445123408699972 0.445123408699972 NA NA 0 NA
+rs3856709 1 80141 - G T 200 -1.65745332526772 2.22870252888569 0.553067836422748 0.457066880228374 0.457066880228374 NA NA 0 NA
+rs4848847 1 80887 - C T 195 7.55746101434675 2.71525339828589 7.74695617631061 0.00538031480111762 0.00538031480111762 NA NA 0 NA
+rs6300209 1 81052 + C G 200 1.86441116414771 7.21361565534366 0.0668001428623471 0.796054048631708 0.796054048631708 NA NA 0 NA
+rs8644749 1 81338 + C A 200 -0.487492560481708 1.51898569036286 0.102997959184106 0.748261202225925 0.748261202225925 NA NA 0 NA
+rs3926499 1 81517 - T G 198 -0.0830632860889911 1.46822158871525 0.00320062656416605 0.954884482373667 0.954884482373667 NA NA 0 NA
+rs989021 1 83865 + G A 197 -1.09396563573228 1.66741369301706 0.430447938759581 0.511769233357926 0.511769233357926 NA NA 0 NA
+rs5192323 1 85141 - C T 199 -1.28858876908714 1.67542909667758 0.591529729872224 0.441828190591771 0.441828190591771 NA NA 0 NA
+rs105659 1 85621 - T A 195 -0.00568975765005074 1.188982325463 2.29000662790356e-05 0.996181816701826 0.996181816701826 NA NA 0 NA
+rs4234616 1 86544 - A T 200 -0.481477955164348 1.72141989652034 0.0782310534023076 0.779709100137202 0.779709100137202 NA NA 0 NA
+rs5131126 1 86548 + G C 196 2.01411265958135 1.41741315464405 2.01917797506923 0.155323206568179 0.155323206568179 NA NA 0 NA
+rs9174700 1 87184 - C A 197 -1.14490928179391 1.68710198964335 0.46053164451038 0.497375613200447 0.497375613200447 NA NA 0 NA
+rs8636328 1 89457 - G A 199 1.20977986312618 1.66550435748583 0.527619886520822 0.467609230962015 0.467609230962015 NA NA 0 NA
+rs1506397 1 89472 + C G 199 1.09335110886324 1.66509203395025 0.431164318680747 0.511418187201323 0.511418187201323 NA NA 0 NA
+rs1256076 1 89569 + A T 196 -1.32284567924062 3.12967748332951 0.178656653852953 0.672530241611649 0.672530241611649 NA NA 0 NA
+rs7201791 1 89954 + G A 197 -1.35653624456866 1.68967424404632 0.644550330826935 0.422067843711187 0.422067843711187 NA NA 0 NA
+rs4300981 1 91620 + C T 197 0.839010265872087 1.67861137779349 0.249824038466362 0.617199004622788 0.617199004622788 NA NA 0 NA
+rs8487702 1 92219 - G C 200 1.13853631317673 1.6642850401498 0.467991919844653 0.49391243267403 0.49391243267403 NA NA 0 NA
+rs1149006 1 93356 - C T 198 -0.972251590149361 1.68627214664702 0.332431363730087 0.564230908221068 0.564230908221068 NA NA 0 NA
+rs1417620 1 94207 + G T 197 -1.21066937405647 1.6673608582075 0.527220038486532 0.467777963551268 0.467777963551268 NA NA 0 NA
+rs2241810 1 94711 + T C 200 5.57397640486397 4.21605711146872 1.74790281338643 0.186140595283847 0.186140595283847 NA NA 0 NA
+rs3360068 1 96118 + T C 196 -0.803391700466458 2.66766395235918 0.0906968995778751 0.763293054673862 0.763293054673862 NA NA 0 NA
+rs6544260 1 96214 - A T 198 1.49434281708013 1.53711098943809 0.945126685773926 0.330962867445424 0.330962867445424 NA NA 0 NA
+rs4919931 1 96999 - C T 197 -3.33401128254333 3.16704095901673 1.10822200717698 0.29246877149402 0.29246877149402 NA NA 0 NA
+rs6258447 1 100325 + G C 199 3.20017392541468 1.7716315395975 3.26287441227547 0.0708648059432655 0.0708648059432655 NA NA 0 NA
+rs884310 1 101791 - T A 193 -1.46675711979613 1.69399755158503 0.749705770156872 0.386569401667032 0.386569401667032 NA NA 0 NA
+rs4084365 1 102483 + C T 198 -1.54241506828782 1.44091682613235 1.14584188411751 0.284421283567177 0.284421283567177 NA NA 0 NA
+rs597404 1 102781 - G C 197 -3.07203395411871 3.93030539472053 0.610941220302078 0.4344336440231 0.4344336440231 NA NA 0 NA
+rs8283095 1 103819 - C G 198 0.411467754862641 4.59228830959167 0.00802811014265072 0.928605305508002 0.928605305508002 NA NA 0 NA
+rs1231859 1 105026 - A G 199 0.390026512629028 4.59222044013145 0.00721344633320354 0.932315443370767 0.932315443370767 NA NA 0 NA
+rs2787508 1 105433 - T G 198 -2.57803752168491 2.65374931020323 0.943753726101117 0.33131434539456 0.33131434539456 NA NA 0 NA
+rs6482496 1 106655 - T A 199 0.498344165110528 1.28468054362799 0.150476423939843 0.698080485703652 0.698080485703652 NA NA 0 NA
+rs7962427 1 107065 + A G 195 -1.37882498979402 1.68075196516092 0.672993758477132 0.412009789737484 0.412009789737484 NA NA 0 NA
+rs4811179 1 108940 + A T 198 0.326556453091897 2.20941315720828 0.0218455341752495 0.882498755987492 0.882498755987492 NA NA 0 NA
+rs4196655 1 109933 + A T 199 -1.25175139858214 1.67631711249953 0.557601346270047 0.455228314230298 0.455228314230298 NA NA 0 NA
+rs5604984 1 115500 - G T 200 0.188234480768207 1.5332265673448 0.0150725137525005 0.902289099286721 0.902289099286721 NA NA 0 NA
+rs3233253 1 115613 - T G 199 2.11245078295488 1.24548382712346 2.87671616397575 0.0898691231861381 0.0898691231861381 NA NA 0 NA
+rs5485392 1 117625 + A G 198 -2.59126420375851 3.68056839162708 0.49567111011871 0.481408399482962 0.481408399482962 NA NA 0 NA
+rs1357966 1 123162 + A G 200 -1.38641497534792 1.30378315951378 1.13077382587598 0.287610340624417 0.287610340624417 NA NA 0 NA
+rs335648 1 123725 + G A 199 5.92691932718791 4.60946786715689 1.6533182066607 0.198507906485659 0.198507906485659 NA NA 0 NA
+rs6220106 1 123956 - T C 198 -4.49075265748416 3.47924746584065 1.66597174690835 0.19679895561704 0.19679895561704 NA NA 0 NA
+rs278643 1 125911 + A C 197 -1.13531346684004 1.20462082722576 0.888241056892395 0.345954410268667 0.345954410268667 NA NA 0 NA
+rs1455502 1 125948 + G C 197 0.460020978652133 3.17120528102875 0.021042947082309 0.884662020526814 0.884662020526814 NA NA 0 NA
+rs6415154 1 127520 + T C 198 1.51765024820028 1.900741896283 0.637524823056898 0.424608518330397 0.424608518330397 NA NA 0 NA
+rs8851788 1 127958 - A C 195 -3.8603151193962 7.19887446830716 0.287551948301127 0.591793587081627 0.591793587081627 NA NA 0 NA
+rs1811102 1 129149 - A T 200 -1.48212798005258 1.26452187166083 1.37378484539896 0.241162657875397 0.241162657875397 NA NA 0 NA
+rs5369480 1 129511 - C G 200 -0.700820618706608 1.13414565241211 0.381835300862772 0.536622647433539 0.536622647433539 NA NA 0 NA
+rs8662214 1 130181 - T G 198 -0.967465724909489 1.08826018788925 0.790324950331777 0.374001885747667 0.374001885747667 NA NA 0 NA
+rs4976567 1 131496 - G C 197 -0.727481071783979 1.129357222591 0.414935629877758 0.519474945337745 0.519474945337745 NA NA 0 NA
+rs4427297 1 132306 + G A 199 -0.582659962852877 1.81838784004588 0.102673251727827 0.748644909692013 0.748644909692013 NA NA 0 NA
+rs1926304 1 132612 + G A 197 -1.78769695669183 1.26509130921325 1.99684362940099 0.15762715341038 0.15762715341038 NA NA 0 NA
+rs9440103 1 133206 - T A 200 -1.16786410527863 1.04966578076826 1.23789138961637 0.265877821770804 0.265877821770804 NA NA 0 NA
+rs1879084 1 135013 + G T 195 1.49736260967686 1.40909887460699 1.12920042363669 0.287945954225765 0.287945954225765 NA NA 0 NA
+rs394658 1 136281 - C G 197 -0.375311280654032 1.04457238494932 0.129094029083389 0.71937323597829 0.71937323597829 NA NA 0 NA
+rs5808387 1 136979 - A C 196 3.74162854702228 2.34604466245816 2.54359984264529 0.110742043959095 0.110742043959095 NA NA 0 NA
+rs5083707 1 138533 + A G 195 -1.26500254734347 1.17793083338847 1.15330246471355 0.282858893726892 0.282858893726892 NA NA 0 NA
+rs9721397 1 140011 - C G 200 4.90961525770664 10.1256635099146 0.235097460391177 0.627769629624834 0.627769629624834 NA NA 0 NA
+rs9315927 1 140225 - C A 198 1.91759522899252 1.36876325577043 1.96271483356696 0.161223269284307 0.161223269284307 NA NA 0 NA
+rs8235155 1 141323 + G T 198 2.1326063869355 1.44677492867282 2.17279854935038 0.14047039901512 0.14047039901512 NA NA 0 NA
+rs6747426 1 143162 + A G 198 -1.9207956765198 1.27658471093755 2.26393034911773 0.132417612267271 0.132417612267271 NA NA 0 NA
+rs6814087 1 153521 - T G 199 -0.719473312998691 1.11898240654954 0.413411794269346 0.520242873304985 0.520242873304985 NA NA 0 NA
+rs7705971 1 154272 - G C 196 -0.657911431387394 1.13001043108481 0.33897678783712 0.560420435606895 0.560420435606895 NA NA 0 NA
+rs8433326 1 156971 + G A 198 -0.731042441507262 1.80685378581458 0.163696412716806 0.685775871610603 0.685775871610603 NA NA 0 NA
+rs8586929 1 157017 - G A 199 -0.252440241085904 1.80871287299769 0.0194795048526912 0.889000537823513 0.889000537823513 NA NA 0 NA
+rs4897041 1 159979 - T G 198 -0.966858727923865 1.80864045295523 0.285773243123574 0.592941955302069 0.592941955302069 NA NA 0 NA
+rs6555154 1 160870 - A T 200 -0.697957028152228 1.78936176557477 0.152146183586048 0.696492767807027 0.696492767807027 NA NA 0 NA
+rs8207084 1 163324 + A G 199 -1.5892032775345 2.95402343684125 0.289421660500303 0.590591382350127 0.590591382350127 NA NA 0 NA
+rs4197617 1 165285 + C T 198 -3.73445142156677 5.90307225443114 0.400218749535292 0.526976307134827 0.526976307134827 NA NA 0 NA
+rs2733966 1 166959 + T G 199 -1.72622137041828 3.68144322877161 0.219865335253219 0.63914254530385 0.63914254530385 NA NA 0 NA
+rs7240162 1 167804 + T G 195 -1.38592609542762 1.48326180358839 0.873060858370917 0.350109325121493 0.350109325121493 NA NA 0 NA
+rs8441911 1 168304 + T A 198 1.47297362202629 1.68612082858741 0.763154646279621 0.382343083716918 0.382343083716918 NA NA 0 NA
+rs9759883 1 168559 - C T 197 1.52477910211404 1.68732417505587 0.816613968497505 0.366172025516984 0.366172025516984 NA NA 0 NA
+rs6214007 1 168633 + C G 198 -2.09597574810471 1.78512623133963 1.37858847365046 0.240341727983279 0.240341727983279 NA NA 0 NA
+rs7696980 1 170838 - T A 197 -1.78887036240103 1.33966732369678 1.78305117817088 0.181775105256672 0.181775105256672 NA NA 0 NA
+rs3370279 1 170916 + A C 196 -1.02869651245595 1.35139432350839 0.579442511041189 0.446530921794837 0.446530921794837 NA NA 0 NA
+rs3507999 1 174431 + A T 199 1.22017051647341 3.03583702987562 0.161541512730718 0.687741231074407 0.687741231074407 NA NA 0 NA
+rs906265 1 177563 - C A 199 1.19216501176852 1.0382015941267 1.31858873399282 0.250845485923333 0.250845485923333 NA NA 0 NA
+rs6283383 1 183097 + A T 198 0.903707820603834 1.14731189919503 0.620430423257077 0.430887382973568 0.430887382973568 NA NA 0 NA
+rs878686 1 183657 + G A 199 -1.86423415637831 2.70302058006227 0.475666117542455 0.490391973262113 0.490391973262113 NA NA 0 NA
+rs5336386 1 184711 + C G 197 2.18961938960109 2.03205001329542 1.1610969252735 0.281238163921124 0.281238163921124 NA NA 0 NA
+rs5492208 1 187642 - G A 199 2.08694118207834 1.74485672109433 1.43054286962506 0.231675862315912 0.231675862315912 NA NA 0 NA
+rs6905474 1 189405 - T G 196 -1.06565719132877 1.20116897600455 0.787094407722288 0.37498016133979 0.37498016133979 NA NA 0 NA
+rs7696258 1 190510 - G A 198 -3.71653669978846 4.59878964642807 0.653115155316255 0.419001127180374 0.419001127180374 NA NA 0 NA
+rs9041676 1 196761 + G C 199 2.61196732909269 3.70136696866191 0.497979185928076 0.480389398615662 0.480389398615662 NA NA 0 NA
+rs4159423 1 197131 + T A 198 5.67985730374096 2.44000862860372 5.4186627962318 0.0199226124780196 0.0199226124780196 NA NA 0 NA
+rs9395116 1 198007 - A T 199 -0.366978599765376 1.08244709108799 0.114939187595595 0.734589522703488 0.734589522703488 NA NA 0 NA
+rs6919775 1 198315 - A T 199 1.00539274422946 1.25441528749691 0.642375275767358 0.422851982013878 0.422851982013878 NA NA 0 NA
+rs3676914 1 200588 - T G 197 2.59935723687432 1.50881185359603 2.96798543339923 0.0849275552825569 0.0849275552825569 NA NA 0 NA
+rs7491263 1 201092 - G T 199 -0.586112589411472 1.55511462136652 0.142048708821928 0.706252753596142 0.706252753596142 NA NA 0 NA
+rs3621305 1 202665 + G A 195 0.992162187275718 1.55716086925288 0.405974148646124 0.524019973779804 0.524019973779804 NA NA 0 NA
+rs7484854 1 203519 + G A 198 2.14158643309161 1.77511405401376 1.4555217148139 0.22764400905197 0.22764400905197 NA NA 0 NA
+rs3789361 1 204053 + T A 197 1.99129582460284 2.01389863637272 0.977679143286834 0.322772460753131 0.322772460753131 NA NA 0 NA
+rs5682330 1 210355 - G T 197 -0.977472743534276 1.23980852175782 0.621584359304318 0.430459136838491 0.430459136838491 NA NA 0 NA
+rs9558261 1 212310 + G C 196 1.2817636014158 2.33258007380886 0.301955362426095 0.582659173043408 0.582659173043408 NA NA 0 NA
+rs9001722 1 212466 + A C 198 1.62606303419301 3.02394934412482 0.289151686954617 0.590764662683019 0.590764662683019 NA NA 0 NA
+rs6456733 1 212516 - T A 197 0.183525301395218 1.35108842293625 0.0184511885390175 0.891951601261208 0.891951601261208 NA NA 0 NA
+rs9698354 1 212812 - C G 198 -0.510358844429203 1.61468136898982 0.0999027912528929 0.751946319527754 0.751946319527754 NA NA 0 NA
+rs2292307 1 214483 + T G 196 1.32094476672806 1.82371267373524 0.524634063225605 0.468871588835605 0.468871588835605 NA NA 0 NA
+rs4950080 1 214792 + C A 196 -2.75896402665827 3.18992625376721 0.748050280039006 0.387094226564843 0.387094226564843 NA NA 0 NA
+rs3250008 1 215618 + T A 198 -0.512801496218555 1.61843148493344 0.100394502082841 0.751356728800071 0.751356728800071 NA NA 0 NA
+rs8455133 1 217179 - G A 198 -0.335074655308159 1.14054664486401 0.0863091930987023 0.768922761144373 0.768922761144373 NA NA 0 NA
+rs6229703 1 217914 - A T 198 0.0815457956336145 1.43980156410539 0.0032077304505838 0.95483449595623 0.95483449595623 NA NA 0 NA
+rs5488086 1 218983 - G A 200 -0.794024684583944 1.21246973238977 0.428870521744734 0.512543687031252 0.512543687031252 NA NA 0 NA
+rs1428424 1 220843 - A C 200 -1.64388813758144 2.66638809657724 0.380099938581385 0.537549755770643 0.537549755770643 NA NA 0 NA
+rs4384882 1 221523 - G A 199 3.23711740222126 2.32309162743293 1.9417093494015 0.163483055763241 0.163483055763241 NA NA 0 NA
+rs6813055 1 221865 - C T 199 0.150206905361642 1.70082907802596 0.00779935077443232 0.929627165236334 0.929627165236334 NA NA 0 NA
+rs7548334 1 221960 + C A 200 -0.19120510638521 1.5490240525258 0.0152364099881868 0.901761966973705 0.901761966973705 NA NA 0 NA
+rs4996108 1 225126 + C G 199 4.92144835579247 2.70098629779405 3.32002307535226 0.06844086841081 0.06844086841081 NA NA 0 NA
+rs7868825 1 225557 + T A 198 -1.13754846696223 1.41647971702777 0.644939681437259 0.421927706864572 0.421927706864572 NA NA 0 NA
+rs9810501 1 227654 - C A 196 0.634585240287535 2.74402521735801 0.0534815194052213 0.817112262509934 0.817112262509934 NA NA 0 NA
+rs3994777 1 227655 - A C 200 1.11805961690192 1.41323414962573 0.625895280074016 0.428864961844053 0.428864961844053 NA NA 0 NA
+rs5206609 1 229654 + T C 197 2.04932998704478 1.49068530595729 1.88995667603159 0.169206808253698 0.169206808253698 NA NA 0 NA
+rs1246759 1 230225 + T A 197 -0.92504585197635 2.23368367736321 0.171507524661343 0.678775483487393 0.678775483487393 NA NA 0 NA
+rs4237279 1 230545 - C A 198 -1.29286507896264 1.68559531630918 0.588301259860796 0.443076763801341 0.443076763801341 NA NA 0 NA
+rs1865471 1 230908 + A T 195 -4.04790171060379 2.75428689190123 2.15993940066993 0.141650276573831 0.141650276573831 NA NA 0 NA
+rs6460293 1 231622 - G C 197 0.888093842496182 1.68785465089806 0.276851976489752 0.598772005564312 0.598772005564312 NA NA 0 NA
+rs7767980 1 232439 + A T 197 0.315263089574733 1.18688991061679 0.0705546072302704 0.790530977969953 0.790530977969953 NA NA 0 NA
+rs6724871 1 232626 - T C 197 -0.296370979950293 1.18163725783934 0.0629075831100969 0.801958039571081 0.801958039571081 NA NA 0 NA
+rs6891376 1 234176 - T C 198 1.21458224426931 1.1075180354896 1.20268596085285 0.272785501418626 0.272785501418626 NA NA 0 NA
+rs8239337 1 234512 - G A 197 -1.63221574559406 1.89532605436766 0.741629951068638 0.389139246459606 0.389139246459606 NA NA 0 NA
+rs4996865 1 234749 - T G 197 0.268903066822427 1.18713166581838 0.0513090213890238 0.820800934994251 0.820800934994251 NA NA 0 NA
+rs8921797 1 234808 + A G 198 1.36882395587445 1.58213945323138 0.748523902915132 0.386943974606316 0.386943974606316 NA NA 0 NA
+rs9375076 1 235601 - A G 199 -0.478748369766278 1.09831399988725 0.19000348962105 0.662913713151173 0.662913713151173 NA NA 0 NA
+rs6824356 1 236327 - G T 197 -0.98927791030697 1.99079697888171 0.246935015541016 0.619241543845732 0.619241543845732 NA NA 0 NA
+rs3814287 1 236356 - A T 200 -3.95902508508468 2.75178946996734 2.069884432131 0.150232905031769 0.150232905031769 NA NA 0 NA
+rs7205132 1 237860 + C G 199 0.293611965893856 1.08710525447954 0.0729464752876916 0.787094052671335 0.787094052671335 NA NA 0 NA
+rs2511745 1 239315 - G C 198 0.248508093363557 1.22378070772091 0.0412357473136056 0.839083548195558 0.839083548195558 NA NA 0 NA
+rs8946585 1 241650 - T G 199 -1.32731979444266 2.20078729105419 0.36374330064797 0.54643461628671 0.54643461628671 NA NA 0 NA
+rs8931480 1 242297 - C T 198 -1.24251369121463 1.17175011745741 1.12442981932003 0.28896659488116 0.28896659488116 NA NA 0 NA
+rs7661772 1 243549 + A T 197 0.716097867358186 1.39913438612529 0.261954522177938 0.60878054056551 0.60878054056551 NA NA 0 NA
+rs7923986 1 243721 + A C 199 0.726082761123595 1.32875648469686 0.298594261776136 0.584765037316768 0.584765037316768 NA NA 0 NA
+rs5668230 1 244657 + T C 195 -0.210560241891762 1.14754116389563 0.0336679129203579 0.854414990786439 0.854414990786439 NA NA 0 NA
+rs1902000 1 246687 - G C 200 3.53623066750476 2.43509058887544 2.10887543456517 0.146446902876673 0.146446902876673 NA NA 0 NA
+rs507463 1 247290 + C T 199 -1.35618513100995 1.98138828093754 0.468488329943046 0.493683430645203 0.493683430645203 NA NA 0 NA
+rs8137116 1 248281 - C A 198 0.640045791892679 1.17982286265616 0.294298790841377 0.587478842193389 0.587478842193389 NA NA 0 NA
+rs6941483 1 249065 + T G 197 0.802283214946843 1.03167731183971 0.604738547713772 0.436775745633289 0.436775745633289 NA NA 0 NA
+rs1770227 1 250326 + G A 200 3.07862745577691 2.8352874632588 1.17901703815705 0.277556197911652 0.277556197911652 NA NA 0 NA
+rs9457223 1 250746 - T G 197 2.97780604037562 1.88118054485185 2.50571605579501 0.113433915685382 0.113433915685382 NA NA 0 NA
+rs3812682 1 251079 + G T 199 4.05047168219102 3.33374960129688 1.47620015641958 0.22436999075067 0.22436999075067 NA NA 0 NA
+rs6811993 1 253050 + T C 200 1.29215440099873 1.63377166574101 0.625527060903807 0.429000780071939 0.429000780071939 NA NA 0 NA
+rs772087 1 253518 - G T 199 0.90618783545512 1.03415840423002 0.76782513472607 0.380890706317572 0.380890706317572 NA NA 0 NA
+rs4522233 1 255025 + C G 198 0.839378365661334 1.38344517202541 0.368121886223996 0.544029785008058 0.544029785008058 NA NA 0 NA
+rs8284299 1 257079 - T A 196 2.50796416518116 2.37386416653345 1.11617148671524 0.29074432791421 0.29074432791421 NA NA 0 NA
+rs4117425 1 257367 + A C 196 0.667599673805536 1.63482653317794 0.166758844149601 0.683008537478388 0.683008537478388 NA NA 0 NA
+rs544722 1 261600 - T G 194 0.655710437430374 1.08111743085944 0.367856516895572 0.544174974579425 0.544174974579425 NA NA 0 NA
+rs895950 1 262630 + G T 197 -0.30988670984346 2.76567134244614 0.0125546544185159 0.910785701084456 0.910785701084456 NA NA 0 NA
+rs9918092 1 262688 - T G 199 -1.31793247918794 1.98147201302555 0.442395230945495 0.505968639298293 0.505968639298293 NA NA 0 NA
+rs2343852 1 263008 + A T 197 0.85256702359266 1.81575016090217 0.220467652846084 0.63868382118793 0.63868382118793 NA NA 0 NA
+rs5970403 1 267025 - G A 198 0.550783086032795 1.57941944548446 0.121609143247044 0.72729575483547 0.72729575483547 NA NA 0 NA
+rs8300279 1 267069 - T C 200 1.08391078831798 1.07087017771042 1.02450345978531 0.311453152446937 0.311453152446937 NA NA 0 NA
+rs8601678 1 267595 + A C 198 1.13348994028788 1.70375642792262 0.442609086553674 0.505865841244125 0.505865841244125 NA NA 0 NA
+rs8703197 1 268684 - C G 198 1.50516835280045 1.83132649080028 0.675520606347676 0.411133467990541 0.411133467990541 NA NA 0 NA
+rs797792 1 270450 + G A 198 -0.46086522297308 2.76511529554074 0.0277793056092548 0.867628728171667 0.867628728171667 NA NA 0 NA
+rs1868689 1 272288 - G A 200 6.1341314291176 2.87695547096927 4.54610930734506 0.0329936369113267 0.0329936369113267 NA NA 0 NA
+rs3475564 1 274929 - C G 199 -0.195585582435976 1.18113207040736 0.0274205872676752 0.868478336209491 0.868478336209491 NA NA 0 NA
+rs5648169 1 275934 - T G 199 -8.36609415093613 10.1442792611622 0.680147494876218 0.409535939424672 0.409535939424672 NA NA 0 NA
+rs5272191 1 276372 - G A 198 0.609200512373799 1.50484752260101 0.163883610994141 0.685605850958643 0.685605850958643 NA NA 0 NA
+rs352871 1 277155 + A C 198 -0.304191068657983 1.0378475065863 0.0859064602942221 0.769447215861341 0.769447215861341 NA NA 0 NA
+rs3184695 1 279240 + G T 197 -0.562862959788067 1.21548208967435 0.214441191921262 0.643308491318316 0.643308491318316 NA NA 0 NA
+rs1458510 1 283142 + G C 198 -0.102645318807441 2.68029087610476 0.00146660931783069 0.969451412439053 0.969451412439053 NA NA 0 NA
+rs8010155 1 284641 - A G 193 2.3539001352255 3.6936950632596 0.406119637418877 0.523945624033627 0.523945624033627 NA NA 0 NA
+rs9008382 1 285275 - T G 198 1.29513941721108 1.10483569017509 1.37416110626076 0.241098232704681 0.241098232704681 NA NA 0 NA
+rs3558673 1 287388 + A G 195 -1.94017427121878 1.80462626591302 1.1558645224055 0.282324856138039 0.282324856138039 NA NA 0 NA
+rs349703 1 287589 + C T 196 1.5992155651461 1.059057760171 2.28020935210742 0.131034185160712 0.131034185160712 NA NA 0 NA
+rs8755141 1 288166 + C A 199 -0.763301006396077 10.1359904823846 0.00567099522785309 0.93997123932168 0.93997123932168 NA NA 0 NA
+rs4727749 1 289186 - C A 200 -2.3810066711993 1.81177744905997 1.72707630156638 0.188784711920354 0.188784711920354 NA NA 0 NA
+rs8282233 1 291678 - A C 200 -0.450242567267285 1.4681039746539 0.0940544775331607 0.759084652003333 0.759084652003333 NA NA 0 NA
+rs3908903 1 291826 - T A 197 0.393712684721364 1.131503447115 0.121072929747706 0.727873711632232 0.727873711632232 NA NA 0 NA
+rs8902114 1 293417 + C G 198 -2.48734955970014 1.89332916425419 1.7259229230296 0.188932416540583 0.188932416540583 NA NA 0 NA
+rs5258425 1 293532 + A C 199 -0.117360382460637 1.2160495030084 0.00931409199481543 0.923115894657758 0.923115894657758 NA NA 0 NA
+rs1284449 1 293721 + C G 199 0.312101909619745 1.90742510852118 0.0267730507651253 0.870026578973813 0.870026578973813 NA NA 0 NA
+rs4218655 1 297075 - C G 200 -0.349727527561312 2.47809703960042 0.0199169584544848 0.887769255037032 0.887769255037032 NA NA 0 NA
+rs8942181 1 299457 + C A 197 2.53221953858787 2.68712763102798 0.888026899994981 0.346012559911001 0.346012559911001 NA NA 0 NA
+rs7945919 1 301550 - G A 199 2.81071253281719 4.53033591924454 0.38492139321461 0.534981087321282 0.534981087321282 NA NA 0 NA
+rs3873446 1 303489 - A T 199 -2.4672753340112 1.89210867537925 1.70036861425378 0.192239777464309 0.192239777464309 NA NA 0 NA
+rs2424211 1 303657 + T A 197 1.11681693776102 1.24454879619855 0.805267414673409 0.369523150604049 0.369523150604049 NA NA 0 NA
+rs8198746 1 306825 + T G 199 1.06887804119479 1.1278284121387 0.898194203533831 0.343266373419035 0.343266373419035 NA NA 0 NA
+rs5545900 1 306937 - A C 197 -2.7411584005374 1.49999509810851 3.33955488318378 0.0676329027703686 0.0676329027703686 NA NA 0 NA
+rs9184896 1 307040 + A T 197 1.14426079697824 1.13604692173913 1.01451272683513 0.313824151325686 0.313824151325686 NA NA 0 NA
+rs9098566 1 308994 + T A 199 -1.28891626971084 1.32147946408664 0.951324265282628 0.329382445915061 0.329382445915061 NA NA 0 NA
+rs9473571 1 310830 + T C 197 -3.19519456738831 2.28361687955995 1.95770896358832 0.161758552754688 0.161758552754688 NA NA 0 NA
+rs4794775 1 312898 - T C 199 -1.40301881732313 1.98100288170409 0.501599132914898 0.478798318560279 0.478798318560279 NA NA 0 NA
+rs4498044 1 314597 + T G 200 -3.55744367517009 2.23662660239605 2.529816921264 0.111713177120231 0.111713177120231 NA NA 0 NA
+rs7948463 1 315405 + T G 200 1.37382128718456 1.82895514126083 0.564227663701119 0.45256185019157 0.45256185019157 NA NA 0 NA
+rs6723655 1 317341 - A T 197 2.73431940928879 1.46964449344695 3.4615762862234 0.0628104107635216 0.0628104107635216 NA NA 0 NA
+rs8738697 1 317628 - T A 194 -1.99114610677165 1.1712974119723 2.88982730675202 0.0891404799785687 0.0891404799785687 NA NA 0 NA
+rs4707585 1 319188 + G A 199 -0.750403754717089 1.65745002402084 0.204978878313386 0.650731701303357 0.650731701303357 NA NA 0 NA
+rs968540 1 319596 + G C 200 1.46208897122079 2.95033707896006 0.245586408273013 0.620200113429433 0.620200113429433 NA NA 0 NA
+rs6073560 1 320517 - A T 200 -0.771740091300653 1.04871923036209 0.54153142123646 0.461798747943359 0.461798747943359 NA NA 0 NA
+rs4528092 1 322180 + T G 199 1.15890930645937 1.13544922082669 1.04174990038066 0.307414840362323 0.307414840362323 NA NA 0 NA
+rs3546790 1 323462 + T G 198 -2.86801753203122 2.61957064034125 1.19868031984165 0.273585599442641 0.273585599442641 NA NA 0 NA
+rs5011287 1 324806 - A G 195 -0.925030817705943 1.35794802493778 0.464030052053549 0.495746521327108 0.495746521327108 NA NA 0 NA
+rs1153502 1 328124 - C T 196 -0.990549691104704 1.42125584677725 0.485744626718256 0.485831694766628 0.485831694766628 NA NA 0 NA
+rs3784562 1 328425 + A G 200 -1.21312215137509 1.34786115136481 0.810062921103571 0.368101648705642 0.368101648705642 NA NA 0 NA
[TRUNCATED]
To get the complete diff run:
svnlook diff /svnroot/genabel -r 1390
More information about the Genabel-commits
mailing list