[adegenet-forum] question on function df2genind - big dataframes (R package adegenet)

[Julia.Bischof at uksh.de]

Hello adegenet-forum-members,

I wanted to use your R package adegenet to convert a dataframe into genind-class. My dataframe contains ~9800 samples (in rows) and ~87600 markers (in columns). Genotypes are coded like "AG", "TT", and so on.
Example (5x5 extract):

        marker1 marker2 marker3 marker4 marker4
Samp1   GA      GA      AA      TT      TT
Samp2   AA      AA      CA      CT      TT
Samp3   GA      GA      CA      TT      TT
Samp5   GA      AA      CA      TT      TT
Samp6   AA      AA      AA      TT      TT

I have been tryingt to run the df2genind for days now (df2genind(dataframe, ploidy=as.integer(2))), but it's not finishing or maybe not working. The question is now, can your function handle such big dataframes like this or could there be another problem? (It's running on a quit good server, so it shouldn't be due too little sever capacity/memory.)

I also tried to convert parts of the dataframe (always 5000 marker, all ~9800 individuals) to genind and use afterwords your repool-command. But here we have the problem, that the genind-classes don't have the same length in the end.

I could also use PED/MAP- or .raw-files from PLINK as input, but in the end I need a genind-object!

Do you have any idea how to solve this problem?

Best Regards,
Julia Bischof
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