[adegenet-commits] r565 - pkg/man

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Author: jombart
Date: 2010-02-12 13:26:26 +0100 (Fri, 12 Feb 2010)
New Revision: 565

Modified:
   pkg/man/dapcIllus.Rd
Log:
Added find.clusters to the example.


Modified: pkg/man/dapcIllus.Rd
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--- pkg/man/dapcIllus.Rd	2010-02-12 12:03:52 UTC (rev 564)
+++ pkg/man/dapcIllus.Rd	2010-02-12 12:26:26 UTC (rev 565)
@@ -42,12 +42,25 @@
 
 data(dapcIllus)
 attach(dapcIllus)
+a # this is a genind object, like b, c, and d.
 
+
+## FINS CLUSTERS EX NIHILO
+clust.a <- find.clusters(a, n.pca=100, n.clust=6)
+clust.b <- find.clusters(b, n.pca=100, n.clust=6)
+clust.c <- find.clusters(c, n.pca=100, n.clust=12)
+clust.d <- find.clusters(d, n.pca=100, n.clust=24)
+
+## examin outputs
+names(clust.a)
+lapply(clust.a, head)
+
+
 ## PERFORM DAPCs
-dapc.a <- dapc(dapcIllus$a, n.pca=100, n.da=5)
-dapc.b <- dapc(dapcIllus$b, n.pca=100, n.da=5)
-dapc.c <- dapc(dapcIllus$c, n.pca=100, n.da=11)
-dapc.d <- dapc(dapcIllus$d, n.pca=100, n.da=11)
+dapc.a <- dapc(a, pop=clust.a$grp, n.pca=100, n.da=5)
+dapc.b <- dapc(b, pop=clust.b$grp, n.pca=100, n.da=5)
+dapc.c <- dapc(c, pop=clust.c$grp, n.pca=100, n.da=11)
+dapc.d <- dapc(d, pop=clust.d$grp, n.pca=100, n.da=23)
 
 
 ## LOOK AT ONE RESULT
@@ -60,7 +73,7 @@
 
 ## DRAW 4 SCATTERPLOTS
 par(mfrow=c(2,2))
-sapply(lres, scatter)
+lapply(lres, scatter)
 
 
 # detach data