[adegenet-commits] r169 - in pkg: . misc misc/bug-report.1.2-2.01
noreply at r-forge.r-project.org
noreply at r-forge.r-project.org
Wed Sep 3 10:34:33 CEST 2008
Author: jombart
Date: 2008-09-03 10:34:30 +0200 (Wed, 03 Sep 2008)
New Revision: 169
Added:
pkg/misc/
pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/
pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/15305adegenetextrait.txt
pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/bug.html
pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/erreur_stru.txt
pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/project_data.stru
Log:
Added a bug report directory
Added: pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/15305adegenetextrait.txt
===================================================================
--- pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/15305adegenetextrait.txt (rev 0)
+++ pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/15305adegenetextrait.txt 2008-09-03 08:34:30 UTC (rev 169)
@@ -0,0 +1,50 @@
+35221 2 233 233 284 286 180 180 278 278 153 176 101 103 120 120 154 164 99 101 -9 -9 147 151 154 160 150 141 164 172 109 117
+35222 2 220 233 272 286 180 180 278 270 163 151 101 101 133 122 154 164 99 101 136 139 147 154 152 158 148 141 172 172 109 119
+35223 2 231 233 284 272 180 182 278 278 163 163 101 101 120 120 164 169 101 101 136 136 149 151 152 158 148 141 172 172 109 119
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+35225 2 243 245 282 288 180 180 278 278 168 176 99 101 120 133 164 164 99 99 146 146 151 151 154 158 150 141 172 172 109 117
+35226 2 233 241 291 276 180 180 278 280 153 166 101 103 133 137 166 166 99 101 136 136 151 154 150 158 141 141 164 167 119 119
+35227 2 220 243 -9 -9 180 180 280 268 159 176 99 101 120 133 154 164 -9 -9 136 139 156 156 150 154 141 141 164 164 109 109
+35228 2 231 233 276 282 180 180 278 280 153 165 101 101 120 133 154 166 101 103 136 139 151 151 154 158 141 141 172 172 109 109
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+35232 2 241 237 -9 -9 180 180 275 278 153 151 -9 -9 135 126 164 169 99 99 136 141 154 154 152 160 154 141 167 172 119 119
+35233 2 243 243 284 297 182 176 278 280 151 151 101 103 120 133 164 164 99 107 135 146 154 154 160 166 144 148 166 167 109 119
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+35572 2 241 241 297 282 180 180 -9 -9 -9 -9 101 101 122 118 166 166 99 101 136 144 142 151 154 156 141 141 -9 -9 -9 -9
+35573 2 241 243 284 291 180 180 -9 -9 -9 -9 101 103 120 120 -9 -9 101 107 146 146 142 154 154 160 144 141 -9 -9 -9 -9
+35574 2 233 243 284 276 180 180 278 278 -9 -9 101 103 131 133 -9 -9 99 99 136 136 147 154 154 160 144 141 167 167 -9 -9
+35575 2 220 235 276 286 180 176 -9 -9 -9 -9 101 101 133 118 -9 -9 99 99 136 139 144 144 160 160 141 141 167 172 -9 -9
+35576 2 233 235 290 276 180 180 278 270 -9 -9 101 101 120 133 171 171 99 99 136 136 151 154 150 160 141 141 167 167 -9 -9
+35583 2 220 235 272 276 180 180 272 278 166 166 101 101 120 124 166 166 107 103 136 136 142 151 152 156 154 141 -9 -9 -9 -9
+35584 2 235 241 276 282 180 182 278 266 163 151 99 101 131 133 166 166 96 103 136 139 151 154 152 154 141 141 -9 -9 109 109
+35585 2 245 245 278 297 180 176 278 280 166 166 101 101 120 120 166 166 99 107 136 139 142 151 154 154 148 141 164 172 109 119
+35586 2 233 245 297 282 180 180 278 278 166 176 101 103 120 120 156 156 99 99 136 136 144 151 160 160 141 141 167 167 109 119
+35587 2 233 235 276 282 180 180 280 268 166 170 101 101 120 133 154 169 99 99 136 136 151 154 160 160 141 141 172 172 119 119
+35588 2 220 220 276 282 180 180 280 280 153 176 101 101 120 133 154 164 -9 -9 136 139 142 151 158 160 148 141 172 172 109 117
+35589 2 233 235 297 297 180 180 280 280 166 166 101 103 120 131 166 166 99 107 136 136 142 154 154 158 141 141 172 172 119 119
+35590 2 241 245 284 288 180 176 278 280 159 168 101 103 131 131 166 166 99 101 139 139 149 151 152 158 139 141 167 167 109 109
+35591 2 233 235 297 282 180 176 278 278 153 166 101 101 120 133 154 166 99 99 139 146 147 156 160 160 141 141 -9 -9 119 117
+35592 2 -9 -9 276 282 180 176 280 280 166 166 101 101 -9 -9 166 166 99 99 136 136 151 154 156 160 -9 -9 -9 -9 -9 -9
+35593 2 220 241 287 276 180 180 278 280 153 165 103 103 120 120 166 166 99 107 136 146 149 151 150 158 141 141 -9 -9 -9 -9
+35596 2 235 245 -9 -9 -9 -9 278 280 -9 -9 101 101 120 122 164 164 -9 -9 136 139 144 154 150 158 148 148 -9 -9 109 119
+35597 2 243 245 -9 -9 -9 -9 278 268 -9 -9 101 101 120 128 166 166 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 141 141 167 167 119 119
+35599 2 241 243 -9 -9 -9 -9 278 278 161 163 101 101 120 133 164 166 -9 -9 136 150 149 149 150 160 144 141 172 172 117 117
+35600 2 241 243 -9 -9 -9 -9 278 282 159 165 101 101 120 120 166 166 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 144 139 -9 -9 119 119
+35601 2 235 241 -9 -9 -9 -9 278 278 163 151 101 103 120 131 156 166 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 141 141 167 172 119 119
+35602 2 -9 -9 -9 -9 -9 -9 273 278 159 176 101 101 -9 -9 154 156 -9 -9 136 139 144 154 152 152 -9 -9 -9 -9 119 119
+35605 1 235 243 278 286 180 180 280 280 151 176 101 103 120 133 156 166 99 99 136 136 -9 -9 158 160 148 141 -9 -9 -9 -9
+35606 1 233 233 291 297 180 180 278 280 153 176 101 101 120 133 154 154 99 99 136 146 151 151 158 160 141 141 172 172 119 117
+35607 1 233 241 297 286 180 176 278 280 161 176 101 103 120 120 154 154 99 105 139 139 151 154 158 158 144 141 164 164 109 117
+35608 1 243 245 286 286 180 180 278 280 182 176 101 101 120 131 154 166 99 99 139 146 151 154 158 160 144 148 166 167 109 109
+35609 1 233 245 291 282 180 180 278 278 166 176 101 101 120 133 154 164 101 107 136 139 154 154 158 160 144 141 172 172 109 117
+35610 1 233 243 287 297 180 180 278 280 153 166 103 103 133 139 154 154 99 107 136 136 147 151 160 160 141 141 164 172 109 119
+35611 1 233 243 278 302 180 180 278 280 153 176 101 103 131 133 154 154 99 99 136 146 151 154 158 160 148 141 172 172 119 119
+35612 1 233 235 291 272 180 180 278 280 163 166 101 103 120 120 154 154 99 99 136 136 151 154 158 160 141 141 172 172 109 121
+35613 2 235 243 297 289 176 176 278 278 163 165 101 101 120 133 166 166 96 105 136 146 144 151 154 160 144 141 167 167 109 117
+35614 2 233 245 284 282 180 180 275 278 151 176 101 101 120 120 154 156 101 107 136 146 144 151 154 160 144 144 172 172 109 119
+35615 2 241 245 278 291 180 180 278 278 159 159 99 103 120 120 154 164 99 107 136 136 147 147 152 158 141 141 166 167 119 117
+35616 2 233 241 -9 -9 -9 -9 278 268 159 165 101 103 120 133 164 164 -9 -9 136 139 151 151 150 160 141 141 167 167 109 119
+35618 2 233 243 284 286 180 180 275 278 153 163 103 103 120 120 166 166 105 107 -9 -9 -9 -9 -9 -9 150 141 167 172 109 109
+35621 2 220 235 284 276 180 176 278 278 163 151 101 101 120 120 166 166 96 99 -9 -9 -9 -9 -9 -9 141 141 166 172 119 117
+35622 2 235 243 297 286 180 182 278 278 161 163 101 101 133 128 166 166 101 103 -9 -9 -9 -9 -9 -9 148 141 172 172 109 119
Added: pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/bug.html
===================================================================
--- pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/bug.html (rev 0)
+++ pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/bug.html 2008-09-03 08:34:30 UTC (rev 169)
@@ -0,0 +1,364 @@
+<html>
+<head>
+<title>Re: fichiers pour adegenet</title>
+<link rel="important stylesheet" href="chrome://messenger/skin/messageBody.css">
+</head>
+<body>
+<table border=0 cellspacing=0 cellpadding=0 width="100%" class="header-part1"><tr><td><b>Subject: </b>Re: fichiers pour adegenet</td></tr><tr><td><b>From: </b>Didier Bouchel <didier.bouchel at wanadoo.fr></td></tr><tr><td><b>Date: </b>Tue, 02 Sep 2008 20:31:58 +0200</td></tr></table><table border=0 cellspacing=0 cellpadding=0 width="100%" class="header-part2"><tr><td><b>To: </b>Thibaut Jombart <jombart at biomserv.univ-lyon1.fr></td></tr></table><br>
+<div class="moz-text-flowed">Bonjour Thibaut
+<br>
+<br>Merci beaucoup pour cette prompte réponse !
+<br>A toutes fins utiles je vous envoie en fichiers joints un extrait de ma
+base de données sous deux formes : texte (15305adegenetextrait.txt) et
+structure (project_data.stru) qui en est issu. J'ai vérifié sur cet
+extrait que structure fonctionne normalement, et que la lecture avec
+read.structure avec adegenet n'est pas possible : voir copie de la
+console R (erreur_stru.txt).
+<br>
+<br>J'ai repris l'importation avec le format genetix en ajoutant les xy à
+partir d'un fichier txt, et read.table, ce qui semble avoir donné le
+résultat escompté :
+<br>
+<br>> obj1 <- read.genetix(file='2pop15305.gtx', missing=NA )
+<br>Converting data from GENETIX to a genind object...
+<br>...done.
+<br>> xycoord <- read.table(file("15305txy.txt"),header=TRUE)
+<br>> obj1$other$xy <- xycoord
+<br>> D <- dist(obj1$tab)
+<br>
+<br>, mais chooseCN me renvoie un message d'erreur :
+<br>
+<br>> gab <- chooseCN(obj1$other$xy, ask = FALSE, type = 2)
+<br>Erreur dans gabrielneigh(xy) :
+<br> NA/NaN/Inf dans un appel à une fonction externe (argument 5)
+<br>De plus : Warning messages:
+<br>1: In gabrielneigh(xy) : NAs introduits lors de la conversion automatique
+<br>2: In gabrielneigh(xy) : NAs introduits lors de la conversion automatique
+<br>
+<br>et l'objet gab n'existe pas, je suis donc bloqué dans l'analyse.
+<br>*** remarques :
+<br>obj1$other$xy est de la forme :
+<br>
+<br> x y
+<br>300 -15.9667 14.65
+<br>301 -16.3679 13.198
+<br>302 -13.1167 13.2167
+<br>303 -12.8167 14.3833
+<br>304 -14.9333 14.2833
+<br>305 -16.3 16.15
+<br>
+<br>j'ai contrôlé que NA/NaN/Inf ne se rapporte pas aux coordonnées :
+<br>
+<br>> any(is.finite(obj1$other$xy$x))
+<br>[1] TRUE
+<br>> sum(is.finite(obj1$other$xy$x))
+<br>[1] 305
+<br>> any(is.finite(obj1$other$xy$y))
+<br>[1] TRUE
+<br>> sum(is.finite(obj1$other$xy$y))
+<br>[1] 305
+<br>
+<br>(il y a bien 305 génotypes et donc 305 coordonnées xy)
+<br>
+<br>- si je remplace missing=NA par missing=0 ou missing="mean" comme
+argument dans read.genetix, le message d'erreur reste le même.
+<br>
+<br>Les messages du forum sont-ils accessibles par une adresse URL ? Cela me
+permettrait peut-être d'appréhender déjà certains aspects plus
+facilement et plus rapidement.
+<br>Je suis supposé rendre mon manuscrit mi octobre, je n'ai plus beaucoup
+de temps pour me lancer dans de nouveaux traitements de données !!!...
+<br>
+<br>A bientôt, encore merci
+<br>
+<br>Didier
+<br>
+<br>Thibaut Jombart a écrit :
+<br><blockquote type=cite>
+<br>Bonjour Didier,
+<br><blockquote type=cite>Bonjour
+<br>
+<br>Je suis actuellement en thèse à l'AgroParisTech, en génétique
+animale. Je voudrais réaliser des ACPs telles que décrites dans vos
+articles et dans le manuel de adegenet avec des données moléculaires
+qui présentent des gradients géographiques réguliers apparemment sans
+frontière détectable avec d'autres méthodes. Toutefois je me heurte à
+un problème dès que je souhaite prendre en compte les données
+spatiales et je souhaiterais avoir quelques précisions sur la façon
+de procéder. En effet, pour une ACP classique je fais l'importation
+des données à partir d'un fichier genetix ce qui se fait
+correctement, mais avec ce format de fichier on ne peut pas insérer
+les coordonnées spatiales.
+</blockquote>Je pense que la meilleure solution est de lire les données génétiques
+depuis le format GENETIX, puis d'ajouter les coordonnées spatiales à
+l'objet créé.
+<br>Par exemple, en reprenant la doc de read.genetix:
+<br>## lecture d'un fichier de données
+<br>> obj <-
+read.genetix(system.file("files/nancycats.gtx",package="adegenet"))
+<br>
+<br>Converting data from GENETIX to a genind object...
+<br>
+<br>...done.
+<br>
+<br>> obj
+<br>
+<br> #####################
+<br> ### Genind object ###
+<br> #####################
+<br>- genotypes of individuals -
+<br>
+<br>S4 class: genind
+<br>@call: read.genetix(file = system.file("files/nancycats.gtx", package
+= "adegenet"))
+<br>
+<br>@tab: 237 x 108 matrix of genotypes
+<br>
+<br>@ind.names: vector of 237 individual names
+<br>@loc.names: vector of 9 locus names
+<br>@loc.nall: number of alleles per locus
+<br>@loc.fac: locus factor for the 108 columns of @tab
+<br>@all.names: list of 9 components yielding allele names for each locus
+<br>@ploidy: 2
+<br>
+<br>Optionnal contents:
+<br>@pop: factor giving the population of each individual
+<br>@pop.names: factor giving the population of each individual
+<br>
+<br>*@other: - empty -
+<br>*## l'objet 'obj' ne contient pas de données spatiales
+<br>
+<br>On peut ajouter tout type d'info dans le slot @other, qui est une
+liste. Par exemple:
+<br>> obj at other$toto = "toto"
+<br>> obj
+<br>
+<br> #####################
+<br> ### Genind object ###
+<br> #####################
+<br>- genotypes of individuals -
+<br>
+<br>S4 class: genind
+<br>@call: read.genetix(file = system.file("files/nancycats.gtx", package
+= "adegenet"))
+<br>
+<br>@tab: 237 x 108 matrix of genotypes
+<br>
+<br>@ind.names: vector of 237 individual names
+<br>@loc.names: vector of 9 locus names
+<br>@loc.nall: number of alleles per locus
+<br>@loc.fac: locus factor for the 108 columns of @tab
+<br>@all.names: list of 9 components yielding allele names for each locus
+<br>@ploidy: 2
+<br>
+<br>Optionnal contents:
+<br>@pop: factor giving the population of each individual
+<br>@pop.names: factor giving the population of each individual
+<br>
+<br>*@other: a list containing: toto *
+<br>
+<br>On peut faire de même pour ajouter des coords spatiales. Dans
+l'absolue, on peut leur donner n'importe quel nom, mais certaines
+méthodes (e.g. la sPCA) cherchent les coords spatiales dans le
+ at other$xy. La seule difficulté, c'est que les coordonnées doivent être
+dans le même ordre que les génotypes, qui est donné par <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:obj at ind.names">obj at ind.names</a>.
+<br>
+<br>Ici, je simule des coordonnées spatiales dans une loi uniforme et je
+les attribue à l'objet 'obj':
+<br>> xycoord <- matrix(runif(237*2),ncol=2)
+<br>> obj$other$xy <- xycoord
+<br>> obj
+<br>
+<br> #####################
+<br> ### Genind object ###
+<br> #####################
+<br>- genotypes of individuals -
+<br>
+<br>S4 class: genind
+<br>@call: read.genetix(file = system.file("files/nancycats.gtx", package
+= "adegenet"))
+<br>
+<br>@tab: 237 x 108 matrix of genotypes
+<br>
+<br>@ind.names: vector of 237 individual names
+<br>@loc.names: vector of 9 locus names
+<br>@loc.nall: number of alleles per locus
+<br>@loc.fac: locus factor for the 108 columns of @tab
+<br>@all.names: list of 9 components yielding allele names for each locus
+<br>@ploidy: 2
+<br>
+<br>Optionnal contents:
+<br>@pop: factor giving the population of each individual
+<br>@pop.names: factor giving the population of each individual
+<br>
+<br>@other: a list containing: toto *xy *
+<br>
+<br>Par la suite, on peut faire une ACP, et des représentations des scores
+dans l'espace, et tout ce qu'on veut. Par exemple:
+<br>> X=scaleGen(obj,method="binom",missing='mean') # X est une matrice de
+données alléliques centrée et normée pour la variance théorique des
+allèles
+<br>
+<br>Replaced 617 missing values
+<br>
+<br>> library(ade4)
+<br>> pcaX = dudi.pca(X,cent=FALSE,scale=FALSE,scannf=FALSE) # analyse en
+composantes principales sur X (ne pas recentrer et renormer, donc
+"cent=FALSE,scale=FALSE")
+<br>> s.value(obj$other$xy,pcaX$li[,1],include.ori=FALSE,addaxes=FALSE) #
+représentation de la première composante principale dans l'espace.
+<br>
+<br><blockquote type=cite>J'ai essayé avec le format structure (fichier project_data auquel
+j'ai dû ajouter l'extension .stru pour que adegenet puisse le lire),
+en mettant les coordonnées x et y en colonnes optionnelles. J'ai
+obtenu un message d'erreur à la suite de la procédure d'importation.
+Pour vérification, j'ai repris la procédure avec le même fichier sans
+coordonnées x y, mais j'ai obtenu le même message que vous pourrez
+lire dans la pièce jointe .txt qui est un "copier coller" de R.
+<br>Les fichiers d'origine ont été utilisés sans problème avec Genetix et
+Structure.
+<br></blockquote>D'accord. Il est possible qu'il y ait un bug dans read.structure. Si
+c'est le cas, il me faut un échantillon de données pour reproduire le
+bug et le corriger.
+<br><blockquote type=cite>Je précise que je ne suis pas familier avec R, loin s'en faut !
+<br></blockquote>Alors bienvenu ! Mais quoiqu'il arrive, ça ne sera pas un
+investissement à perte.
+<br><blockquote type=cite>Pouvez-vous m'indiquer comment importer un fichier avec les
+coordonnées x y ? Est-il possible d'importer des fichiers en format
+txt ?
+<br>
+<br>Merci
+<br>
+<br>Meilleures salutations
+<br>
+<br>Didier Bouchel
+<br>
+<br></blockquote>Si vous avez d'autres questions, n'hésitez pas à les poser sur le
+forum adegenet (en anglais):
+<br><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:adegenet-forum at lists.r-forge.r-project.org">adegenet-forum at lists.r-forge.r-project.org</a>
+<br>
+<br>
+<br>A bientôt,
+<br>
+<br>Thibaut.
+<br></blockquote>
+<br></div><div class="moz-text-plain"><pre wrap><BR><HR WIDTH="90%" SIZE=4><BR>35221 2 233 233 284 286 180 180 278 278 153 176 101 103 120 120 154 164 99 101 -9 -9 147 151 154 160 150 141 164 172 109 117
+35222 2 220 233 272 286 180 180 278 270 163 151 101 101 133 122 154 164 99 101 136 139 147 154 152 158 148 141 172 172 109 119
+35223 2 231 233 284 272 180 182 278 278 163 163 101 101 120 120 164 169 101 101 136 136 149 151 152 158 148 141 172 172 109 119
+35224 2 241 243 287 276 180 180 275 278 153 168 101 103 120 133 154 166 101 105 136 139 154 156 150 152 144 141 167 167 119 119
+35225 2 243 245 282 288 180 180 278 278 168 176 99 101 120 133 164 164 99 99 146 146 151 151 154 158 150 141 172 172 109 117
+35226 2 233 241 291 276 180 180 278 280 153 166 101 103 133 137 166 166 99 101 136 136 151 154 150 158 141 141 164 167 119 119
+35227 2 220 243 -9 -9 180 180 280 268 159 176 99 101 120 133 154 164 -9 -9 136 139 156 156 150 154 141 141 164 164 109 109
+35228 2 231 233 276 282 180 180 278 280 153 165 101 101 120 133 154 166 101 103 136 139 151 151 154 158 141 141 172 172 109 109
+35230 2 235 237 291 291 180 180 278 280 153 151 103 103 120 120 156 164 107 107 139 139 151 154 160 160 141 141 172 172 109 117
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+35233 2 243 243 284 297 182 176 278 280 151 151 101 103 120 133 164 164 99 107 135 146 154 154 160 166 144 148 166 167 109 119
+35571 2 233 235 292 282 180 180 -9 -9 -9 -9 101 101 120 131 166 166 99 105 136 136 149 154 152 162 144 141 -9 -9 -9 -9
+35572 2 241 241 297 282 180 180 -9 -9 -9 -9 101 101 122 118 166 166 99 101 136 144 142 151 154 156 141 141 -9 -9 -9 -9
+35573 2 241 243 284 291 180 180 -9 -9 -9 -9 101 103 120 120 -9 -9 101 107 146 146 142 154 154 160 144 141 -9 -9 -9 -9
+35574 2 233 243 284 276 180 180 278 278 -9 -9 101 103 131 133 -9 -9 99 99 136 136 147 154 154 160 144 141 167 167 -9 -9
+35575 2 220 235 276 286 180 176 -9 -9 -9 -9 101 101 133 118 -9 -9 99 99 136 139 144 144 160 160 141 141 167 172 -9 -9
+35576 2 233 235 290 276 180 180 278 270 -9 -9 101 101 120 133 171 171 99 99 136 136 151 154 150 160 141 141 167 167 -9 -9
+35583 2 220 235 272 276 180 180 272 278 166 166 101 101 120 124 166 166 107 103 136 136 142 151 152 156 154 141 -9 -9 -9 -9
+35584 2 235 241 276 282 180 182 278 266 163 151 99 101 131 133 166 166 96 103 136 139 151 154 152 154 141 141 -9 -9 109 109
+35585 2 245 245 278 297 180 176 278 280 166 166 101 101 120 120 166 166 99 107 136 139 142 151 154 154 148 141 164 172 109 119
+35586 2 233 245 297 282 180 180 278 278 166 176 101 103 120 120 156 156 99 99 136 136 144 151 160 160 141 141 167 167 109 119
+35587 2 233 235 276 282 180 180 280 268 166 170 101 101 120 133 154 169 99 99 136 136 151 154 160 160 141 141 172 172 119 119
+35588 2 220 220 276 282 180 180 280 280 153 176 101 101 120 133 154 164 -9 -9 136 139 142 151 158 160 148 141 172 172 109 117
+35589 2 233 235 297 297 180 180 280 280 166 166 101 103 120 131 166 166 99 107 136 136 142 154 154 158 141 141 172 172 119 119
+35590 2 241 245 284 288 180 176 278 280 159 168 101 103 131 131 166 166 99 101 139 139 149 151 152 158 139 141 167 167 109 109
+35591 2 233 235 297 282 180 176 278 278 153 166 101 101 120 133 154 166 99 99 139 146 147 156 160 160 141 141 -9 -9 119 117
+35592 2 -9 -9 276 282 180 176 280 280 166 166 101 101 -9 -9 166 166 99 99 136 136 151 154 156 160 -9 -9 -9 -9 -9 -9
+35593 2 220 241 287 276 180 180 278 280 153 165 103 103 120 120 166 166 99 107 136 146 149 151 150 158 141 141 -9 -9 -9 -9
+35596 2 235 245 -9 -9 -9 -9 278 280 -9 -9 101 101 120 122 164 164 -9 -9 136 139 144 154 150 158 148 148 -9 -9 109 119
+35597 2 243 245 -9 -9 -9 -9 278 268 -9 -9 101 101 120 128 166 166 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 141 141 167 167 119 119
+35599 2 241 243 -9 -9 -9 -9 278 278 161 163 101 101 120 133 164 166 -9 -9 136 150 149 149 150 160 144 141 172 172 117 117
+35600 2 241 243 -9 -9 -9 -9 278 282 159 165 101 101 120 120 166 166 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 144 139 -9 -9 119 119
+35601 2 235 241 -9 -9 -9 -9 278 278 163 151 101 103 120 131 156 166 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 -9 141 141 167 172 119 119
+35602 2 -9 -9 -9 -9 -9 -9 273 278 159 176 101 101 -9 -9 154 156 -9 -9 136 139 144 154 152 152 -9 -9 -9 -9 119 119
+35605 1 235 243 278 286 180 180 280 280 151 176 101 103 120 133 156 166 99 99 136 136 -9 -9 158 160 148 141 -9 -9 -9 -9
+35606 1 233 233 291 297 180 180 278 280 153 176 101 101 120 133 154 154 99 99 136 146 151 151 158 160 141 141 172 172 119 117
+35607 1 233 241 297 286 180 176 278 280 161 176 101 103 120 120 154 154 99 105 139 139 151 154 158 158 144 141 164 164 109 117
+35608 1 243 245 286 286 180 180 278 280 182 176 101 101 120 131 154 166 99 99 139 146 151 154 158 160 144 148 166 167 109 109
+35609 1 233 245 291 282 180 180 278 278 166 176 101 101 120 133 154 164 101 107 136 139 154 154 158 160 144 141 172 172 109 117
+35610 1 233 243 287 297 180 180 278 280 153 166 103 103 133 139 154 154 99 107 136 136 147 151 160 160 141 141 164 172 109 119
+35611 1 233 243 278 302 180 180 278 280 153 176 101 103 131 133 154 154 99 99 136 146 151 154 158 160 148 141 172 172 119 119
+35612 1 233 235 291 272 180 180 278 280 163 166 101 103 120 120 154 154 99 99 136 136 151 154 158 160 141 141 172 172 109 121
+35613 2 235 243 297 289 176 176 278 278 163 165 101 101 120 133 166 166 96 105 136 146 144 151 154 160 144 141 167 167 109 117
+35614 2 233 245 284 282 180 180 275 278 151 176 101 101 120 120 154 156 101 107 136 146 144 151 154 160 144 144 172 172 109 119
+35615 2 241 245 278 291 180 180 278 278 159 159 99 103 120 120 154 164 99 107 136 136 147 147 152 158 141 141 166 167 119 117
+35616 2 233 241 -9 -9 -9 -9 278 268 159 165 101 103 120 133 164 164 -9 -9 136 139 151 151 150 160 141 141 167 167 109 119
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+35621 2 220 235 284 276 180 176 278 278 163 151 101 101 120 120 166 166 96 99 -9 -9 -9 -9 -9 -9 141 141 166 172 119 117
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+</pre></blockquote><pre wrap><!---->
+ How many genotypes are there? 50
+
+ How many markers are there? 15
+
+ Which column contains labels for genotypes ('0' if absent)? 1
+
+ Which column contains the population factor ('0' if absent)? 2
+
+ Which other optional columns should be read (press 'return' when done)? 1:
+
+ Which row contains the marker names ('0' if absent)? 1
+
+ Converting data from a STRUCTURE .stru file to a genind object...
+
+Erreur dans txt[(lastline - n + 1):lastline] :
+ les indices négatifs ne peuvent être mélangés qu'à des 0
+</pre></div></body>
+</html>
Added: pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/erreur_stru.txt
===================================================================
--- pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/erreur_stru.txt (rev 0)
+++ pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/erreur_stru.txt 2008-09-03 08:34:30 UTC (rev 169)
@@ -0,0 +1,18 @@
+> obj1 <- read.structure(file='project_data.stru', missing=NA )
+
+ How many genotypes are there? 50
+
+ How many markers are there? 15
+
+ Which column contains labels for genotypes ('0' if absent)? 1
+
+ Which column contains the population factor ('0' if absent)? 2
+
+ Which other optional columns should be read (press 'return' when done)? 1:
+
+ Which row contains the marker names ('0' if absent)? 1
+
+ Converting data from a STRUCTURE .stru file to a genind object...
+
+Erreur dans txt[(lastline - n + 1):lastline] :
+ les indices négatifs ne peuvent être mélangés qu'à des 0
Added: pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/project_data.stru
===================================================================
--- pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/project_data.stru (rev 0)
+++ pkg/misc/bug-report.1.2-2.01/project_data.stru 2008-09-03 08:34:30 UTC (rev 169)
@@ -0,0 +1,50 @@
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