
<html><head></head><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:Courier New, courier, monaco, monospace, sans-serif;font-size:13px"><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_11939">Hi,</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_11939"><br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_11939" dir="ltr">I'm facing an error message when using the "seqfplot" function with the parameter "group" : "Error in if (any(x == nr)) { : missing value where TRUE/FALSE needed".</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_11939" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_11939">My grouping variable comes from a cluster analysis I previously carried out (using "agnes").</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_11939">I could see a previous discussion (in 2012) where possible causes for this error were mentioned :</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_11939" dir="ltr"><a href="http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/traminer-users/2012-March/000101.html" id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_12117">http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/traminer-users/2012-March/000101.html</a><br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_11939" dir="ltr">Unfortunately, I checked everything, i.e. I do not have any NA and the length of my grouping variable is the same as the number of rows in my sequence object, but I still have this error message.</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_11939" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_11939" dir="ltr">Here is a part of my code :</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_11939" dir="ltr"> </div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_11939" dir="ltr">contrat.om <- seqdist(contrat.seq, method = "OM", indel = 1, sm ="TRATE")</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_11939" dir="ltr">contrat.ward <- agnes(contrat.om, diss = TRUE, method = "ward")<br></div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_12438">contrat.cl4 <- cutree(contrat.ward, k = 4)</div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_12439">cl4.contrat.lab <- factor(contrat.cl4, labels = paste("Cluster",1:4))</div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_12440">any(is.na(cl4.contrat.lab))</div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_12440">x11()<br></div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_12472">seqfplot(contrat.seq, group = cl4.contrat.lab, border = NA, cex.legend = 0.6, xtlab = c("2013","2016"))</div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_12472"><br></div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_12472">I do not see the reason why I get this error.</div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_12472"><br></div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_12472">Thank you in advance for your help.</div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_12472"><br></div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_12472">Kind regards,</div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1467959200698_12472">Arnaud.</div></div></body></html>