<p style="margin:0;padding:0;" align="left"><br />Thanks a lot<br /></p> <br /> <br /> <br /><br /><blockquote style="padding-left: 5px; margin-left: 5px; border-left: 2px solid #ff0000">> Message du 02/08/12 12:25<br />> De : "Gilbert Ritschard" <br />> A : "Users questions" <br />> Copie à : <br />> Objet : Re: [Traminer-users] dendrogram<br />><br />> The identify.hclust function works on dendrograms obtained by plotting <br />> the outcome of hclust. The following example works perfectly on my system:<br />> <br />> ####### start of example ###########<br />> ## generating the state sequence object (from preview on the TraMineR <br />> web page)<br />> library(TraMineR)<br />> data(mvad)<br />> mvad.alphabet <- c("employment", "FE", "HE", "joblessness", "school",<br />> "training")<br />> mvad.labels <- c("employment", "further education", "higher education",<br />> "joblessness", "school", "training")<br />> mvad.scodes <- c("EM", "FE", "HE", "JL", "SC", "TR")<br />> mvad.seq <- seqdef(mvad, 17:86, alphabet = mvad.alphabet, states = <br />> mvad.scodes,<br />> labels = mvad.labels, xtstep = 6)<br />> <br />> ## OM distances<br />> dist.om1 <- seqdist(mvad.seq, method = "OM", indel = 1, sm = "TRATE")<br />> <br />> ## generating the hierarchical clusters with hclust<br />> hca <- hclust(as.dist(dist.om1))<br />> plot(hca)<br />> <br />> ## now using identify on the dendrogram produced by the above plot function<br />> (x <- identify(hca))<br />> <br />> ###### end example ########<br />> <br />> Best,<br />> Gilbert<br />> <br />> <br />> On 01-Aug-12 17:54, so.bellit wrote:<br />> ><br />> ><br />> > I would like to use the "identify" function in order to know how <br />> > identify clusters in the dendogram. But it seems not work with the <br />> > Optimal Matching Analysis.<br />> ><br />> > Thanks<br />> > Sonia<br />> ><br />> ><br />> ><br />> ><br />> ><br />> >     > Message du 01/08/12 11:29<br />> >     > De : "so.bellit"<br />> >     > A : "Users questions"<br />> >     > Copie à :<br />> >     > Objet : [Traminer-users] dendrogram<br />> >     ><br />> >     ><br />> ><br />> >     Hi,<br />> ><br />> >     Anyone knows if we can link the cluster or individuals with the<br />> >     dendrogram?<br />> ><br />> >     Thanks<br />> >     Sonia<br />> ><br />> ><br />> ><br />> ><br />> ><br />> >         > Message du 23/07/12 17:49<br />> >         > De : "Joel Schwartz"<br />> >         > A : "Users questions"<br />> >         > Copie à :<br />> >         > Objet : Re: [Traminer-users] how to sort a sequence plot<br />> >         (seqIplot) by more than one variable<br />> >         ><br />> >         > Hi Jan,<br />> ><br />> ><br />> >         ><br />> ><br />> >         Yes, that worked. Using the order() function, I created a new,<br />> >         sorted version of the sequence object and got the sort order I<br />> >         wanted.<br />> ><br />> ><br />> >         ><br />> ><br />> >         Thanks!<br />> ><br />> >         Joel<br />> ><br />> ><br />> >         ><br />> ><br />> >         On Jul 19, 2012, at 10:53 AM, Jan Goebel wrote:<br />> ><br />> ><br />> >             Dear Joel,<br />> >             ><br />> >             > the help page on plot.stslist states that sortv has to<br />> >             be a variable name:<br />> >             ><br />> >             > sortv: name of an optional variable used to sort the<br />> >             sequences<br />> >             > before plotting.<br />> >             ><br />> >             > So my guess is, that you have to create a new variable<br />> >             within your data frame and not to supply an "external" vector.<br />> >             ><br />> >             > However ?seqIplot has in my opinion at least some<br />> >             fuzziness, because here you find:<br />> >             > "The ‘sortv’ argument can be used to pass a vector of<br />> >             numerical values for sorting the sequences. See<br />> >             ‘plot.stslist’ for a complete list of optional arguments."<br />> >             ><br />> >             > Best wishes,<br />> >             ><br />> >             > Jan<br />> >             ><br />> >             > On 07/17/2012 03:25 PM, Joel Schwartz wrote:<br />> >             ><br />> ><br />> >                 Hi Alexis,<br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> >                 I tried your suggestion and for some reason it's not<br />> >                 working, even when I create a sorting<br />> >                 > <br />> ><br />> >                 variable that uses a single variable to sort on.<br />> >                 Here's what I did:<br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> >                 # Original version, which works fine. See first<br />> >                 attached file below, which shows plot is<br />> >                 > <br />> ><br />> >                 clearly sorted by f09as.<br />> >                 > <br />> ><br />> >                 seqIplot(df.seq09, border = NA, withlegend = "right",<br />> >                 sortv=df09$f09as)<br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> >                 # Create sorting variable<br />> >                 > <br />> ><br />> >                 term.sort = order(df09$f09as)<br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> >                 # Create plot again, using sorting variable. This<br />> >                 version of the plot is unsorted. See second<br />> >                 > <br />> ><br />> >                 attached file.<br />> >                 > <br />> ><br />> >                 seqIplot(df.seq09, border = NA, withlegend = "right",<br />> >                 sortv=term.sort)<br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> >                 I checked the sorting variable by looking at what it<br />> >                 does to the original data frame and it<br />> >                 > <br />> ><br />> >                 looked exactly like it should, so the sorting variable<br />> >                 doesn't seem to have a problem. Here's<br />> >                 > <br />> ><br />> >                 the command I used for that: df09[order(df09$f09as), ]<br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> >                 Any idea what could be going wrong? If it would help<br />> >                 to look at the sequence object or<br />> >                 > <br />> ><br />> >                 data.frame I'm working with, I can send those.<br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> >                 Thanks again,<br />> >                 > <br />> ><br />> >                 Joel<br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> >                 =<br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> >                 On Jul 16, 2012, at 12:10 AM, Alexis gabadinho wrote:<br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> >                     Hi Joel,<br />> >                     > <br />> ><br />> ><br />> >                     > <br />> ><br />> >                     Use first the order function to create one single<br />> >                     sorting variable, and then pass this<br />> >                     > <br />> ><br />> >                     variable to the seqIplot function. Here is an<br />> >                     example with the biofam data frame where<br />> >                     > <br />> ><br />> >                     sequences are sorted by gender and birthyr<br />> >                     > <br />> ><br />> ><br />> >                     > <br />> ><br />> >                     data(biofam)<br />> >                     > <br />> ><br />> >                     biofam.seq <- seqdef(biofam, 10:25)<br />> >                     > <br />> ><br />> >                     csort <- order(biofam$sex, biofam$birthyr)<br />> >                     > <br />> ><br />> >                     seqIplot(biofam.seq, sortv=csort)<br />> >                     > <br />> ><br />> ><br />> >                     > <br />> ><br />> >                     All the best,<br />> >                     > <br />> ><br />> >                     Alexis<br />> >                     > <br />> ><br />> ><br />> >                     > <br />> ><br />> ><br />> >                     > <br />> ><br />> >                     Le 16. 07. 12 08:12, Joel Schwartz a écrit :<br />> >                     > <br />> ><br />> >                         I'm a new TraMineR user and just ran into a<br />> >                         problem while using the seqIplot function. I'm<br />> >                         > <br />> ><br />> >                         making a plot of hundreds of sequences. To<br />> >                         make it possible to see patterns, I'm trying to<br />> >                         > <br />> ><br />> >                         sort the sequences by more than one variable.<br />> >                         It works as expected when I sort by one<br />> >                         > <br />> ><br />> >                         variable. But when I try to sort by more than<br />> >                         one, I get the exact same result as when I<br />> >                         > <br />> ><br />> >                         sort by one variable.<br />> >                         > <br />> ><br />> ><br />> >                         > <br />> ><br />> >                         Here are the two commands I'm using<br />> >                         > <br />> ><br />> ><br />> >                         > <br />> ><br />> >                         # Sort by one variable<br />> >                         > <br />> ><br />> >                         seqIplot(df.seq, border=NA,<br />> >                         withlegend="right", sortv=df$s09as)<br />> >                         > <br />> ><br />> ><br />> >                         > <br />> ><br />> >                         # Sort by two variables<br />> >                         > <br />> ><br />> >                         seqIplot(df.seq, border = NA,<br />> >                         withlegend="right", sortv=c(df$s09as, df$f09as))<br />> >                         > <br />> ><br />> ><br />> >                         > <br />> ><br />> >                         I get the exact same plot either way, and no<br />> >                         warnings or errors.<br />> >                         > <br />> ><br />> ><br />> >                         > <br />> ><br />> >                         Is there a way to sort by more than one variable?<br />> >                         > <br />> ><br />> ><br />> >                         > <br />> ><br />> >                         Thanks for your help.<br />> >                         > <br />> ><br />> ><br />> >                         > <br />> ><br />> >                         Best Wishes,<br />> >                         > <br />> ><br />> >                         Joel Schwartz<br />> >                         > <br />> ><br />> ><br />> >                         > <br />> ><br />> ><br />> >                         > <br />> ><br />> ><br />> >                         > <br />> ><br />> ><br />> >                         > <br />> ><br />> >                         _______________________________________________<br />> >                         > <br />> ><br />> >                         Traminer-users mailing list<br />> >                         > <br />> ><br />> >                         Traminer-users@lists.r-forge.r-project.org<br />> >                         <br />> >                         > <br />> ><br />> >                         https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/traminer-users<br />> >                         > <br />> ><br />> ><br />> >                     > <br />> ><br />> >                     _______________________________________________<br />> >                     > <br />> ><br />> >                     Traminer-users mailing list<br />> >                     > <br />> ><br />> >                     Traminer-users@lists.r-forge.r-project.org<br />> >                      <br />> >                     > <br />> ><br />> >                     https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/traminer-users<br />> >                     > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> >                 =<br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> >                 This body part will be downloaded on demand.<br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >                 > <br />> ><br />> ><br />> >             > --<br />> >             > -----------------------------------------<br />> >             > Dr. Jan Goebel<br />> >             > Head of the Division<br />> >             > Data Operation and Research Data Center<br />> >             ><br />> >             > DIW Berlin<br />> >             > Socio-Economic Panel Study (SOEP)<br />> >             > Mohrenstr. 58<br />> >             > D-10117 Berlin -- Germany --<br />> >             > phone: +49 30 89789-377<br />> >             > -----------------------------------------<br />> >             ><br />> >             > _______________________________________________<br />> >             > Traminer-users mailing list<br />> >             > Traminer-users@lists.r-forge.r-project.org<br />> >             <br />> >             ><br />> >             https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/traminer-users<br />> >             ><br />> >             ><br />> ><br />> ><br />> >         ><br />> ><br />> >         ><br />> >         > [ (pas de nom de fichier) (0.2 Ko) ]<br />> ><br />> >     ><br />> >     > [ (pas de nom de fichier) (0.2 Ko) ]<br />> ><br />> ><br />> ><br />> > _______________________________________________<br />> > Traminer-users mailing list<br />> > Traminer-users@lists.r-forge.r-project.org<br />> > https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/traminer-users<br />> <br />> <br />> _______________________________________________<br />> Traminer-users mailing list<br />> Traminer-users@lists.r-forge.r-project.org<br />> https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/traminer-users<br />> </blockquote>