<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
    <title></title>
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Yes, if you have NA values in your CLUSTER variable then the
    expression CLUSTER==1 produces a logical vector containing NAs,
    which in turn introduces sequences containing only NA values in your
    sequence object when you select cases with CLUSTER==1.<br>
    <br>
    The solution proposed by Jan surely works. But you should
    investigate why you have NA in  the CLUSTER variable and make sure
    that each row in CLUSTER corresponds to the same observation in your
    sequence object. If you have clustered you data using a pairwise
    distance matrix computed on your sequence object then there should
    not be any NA in your resulting cluster membership vector.<br>
    <br>
    By the way I would like to mention that Chris and Jan are the first
    non-TraMineR-team members to answer a user's question! This is also
    what the user's list is intended to. Many thanks to them.<br>
    <br>
    All the best,<br>
    Alexis<br>
    <br>
    <br>
    Le 16. 03. 12 12:54, Jan Goebel a écrit :
    <blockquote
      cite="mid:OFC125790A.00740427-ONC12579C3.00415E33@diw.de"
      type="cite"><font face="arial">Try <br>
        ! ist.na(cluster) & cluster == 1<br>
        <br>
        Best,<br>
        Jan</font><br>
      <br>
      <div class="domino-section">
        <div class="domino-section-head"><span
            class="domino-section-title"><font color="#424282">Hadrien
              Commenges --- [Traminer-users] Re : Re: error splitting
              sts Object --- </font></span></div>
        <div class="domino-section-body"><br>
          <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%">
            <tbody>
              <tr valign="top">
                <td style="width: 96px;" width="1%"><font size="2"
                    color="#5f5f5f">Von:</font></td>
                <td style="width: auto;" width="100%"><font size="2">"Hadrien
                    Commenges" <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:hc@parisgeo.cnrs.fr"><hc@parisgeo.cnrs.fr></a></font></td>
              </tr>
              <tr valign="top">
                <td style="width: 96px;" width="1%"><font size="2"
                    color="#5f5f5f">An</font></td>
                <td style="width: auto;" width="100%"><font size="2">"Users
                    questions"
                    <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:traminer-users@r-forge.wu-wien.ac.at"><traminer-users@r-forge.wu-wien.ac.at></a></font></td>
              </tr>
              <tr valign="top">
                <td style="width: 96px;" width="1%"><font size="2"
                    color="#5f5f5f">Datum:</font></td>
                <td style="width: auto;" width="100%"><font size="2">Fr.,
                    16.03.2012 12:48</font></td>
              </tr>
              <tr valign="top">
                <td style="width: 96px;" width="1%"><font size="2"
                    color="#5f5f5f">Betreff</font></td>
                <td style="width: auto;" width="100%"><font size="2">[Traminer-users]
                    Re : Re: error splitting sts Object</font></td>
              </tr>
            </tbody>
          </table>
          <hr style="color: rgb(128, 145, 165);" noshade="noshade"
            size="2" align="left" width="100%"><br>
          <style> body {height: 100%; color:#000000; font-size:12pt; font-family:Arial, Helvetica, sans-serif;}</style>Thank
          you Alexis and Chris for your help. The CLUSTER variable is
          not added to the sequence object (a mistake in the first mail)
          and it has the same length as the sequence object. This
          variable is the result of a cluster analysis and it contains 5
          distinct values (groups from 1 to 5) and some NA values. Can
          these NA values be a problem even if I select individuals with
          a non NA value (like individuals with CLUSTER==1 ?<br>
          <br>
          <br>
          <br>
          ----- Mail d'origine -----<br>
          De: Chris Cameron <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:cjc73@cornell.edu"><cjc73@cornell.edu></a><br>
          À: Users questions
          <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:traminer-users@r-forge.wu-wien.ac.at"><traminer-users@r-forge.wu-wien.ac.at></a><br>
          Envoyé: Thu, 15 Mar 2012 20:13:11 +0100 (CET)<br>
          Objet: Re: [Traminer-users] error splitting sts Object<br>
          <br>
          I think Alexis was correct in saying " The vector containing
          group membership information should be a standalone vector and
          should by no way be added as a further column to your sequence
          object." Please examine this further, as the code below
          demonstrates that you are introducing an error in your
          sequences even if it is not the source of your particular
          error message. <br>
          <br>
          Try not appending the cluster labels vector back into the
          sequence object. This definitely changes the sequences in the
          subsets (in my example and testing). Though this is not
          apparent in your code, I am not sure if your
          summary(stsNWObject) was generated before or after you added
          the cluster variable.<br>
          <br>
          In case it helps, I think the nr variable referenced in the
          error is a variable that refers to the number of rows. You can
          produce an error message that shows nr in this context by
          summarizing an empty subset of the sequence object.<br>
          <br>
          # summary(atus.lim[atus.lim$CLUSTER=='foo',]) #Where "foo" is
          not present in the CLUSTER list.<br>
          <br>
          ## atus.lim is the sequence dataset<br>
          # atus.lab will be the list of numbers corresponding to the <br>
          <br>
          # Choose Costs<br>
          # Lets suppose that activities that are frequently observed
          together are more interchangable<br>
          sub_cost = seqsubm(atus.lim, method="TRATE")<br>
          # if sequence lengths were equal, then <br>
          #indel_cost = 2<br>
          indel_cost = .45*max(sub_cost[upper.tri(sub_cost,
          diag=FALSE)])<br>
          sub_cost <= 2*indel_cost ## Check to see how many subs will
          not be allowed (they will be deleted and inserted instead)<br>
          <br>
          # Compute Distances with Optimal Matching('OM') and costs<br>
          seq_dist = seqdist(atus.lim, method='OM', indel=indel_cost,
          sm=sub_cost, full.matrix=FALSE)<br>
          <br>
          # seq.cluster <- agnes(seq_dist, diss = TRUE, method =
          "ward")<br>
          # The agnes function does not seem to be working, but we can
          use hclust<br>
          # Using package fastcluster with overwritten hclust<br>
          seq.cluster <- hclust(seq_dist, method = "ward") <br>
          plot(seq.cluster)<br>
          <br>
          <br>
          # This creates 3 clusters and produces atus.lab, which I think
          is what you want stsNWObject$CLUSTER to be<br>
          seq.c <- cutree(seq.cluster, k = 3)<br>
          atus.lab <- factor(seq.c, labels = paste("c", 1:3))<br>
          <br>
          # Make a subset:<br>
          atus.c1 = atus.lim[atus.lim$CLUSTER=='c 1',]<br>
          summary(atus.c1)<br>
          <br>
          [>] sequence object created with TraMineR version 1.8-1 <br>
          [>] 622 sequences in the data set, 619 unique <br>
          [>] min/max sequence length: 7/12<br>
          [>] alphabet (state labels): <br>
          1=1 (Sleep)<br>
          2=2 (Groom)<br>
          3=3 (Eat)<br>
          4=4 (Help)<br>
          5=5 (Chores)<br>
          6=6 (Work)<br>
          7=7 (Local)<br>
          8=8 (Relax)<br>
          [>] dimensionality of the sequence space: 84 <br>
          [>] colors: 1=#7FC97F 2=#BEAED4 3=#FDC086 4=#FFFF99
          5=#386CB0 6=#F0027F 7=#BF5B17 8=#666666 <br>
          [>] symbol for void element: %<br>
          <br>
          # Using your method of appending the cluster column to the
          sequence data<br>
          # Note this changes the length and dimensionality of the
          sequences!<br>
          atus.lim$CLUSTER <- factor(seq.c, labels = paste(1:3))<br>
          atus.c1 = atus.lim[atus.lim$CLUSTER==1,]<br>
          summary(atus.c1)<br>
          <br>
          [>] sequence object created with TraMineR version 1.8-1 <br>
          [>] 622 sequences in the data set, 619 unique <br>
          [>] min/max sequence length: 8/13<br>
          [>] alphabet (state labels): <br>
          1=1 (Sleep)<br>
          2=2 (Groom)<br>
          3=3 (Eat)<br>
          4=4 (Help)<br>
          5=5 (Chores)<br>
          6=6 (Work)<br>
          7=7 (Local)<br>
          8=8 (Relax)<br>
          [>] dimensionality of the sequence space: 91 <br>
          [>] colors: 1=#7FC97F 2=#BEAED4 3=#FDC086 4=#FFFF99
          5=#386CB0 6=#F0027F 7=#BF5B17 8=#666666 <br>
          [>] symbol for void element: % <br>
          <br>
          seq.c <- cutree(seq.cluster, k = 10)<br>
          atus.lim$CLUSTER <- factor(seq.c, labels = paste(1:10))<br>
          atus.c1 = atus.lim[atus.lim$CLUSTER==1,]<br>
          summary(atus.c1)<br>
          <br>
          <br>
          On Mar 15, 2012, at 1:10 PM, Hadrien Commenges wrote:<br>
          <br>
          > Hi,<br>
          > <br>
          > I've created a sts object with the seqdef function and
          I'd like to split this object by a factor (cluster). I canuse
          some functions with the "group=" option, but I need to work
          with smaller objects and I really want to split-Ihre Daten
          wurden abgeschnitten.
          <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
Traminer-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Traminer-users@lists.r-forge.r-project.org">Traminer-users@lists.r-forge.r-project.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/traminer-users">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/traminer-users</a>
</pre>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>