<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Julia,<br>
    <br>
    That's a good question, and probably very common as many GPS devices
    are programmed to go to sleep during certain intervals to save
    battery power. I don't think the omission of night time locations
    would cause much of a problem in terms of generating a space use
    model with T-LoCoH per say, but it would affect what you can claim
    about your space use model (including the 'homerange' which is a
    subset or product of a space use model).<br>
    <br>
    First thing to note is that when there is no sampling at night, the
    estimated utilization distribution (isopleths) should be interpreted
    as the UD of the sampled data, and not necessarily the individual as
    a whole. Take for example a dataset where the sampling is once an
    hour during the day, but the GPS unit goes to sleep from 6pm to 6am.
    Now consider a nest, where the individual was recorded at 6pm, and
    again at 6am, because it never moved during the night. If the goal
    is to construct a utilization distribution that represents the
    overall relative intensity of habitat use, then that nest should
    really be represented by 13 locations, not 2. So we couldn't claim a
    space-use model generated from those data represent that, but what
    we can say more confidently is that the isopleths generated from our
    data represent how space is used during the day, and that based on
    our knowledge of the species, the overall pattern of space use will
    be encompassed in the day time space use (although that may not be
    true for all species). Whether or not that more conservative claim
    about our analysis is an issue for the study as a whole depends on
    the research question. If our research question only requires an
    outline of the core area (50% isopleth), or the 'homerange' (95%
    isopleth), and the gradient of use within the core or homerange
    doesn't really matter, then this is probably not that big of a deal.
    On the other hand if we're going to feed our UD into another level
    of analysis where the gradient of the intensity of use matters, for
    example a parameter estimation for a resource selection function or
    volume intersection with another UD, then the omission of night time
    points might be more of a deal breaker.<br>
    <br>
    Secondly, if you are generating time-use metrics (nsv and mnlv), you
    certainly wouldn't want the intervisit gap period to be shorter than
    the period the device was programmed to go to sleep, otherwise it
    would appear as though a stationary individual (in the extreme case,
    dead) was making multiple visits to the nest, when in fact it hadn't
    moved at all. Does that make sense?<br>
    <br>
    If the omission of night time points is a deal-breaker for your
    analysis, you could potentially model the missing data (i.e., insert
    fake nightime points) based upon the assumption that the individual
    didn't move during the night. T-LoCoH doesn't have a function to do
    this, but it wouldn't be hard to make one. You could also test
    whether the insertion of fake points is reasonable or not by
    computing the distance between the last location of each day and the
    first location of the following day, and see if indeed the distances
    are actually close to zero.<br>
    <br>
    Hope this helps. I invite others to chime in, as these are issues
    that affect not just T-LoCoH but any kind of space-use modeling
    method.<br>
    <br>
    Andy<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 9/10/2014 10:13 AM, Julia Krejci
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:004301cfcd1a$873e13f0$95ba3bd0$@chello.at"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered
        medium)">
      <style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:black;
        mso-fareast-language:EN-US;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
pre
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Vorformatiert Zchn";
        margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Courier New";
        color:black;}
tt
        {mso-style-priority:99;
        font-family:"Courier New";}
p.MsoListParagraph, li.MsoListParagraph, div.MsoListParagraph
        {mso-style-priority:34;
        margin-top:0cm;
        margin-right:0cm;
        margin-bottom:0cm;
        margin-left:36.0pt;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:black;
        mso-fareast-language:EN-US;}
span.E-MailFormatvorlage19
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
span.E-MailFormatvorlage20
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.E-MailFormatvorlage21
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.HTMLVorformatiertZchn
        {mso-style-name:"HTML Vorformatiert Zchn";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Vorformatiert";
        font-family:Consolas;
        color:black;
        mso-fareast-language:EN-US;}
span.E-MailFormatvorlage24
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:70.85pt 70.85pt 2.0cm 70.85pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D" lang="EN-GB">Hi,
            thank you for your quick answer!<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D" lang="EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D" lang="EN-GB">I
            have another question, not really related to the one below:
            My transmitters were switched off during the night to save
            energy and because the birds I investigate are only active
            during the day. This creates a gap in the data, which is
            also visible in the </span><span style="color:windowtext"
            lang="EN-GB">lxy.plot.freq(my.lxy, deltat.by.date=T)  </span><span
            style="color:#1F497D" lang="EN-GB">function. I’ve attached
            an example. Does this in any way affect the analysis? What I
            want is basically home range and core area, nsv and mnlv. Do
            I have to account for that in any way? <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D" lang="EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D" lang="EN-GB">Thank
            you,<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D" lang="EN-GB">Best
            wishes,<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D" lang="EN-GB">Julia
            <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D" lang="EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D" lang="EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
        <div>
          <div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF
            1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
            <p class="MsoNormal"><b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext;mso-fareast-language:DE-AT"
                  lang="EN-GB">Von:</span></b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext;mso-fareast-language:DE-AT"
                lang="EN-GB"> Andy Lyons [<a class="moz-txt-link-freetext" href="mailto:lyons.andy@gmail.com">mailto:lyons.andy@gmail.com</a>] <br>
                <b>Gesendet:</b> Mittwoch, 10. September 2014 11:56<br>
                <b>An:</b> Jul</span><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext;mso-fareast-language:DE-AT"
                lang="DE">ia Krejci<br>
                <b>Cc:</b> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Tlocoh-info@lists.r-forge.r-project.org">Tlocoh-info@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
                <b>Betreff:</b> Re: [tlocoh-info] WG: nsv and mnlv<o:p></o:p></span></p>
          </div>
        </div>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi Julia, <br>
          <br>
          Good questions. See some comments below. Also take note:<br>
          <br>
          1) Version 1.17 of the T-LoCoH package has a bug. If you
          updated to that version, <b>please update to v1.18</b> (which
          was posted today)<br>
          <br>
          <tt><span style="font-size:10.0pt">update.packages(oldPkgs="tlocoh",
              repos=<a moz-do-not-send="true"
                href="http://R-Forge.R-project.org">"http://R-Forge.R-project.org"</a>)</span></tt><br>
          or<br>
          <tt><span style="font-size:10.0pt">install.packages("tlocoh",
              repos = <a moz-do-not-send="true"
                href="http://R-Forge.R-project.org">"http://R-Forge.R-project.org"</a>)</span></tt><br>
          <br>
          2) There's a new tip sheet about time-use analysis on the
          website that you might find useful, see <a
            moz-do-not-send="true"
            href="http://tlocoh.r-forge.r-project.org/tips_faqs.html">http://tlocoh.r-forge.r-project.org/tips_faqs.html</a>.<br>
          <br>
          Other comments below:<o:p></o:p></p>
        <div>
          <p class="MsoNormal">On 9/9/2014 6:33 AM, Julia Krejci wrote:<o:p></o:p></p>
        </div>
        <blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
          <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Dear tlocoh-list,</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">I’ve calculated
              revisitation rate and mean duration of visit for some
              birds I put GPS-transmitters on.  I chose an
              inter-visit-gap of 12 hours. Maybe I’m already work-blind,
              but I can’t seem to understand the intervals the output
              gives me. </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"> </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">If I display the nsv
              data, it shows me all points which are considered as
              consecutive visits to a hull, right? And the colour code
              shows if the individual was there rarely or often. The
              intervals of my output are:</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">1 – 11.6 </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">11.6 – 22.2 </span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">22.2 – 32.8 … and so
              on.</span><o:p></o:p></p>
          <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">So, this means, the
              individual revisited this hull once or 22 times during one
              inter-visit-gap? That doesn’t seem right. I’m quite sure
              I’m missing something.</span><o:p></o:p></p>
        </blockquote>
        <p class="MsoNormal"><span
            style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New
            Roman","serif";mso-fareast-language:DE-AT"><br>
          </span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times
            New
            Roman","serif";color:blue;mso-fareast-language:DE-AT">nsv
            stands for number of separate visits, where a visit is
            defined as not being away from the hull for 12 hours or
            more. So the hull where nsv=22 doesn't mean the individual
            visited 22 times during one intervisit gap period, but
            rather it was there and left for more than 12 hours and then
            came back, 22 times.<br>
            <br>
            nsv values will of course be integer values. Those ranges
            you show I presume are from the plot legend, which R
            computes by taking the range of values and chopping it up
            into equal intervals. But the nsv values themselves should
            be all integers<br>
          </span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times
            New
            Roman","serif";mso-fareast-language:DE-AT"><br>
            <br>
            <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"> It is the same for the
            mean duration of visit. This means the mean number of
            records taken of an individual during one visit to the hull,
            right? But the output gives me</span><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">1.30 – 11.56</span><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">11.56 – 21.82 and so on
            up to 52.60. </span><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">This cannot mean the
            bird stayed in this hull for 52 records. My GPS interval is
            one hour and the transmitters are shut down during the night
            to save energy, so they don’t record over night. Maybe I
            have to keep that in mind?</span><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><span
            style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New
            Roman","serif";mso-fareast-language:DE-AT"><br>
          </span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times
            New
            Roman","serif";color:blue;mso-fareast-language:DE-AT">A
            hull where the mnlv=52 means the animal was within the hull
            for 52 locations during at least one visit, where a visit
            again is defined by a period of separation. Hence that "one
            visit" could theoretically go on for several weeks, if for
            example the individual left and returned every 11 hours like
            clockwork, it would all be considered one visit because your
            inter-visit period is 12 hours. That of course is very
            unlikely, more probably the hull where mnlv=52 could also
            contain a bunch of closely spaced locations, perhaps a site
            where it stayed for a long time or returned at intervals
            shorter than your ivg value, etc. The tip sheet on the
            website illustrates how you can investigate the time use
            metrics of individual hulls.<br>
          </span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times
            New
            Roman","serif";mso-fareast-language:DE-AT"><br>
            <br>
            <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"> I tried to send you a
            sample image for illustration</span><span
            style="color:#1F497D" lang="EN-GB"> </span><span
            lang="EN-GB">but it seems to be too big to be sent. </span><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">I hope my explanation is
            understandable. I’d be very grateful for some advice.</span><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"> </span><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Thank you and best
            wishes,</span><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Julia </span><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><span
            style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New
            Roman","serif";mso-fareast-language:DE-AT"><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span
            style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New
            Roman","serif";mso-fareast-language:DE-AT"><br>
            H</span><span
            style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New
            Roman","serif";color:blue;mso-fareast-language:DE-AT">ope
            this helps. Let me know what other questions you come across</span><span
            style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New
            Roman","serif";mso-fareast-language:DE-AT">.<br>
            <br>
            <br>
            <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span
            style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New
            Roman","serif";mso-fareast-language:DE-AT"><br>
            <br>
            <o:p></o:p></span></p>
        <pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre>
        <pre>Tlocoh-info mailing list<o:p></o:p></pre>
        <pre><a moz-do-not-send="true" href="mailto:Tlocoh-info@lists.r-forge.r-project.org">Tlocoh-info@lists.r-forge.r-project.org</a><o:p></o:p></pre>
        <pre><a moz-do-not-send="true" href="http://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/tlocoh-info">http://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/tlocoh-info</a><o:p></o:p></pre>
        <p class="MsoNormal"><span
            style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New
            Roman","serif";mso-fareast-language:DE-AT"><o:p> </o:p></span></p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>