[Stacomir-commits] r161 - in pkg: stacomir/R stacomir/inst/config stacomir/man stacomirtools/R
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Fri Aug 19 21:34:45 CEST 2016
Author: briand
Date: 2016-08-19 21:34:45 +0200 (Fri, 19 Aug 2016)
New Revision: 161
Modified:
pkg/stacomir/R/BilanConditionEnv.r
pkg/stacomir/R/BilanEspeces.r
pkg/stacomir/R/BilanFonctionnementDC.r
pkg/stacomir/R/BilanFonctionnementDF.r
pkg/stacomir/R/BilanMigration.r
pkg/stacomir/R/BilanMigrationConditionEnv.r
pkg/stacomir/R/BilanMigrationInterAnnuelle.r
pkg/stacomir/R/BilanMigrationPar.r
pkg/stacomir/R/Bilan_lot.r
pkg/stacomir/R/Bilan_poids_moyen.r
pkg/stacomir/R/Bilan_stades_pigm.r
pkg/stacomir/R/Bilan_taille.r
pkg/stacomir/R/PasDeTempsJournalier.r
pkg/stacomir/R/PasdeTemps.r
pkg/stacomir/R/RefAnnee.r
pkg/stacomir/R/RefCheckBox.r
pkg/stacomir/R/RefChoix.r
pkg/stacomir/R/RefCoe.r
pkg/stacomir/R/RefDC.r
pkg/stacomir/R/RefDF.r
pkg/stacomir/R/RefHorodate.r
pkg/stacomir/R/RefListe.r
pkg/stacomir/R/RefMsg.r
pkg/stacomir/R/RefPoidsMoyenPeche.r
pkg/stacomir/R/RefStades.r
pkg/stacomir/R/RefStationMesure.r
pkg/stacomir/R/RefTaxon.r
pkg/stacomir/R/Refpar.r
pkg/stacomir/R/Refparqual.r
pkg/stacomir/R/Refparquan.r
pkg/stacomir/R/Refperiode.r
pkg/stacomir/R/ReftextBox.r
pkg/stacomir/R/create_generic.r
pkg/stacomir/R/fn_EcritBilanJournalier.r
pkg/stacomir/R/fn_EcritBilanMensuel.r
pkg/stacomir/R/fn_sql_dis.r
pkg/stacomir/R/fn_table_per_dis.r
pkg/stacomir/R/funBilanMigrationAnnuel.r
pkg/stacomir/R/funSousListeBilanMigration.r
pkg/stacomir/R/fungraph.r
pkg/stacomir/R/fungraph_civelle.r
pkg/stacomir/R/fungraph_env.r
pkg/stacomir/R/funstat.r
pkg/stacomir/R/funstatJournalier.r
pkg/stacomir/R/funtable.r
pkg/stacomir/R/funtraitement_poids.r
pkg/stacomir/R/funtraitementdate.r
pkg/stacomir/R/interface_BilanConditionEnv.r
pkg/stacomir/R/interface_BilanFonctionnementDC.r
pkg/stacomir/R/interface_BilanFonctionnementDF.r
pkg/stacomir/R/interface_BilanMigration.r
pkg/stacomir/R/interface_BilanMigrationConditionEnv.r
pkg/stacomir/R/interface_BilanMigrationInterannuelle.r
pkg/stacomir/R/interface_BilanMigrationPar.r
pkg/stacomir/R/interface_Bilan_lot.r
pkg/stacomir/R/interface_Bilan_taille.r
pkg/stacomir/R/interface_bilan_poids_moyen.r
pkg/stacomir/R/interface_chooselang.r
pkg/stacomir/R/interface_graphique.r
pkg/stacomir/R/libraries.r
pkg/stacomir/R/messages.r
pkg/stacomir/R/utilitaires.r
pkg/stacomir/inst/config/stacomi.r
pkg/stacomir/man/BilanEspeces-class.Rd
pkg/stacomir/man/BilanFonctionnementDC-class.Rd
pkg/stacomir/man/BilanMigration-class.Rd
pkg/stacomir/man/BilanMigrationConditionEnv-class.Rd
pkg/stacomir/man/BilanMigrationPar-class.Rd
pkg/stacomir/man/Bilan_lot-class.Rd
pkg/stacomir/man/Bilan_poids_moyen-class.Rd
pkg/stacomir/man/Bilan_stades_pigm-class.Rd
pkg/stacomir/man/Bilan_taille-class.Rd
pkg/stacomir/man/PasDeTemps-class.Rd
pkg/stacomir/man/PasDeTempsJournalier-class.Rd
pkg/stacomir/man/RefAnnee-class.Rd
pkg/stacomir/man/RefCheckBox-class.Rd
pkg/stacomir/man/RefChoix-class.Rd
pkg/stacomir/man/RefDC-class.Rd
pkg/stacomir/man/RefDF-class.Rd
pkg/stacomir/man/RefHorodate-class.Rd
pkg/stacomir/man/RefListe-class.Rd
pkg/stacomir/man/RefStades-class.Rd
pkg/stacomir/man/RefStationMesure-class.Rd
pkg/stacomir/man/RefTaxon-class.Rd
pkg/stacomir/man/RefTextBox-class.Rd
pkg/stacomir/man/Refpar-class.Rd
pkg/stacomir/man/Refparqual-class.Rd
pkg/stacomir/man/Refparquan-class.Rd
pkg/stacomir/man/charge-methods.Rd
pkg/stacomir/man/choix-methods.Rd
pkg/stacomir/man/funtitle_bilan_stades_pigm.Rd
pkg/stacomir/man/graphe-methods.Rd
pkg/stacomir/man/handler_graph_functions.Rd
pkg/stacomir/man/handler_interfacegraphique.Rd
pkg/stacomir/man/handler_tabledisplay_functions.Rd
pkg/stacomir/man/stacomiR-package.Rd
pkg/stacomirtools/R/RequeteODBC.r
Log:
Modified: pkg/stacomir/R/BilanConditionEnv.r
===================================================================
--- pkg/stacomir/R/BilanConditionEnv.r 2016-08-19 19:34:11 UTC (rev 160)
+++ pkg/stacomir/R/BilanConditionEnv.r 2016-08-19 19:34:45 UTC (rev 161)
@@ -7,7 +7,7 @@
#' @slot data=data.frame
#' @method connect
#' @method charge
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
setClass(Class="BilanConditionEnv",
representation=representation(
@@ -25,7 +25,7 @@
#' connect method for BilanConditionEnv class
#' @return an object of BilanConditionEnv class
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
setMethod("connect",signature=signature("BilanConditionEnv"),
definition=function(objet,h) {
@@ -48,15 +48,15 @@
requete at order_by<-"ORDER BY env_stm_identifiant, env_date_debut"
tmp<-vector_to_listsql(objet at stationMesure@data$stm_identifiant)
requete at and=paste(" AND env_stm_identifiant IN ",tmp )
- requete<-connect(requete)
- objet at data<-killfactor(requete at query)
+ requete<-stacomirtools::connect(requete)
+ objet at data<-stacomirtools::killfactor(requete at query)
funout(get("msg",envir=envir_stacomi)$BilanCondtionEnv.1)
return(objet)
}
)
#' charge method for BilanCondtionEnv class
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
setMethod("charge",signature=signature("BilanConditionEnv"),definition=function(objet,h) {
@@ -85,7 +85,7 @@
#' hbilanConditionEnvgraph function called by handler which displays a graphe if environmental conditons are in the database during the selected period
#' @param h
#' @param ...
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
hbilanConditionEnvgraph = function(h,...)
{
Modified: pkg/stacomir/R/BilanEspeces.r
===================================================================
--- pkg/stacomir/R/BilanEspeces.r 2016-08-19 19:34:11 UTC (rev 160)
+++ pkg/stacomir/R/BilanEspeces.r 2016-08-19 19:34:45 UTC (rev 161)
@@ -14,7 +14,7 @@
#' @slot data="data.frame"
#' @slot duree="POSIXct"
#' @slot liste="RefListe" lists the possible value of time period
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
setClass(Class="BilanEspeces",
representation=
representation(dc="RefDC",
@@ -39,7 +39,7 @@
#' connect method for BilanEspeces
#' @return bilanEspeces instance with request corresponding to the user choices
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
setMethod("connect",signature=signature("BilanEspeces"),definition=function(objet) {
bilanEspeces<-objet # pour faciliter la debug, l'argument formel de la classe doit etre forcement objet !
@@ -64,7 +64,7 @@
" AND lot_lot_identifiant IS NULL",
" AND lot_effectif IS NOT NULL",
sep="")
- requete<-connect(requete)
+ requete<-stacomirtools::connect(requete)
if (requete at etat!="Requete reussie \n") funout(get("msg",envir=envir_stacomi)$BilanEspeces.3,arret=TRUE)
bilanEspeces at data<-requete at query
return(bilanEspeces)
@@ -75,7 +75,7 @@
#' traite eventuellement les quantites de lots (si c'est des civelles)
#' @param h
#' @param ...
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
hBilanEspecescalc=function(h,...){
charge(h$action)
@@ -85,7 +85,7 @@
#' charge method for BilanEspeces
#' verifies the content of objects and calls the connect method
#' @return BilanEspeces with slots filled by user choice
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
#' @expamples bilanEspeces=new("BilanEspeces")
setMethod("charge",signature=signature("BilanEspeces"),definition=function(objet,...){
@@ -125,7 +125,7 @@
#' @note pas besoin de refaire tourner calcul si une autre liste � �t� charg�e, les effectifs <0 sont transform�s en positifs
#' @param h
#' @param ...
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
hCamembert = function(h,...) {
@@ -152,7 +152,7 @@
if (min(tableEspeces$lot_effectif)<0) {funout(get("msg",envir_stacomi)$BilanEspeces.6)
tableEspeces$lot_effectif=abs(tableEspeces$lot_effectif)
}
- sumEspeces=switch(bilanEspeces at liste@listechoix,
+ sumEspeces=switch(bilanEspeces at liste@listechoice,
"annee"=as.data.frame(xtabs(lot_effectif~taxon_stades+annee,data=tableEspeces)),
"mois"=as.data.frame(xtabs(lot_effectif~taxon_stades+mois,data=tableEspeces)),
"semaine"=as.data.frame(xtabs(lot_effectif~taxon_stades+semaine,data=tableEspeces)),
@@ -164,8 +164,8 @@
g<-g+geom_bar(aes(x="",y=Effectif,fill=taxon_stades,width=1),stat="identity") +
ggtitle(paste("Bilan Especes, DC",bilanEspeces at dc@dc_selectionne,"\n",bilanEspeces at datedebut,"=>",bilanEspeces at datefin))
#theme(axis.line.x=element_line("none"))+theme(axis.title.x= element_text("none"))
- if (bilanEspeces at liste@listechoix!="aucun"){
- facet<-switch(bilanEspeces at liste@listechoix,
+ if (bilanEspeces at liste@listechoice!="aucun"){
+ facet<-switch(bilanEspeces at liste@listechoice,
"annee"=as.formula(~annee),
"mois"=as.formula(~mois),
"semaine"=as.formula(~semaine))
@@ -191,7 +191,7 @@
#' dans des fichiers csv
#' @param h
#' @param ...
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
hTableBilanEspeces=function(h,...) {
if (exists("bilanEspeces",envir_stacomi)) {
@@ -218,7 +218,7 @@
tableEspeces$lot_effectif=abs(tableEspeces$lot_effectif)
}
now<-bilanEspeces at horodate@horodate
- sumEspeces=switch(bilanEspeces at liste@listechoix,
+ sumEspeces=switch(bilanEspeces at liste@listechoice,
"annee"=as.data.frame(xtabs(lot_effectif~taxon_stades+annee,data=tableEspeces)),
"mois"=as.data.frame(xtabs(lot_effectif~taxon_stades+mois,data=tableEspeces)),
"semaine"=as.data.frame(xtabs(lot_effectif~taxon_stades+semaine,data=tableEspeces)),
@@ -230,7 +230,7 @@
}
#' Interface for BilanEspece class
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
#' @expamples interface_BilanEspeces()
interface_BilanEspeces=function(){
@@ -242,38 +242,38 @@
vecteur=c("aucun","semaine","mois","annee"),
label=get("msg",envir=envir_stacomi)$interface_BilanEspeces.7)
quitte()
- group = ggroup(horizontal=FALSE) # doit toujours s'appeller group
+ group <- gWidgets::ggroup(horizontal=FALSE) # doit toujours s'appeller group
assign("group",group,envir = .GlobalEnv)
gl=glabel(text=get("msg",envir=envir_stacomi)$interface_BilanEspeces.2,container=group)
add(ggroupboutons,group)
- choix(bilanEspeces at horodate,
+ choice(bilanEspeces at horodate,
label=get("msg",envir=envir_stacomi)$interface_Bilan_lot.3,
nomassign="bilanEspeces_date_debut",
funoutlabel=get("msg",envir=envir_stacomi)$interface_Bilan_lot.5,
decal=-2,
affichecal=FALSE)
- choix(bilanEspeces at horodate,
+ choice(bilanEspeces at horodate,
label=get("msg",envir=envir_stacomi)$interface_Bilan_lot.4,
nomassign="bilanEspeces_date_fin",
funoutlabel=get("msg",envir=envir_stacomi)$interface_Bilan_lot.6,
decal=-1,
affichecal=FALSE)
- choix(bilanEspeces at dc,objetBilan=bilanEspeces,is.enabled=TRUE)
- choix(bilanEspeces at liste)
- ggroupboutonsbas = ggroup(horizontal=FALSE)
+ choice(bilanEspeces at dc,objetBilan=bilanEspeces,is.enabled=TRUE)
+ choice(bilanEspeces at liste)
+ ggroupboutonsbas = gWidgets::ggroup(horizontal=FALSE)
assign("ggroupboutonsbas",ggroupboutonsbas, envir=.GlobalEnv)
- add(ggroupboutons,ggroupboutonsbas)
+ gWidgets::add(ggroupboutons,ggroupboutonsbas)
toolbarlist = list(
- Calc=gaction(handler=hBilanEspecescalc, action=bilanEspeces, icon="new", label="calcul", tooltip=get("msg",envir=envir_stacomi)$interface_BilanEspeces.3),
- Graph=gaction(label="pie",tooltip=get("msg",envir=envir_stacomi)$interface_BilanEspeces.4,icon="bubbles",handler=hCamembert,action="pie"),
- Graph2=gaction(handler=hCamembert, icon="barplot", label="histo", tooltip=get("msg",envir=envir_stacomi)$interface_BilanEspeces.5,action="graph"),
- Stat=gaction(handler=hTableBilanEspeces, icon="dataframe", label="stat", tooltip=get("msg",envir=envir_stacomi)$interface_BilanEspeces.6),
- annuler=gaction(handler= quitte,icon = "close",label="quitter")
+ Calc=gWidgets::gaction(handler=hBilanEspecescalc, action=bilanEspeces, icon="new", label="calcul", tooltip=get("msg",envir=envir_stacomi)$interface_BilanEspeces.3),
+ Graph=gWidgets::gaction(label="pie",tooltip=get("msg",envir=envir_stacomi)$interface_BilanEspeces.4,icon="bubbles",handler=hCamembert,action="pie"),
+ Graph2=gWidgets::gaction(handler=hCamembert, icon="barplot", label="histo", tooltip=get("msg",envir=envir_stacomi)$interface_BilanEspeces.5,action="graph"),
+ Stat=gWidgets::gaction(handler=hTableBilanEspeces, icon="dataframe", label="stat", tooltip=get("msg",envir=envir_stacomi)$interface_BilanEspeces.6),
+ annuler=gWidgets::gaction(handler= quitte,icon = "close",label="quitter")
)
- #add(ggroupboutonsbas, gtoolbar(toolbarlist))
- #addSpring(group)
+ #gWidgets::add(ggroupboutonsbas, gtoolbar(toolbarlist))
+ #gWidgets::addSpring(group)
#graphes=ggraphics(width=600,height=400)
add(ggrouptotal1,graphes ) # on ajoute au groupe horizontal
- x11()
+ grDevices::X11()
assign("graphes",graphes,envir=.GlobalEnv)
}
\ No newline at end of file
Modified: pkg/stacomir/R/BilanFonctionnementDC.r
===================================================================
--- pkg/stacomir/R/BilanFonctionnementDC.r 2016-08-19 19:34:11 UTC (rev 160)
+++ pkg/stacomir/R/BilanFonctionnementDC.r 2016-08-19 19:34:45 UTC (rev 161)
@@ -6,7 +6,7 @@
# Date de creation : 12/01/2009 14:38:09
# Compatibilite :
# Etat : developpement en cours, fonctionne
-# programmer l'affichage du choix de la date (classe horodate devt en cours) => PB � regler dans la relation calendar horodate
+# programmer l'affichage du choice de la date (classe horodate devt en cours) => PB � regler dans la relation calendar horodate
# 05/02/2009 21:21:40 OK fonctionne
# programmer les graphiques, et notamment les coupures entre les mois, a partir de la table des dates de debut et de fin
# il faut inserer des lignes correspondant aux debuts et fin de mois afin qu'aucun intervalle ne se trouve a cheval sur deux mois
@@ -14,7 +14,7 @@
# Description Calcul du fonctionnement du DC � partir des parametres
# extraits de la base migrateur
# Interface graphique : attribue au bouton DC
-# Creer un graphique ("en boites") des resultats de fonctionnement du DC avec deux choix de graphiques OK fonctionne
+# Creer un graphique ("en boites") des resultats de fonctionnement du DC avec deux choice de graphiques OK fonctionne
setClass(Class="BilanFonctionnementDC",
@@ -88,7 +88,7 @@
# l'objectif du programme ci dessous est de calculer la duree mensuelle de fonctionnement du dispositif.
tempsdebut<-strptime(t_periodefonctdispositif_per$per_date_debut,"%Y-%m-%d %H:%M:%S", tz = "GMT")
tempsfin<-strptime(t_periodefonctdispositif_per$per_date_fin,"%Y-%m-%d %H:%M:%S", tz = "GMT")
- # test la premiere horodate peut etre avant le choix de temps de debut, remplacer cette date par requete at datedebut
+ # test la premiere horodate peut etre avant le choice de temps de debut, remplacer cette date par requete at datedebut
tempsdebut[tempsdebut<fonctionnementDC at requete@datedebut]<-fonctionnementDC at requete@datedebut
# id pour fin
tempsfin[tempsfin>fonctionnementDC at requete@datefin]<-fonctionnementDC at requete@datefin
Modified: pkg/stacomir/R/BilanFonctionnementDF.r
===================================================================
--- pkg/stacomir/R/BilanFonctionnementDF.r 2016-08-19 19:34:11 UTC (rev 160)
+++ pkg/stacomir/R/BilanFonctionnementDF.r 2016-08-19 19:34:45 UTC (rev 161)
@@ -25,7 +25,7 @@
#' @slot df = Object of class \code{"RefDF"}
#' @slot horodate = Object of class \code{"RefHorodate"}
#' @slot requete = Object of class \code{"RequeteODBCwheredate"}
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @seealso Other Bilan Class
#' \code{\linkS4class{Bilan_lot}}
#' \code{\linkS4class{Bilan_poids_moyen}}
@@ -39,7 +39,7 @@
#' \code{\linkS4class{BilanMigrationConditionEnv}}
#' \code{\linkS4class{BilanMigrationInterAnnuelle}}
#' \code{\linkS4class{BilanMigrationPar}}
-#' @references \url{http://trac.eptb-vilaine.fr:8066/tracstacomi}
+#' @references \url{http://w3.eptb-vilaine.fr:8080/tracstacomi}
setClass(Class="BilanFonctionnementDF",
representation= representation(data="data.frame",
df="RefDF",
@@ -104,7 +104,7 @@
# le programme découpe les périodes qui sont a cheval sur deux mois
#' funbarchartDF creates a barchart for BilanFonctionnementDF class
#' @param h a handler
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
funbarchartDF = function(h,...) {
# TEMP 2015
@@ -122,7 +122,7 @@
#tempsfin<-strptime(t_periodefonctdispositif_per$per_date_fin,"%Y-%m-%d %H:%M:%S", tz = "GMT")
tempsdebut<-t_periodefonctdispositif_per$per_date_debut
tempsfin<-t_periodefonctdispositif_per$per_date_fin
- # test la premiere horodate peut etre avant le choix de temps de debut, remplacer cette date par requete at datedebut
+ # test la premiere horodate peut etre avant le choice de temps de debut, remplacer cette date par requete at datedebut
tempsdebut[tempsdebut<fonctionnementDF at requete@datedebut]<-fonctionnementDF at requete@datedebut
# id pour fin
tempsfin[tempsfin>fonctionnementDF at requete@datefin]<-fonctionnementDF at requete@datefin
@@ -179,10 +179,10 @@
g1<-g1+geom_bar(stat='identity',aes(fill=fonctionnement))+scale_fill_manual(values = c("#E41A1C","#4DAF4A"))
if(length(unique(t_periodefonctdispositif_per_mois$annee))>1) {
- x11(40,40); print(g)
- x11 (40,40) ;print(g1)
+ X11(40,40); print(g)
+ X11 (40,40) ;print(g1)
}else {
- x11(60,40)
+ X11(60,40)
vplayout <- function(x, y) { viewport(layout.pos.row = x, layout.pos.col = y) }
grid.newpage()
pushViewport(viewport(layout = grid.layout(1,2,just="center")))
@@ -195,7 +195,7 @@
#' FunboxDF draws rectangles to describe the DF work for BilanFonctionnementDF class
#' @param h a handler
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
funboxDF = function(h,...) {
@@ -318,7 +318,7 @@
}
#' FuntableDF create a table output for BilanFonctionnementDF class
#' @param h a handler
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
funtableDF = function(h,...) {
fonctionnementDF=charge(fonctionnementDF)
Modified: pkg/stacomir/R/BilanMigration.r
===================================================================
--- pkg/stacomir/R/BilanMigration.r 2016-08-19 19:34:11 UTC (rev 160)
+++ pkg/stacomir/R/BilanMigration.r 2016-08-19 19:34:45 UTC (rev 161)
@@ -10,7 +10,7 @@
#' @slot data="data.frame"
#' @slot duree="POSIXct"
#' @method calcule
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
setClass(Class="BilanMigration",
representation=
representation(dc="RefDC",taxons="RefTaxon",stades="RefStades",pasDeTemps="PasDeTempsJournalier",data="data.frame",duree="POSIXct"),
@@ -42,7 +42,7 @@
#' traite eventuellement les quantites de lots (si c'est des civelles)
#' @param h
#' @param ...
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
hbilanMigrationcalc=function(h,...){
calcule( h$action)
@@ -51,7 +51,7 @@
#' calcule method for BilanMigration
#' @return BilanMigration with slots filled by user choice
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
setMethod("calcule",signature=signature("BilanMigration"),definition=function(objet,...){
bilanMigration<-objet
@@ -131,7 +131,7 @@
#' @note pb si autre chose que journalier les pas de temps ont été contraints à des pas de temps journaliers pour ce graphique
#' @param h
#' @param ...
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
hbilanMigrationgraph = function(h,...) {
if (exists("bilanMigration",envir_stacomi)) {
@@ -168,7 +168,7 @@
#' cumuls de migration au cours du temps
#' @param h
#' @param ...
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
hbilanMigrationgraph2 = function(h,...) {
if (exists("bilanMigration",envir_stacomi)) {
@@ -212,7 +212,7 @@
#' dans des fichiers csv
#' @param h
#' @param ...
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
hTableBilanMigration=function(h,...) {
funout("Tableau de sortie \n")
Modified: pkg/stacomir/R/BilanMigrationConditionEnv.r
===================================================================
--- pkg/stacomir/R/BilanMigrationConditionEnv.r 2016-08-19 19:34:11 UTC (rev 160)
+++ pkg/stacomir/R/BilanMigrationConditionEnv.r 2016-08-19 19:34:45 UTC (rev 161)
@@ -3,7 +3,7 @@
#' class BilanMigrationCondtionEnv
#' @slot bilanMigration="BilanMigration"
#' @slot bilanConditionEnv="BilanConditionEnv"
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @method calcule
#' @expamples bilanMigrationConditionEnv= new("BilanMigration")
setClass(Class="BilanMigrationConditionEnv",representation=
@@ -35,7 +35,7 @@
#' traite eventuellement les quantites de lots (si c'est des civelles)
#' @param h
#' @param ...
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
hbilanMigrationConditionEnvcalc=function(h,...){
calcule(h$action)
Modified: pkg/stacomir/R/BilanMigrationInterAnnuelle.r
===================================================================
--- pkg/stacomir/R/BilanMigrationInterAnnuelle.r 2016-08-19 19:34:11 UTC (rev 160)
+++ pkg/stacomir/R/BilanMigrationInterAnnuelle.r 2016-08-19 19:34:45 UTC (rev 161)
@@ -11,7 +11,7 @@
#' @method connect
#' @method supprime
#' @method charge
-#' @references \url{http://trac.eptb-vilaine.fr:8066/tracstacomi}
+#' @references \url{http://w3.eptb-vilaine.fr:8080/tracstacomi}
#' @seealso Other Bilan Class
#' \code{\linkS4class{Bilan_lot}}
#' \code{\linkS4class{Bilan_poids_moyen}}
@@ -25,7 +25,7 @@
#' \code{\linkS4class{BilanMigrationConditionEnv}}
#' \code{\linkS4class{BilanMigrationInterAnnuelle}}
#' \code{\linkS4class{BilanMigrationPar}}
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
setClass(Class="BilanMigrationInterAnnuelle",representation=
representation(
dc="RefDC",
@@ -47,7 +47,7 @@
#' connect method for BilanMigrationInterannuelle class
#' @returnType S4 class BilanMigrationInterannuelle
#' @return bilanMigrationInterannuelle an instantianted object with values filled with user choice
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
#' @export
setMethod("connect",signature=signature("BilanMigrationInterAnnuelle"),
definition=function(objet,...)
@@ -62,10 +62,10 @@
requete at where=paste("WHERE bjo_annee IN ",vector_to_listsql(les_annees)," AND bjo_tax_code='",tax,"' AND bjo_std_code='",std,"' AND bjo_dis_identifiant=",dic,sep="")
requete at select=paste("SELECT * FROM ",get("sch",envir=envir_stacomi),"t_bilanmigrationjournalier_bjo",sep="")
requete at order_by=" ORDER BY bjo_jour "
- requete<-connect(requete)
+ requete<-stacomirtools::connect(requete)
# resultat de la requete
- objet at data<- killfactor(requete at query)
+ objet at data<- stacomirtools::killfactor(requete at query)
# recuperation des indices des annees presentes dans la base
index=unique(objet at data$bjo_annee) %in% les_annees
@@ -98,14 +98,14 @@
dic= objet at dc@dc_selectionne
requete=new("RequeteODBCwhere")
requete at baseODBC<-get("baseODBC",envir=envir_stacomi)
- requete at select=str_c("DELETE from ",get("sch",envir=envir_stacomi),"t_bilanmigrationjournalier_bjo ")
+ requete at select=stringr::str_c("DELETE from ",get("sch",envir=envir_stacomi),"t_bilanmigrationjournalier_bjo ")
requete at where=paste("WHERE bjo_annee IN (",paste(les_annees,collapse=","),") AND bjo_tax_code='",tax,"' AND bjo_std_code='",std,"' AND bjo_dis_identifiant=",dic,sep="")
- requete<-connect(requete)
+ requete<-stacomirtools::connect(requete)
requete=new("RequeteODBCwhere")
requete at baseODBC<-get("baseODBC",envir=envir_stacomi)
- requete at select=str_c("DELETE from ",get("sch",envir=envir_stacomi),"t_bilanmigrationmensuel_bme ")
+ requete at select=stringr::str_c("DELETE from ",get("sch",envir=envir_stacomi),"t_bilanmigrationmensuel_bme ")
requete at where=paste("WHERE bme_annee IN (",paste(les_annees,collapse=","),") AND bme_tax_code='",tax,"' AND bme_std_code='",std,"' AND bme_dis_identifiant=",dic,sep="")
- requete<-connect(requete)
+ requete<-stacomirtools::connect(requete)
}
)
@@ -161,7 +161,7 @@
dat$jour = as.POSIXct(strptime(strftime(dat$jour,'2000-%m-%d %H:%M:%S'),format='%Y-%m-%d %H:%M:%S'),tz="GMT")
dat$annee=as.factor(dat$annee)
- dat=killfactor(dat)
+ dat=stacomirtools::killfactor(dat)
titre=paste(get("msg",envir_stacomi)$BilanMigrationInterannuelle.4,
paste(min(dat$annee),max(dat$annee), collapse=":"),
@@ -191,37 +191,37 @@
dat=dat[dat$moyenne!=0,] # pour des raisons graphiques on ne garde pas les effectifs nuls generes par fundat
newdat=dat[match(unique(as.character(dat$jour)),as.character(dat$jour)),]
newdat=newdat[order(newdat$jour),] # pour avoir les range sur l'ensemble des valeurs dispo et pas seult l'annee en cours
- the_choix=select.list(choices=as.character(unique(dat$annee)[order(unique(dat$annee))]),
+ the_choice=select.list(choices=as.character(unique(dat$annee)[order(unique(dat$annee))]),
preselect=as.character(max(dat$annee)),
- "choix annee",multiple=TRUE)
+ "choice annee",multiple=TRUE)
amplitude=paste(min(as.numeric(as.character(dat$annee))),"-",max(as.numeric(as.character(dat$annee))),sep="")
- if (length(the_choix)>0) {
+ if (length(the_choice)>0) {
# le layout pour l'affichage des graphiques
vplayout <- function(x, y) { viewport(layout.pos.row = x, layout.pos.col = y) }
grid.newpage()
- pushViewport(viewport(layout = grid.layout(length(the_choix),1,just="center")))
- for(i in 1:length(the_choix))
+ pushViewport(viewport(layout = grid.layout(length(the_choice),1,just="center")))
+ for(i in 1:length(the_choice))
{
- amplitudechoix<-paste(the_choix[i],'/',amplitude)
- tmp <- dat[as.numeric(as.character(dat$annee))==as.numeric(the_choix)[i],]
+ amplitudechoice<-paste(the_choice[i],'/',amplitude)
+ tmp <- dat[as.numeric(as.character(dat$annee))==as.numeric(the_choice)[i],]
tmp$annee=as.character(tmp$annee)
g <- ggplot(newdat,aes(x=jour,y=valeur))
g <- g+geom_ribbon(aes(ymin=mintab, ymax=maxtab,fill="amplitude"),color="grey20")
g <- g+geom_bar(aes(fill=I("orange")),position="dodge",stat="identity",alpha=0.9,data=tmp)
- g<- g+ scale_fill_manual(name=eval(amplitudechoix), values=c("grey80","orange"),
- labels = c("amplitude historique",the_choix[i]))
+ g<- g+ scale_fill_manual(name=eval(amplitudechoice), values=c("grey80","orange"),
+ labels = c("amplitude historique",the_choice[i]))
g <- g+geom_point(aes(y=valeur,col=annee),data=tmp,size=0.5)
g <- g+ geom_line(aes(y=moyenne),col=I("brown"),data=tmp)
g <- g+geom_point(aes(y=moyenne,col=I("red")),size=0.8,data=tmp)
- g <- g+ scale_colour_manual(name=amplitudechoix, values=c("orange3","red"),
- labels=c(the_choix[i],str_c("Moyenne interannuelle",amplitude)))+
+ g <- g+ scale_colour_manual(name=amplitudechoice, values=c("orange3","red"),
+ labels=c(the_choice[i],stringr::str_c("Moyenne interannuelle",amplitude)))+
guides(fill = guide_legend(reverse=TRUE))
g <- g+labs(title=paste(bilanMigrationInterAnnuelle at taxons@data$tax_nom_latin,",",bilanMigrationInterAnnuelle at stades@data$std_libelle,unique(as.character(tmp$annee)),"/",amplitude))
g <- g+scale_x_datetime(name="effectif",breaks="months",minor_breaks="weeks", labels=date_format("%d-%m"))
g<-g+theme_bw()
print(g, vp=vplayout(i,1))
assign(paste("g",i,sep=""),g,envir_stacomi)
- funout(paste(get("msg",envir_stacomi)$BilanMigrationInterannuelle.10,"i=",paste(1:length(choix),collapse=","),"\n"))
+ funout(paste(get("msg",envir_stacomi)$BilanMigrationInterannuelle.10,"i=",paste(1:length(choice),collapse=","),"\n"))
} # end for
@@ -314,7 +314,7 @@
dat=fundat(dat)
#dat=dat[order(dat$annee,dat$jour),]
dat$valeur[is.na(dat$valeur)]<-0 # sinon si il ne reste qu'une ligne peut planter
- the_choix=select.list(choices=as.character(unique(dat$annee)),preselect=as.character(max(dat$annee)),"choix annee",multiple=FALSE)
+ the_choice=select.list(choices=as.character(unique(dat$annee)),preselect=as.character(max(dat$annee)),"choice annee",multiple=FALSE)
amplitude=paste(min(as.numeric(as.character(dat$annee))),"-",max(as.numeric(as.character(dat$annee))),sep="")
#################
# Calcul des cumsum
@@ -336,7 +336,7 @@
###################
g <- ggplot(dat,aes(x=jour,y=cumsum))
- tmp<-dat[as.numeric(as.character(dat$annee))==as.numeric(the_choix),]
+ tmp<-dat[as.numeric(as.character(dat$annee))==as.numeric(the_choice),]
g <- g+geom_step(aes(col=annee,size=total_annuel))
g <- g+geom_step(data=tmp,col="black",lty=2)
g<-g+labs(title=paste(bilanMigrationInterAnnuelle at taxons@data$tax_nom_latin,",",bilanMigrationInterAnnuelle at stades@data$std_libelle,get("msg",envir_stacomi)$BilanMigrationInterannuelle.9,amplitude))
@@ -376,19 +376,19 @@
# dat=dat[dat$moyenne!=0,] # pour des raisons graphiques on ne garde pas les effectifs nuls generes par fundat
newdat=dat[match(unique(dat[,timesplit]),dat[,timesplit]),]
newdat=newdat[order(newdat[,"keeptimesplit"]),] # pour avoir les range sur l'ensemble des valeurs dispo et pas seult l'annee en cours
- thechoix=select.list(choices=as.character(unique(dat$annee)),preselect=as.character(max(as.numeric(as.character(dat$annee)))),"choix annee",multiple=TRUE)
+ thechoice=select.list(choices=as.character(unique(dat$annee)),preselect=as.character(max(as.numeric(as.character(dat$annee)))),"choice annee",multiple=TRUE)
amplitude=paste(min(as.numeric(as.character(dat$annee))),"-",max(as.numeric(as.character(dat$annee))),sep="")
# here change 12/2012 the geom_crossbar now needs a factor, label change according to timesplit
newdat[,timesplit]<-as.factor(newdat[,timesplit])
levels(newdat[,timesplit])<-newdat[,timesplit] # to have the factor in the right order from january to dec
- if (length(thechoix)>0) {
+ if (length(thechoice)>0) {
# le layout pour l'affichage des graphiques
vplayout <- function(x, y) { viewport(layout.pos.row = x, layout.pos.col = y) }
grid.newpage()
- pushViewport(viewport(layout = grid.layout(length(thechoix),1,just="center")))
- for(i in 1:length(thechoix)) {
- selection=as.numeric(as.character(dat$annee))==as.numeric(thechoix)[i]
+ pushViewport(viewport(layout = grid.layout(length(thechoice),1,just="center")))
+ for(i in 1:length(thechoice)) {
+ selection=as.numeric(as.character(dat$annee))==as.numeric(thechoice)[i]
tmp <- dat[selection,]
tmp[tmp$valeur>=tmp$moyenne,"comp"]<-">=moy"
tmp[tmp$valeur<tmp$moyenne,"comp"]<-"<moy"
@@ -413,12 +413,12 @@
# pb the limit truncs the value
g <- g+ylab("effectif")
cols <- c("max" = "blue","min" = "red",">=moy" = "darkgreen", "<moy" = "darkorange","0"="grey10")
- g <- g+scale_colour_manual(name=thechoix,values=cols)
+ g <- g+scale_colour_manual(name=thechoice,values=cols)
g<-g+labs(title=paste(bilanMigrationInterAnnuelle at taxons@data$tax_nom_latin,",",bilanMigrationInterAnnuelle at stades@data$std_libelle,", bilan par",timesplit,unique(as.character(tmp$annee)),"/",amplitude))
g<-g+ theme_bw()
print(g, vp=vplayout(i,1))
assign(paste("g",i,sep=""),g,envir_stacomi)
- funout(paste(get("msg",envir_stacomi)$BilanMigrationInterannuelle.10,"i=",paste(1:length(thechoix),collapse=","),"\n"))
+ funout(paste(get("msg",envir_stacomi)$BilanMigrationInterannuelle.10,"i=",paste(1:length(thechoice),collapse=","),"\n"))
} # end for
} # end if
} # end function
@@ -454,17 +454,17 @@
# levels(dat[,timesplit])<-newdat[,timesplit]
# levels(newdat[,timesplit])<-newdat[,timesplit]
- the_choix=select.list(choices=as.character(unique(dat$annee)),preselect=as.character(max(as.numeric(as.character(dat$annee)))),"choix annee",multiple=TRUE)
+ the_choice=select.list(choices=as.character(unique(dat$annee)),preselect=as.character(max(as.numeric(as.character(dat$annee)))),"choice annee",multiple=TRUE)
amplitude=paste(min(as.numeric(as.character(dat$annee))),"-",max(as.numeric(as.character(dat$annee))),sep="")
- if (length(the_choix)>0) {
+ if (length(the_choice)>0) {
# le layout pour l'affichage des graphiques
vplayout <- function(x, y) { viewport(layout.pos.row = x, layout.pos.col = y) }
grid.newpage()
- pushViewport(viewport(layout = grid.layout(length(the_choix),1,just="center")))
- for(i in 1:length(the_choix)) {
- selection=as.numeric(as.character(dat$annee))==as.numeric(the_choix)[i]
+ pushViewport(viewport(layout = grid.layout(length(the_choice),1,just="center")))
+ for(i in 1:length(the_choice)) {
+ selection=as.numeric(as.character(dat$annee))==as.numeric(the_choice)[i]
tmp <- dat[selection,]
tmp[tmp$valeur>=tmp$moyenne,"comp"]<-">=moy"
tmp[tmp$valeur<tmp$moyenne,"comp"]<-"<moy"
@@ -479,11 +479,11 @@
g<-g+geom_bar(stat="identity",aes_string(y="valeur",fill="comp"),alpha=0.7)
g <- g+scale_y_continuous(name="effectif")
cols <- c("max" = "blue","min" = "red",">=moy" = "darkgreen", "<moy" = "darkorange","0"="grey10")
- g <- g+scale_fill_manual(name=the_choix,values=cols)
+ g <- g+scale_fill_manual(name=the_choice,values=cols)
g<-g+labs(title=paste(bilanMigrationInterAnnuelle at taxons@data$tax_nom_latin,",",bilanMigrationInterAnnuelle at stades@data$std_libelle,", bilan par",timesplit,unique(as.character(tmp$annee)),"/",amplitude))
print(g, vp=vplayout(i,1))
assign(paste("g",i,sep=""),g,envir_stacomi)
- funout(paste(get("msg",envir_stacomi)$BilanMigrationInterannuelle.10,"i=",paste(1:length(the_choix),collapse=","),"\n"))
+ funout(paste(get("msg",envir_stacomi)$BilanMigrationInterannuelle.10,"i=",paste(1:length(the_choice),collapse=","),"\n"))
} # end for
} # end if
} # end function
Modified: pkg/stacomir/R/BilanMigrationPar.r
===================================================================
--- pkg/stacomir/R/BilanMigrationPar.r 2016-08-19 19:34:11 UTC (rev 160)
+++ pkg/stacomir/R/BilanMigrationPar.r 2016-08-19 19:34:45 UTC (rev 161)
@@ -18,7 +18,7 @@
#' @method calcule
#' @method graphe
#' @note program : default two parameter choice, checking box "aucun" will allow the program to ignore the parameter
-#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand00@@gmail.com}
+#' @author Cedric Briand \email{cedric.briand@@eptb-vilaine.fr}
setClass(Class="BilanMigrationPar",
representation=representation(parquan="Refparquan",
parqual="Refparqual",
@@ -80,11 +80,11 @@
funout(get("msg",envir=envir_stacomi)$BilanMigration.1,arret=FALSE)
warning(get("msg",envir=envir_stacomi)$BilanMigration.1)
}
- if (exists("refchoix",envir_stacomi)){
- bilanMigrationPar at echantillon<-get("refchoix",envir_stacomi)
+ if (exists("refchoice",envir_stacomi)){
+ bilanMigrationPar at echantillon<-get("refchoice",envir_stacomi)
} else
{
- bilanMigrationPar at echantillon@listechoix<-"avec"
+ bilanMigrationPar at echantillon@listechoice<-"avec"
bilanMigrationPar at echantillon@selected<-as.integer(1)
}
if (exists("refparquan",envir_stacomi)){
@@ -131,41 +131,41 @@
# graphiques (a affiner pb si autre chose que journalier)
# pour sauvegarder sous excel
})
[TRUNCATED]
To get the complete diff run:
svnlook diff /svnroot/stacomir -r 161
More information about the Stacomir-commits
mailing list