[Soiltexture-commits] r49 - in pkg: . soiltexture/inst/doc
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Wed Mar 30 11:54:12 CEST 2011
Author: jmoeys
Date: 2011-03-30 11:54:11 +0200 (Wed, 30 Mar 2011)
New Revision: 49
Removed:
pkg/soiltexture.Rcheck/
pkg/soiltexture/inst/doc/soiltexture_vignette.R
pkg/soiltexture/inst/doc/transformations.R
Modified:
pkg/
pkg/soiltexture/inst/doc/
pkg/soiltexture/inst/doc/soiltexture_vignette.Rnw
Log:
Correct non-ASCII character in the vignette.
Property changes on: pkg
___________________________________________________________________
Modified: svn:ignore
- soiltexture.Rcheck.zip
+ soiltexture.Rcheck
soiltexture.Rcheck.zip
Property changes on: pkg/soiltexture/inst/doc
___________________________________________________________________
Added: svn:ignore
+ soiltexture_vignette.R
transformations.R
Deleted: pkg/soiltexture/inst/doc/soiltexture_vignette.R
===================================================================
--- pkg/soiltexture/inst/doc/soiltexture_vignette.R 2011-03-17 10:51:16 UTC (rev 48)
+++ pkg/soiltexture/inst/doc/soiltexture_vignette.R 2011-03-30 09:54:11 UTC (rev 49)
@@ -1,1695 +0,0 @@
-###################################################
-### chunk number 1:
-###################################################
-#line 99 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# Set a few Sweave options:
-options(
- width = 65, # width of R output
- prompt = " ", # Sign preceding R input in R-GUI
- continue = " " # same, but after 2nd line
-) #
-
-# The working directory:
-# setwd("C:/_RTOOLS/SWEAVE_WORK/SOIL_TEXTURES/rforge/pkg/soiltexture/inst/doc/INOUT")
-
-# And load the xtable package:
-if( !"xtable" %in% .packages(all.available = TRUE) )
-{ #
- message( paste( sep = "",
- "The xtable package is not present in your R install:\n",
- "R will now try to connect to one package server\n",
- "and propose you a list of package to download\n",
- "and install: Choose 'xtable' from the list"
- ) ) #
- utils:::menuInstallPkgs()
-} #
-require( "xtable" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 2:
-###################################################
-#line 140 "soiltexture_vignette.Rnw"
-old.wd <- getwd()
-
-# setwd("C:/_RTOOLS/SWEAVE_WORK/SOIL_TEXTURES/rforge/pkg/soiltexture/inst/doc/INOUT")
-
-if( !("soiltexture" %in% as.character( installed.packages()[,1] )) )
-{ #
- suppressMessages(
- install.packages(
- pkgs = "soiltexture"
- # repos = "http://R-Forge.R-project.org"
- ) #
- ) #
-} #
-
-require(
- package = "soiltexture",
- character.only = TRUE,
- quietly = TRUE
-) #
-
-# setwd(old.wd)
-
-
-###################################################
-### chunk number 3: COVERFIG
-###################################################
-#line 169 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot(class.p.bg.col=T,class.sys="USDA.TT",main=NA)
-
-
-###################################################
-### chunk number 4:
-###################################################
-#line 375 "soiltexture_vignette.Rnw"
-bornes <- c(0,2,20,50,200,2e3,20e3)
-noms <- c("Cl","FiSi","CoSi","FiSa","CoSa","Gr","St")
-txt.b <- c("0µm","2µm","20µm","50µm","200µm","2mm","2cm")
-
-tmp <- data.frame(bornes,noms,txt.b)
-tmp$"txt.b" <- as.character(tmp$"txt.b")
-
-par( "mar"=c(4,1,1,1)+0.1 ) # c(bottom, left, top, right)
-
-plot(
- x = tmp$"bornes"[-1],
- y = rep(1,dim(tmp[-1,])[1]),
- type = "n",
- main = "",
- xlab = "Soil particule sizes",
- ylab = "",
- yaxt = "n", xaxt = "n",
- log = "x",
- xlim = c(0.2,75e3),
- bty = "n",
- cex.lab = 2
-) #
-
-abline(v=tmp$"bornes",lty=3,lwd=c(2,4,2,4,2,4,2))
-abline(h=par("usr")[3:4],lty=1,lwd=4)
-
-mtext(
- text = tmp$"txt.b"[-1],
- side = 1,
- line = rep(
- c(0.5,1.25),
- (dim(tmp)[1]-1)/2
- ), #
- at = tmp$"bornes"[-1],
- cex = 2
-) #
-
-xtxt <- (tmp$"bornes"[1:(length(tmp$"bornes"))]+c(tmp$"bornes"[2:length(tmp$"bornes")],75e3))/2
-
-text(x=xtxt,y=rep(1,length(xtxt)),labels=tmp$"noms",cex=2)
-
-
-###################################################
-### chunk number 5:
-###################################################
-#line 504 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot(
- class.sys = "none",
- tri.data = data.frame(
- "CLAY" = 45,
- "SILT" = 38,
- "SAND" = 17
- ), #
- main = NA
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 6:
-###################################################
-#line 547 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot(
- class.sys = "FAO50.TT",
- tri.data = data.frame(
- "CLAY" = 45,
- "SILT" = 38,
- "SAND" = 17
- ), #
- main = NA
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 7:
-###################################################
-#line 561 "soiltexture_vignette.Rnw"
-tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "FAO50.TT" )
-xtable(
- x = tex.tbl[,-3], #
- caption = "Texture classes of the FAO system / triangle",
- label = NULL
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 8: eval=FALSE
-###################################################
-## #line 640 "soiltexture_vignette.Rnw"
-## install.packages( pkgs = "soiltexture" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 9: eval=FALSE
-###################################################
-## #line 650 "soiltexture_vignette.Rnw"
-## install.packages(
-## pkgs = "soiltexture",
-## repos = "http://R-Forge.R-project.org"
-## ) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 10:
-###################################################
-#line 661 "soiltexture_vignette.Rnw"
-require( soiltexture )
-
-
-###################################################
-### chunk number 11: eval=FALSE
-###################################################
-## #line 670 "soiltexture_vignette.Rnw"
-## detach( package:soiltexture )
-## remove.packages( "soiltexture" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 12:
-###################################################
-#line 771 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot( class.sys = "none" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 13:
-###################################################
-#line 797 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot( class.sys = "USDA.TT" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 14:
-###################################################
-#line 812 "soiltexture_vignette.Rnw"
-tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "USDA.TT" )
-xtable(
- x = tex.tbl[,-3], #
- caption = "Texture classes of the USDA system / triangle",
- label = NULL
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 15:
-###################################################
-#line 834 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot( class.sys = "FAO50.TT" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 16:
-###################################################
-#line 856 "soiltexture_vignette.Rnw"
-tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "FAO50.TT" )
-xtable(
- x = tex.tbl[,-3], #
- caption = "Texture classes of the FAO system / triangle",
- label = NULL
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 17:
-###################################################
-#line 880 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot( class.sys = "FR.AISNE.TT" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 18:
-###################################################
-#line 895 "soiltexture_vignette.Rnw"
-tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "FR.AISNE.TT" )
-xtable(
- x = tex.tbl[,-3], #
- caption = "Texture classes of the French 'Aisne' system / triangle",
- label = NULL
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 19:
-###################################################
-#line 918 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot( class.sys = "FR.GEPPA.TT" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 20:
-###################################################
-#line 930 "soiltexture_vignette.Rnw"
-tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "FR.GEPPA.TT" )
-xtable(
- x = tex.tbl[,-3], #
- caption = "Texture classes of the French 'GEPPA' system / triangle",
- label = NULL
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 21:
-###################################################
-#line 957 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot( class.sys = "DE.BK94.TT" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 22:
-###################################################
-#line 969 "soiltexture_vignette.Rnw"
-tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "DE.BK94.TT" )
-xtable(
- x = tex.tbl[,-3], #
- caption = "Texture classes of the German system / triangle",
- label = NULL
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 23:
-###################################################
-#line 999 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot( class.sys = "UK.SSEW.TT" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 24:
-###################################################
-#line 1010 "soiltexture_vignette.Rnw"
-tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "UK.SSEW.TT" )
-xtable(
- x = tex.tbl[,-3], #
- caption = "Texture classes of the UK system / triangle",
- label = NULL
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 25:
-###################################################
-#line 1031 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot( class.sys = "AU.TT" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 26:
-###################################################
-#line 1043 "soiltexture_vignette.Rnw"
-tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "AU.TT" )
-xtable(
- x = tex.tbl[,-3], #
- caption = "Texture classes of the Australian system / triangle",
- label = NULL
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 27:
-###################################################
-#line 1069 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot( class.sys = "BE.TT" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 28:
-###################################################
-#line 1085 "soiltexture_vignette.Rnw"
-tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "BE.TT" )
-xtable(
- x = tex.tbl[,-3], #
- caption = "Texture classes of the Belgian system / triangle",
- label = NULL
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 29:
-###################################################
-#line 1107 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot( class.sys = "CA.EN.TT" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 30:
-###################################################
-#line 1115 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot( class.sys = "CA.FR.TT" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 31:
-###################################################
-#line 1129 "soiltexture_vignette.Rnw"
-tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "CA.EN.TT" )
-xtable(
- x = tex.tbl[,-3], #
- caption = "Texture classes of the Canadian (en) system / triangle",
- label = NULL
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 32:
-###################################################
-#line 1142 "soiltexture_vignette.Rnw"
-tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "CA.FR.TT" )
-xtable(
- x = tex.tbl[,-3], #
- caption = "Texture classes of the Canadian (fr) system / triangle",
- label = NULL
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 33:
-###################################################
-#line 1172 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot( class.sys = "ISSS.TT" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 34:
-###################################################
-#line 1186 "soiltexture_vignette.Rnw"
-tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "ISSS.TT" )
-xtable(
- x = tex.tbl[,-3], #
- caption = "Texture classes of the ISSS system / triangle",
- label = NULL
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 35:
-###################################################
-#line 1208 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot( class.sys = "ROM.TT" )
-
-
-###################################################
-### chunk number 36:
-###################################################
-#line 1222 "soiltexture_vignette.Rnw"
-tex.tbl <- TT.classes.tbl( class.sys = "ROM.TT" )
-xtable(
- x = tex.tbl[,-3], #
- caption = "Texture classes of the Romanian system / triangle",
- label = NULL
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 37:
-###################################################
-#line 1239 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot(
- class.sys = "ROM.TT",
- blr.clock = c(F,T,NA),
- tlr.an = c(45,90,45),
- blr.tx = c("SILT","CLAY","SAND"),
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 38:
-###################################################
-#line 1261 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# Set a 2 by 2 plot matrix:
-old.par <- par(no.readonly=T)
-par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
-
-# Plot the triangles
-TT.plot(
- class.sys = "USDA.TT",
- class.p.bg.col = TRUE
-) #
-
-TT.plot(
- class.sys = "FAO50.TT",
- class.p.bg.col = TRUE
-) #
-
-# Back to old parameters:
-par(old.par)
-
-
-###################################################
-### chunk number 39:
-###################################################
-#line 1286 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# Set a 2 by 2 plot matrix:
-old.par <- par(no.readonly=T)
-par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
-
-# Plot the triangles
-TT.plot(
- class.sys = "FR.AISNE.TT",
- class.p.bg.col = TRUE
-) #
-
-TT.plot(
- class.sys = "FR.GEPPA.TT",
- class.p.bg.col = TRUE
-) #
-
-# Back to old parameters:
-par(old.par)
-
-
-###################################################
-### chunk number 40:
-###################################################
-#line 1311 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# Set a 2 by 2 plot matrix:
-old.par <- par(no.readonly=T)
-par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
-
-# Plot the triangles
-TT.plot(
- class.sys = "UK.SSEW.TT",
- class.p.bg.col = TRUE
-) #
-
-TT.plot(
- class.sys = "DE.BK94.TT",
- class.p.bg.col = TRUE
-) #
-
-# Back to old parameters:
-par(old.par)
-
-
-###################################################
-### chunk number 41:
-###################################################
-#line 1335 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# Set a 2 by 2 plot matrix:
-old.par <- par(no.readonly=T)
-par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
-
-# Plot the triangles
-TT.plot(
- class.sys = "AU.TT",
- class.p.bg.col = TRUE
-) #
-
-TT.plot(
- class.sys = "BE.TT",
- class.p.bg.col = TRUE
-) #
-
-# Back to old parameters:
-par(old.par)
-
-
-###################################################
-### chunk number 42:
-###################################################
-#line 1360 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# Set a 2 by 2 plot matrix:
-old.par <- par(no.readonly=T)
-par("mfcol" = c(1,2),"mfrow"=c(1,2))
-
-# Plot the triangles
-TT.plot(
- class.sys = "CA.EN.TT",
- class.p.bg.col = TRUE
-) #
-
-TT.plot(
- class.sys = "CA.FR.TT",
- class.p.bg.col = TRUE
-) #
-
-# Back to old parameters:
-par(old.par)
-
-
-###################################################
-### chunk number 43:
-###################################################
-#line 1391 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot(
- class.sys = "FAO50.TT",
- class.p.bg.col = c("red","green","blue","pink","purple")
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 44:
-###################################################
-#line 1416 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# First plot the USDA texture triangle, and retrieve its
-# geometrical features, silently outputted by TT.plot
-geo <- TT.plot(
- class.sys = "USDA.TT",
- main = "USDA and French Aisne triangles, overplotted"
-) #
-
-# Then overplot the French Aisne texture triangle,
-# and customise the colors so triangles are well distinct.
-TT.classes(
- geo = geo,
- class.sys = "FR.AISNE.TT",
- # Additional "graphical" options
- class.line.col = "red",
- class.lab.col = "red",
- lwd.axis = 2
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 45:
-###################################################
-#line 1451 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# First plot the USDA texture triangle, and retrieve its
-# geometrical features, silently outputted by TT.plot
-geo <- TT.plot(
- class.sys = "FR.AISNE.TT",
- main = "French Aisne and GEPPA triangles, overplotted"
-) #
-
-# Then overplot the French Aisne texture triangle,
-# and customise the colors so triangles are well distinct.
-TT.classes(
- geo = geo,
- class.sys = "FR.GEPPA.TT",
- # Additional "graphical" options
- class.line.col = "red",
- class.lab.col = "red",
- lwd.axis = 2
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 46:
-###################################################
-#line 1485 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# Create a dummy data frame of soil textures:
-my.text <- data.frame(
- "CLAY" = c(05,60,15,05,25,05,25,45,65,75,13,47),
- "SILT" = c(05,08,15,25,55,85,65,45,15,15,17,43),
- "SAND" = c(90,32,70,70,20,10,10,10,20,10,70,10),
- "OC" = c(20,14,15,05,12,15,07,21,25,30,05,28)
-) #
-
-# Display the table:
-my.text
-
-
-###################################################
-### chunk number 47:
-###################################################
-#line 1502 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot(
- class.sys = "FAO50.TT",
- tri.data = my.text,
- main = "Soil texture data"
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 48:
-###################################################
-#line 1525 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot(
- class.sys = "none",
- tri.data = my.text,
- z.name = "OC",
- main = "Soil texture triangle and OC bubble plot"
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 49:
-###################################################
-#line 1553 "soiltexture_vignette.Rnw"
-rand.text <- TT.dataset(n=100,seed.val=1980042401)
-
-
-###################################################
-### chunk number 50:
-###################################################
-#line 1558 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot(
- class.sys = "none",
- tri.data = rand.text,
- z.name = "Z",
- main = "Soil texture triangle and Z bubble plot"
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 51:
-###################################################
-#line 1575 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.plot(
- class.sys = "none",
- tri.data = my.text,
- z.name = "OC",
- main = "Soil texture triangle and OC bubble plot"
-) #
-
-# Recompute some internal values:
-z.cex.range <- TT.get("z.cex.range")
-def.pch <- par("pch")
-def.col <- par("col")
-def.cex <- TT.get("cex")
-oc.str <- TT.str(
- my.text[,"OC"],
- z.cex.range[1],
- z.cex.range[2]
-) #
-
-# The legend:
-legend(
- x = 80,
- y = 90,
- title =
- expression( bold('OC [g.kg'^-1 ~ ']') ),
- legend = formatC(
- c(
- min( my.text[,"OC"] ),
- quantile(my.text[,"OC"] ,probs=c(25,50,75)/100),
- max( my.text[,"OC"] )
- ),
- format = "f",
- digits = 1,
- width = 4,
- flag = "0"
- ), #
- pt.lwd = 4,
- col = def.col,
- pt.cex = c(
- min( oc.str ),
- quantile(oc.str ,probs=c(25,50,75)/100),
- max( oc.str )
- ), #,
- pch = def.pch,
- bty = "o",
- bg = NA,
- #box.col = NA, # Uncomment this to remove the legend box
- text.col = "black",
- cex = def.cex
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 52:
-###################################################
-#line 1671 "soiltexture_vignette.Rnw"
-geo <- TT.geo.get()
-#
-iwd.res <- TT.iwd(
- geo = geo,
- tri.data = rand.text,
- z.name = "Z",
-) #
-#
-TT.image(
- x = iwd.res,
- geo = geo,
- main = "Soil texture triangle and Z heatmap"
-) #
-#
-TT.plot(
- geo = geo,
- grid.show = FALSE,
- add = TRUE # <<-- important
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 53:
-###################################################
-#line 1720 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.image(
- x = iwd.res,
- geo = geo,
- main = "Soil texture triangle and Z heatmap"
-) #
-#
-TT.contour(
- x = iwd.res,
- geo = geo,
- add = TRUE, # <<-- important
- lwd = 2
-) #
-#
-TT.plot(
- geo = geo,
- grid.show = FALSE,
- add = TRUE # <<-- important
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 54:
-###################################################
-#line 1773 "soiltexture_vignette.Rnw"
-geo <- TT.geo.get()
-#
-kde.res <- TT.kde2d(
- geo = geo,
- tri.data = rand.text
-) #
-#
-TT.contour(
- x = kde.res,
- geo = geo,
- main = "Probability density estimate of the texture data",
- lwd = 2,
- col = "red"
-) #
-#
-TT.plot(
- tri.data = rand.text,
- geo = geo,
- grid.show = FALSE,
- add = TRUE, # <<-- important
- col = "gray"
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 55:
-###################################################
-#line 1841 "soiltexture_vignette.Rnw"
-geo <- TT.geo.get()
-#
-maha <- TT.mahalanobis(
- geo = geo,
- tri.data = rand.text
-) #
-#
-TT.contour(
- x = maha,
- geo = geo,
- main = "Texture data Mahalanobis distance",
- lwd = 2,
- col = "blue"
-) #
-#
-TT.plot(
- tri.data = rand.text,
- geo = geo,
- grid.show = FALSE,
- add = TRUE, # <<-- important
- col = "gray"
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 56:
-###################################################
-#line 1891 "soiltexture_vignette.Rnw"
-geo <- TT.geo.get()
-#
-maha <- TT.mahalanobis(
- geo = geo,
- tri.data = rand.text,
- alr = TRUE # <<-- important
-) #
-#
-TT.contour(
- x = maha,
- geo = geo,
- main = "Texture data Mahalanobis distance",
- lwd = 2,
- col = "blue",
- levels = c(0.5,1,2,4,8) # <<-- manually set. Otherwise
-) # ugly plot
-#
-TT.plot(
- tri.data = rand.text,
- geo = geo,
- grid.show = FALSE,
- add = TRUE, # <<-- important
- col = "gray"
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 57:
-###################################################
-#line 1944 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# Display the USDA texture triangle:
-geo <- TT.plot(class.sys="USDA.TT")
-
-# Create some custom labels:
-labelz <- letters[1:dim(my.text)[1]]
-labelz
-
-# Display the text
-TT.text(
- tri.data = my.text,
- geo = geo,
- labels = labelz,
- font = 2,
- col = "blue"
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 58:
-###################################################
-#line 1997 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.data.test( tri.data = rand.text )
-
-
-###################################################
-### chunk number 59:
-###################################################
-#line 2021 "soiltexture_vignette.Rnw"
-res <- TT.normalise.sum( tri.data = rand.text )
-#
-# With output of the residuals:
-res <- TT.normalise.sum(
- tri.data = rand.text,
- residuals = TRUE # <<-- default = FALSE
-) #
-#
-colnames( rand.text )
-colnames( res ) # "Z" has been dropped
-max( res[ , "residuals" ] )
-
-
-###################################################
-### chunk number 60:
-###################################################
-#line 2060 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.points.in.classes(
- tri.data = my.text[1:5,],
- class.sys = "FAO50.TT"
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 61:
-###################################################
-#line 2073 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.points.in.classes(
- tri.data = my.text[1:5,],
- class.sys = "USDA.TT"
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 62:
-###################################################
-#line 2089 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.points.in.classes(
- tri.data = my.text[1:5,],
- class.sys = "FAO50.TT",
- PiC.type = "l"
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 63:
-###################################################
-#line 2105 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.points.in.classes(
- tri.data = my.text[1:5,],
- class.sys = "FAO50.TT",
- PiC.type = "t"
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 64:
-###################################################
-#line 2121 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.points.in.classes(
- tri.data = my.text[1:5,],
- class.sys = "FAO50.TT",
- PiC.type = "t",
- collapse = ";"
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 65:
-###################################################
-#line 2204 "soiltexture_vignette.Rnw"
-tmp.cex <- 1.5
-old.par <- par(no.readonly = TRUE)
-par(cex=tmp.cex,cex.axis=tmp.cex,cex.lab=tmp.cex,cex.main=tmp.cex)
-
-tmp.text <- data.frame( "CLAY" = 20, "SILT" = 15, "SAND" = 65 )
-
-plot(
- x = TT.dia2phi( c(2,20,2000) ),
- y = cumsum( unlist(tmp.text[1,]) ),
- ylim = c(0,100),
- xlim = TT.dia2phi( c(1,2000) ),
- xaxt = "n",
- xlab =
-expression( 'Particle size['~ mu * 'm] (log'[2] * 'scale)' ),
- ylab = "Cumulated particle size distribution [%]",
- bty = "n",
- type = "b",
- main =
-"Principle of particle size log-linear transformation",
- cex = tmp.cex
-) #
-
-lines(
- spline(
- y = rev(cumsum( unlist(tmp.text[1,]) )),
- x = TT.dia2phi( c(2000,20,2))
- ), #
- col = "green"
-) #
-
-segments(
- x0 = TT.dia2phi( c(2,20,2000) ),
- x1 = TT.dia2phi( c(2,20,2000) ),
- y0 = rep(0,3),
- y1 = cumsum( unlist(tmp.text[1,]) ),
- col = "red"
-) #
-
-new.tmp.text <- TT.text.transf(
- tri.data = tmp.text,
- base.css.ps.lim = c(0,2,50,2000),
- dat.css.ps.lim = c(0,2,20,2000)
-) #
-
-new.silt.c <- cumsum( unlist(new.tmp.text[1,]) )[2]
-
-arrows(
- x0 = TT.dia2phi( c(50,50) ),
- x1 = TT.dia2phi( c(50,1) ),
- y0 = c(0,new.silt.c),
- y1 = c(new.silt.c,new.silt.c),
- col = "blue"
-) #
-
-text(
- x = TT.dia2phi( c(2,20,2000) ),
- y = cumsum( unlist(tmp.text[1,]) ),
- pos = 2,
- offset = 1,
- labels = c("Clay","Silt","Sand"),
- col = "red",
- cex = tmp.cex
-) #
-
-text(
- x = TT.dia2phi( c(50) ),
- y = new.silt.c,
- pos = 4,
- offset = 1,
- labels = "new Silt",
- col = "blue",
- cex = tmp.cex
-) #
-
-axis(
- side = 1,
- at = TT.dia2phi( c(2,20,50,2000) ),
- labels = c(2,20,50,2000)
-) #
-
-text(
- x = TT.dia2phi( 500 ),
- y = 65,
- #pos = 4,
- #offset = 1,
- labels = "real distribution?",
- col = "green",
- cex = tmp.cex
-) #
-
-par(old.par)
-
-
-###################################################
-### chunk number 66:
-###################################################
-#line 2307 "soiltexture_vignette.Rnw"
-my.text[1:5,]
-
-
-###################################################
-### chunk number 67:
-###################################################
-#line 2319 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.text.transf(
- tri.data = my.text[1:5,],
- base.css.ps.lim = c(0,2,50,2000),
- dat.css.ps.lim = c(0,2,63,2000)
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 68:
-###################################################
-#line 2332 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# Copy the data.frame
-my.text.fr <- my.text
-# Curent columns names:
-colnames(my.text.fr)
-# New columns names:
-colnames(my.text.fr) <- c("ARGILE","LIMON","SABLE","CO")
-
-
-###################################################
-### chunk number 69:
-###################################################
-#line 2345 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.text.transf(
- tri.data = my.text.fr[1:5,],
- base.css.ps.lim = c(0,2,50,2000),
- dat.css.ps.lim = c(0,2,63,2000),
- css.names = c("ARGILE","LIMON","SABLE")
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 70:
-###################################################
-#line 2390 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# Create a random fraction between 0 and 1
-r.frac <- runif(n=dim(my.text)[1])
-#
-my.text4 <- cbind(
- "CLAY" = my.text[,"CLAY"],
- "FINE_SILT" = my.text[,"SILT"] * r.frac,
- "COARSE_SILT" = my.text[,"SILT"] * (1-r.frac),
- "SAND" = my.text[,"SAND"]
-) #
-#
-my.text4[1:5,]
-
-
-###################################################
-### chunk number 71:
-###################################################
-#line 2410 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.text.transf.X(
- tri.data = my.text4[1:5,],
- base.ps.lim = c(0,2,20,50,2000),
- dat.ps.lim = c(0,2,20,63,2000)
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 72:
-###################################################
-#line 2429 "soiltexture_vignette.Rnw"
-TT.text.transf.X(
- tri.data = my.text4[1:5,],
- base.ps.lim = c(0,2,50,2000),
- dat.ps.lim = c(0,2,20,63,2000)
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 73:
-###################################################
-#line 2448 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# First, plot the data without transformation:
-geo <- TT.plot(
- class.sys = "FR.GEPPA.TT",
- tri.data = my.text,
- col = "red",
- main = "Transformed and untransformed data"
-) #
-
-# Then, re-plot them with transformation:
-TT.points(
- tri.data = my.text,
- geo = geo,
- dat.css.ps.lim = c(0,2,63,2000),
- css.transf = TRUE,
- col = "blue",
- pch = 3
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 74:
-###################################################
-#line 2488 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# Not transformed
-geo <- TT.plot(
- class.sys = "UK.SSEW.TT",
- base.css.ps.lim = c(0,2,50,2000),
- main =
- "Dummy transformation of the UK texture triangle"
-) #
-
-# Transformed
-TT.classes(
- geo = geo,
- class.sys = "UK.SSEW.TT",
- css.transf = TRUE,
- # Additional "graphical" options
- class.line.col = "red",
- class.lab.col = "red",
- lwd.axis = 2,
- class.lab.show = "none",
- class.lty = 2
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 75:
-###################################################
-#line 2524 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# No transformation needed or stated
-geo <- TT.plot(
- class.sys = "USDA.TT",
- main =
- "USDA and transformed UK triangle, overplotted"
-) #
-
-# Transformed
-TT.classes(
- geo = geo,
- class.sys = "UK.SSEW.TT",
- css.transf = TRUE, # <<-- important
- # Additional "graphical" options
- class.line.col = "blue",
- class.lab.col = "blue",
- lwd.axis = 2,
- class.lty = 2
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 76:
-###################################################
-#line 2553 "soiltexture_vignette.Rnw"
-# Untransformed
-geo <- TT.plot(
- class.sys = "USDA.TT",
- main =
- "(Dummy) transformation of the USDA texture triangle"
-) #
-
-# Transformed
-TT.classes(
- geo = geo,
- class.sys = "USDA.TT",
- tri.css.ps.lim = c(0,2,20,2000),
- css.transf = TRUE, # <<-- important
- # Additional "graphical" options
- class.line.col = "blue",
- class.lab.col = "blue",
- lwd.axis = 2,
- class.lty = 2
-) #
-
-
-###################################################
-### chunk number 77:
-###################################################
-#line 2583 "soiltexture_vignette.Rnw"
-geo <- TT.plot(
- class.sys = "FR.GEPPA.TT",
- blr.tx = c("SAND","CLAY","SILT"),
- main =
[TRUNCATED]
To get the complete diff run:
svnlook diff /svnroot/soiltexture -r 49
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