
<html><head></head><body><div class="ydp72104964yahoo-style-wrap" style="font-family: Helvetica Neue, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13px;"><div dir="ltr" data-setdir="false">Hi there,</div><div dir="ltr" data-setdir="false"><br></div><div dir="ltr" data-setdir="false">I'm trying to use the seqinr package for some ITS sequence analysis and when I run the first basic functions of the package it automatically crashes R. I've attached my FASTA text file, and have copied my code here....<br>Once you run the line "<span><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica Neue, Helvetica, Arial, sans-serif;"><b>D <- dist.alignment(dna, matrix = "similarity")</b>" if you try to view the dna data, or if R autocompletes a function, or you try to do anything further, R runs the "Fatal Error" window and says it cannot connect to the server. </span></span><br><br></div><div dir="ltr" data-setdir="false"><div><div><br></div><div><b>library(seqinr)</b></div><div><b>library(adegenet)</b></div><div><b>library(ape)</b></div><div><b>library(ggtree)</b></div><div><b><br></b></div><div><b><br></b></div><div><b>dna <- read.alignment("Amanita.txt", format = "fasta")</b></div><div><b>D <- dist.alignment(dna, matrix = "similarity")</b></div></div><b><br></b></div><div><br></div><div dir="ltr" data-setdir="false">Any help is appreciated!</div><div dir="ltr" data-setdir="false"><br></div><div dir="ltr" data-setdir="false">Best regards</div><div dir="ltr" data-setdir="false"><br></div><div dir="ltr" data-setdir="false">-RG</div><div><br></div><div><br></div><div class="ydp72104964signature"><div style="font-family:Helvetica, Arial, sans-serif;font-size:13px;"><div class="ydp6fa35b7pasted-link"><div style="color:rgb(100, 100, 100);font-family:Arial;font-size:12px;margin-bottom:5px;margin-top:0px !important;"><b>--</b></div><div style="color:rgb(100, 100, 100);font-family:Arial;font-size:12px;margin-bottom:5px;margin-top:0px !important;"><b>Russell J. Gray</b><br>Wildlife Ecology & Conservation Consultant</div><table width="470" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="color:rgb(100, 100, 100);font-family:Arial;font-size:12px;width:470px;margin-top:5px;"><tbody><tr><td style="font-family:Roboto, RobotoDraft, Helvetica, Arial, sans-serif;margin:0px;color:rgb(141, 141, 141);"><p style="margin:0px;">0934581341 <span style="color:rgb(69, 102, 142);display:inline-block;">|</span> <span style="display:inline-block;"><a href="mailto:rgrayherpetology@gmail.com" style="color:rgb(141, 141, 141);text-decoration-line:underline;font-family:sans-serif;" rel="nofollow" target="_blank">rgrayherpetology@gmail.com</a></span></p></td></tr><tr><td style="font-family:Roboto, RobotoDraft, Helvetica, Arial, sans-serif;margin:0px;color:rgb(141, 141, 141);"><p style="margin:0px;"><span style="white-space:nowrap;display:inline-block;"><a href="https://www.rjgrayecology.com/" style="color:rgb(141, 141, 141);text-decoration-line:underline;font-family:sans-serif;" rel="nofollow" target="_blank">https://www.rjgrayecology.com/</a></span></p></td></tr><tr><td style="font-family:sans-serif;margin:0px;color:rgb(141, 141, 141);"><span style="display:inline-block;">705 alligator ranch rd. New Smyrna Beach, FL, USA. 32168</span></td></tr></tbody></table></div><br></div></div></div></body></html>