Hello, <br><br>I am looking for clarification on how Ka and Ks are calculated in the kaks function.  If I calculate by hand using formulas from Li 1993, i.e.:<br><br><font><span style="font-size:10pt">Ka = (Ao + (LoBo + L2B2))/(Lo + L2)<br>
<br>
Ks = (L2A2 + L4A4)/(L2 + L4) + B4</span></font><br><br>I obtain different answers than if I pull out ka and ks using $ka and $ks<br><br>e.g., <br><br>test.k<-kaks(myalignment)<br>test.k$ka        #ka is different here than what I calculate by hand using $A0, $L0, $B0, etc.  <br>
<br>#The details are buried in the kaks function in C - is there a way to 'see' how it is calculating these?  Which should I use if I want to follow Li's method?  <br><br>#Thank you for any insight.  <br><br>#Trevor<br>