Dear all,<br><br>I am currently using a loop with the function query to know which genera in my list (n>2000 genera)  have some sequences in genbank.<br><br>Here is the loop:<br><br>choosebank("genbank")<br>sequences=vector(mode="numeric",length=length(Genustobefind))<br>
for (i in 1:length(Genustobefind)){<br>print(paste("Retrieving sequence ",Genustobefind[i]," i=",i,sep=""))<br>query1=paste("SP=",Genustobefind[i], " AND K=rbcl", sep="")<br>
query("bb", query1,virtual=T)<br>sequences[i]=bb$nelem<br>}<br><br>The loop work well but a lot of genera block the query function. For example, if I do<br><br>query("bb", "SP=Acanthodium AND K=rbcl"<span class="Apple-style-span" style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Arial;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;font-size:medium"><span class="Apple-style-span" style="font-family:'Lucida Console';font-size:13px;line-height:15px;white-space:pre-wrap"></span></span>,virtual=T)<br>
<br>The function run without stopping. I thus have to break the loop.<br><br>For information, if I submit manually the genera that block the query function to genbank I obtain in the main cases:<br><ul id="msgportlet" class="messages">
<li class="warn">The following term was not found in Nucleotide: Acanthodium.</li><li class="info">See the search <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/details?querykey=1" name="Details" id="Details">details</a>. </li>
<li class="info">No items found.</li></ul><p>In fact all these genera are not present in Genbank. Have you any idea to overcome this problem? I just want to have a value of zero for these genera and to continue my loop.<br>
</p>Many thanks in advance for your help,<br><br>Maxime<br>