<span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; ">Dear Colleagues,</span><div>
<span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; "><br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">
I want to do Correspondence analysis (CA) on herpesvirus data sets, for which I have performed a CA on RSCU values. But going through some literature on Within group Correspondence Analysis (WCA), it rouse much interest in me to use it for analysis through your &quot;Online synonymous codon usage analyses with the ade4 and seqinR packages&quot;. <br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">
I want to use it on all the available ORF from all 49 Herpesvirus ( <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GenomesGroup.cgi?taxid=548681">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GenomesGroup.cgi?taxid=548681</a>, or the FTP location is <a href="ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Viruses/">ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Viruses/</a>) . <br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">
<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">But the problem is that I am not used to with the R language and packages. Still I have tried to modify and run the given sample code on my own. The main problem is with selecting the data bank. Additionally if it is necessary, I have got the total sequences downloaded in my PC. Can someone please help me with the R codes for my data on herpesvirus. <br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">
  <br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">Thank you very much. Looking forward for your cordial reply<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">
<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">Sincerely yours<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; "><br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">
Sourav Roy Choudhury<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; "><br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">
<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; "><br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">SOURAV ROY CHOUDHURY.<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">
Dept of Neuroscience<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">University of Calcutta <br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">
West Bengal, INDIA</span></div>