<div dir="ltr">Dear Prof. Ripley,<div><br></div><div>Thanks for your email. After your suggestion I tried setting the environment variable R_PARALLEL_PORT without success. Will try to submit a patch via R-forge.</div><div><br></div><div>Best,</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>George G. Vega Yon<br>+1 (626) 381 8171<br><a href="http://www.its.caltech.edu/~gvegayon/" target="_blank">http://www.its.caltech.edu/~gvegayon/</a></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Sat, Jul 16, 2016 at 9:51 AM, Ruth Ripley <span dir="ltr"><<a href="mailto:ruth@stats.ox.ac.uk" target="_blank">ruth@stats.ox.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear George,<br>
<br>
I am not working on RSiena any more, but wrote the R function siena07.<br>
<br>
It seems from the help for makePSOCKCluster in the parallel package that<br>
you can set up the port via an environment variable R_PARALLEL_PORT.<br>
Have you tried this?<br>
<br>
If this does not help, RSiena is on R-forge<br>
(<a href="https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=461" rel="noreferrer" target="_blank">https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=461</a>), and you could ask to<br>
join the team of developers.<br>
<br>
It is also possible to change the source code within a package using the<br>
functions insertSource() or fixInNamespace().<br>
<br>
Hope this helps,<br>
<br>
Ruth<br>
<span class=""><br>
<br>
On 15/07/2016 21:05, George Vega Yon wrote:<br>
> Hey there,<br>
><br>
> Recently I've started working with the R package -parallel- using<br>
> multiple machines each one with its own address (host). The connections<br>
> are not done via port 22 and further depend on username. Here is an<br>
> example of a PSOCK cluster that I create<br>
><br>
> cl <- makePSOCKcluster(c('localhost', '<a href="http://machine2.website.com" rel="noreferrer" target="_blank">machine2.website.com</a><br>
</span>> <<a href="http://machine2.website.com" rel="noreferrer" target="_blank">http://machine2.website.com</a>>' , '<a href="http://machine3.website.com" rel="noreferrer" target="_blank">machine3.website.com</a><br>
> <<a href="http://machine3.website.com" rel="noreferrer" target="_blank">http://machine3.website.com</a>>'), user='myusername', rshcmd='ssh -p<br>
<span class="">> PORTNUMBER')<br>
><br>
> Notice that I use rshcmd to specify the port number. This last point I<br>
> cant do in siena07. I know that I can change the default port in ssh and<br>
> do something like this<br>
><br>
> cl <- makePSOCKcluster(c('localhost', '<a href="mailto:myusername@machine2.website.com">myusername@machine2.website.com</a><br>
</span>> <mailto:<a href="mailto:myusername@machine2.website.com">myusername@machine2.website.com</a>>' ,<br>
> '<a href="mailto:myusername@machine3.website.com">myusername@machine3.website.com</a> <mailto:<a href="mailto:myusername@machine3.website.com">myusername@machine3.website.com</a>>'))<br>
<span class="">><br>
> which solves the issue, but having to change the default port number on<br>
> my computer isn't the nicest solution either. That said, I wanted to ask<br>
> if any of you guys have came up with a similar situation and how you<br>
> solved it.<br>
><br>
> On the side I think it might be a good idea to include a -cl- argument<br>
> on -siena07- so that the user can build its own cluster and pass it<br>
> directly to siena07 (just like the boot command in the boot package<br>
> does). Not a big change to make but very useful. If only I could submit<br>
> patches to RSiena (like one does via Pull Requests on github) I would<br>
> love to do so (any way of doing that?).<br>
><br>
> Best,<br>
><br>
> George G. Vega Yon<br>
> <a href="tel:%2B1%20%28626%29%20381%208171" value="+16263818171">+1 (626) 381 8171</a><br>
> <a href="http://www.its.caltech.edu/~gvegayon/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.its.caltech.edu/~gvegayon/</a><br>
><br>
><br>
</span>> _______________________________________________<br>
> Rsiena-help mailing list<br>
> <a href="mailto:Rsiena-help@lists.r-forge.r-project.org">Rsiena-help@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rsiena-help" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rsiena-help</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
Rsiena-help mailing list<br>
<a href="mailto:Rsiena-help@lists.r-forge.r-project.org">Rsiena-help@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rsiena-help" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rsiena-help</a><br>
</blockquote></div><br></div>