[Rgrs-commits] r32 - pkg pkg/R pkg/data pkg/man www

[noreply at r-forge.r-project.org]

Author: jbarnier
Date: 2008-12-15 10:42:53 +0100 (Mon, 15 Dec 2008)
New Revision: 32

Added:
   pkg/R/carte.eff.R
   pkg/R/carte.eff.legende.R
   pkg/R/carte.labels.R
   pkg/R/carte.prop.R
   pkg/R/carte.prop.legende.R
   pkg/R/carte.qual.R
   pkg/R/carte.qual.legende.R
   pkg/data/lyon.rda
   pkg/man/Cartographie.Rd
   pkg/man/lyon.Rd
Modified:
   pkg/DESCRIPTION
   pkg/R/genere.tableau.R
   pkg/R/selectwd.R
   www/rgrs.pdf
Log:
Version 0.2-2

Modified: pkg/DESCRIPTION
===================================================================
--- pkg/DESCRIPTION	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
+++ pkg/DESCRIPTION	2008-12-15 09:42:53 UTC (rev 32)
@@ -1,12 +1,13 @@
 Package: rgrs
 Type: Package
-Title: Fonctions pour faciliter l'usage de R en sciences sociales
-Version: 0.1-12
-Date: 2008-12-09
+Title: Functions to ease R use in social sciences
+Version: 0.2-2
+Date: 2008-12-15
 Author: Julien Barnier
 Maintainer: Julien Barnier <julien.barnier at ens-lsh.fr>
-Description: Fonctions avant tout utilisées en interne par les membres du GRS (Groupe de Recherche sur la Socialisation) 
+Description: These functions are mostly simple interfaces to ease the use of R. Please note that for accessibility reasons the documentation is entirely in french.
 License: GPL-3
 Encoding: UTF-8
-Depends: R2HTML, odfWeave, tcltk
-LazyData: no
\ No newline at end of file
+Depends: R2HTML, tcltk, RColorBrewer, sp
+LazyData: no
+

Added: pkg/R/carte.eff.R
===================================================================
--- pkg/R/carte.eff.R	                        (rev 0)
+++ pkg/R/carte.eff.R	2008-12-15 09:42:53 UTC (rev 32)
@@ -0,0 +1,19 @@
+`carte.eff` <-
+ function (sp, data, varname,  sp.key="id", data.key="id", nbcuts=4, at=NULL, main="", sub=NULL, posleg="topleft", col.bg="red", col.border="white", cex=5, pch=21, plot.polygons=TRUE, ...) {
+  tmp <- data[,c(data.key, varname)]
+  sp at data <- merge(sp at data, tmp, by.x=sp.key, by.y=data.key, all.x=TRUE, all.y=FALSE)
+  tmp.var <- na.omit(sp at data[,varname])
+  if(plot.polygons) plot(sp, col="white", ...)
+  coords <- coordinates(sp)
+  na.values <- is.na(sp at data[,varname]) | is.nan(sp at data[,varname])
+  if (sum(na.values)>0) plot(sp[na.values,], density=30, angle=45, add=TRUE)
+  points(coords, cex=sp at data[,varname]/max(tmp.var)*cex, col=col.border,bg=col.bg,pch=pch)
+  title(main,sub,line=1)
+  box()
+  if (is.null(at)) {
+    at <- pretty(tmp.var,n=nbcuts)
+    at[length(at)] <- max(tmp.var)
+  }
+  carte.eff.legende(posleg=posleg, at, cex.leg=cex, col.bg=col.bg, col.border=col.border, pch=pch)
+}
+

Added: pkg/R/carte.eff.legende.R
===================================================================
--- pkg/R/carte.eff.legende.R	                        (rev 0)
+++ pkg/R/carte.eff.legende.R	2008-12-15 09:42:53 UTC (rev 32)
@@ -0,0 +1,25 @@
+`carte.eff.legende` <-
+function (posleg="bottomleft", at, cex.leg, inset=c(0.02,0.02), cex.text=0.8, col.bg, col.border, pch) {
+  at <- at[at!=0]
+  usr <- par("usr")
+  nb.rect <- length(at) - 1
+  inset.x <- (usr[2] - usr[1]) * inset[1]
+  inset.y <- (usr[4] - usr[3]) * inset[2]
+  max.width <- strwidth("M",cex=cex.leg)
+  text.width <- max(strwidth(at))
+  space.width <- (usr[2] - usr[1])*0.005
+  total.width <- max.width + space.width + text.width
+  heights <- sapply(at, function(c) { strheight("o",cex=c/max(at)*cex.leg*0.3,units="user")} )
+  space.height <- (usr[4] - usr[3])*0.005
+  total.height <- sum(heights) + space.height * (length(at)-1)
+  left <- switch(posleg,
+                 bottomright = , topright = , right = usr[2] - total.width - inset.x,
+                 bottomleft = , left = , topleft = usr[1] + inset.x,
+                 bottom = , top = , center = (usr[1] + usr[2] - total.width)/2)
+  top <- switch(posleg, bottomright = , bottom = , bottomleft = usr[3] + total.height + inset.y,
+                topleft = , top = , topright  = usr[4] - inset.y,
+                left = , right = , center = (usr[3] + usr[4] + total.height)/2)
+  cumheights <- cumsum(heights+c(0,rep(space.height,length(heights)-1)))-heights/2
+  points(rep(left+max.width/2, length(at)), top - cumheights, cex=at/max(at)*cex.leg, col=col.border,bg=col.bg,pch=pch)
+  text(rep(left+max.width+space.width, length(at)), top - cumheights, labels=at,adj=c(0,0.5),cex=cex.text)
+}

Added: pkg/R/carte.labels.R
===================================================================
--- pkg/R/carte.labels.R	                        (rev 0)
+++ pkg/R/carte.labels.R	2008-12-15 09:42:53 UTC (rev 32)
@@ -0,0 +1,16 @@
+`carte.labels` <-
+function (sp, labels, coords=NULL, cex=1, font=2, col="black", outline=FALSE, outline.decal=1, outline.col="white") {
+  if (is.null(coords)) coords <- coordinates(sp)
+  ##coords <- pointLabel(x=coords, labels=labels, font=font, cex=cex, doPlot=FALSE)
+  if (outline) {
+    decal.x <- strwidth('x',cex=cex) / 15 * outline.decal
+    decal.y <- strheight('x',cex=cex) / 15 * outline.decal
+    x <- coords[,1]
+    y <- coords[,2]
+    text(x+decal.x,y,labels,font=font,cex=cex,col=outline.col)
+    text(x-decal.x,y,labels,font=font,cex=cex,col=outline.col)
+    text(x,y+decal.y,labels,font=font,cex=cex,col=outline.col)
+    text(x,y-decal.y,labels,font=font,cex=cex,col=outline.col)
+  }
+  text(coords[,1],coords[,2],labels,font=font,cex=cex,col=col)
+}

Added: pkg/R/carte.prop.R
===================================================================
--- pkg/R/carte.prop.R	                        (rev 0)
+++ pkg/R/carte.prop.R	2008-12-15 09:42:53 UTC (rev 32)
@@ -0,0 +1,31 @@
+`carte.prop` <-
+function (sp, data, varname, sp.key="id", data.key="id", diverg=FALSE, nbcuts=6, at=NULL, main="", sub=NULL, posleg="topleft", palette.pos="Reds", palette.neg="Blues", palette=NULL, ...) {
+  tmp <- data[,c(data.key, varname)]
+  sp at data <- merge(sp at data, tmp, by.x=sp.key, by.y=data.key, all.x=TRUE, all.y=FALSE)
+  tmp.var <- na.omit(sp at data[,varname])
+  if (is.null(at)) at <- pretty(tmp.var,n=nbcuts)
+  value <- findInterval(sp at data[,varname],at,all.inside=TRUE)
+  if (is.null(palette)) {
+    palette <- brewer.pal(length(at)-1,palette.pos)
+    if (diverg) {
+      nb.pos <- sum(at>0)
+      if (nb.pos<3) palpos <-  brewer.pal(3,palette.pos)[1:nb.pos]
+      else palpos <- brewer.pal(nb.pos,palette.pos)
+      nb.neg <- sum(at<0)  
+      if (nb.neg<3) palneg <- brewer.pal(3,palette.neg)[1:nb.neg]
+      else palneg <- brewer.pal(nb.neg,palette.neg)
+      palette <- c(rev(palneg),palpos)
+    }
+  }
+  cols <- palette[value]
+  plot(sp, col=cols, ...)
+  na.values <- is.na(sp at data[,varname]) | is.nan(sp at data[,varname])
+  na.leg <- FALSE
+  if (sum(na.values)>0) {
+    plot(sp[na.values,], density=30, angle=45, add=TRUE)
+    na.leg <- TRUE
+  }    
+  title(main,sub,line=1)
+  box()
+  carte.prop.legende(posleg=posleg, at, palette, na.leg=na.leg)
+}

Added: pkg/R/carte.prop.legende.R
===================================================================
--- pkg/R/carte.prop.legende.R	                        (rev 0)
+++ pkg/R/carte.prop.legende.R	2008-12-15 09:42:53 UTC (rev 32)
@@ -0,0 +1,29 @@
+`carte.prop.legende` <-
+ function (posleg="topleft", at, palette, rect.width=0.03, rect.height=0.03, inset=c(0.02,0.02), na.leg=TRUE, na.string="NA",cex=0.8) {
+  usr <- par("usr")
+  nb.rect <- length(at) - 1
+  inset.x <- (usr[2] - usr[1]) * inset[1]
+  inset.y <- (usr[4] - usr[3]) * inset[2]
+  rect.width <- (usr[2] - usr[1]) * rect.width
+  text.width <- max(strwidth(at))
+  if (na.leg) text.width <- max(text.width, strwidth(na.string))
+  space.width <- rect.width / 3
+  total.width <- rect.width + space.width + text.width
+  rect.height <- (usr[4] - usr[3]) * rect.height
+  total.height <- (nb.rect+1) * rect.height
+  if (na.leg) total.height <- total.height + 2 * rect.height
+  left <- switch(posleg,
+                 bottomright = , topright = , right = usr[2] - total.width - inset.x,
+                 bottomleft = , left = , topleft = usr[1] + inset.x,
+                 bottom = , top = , center = (usr[1] + usr[2] - total.width)/2)
+  top <- switch(posleg, bottomright = , bottom = , bottomleft = usr[3] + total.height + inset.y,
+                topleft = , top = , topright  = usr[4] - inset.y,
+                left = , right = , center = (usr[3] + usr[4] + total.height)/2)
+  rects <- 1:nb.rect
+  rect(left, top-rects*rect.height, left+rect.width, top-(rects+1)*rect.height, col=rev(palette))
+  text(left+rect.width+space.width, top-(1:(nb.rect+1))*rect.height,labels=rev(at),adj=c(0,0.5),cex=cex)
+  if (na.leg) {
+    rect(left, top-(nb.rect+2)*rect.height, left+rect.width, top-(nb.rect+3)*rect.height, density=30, angle=45)
+    text(left+rect.width+space.width, top-(nb.rect+2.5)*rect.height,labels=na.string,adj=c(0,0.5),cex=cex)
+  }
+}

Added: pkg/R/carte.qual.R
===================================================================
--- pkg/R/carte.qual.R	                        (rev 0)
+++ pkg/R/carte.qual.R	2008-12-15 09:42:53 UTC (rev 32)
@@ -0,0 +1,21 @@
+`carte.qual` <-
+function (sp, data, varname, sp.key="id", data.key="id", main="", sub=NULL, posleg="topleft", palette.qual="Set3", palette=NULL, ...) {
+  tmp <- data[,c(data.key, varname)]
+  sp at data <- merge(sp at data, tmp, by.x=sp.key, by.y=data.key, all.x=TRUE, all.y=FALSE)
+  tmp.var <- na.omit(sp at data[,varname])
+  qual.names <- sort(unique(data[,varname]))
+  qual.nb <- length(qual.names)
+  value <- match(sp at data[,varname],qual.names)
+  if (is.null(palette)) palette <- brewer.pal(qual.nb,palette.qual)
+  cols <- palette[value]
+  plot(sp, col=cols, ...)
+  na.values <- is.na(sp at data[,varname]) | is.nan(sp at data[,varname])
+  na.leg <- FALSE
+  if (sum(na.values)>0) {
+    plot(sp[na.values,], density=30, angle=45, add=TRUE)
+    na.leg <- TRUE
+  }
+  title(main,sub,line=1)
+  box()
+  carte.qual.legende(posleg=posleg, qual.names, palette, na.leg=na.leg)
+}

Added: pkg/R/carte.qual.legende.R
===================================================================
--- pkg/R/carte.qual.legende.R	                        (rev 0)
+++ pkg/R/carte.qual.legende.R	2008-12-15 09:42:53 UTC (rev 32)
@@ -0,0 +1,30 @@
+`carte.qual.legende` <-
+function (posleg="topleft", qual.names, palette, rect.width=0.03, rect.height=0.03, inset=c(0.02,0.02), na.leg=TRUE, na.string="NA",cex=0.8) {
+  usr <- par("usr")
+  qual.nb <- length(qual.names)
+  nb.rect <- qual.nb
+  inset.x <- (usr[2] - usr[1]) * inset[1]
+  inset.y <- (usr[4] - usr[3]) * inset[2]
+  rect.width <- (usr[2] - usr[1]) * rect.width
+  text.width <- max(strwidth(qual.names))
+  if (na.leg) text.width <- max(text.width, strwidth(na.string))
+  space.width <- rect.width / 3
+  total.width <- rect.width + space.width + text.width
+  rect.height <- (usr[4] - usr[3]) * rect.height
+  total.height <- (nb.rect+1) * rect.height
+  if (na.leg) total.height <- total.height + 2 * rect.height
+  left <- switch(posleg,
+                 bottomright = , topright = , right = usr[2] - total.width - inset.x,
+                 bottomleft = , left = , topleft = usr[1] + inset.x,
+                 bottom = , top = , center = (usr[1] + usr[2] - total.width)/2)
+  top <- switch(posleg, bottomright = , bottom = , bottomleft = usr[3] + total.height + inset.y,
+                topleft = , top = , topright  = usr[4] - inset.y,
+                left = , right = , center = (usr[3] + usr[4] + total.height)/2)
+  rects <- 1:nb.rect
+  rect(left, top-rects*rect.height, left+rect.width, top-(rects+1)*rect.height, col=palette)
+  text(left+rect.width+space.width, top-(1:(nb.rect))*rect.height-rect.height/2,labels=qual.names,adj=c(0,0.5),cex=cex)
+  if (na.leg) {
+    rect(left, top-(nb.rect+2)*rect.height, left+rect.width, top-(nb.rect+3)*rect.height, density=30, angle=45)
+    text(left+rect.width+space.width, top-(nb.rect+2.5)*rect.height,labels=na.string,adj=c(0,0.5),cex=cex)
+  }
+}

Modified: pkg/R/genere.tableau.R
===================================================================
--- pkg/R/genere.tableau.R	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
+++ pkg/R/genere.tableau.R	2008-12-15 09:42:53 UTC (rev 32)
@@ -1,5 +1,6 @@
 `genere.tableau` <-
 function (x, ...) {
+  require(odfWeave)
   if (is.matrix(x)) {
     return(odfWeave::odfTable.matrix(x, ...))
   }

Modified: pkg/R/selectwd.R
===================================================================
--- pkg/R/selectwd.R	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
+++ pkg/R/selectwd.R	2008-12-15 09:42:53 UTC (rev 32)
@@ -7,4 +7,3 @@
   cat("Pour automatiser ce changement dans un script, utilisez :\n")
   cat("setwd(\"",wd,"\")\n",sep="")
 }
-  

Added: pkg/data/lyon.rda
===================================================================
(Binary files differ)


Property changes on: pkg/data/lyon.rda
___________________________________________________________________
Name: svn:mime-type
   + application/octet-stream

Added: pkg/man/Cartographie.Rd
===================================================================
--- pkg/man/Cartographie.Rd	                        (rev 0)
+++ pkg/man/Cartographie.Rd	2008-12-15 09:42:53 UTC (rev 32)
@@ -0,0 +1,105 @@
+\encoding{UTF-8}
+\name{Cartographie}
+\alias{carte.prop.legende}
+\alias{carte.eff.legende}
+\alias{carte.qual.legende}
+\alias{carte.prop}
+\alias{carte.eff}
+\alias{carte.qual}
+\alias{carte.labels}
+\title{ Représentations cartographiques simples }
+\description{
+  Fonctions permettant la représentation cartographique simple de
+  données de type proportions (\code{carte.prop}), effectifs
+  (\code{carte.eff}) ou qualitatif (\code{carte.qual}).
+}
+\usage{
+carte.prop(sp, data, varname, sp.key="id", data.key="id", diverg=FALSE,
+           nbcuts=6, at=NULL, main="", sub=NULL, posleg="topleft",
+           palette.pos="Reds", palette.neg="Blues", palette=NULL, ...)
+
+carte.eff(sp, data, varname, sp.key="id", data.key="id", nbcuts=4,
+          at=NULL, main="", sub=NULL, posleg="topleft", col.bg="red",
+          col.border="white", cex=5, pch=21, plot.polygons=TRUE, ...)
+
+carte.qual(sp, data, varname, sp.key="id", data.key="id", main="", sub=NULL,
+           posleg="topleft",  palette.qual="Set3", palette=NULL, ...)
+
+carte.labels(sp, labels, coords=NULL, cex=1, font=2, col="black",
+             outline=FALSE, outline.decal=1, outline.col="white")
+}
+\arguments{
+  
+  \item{sp}{objet spatial, de classe \code{SpatialPolygonsDataFrame}.}
+  \item{data}{tableau de données contenant la variable à représenter.}
+  \item{varname}{nom de la variable à représenter (sous forme de chaîne
+    de caractère).}
+  \item{sp.key}{nom de la variable de jointure de l'objet spatial.}
+  \item{data.key}{nom de la variable de jointure du tableau de données.}
+  \item{diverg}{si TRUE, les données comportent à la fois des valeurs
+    positives et négatives, à représenter dans des schémas de couleur
+    différents.}
+  \item{nbcuts}{nombre de classes de valeurs pour la légende
+    (\code{carte.eff}) et pour les couleurs (\code{carte.prop}).}
+  \item{at}{bornes des classes de valeurs pour la légende
+    (\code{carte.eff}) et pour les couleurs (\code{carte.prop}).}
+  \item{main}{titre de la carte.}
+  \item{sub}{sous-titre de la carte.}
+  \item{posleg}{position de la légende, à indiquer de la même manière
+    que pour \code{legend}.}
+  \item{col.bg}{couleur des symboles pour \code{carte.eff}.}
+  \item{col.border}{couleur de la bordure des symboles pour
+    \code{carte.eff}.}
+  \item{cex}{facteur d'agrandissement des symboles (\code{carte.eff}) ou
+    des labels (\code{carte.labels}).}
+  \item{pch}{type de symbole pour \code{carte.eff}.}
+  \item{plot.polygons}{si FALSE, le contenu de l'objet spatial
+    (polygones) n'est pas affiché.}
+  \item{palette.pos}{nom de la palette à utiliser pour les classes de
+    valeurs positives. Chaîne de caractère transmise à RColorBrewer (voir   
+    Details).}
+  \item{palette.neg}{nom de la palette à utiliser pour les classes de valeurs
+    négatives. Chaîne de caractère transmise à RColorBrewer (voir
+    Details).}
+  \item{palette.qual}{nom de la palette à utiliser pour les
+    catégories. Chaîne de caractère transmise à RColorBrewer (voir
+    Details).}
+  \item{palette}{palette de couleur spécifiée manuellement.}
+  \item{labels}{vecteur de chaines de caractère contenant les labels à écrire.}  
+  \item{coords}{coordonnées de positionnement des labels. Si NULL, les
+  coordonnées sont calculées en fonction de la forme de chaque polygone.}
+  \item{col}{couleur des labels.}
+  \item{font}{type de police utilisée pour les labels. Voir \code{\link{par}}.}
+  \item{outline}{si TRUE, une bordure est affichée autour des labels.} 
+  \item{outline.decal}{décalage à utiliser pour les bordures de labels.}
+  \item{outline.col}{couleur pour les bordures de labels.}   
+  \item{...}{paramètres supplémentaires passés à \code{spplot}.}
+}
+\details{
+  Pour la manière de spécifier des palettes à RColorBrewer, on pourra
+  utiliser l'outil interactif à l'adresse http://colorbrewer.org, les
+  noms de palette sont les mêmes. Si vous utilisez une des palettes du
+  site, les auteurs du projet apprécient que celui-ci soit cité.
+
+  Si le nombre de classes de valeurs est trop élevé, il se peut que la
+  palette spécifiée ne dispose pas de suffisamment de couleurs. Il faut
+  alors soit réduire le nombre de classes, soit choisir une autre
+  palette, soit spécifier une palette manuellement.
+}
+\value{
+  Affiche la carte et la légende correspondantes. Ne retourne pas de
+  valeur particulière.
+}
+\author{ Julien Barnier <julien.barnier at ens-lsh.fr> }
+\seealso{ \code{\link[sp]{spplot}}, \code{\link{legend}},
+  \code{\link[RColorBrewer]{brewer.pal}}, \code{\link{palette}}, \code{\link{par}} }
+\examples{
+data(lyon)
+data(rp99)
+
+
+
+
+}
+\keyword{hplot}
+\keyword{spatial}
\ No newline at end of file

Added: pkg/man/lyon.Rd
===================================================================
--- pkg/man/lyon.Rd	                        (rev 0)
+++ pkg/man/lyon.Rd	2008-12-15 09:42:53 UTC (rev 32)
@@ -0,0 +1,10 @@
+\name{lyon}
+\docType{data}
+\alias{lyon}
+\title{Contour des arrondissements de Lyon}
+\description{
+  Contour des 9 arrondissements de Lyon pour représentation cartographique
+}
+\usage{data(lyon)}
+\format{Objet de classe SpatialPolygonsDataFrame}
+\keyword{datasets}
\ No newline at end of file

Modified: www/rgrs.pdf
===================================================================
--- www/rgrs.pdf	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
+++ www/rgrs.pdf	2008-12-15 09:42:53 UTC (rev 32)
@@ -1,2084 +1,2369 @@
 %PDF-1.4
 %ÐÔÅØ
 5 0 obj
-<< /S /GoTo /D (Rfn.copie.proptab.1) >>
+<< /S /GoTo /D (Rfn.Cartographie.1) >>
 endobj
 8 0 obj
-(copie.proptab)
+(Cartographie)
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 9 0 obj
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b…Ác°dÁù™à³˜ØåæVV$µpñ™¥HLãÝ­0;£ß»žä‹Æ¿´þÅ,ýï5lÃ5í§:„=%SÁ‚þ?Iƒ`ìñ#üpcàE,j?¿öå,i‰t³#ÿPä~q_,èÿ$$K crAþ|¨YüXëòèìâP§UR‡7yÜž4wâ¿ò,X% Jð¬ÎmžÅÍ!	;pU°ˆûsWÖw2KÎ…I²£ý<þ‚úÀŸwÐpkò;Œi
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-šÖaPd§[é¹	$9#|ª³YV»`û0®UïnOd
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-sB¾õ·õ¢ÈìbY´Z÷F*Êk뉴“XfYÛ¿ujº”8ÚKµæꟅð¢’C•òqºŽúSmÞöý9XÛãÙ8<þ|zƒ6m
-SR\äÌûº1
-¨J–±ÊÅ„7Õá$“Ëæd¬tqø¼;ÑĶkók¬1Dio¯hG«)b¼/¦'*p*9ª˜¼7ÙeðÁ{ …à ‡ÔFÀ›ÿ›ü&²¡l©0ِq*éëÖ¡z…ø­l¢4«ŸEof矐w3—21-³¶6³ä4Í
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[TRUNCATED]

To get the complete diff run:
    svnlook diff /svnroot/rgrs -r 32