[Rgrs-commits] r31 - pkg pkg/R pkg/man www

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Tue Dec 9 17:27:58 CET 2008 

Author: jbarnier
Date: 2008-12-09 17:27:58 +0100 (Tue, 09 Dec 2008)
New Revision: 31

Added:
   pkg/R/copie.default.R
   pkg/R/copie.proptab.R
   pkg/R/format.proptab.R
   pkg/R/print.proptab.R
   pkg/R/selectwd.R
   pkg/R/wtd.mean.R
   pkg/R/wtd.table.R
   pkg/R/wtd.var.R
   pkg/man/Ponderations.Rd
   pkg/man/copie.proptab.Rd
   pkg/man/format.proptab.Rd
   pkg/man/print.proptab.Rd
   pkg/man/selectwd.Rd
Modified:
   pkg/DESCRIPTION
   www/rgrs.pdf
Log:
Ajouts fonctions ponderation et selectwd

Modified: pkg/DESCRIPTION
===================================================================
--- pkg/DESCRIPTION	2008-10-20 14:13:43 UTC (rev 30)
+++ pkg/DESCRIPTION	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
@@ -1,12 +1,12 @@
 Package: rgrs
 Type: Package
 Title: Fonctions pour faciliter l'usage de R en sciences sociales
-Version: 0.1-11
-Date: 2008-10-20
+Version: 0.1-12
+Date: 2008-12-09
 Author: Julien Barnier
 Maintainer: Julien Barnier <julien.barnier at ens-lsh.fr>
 Description: Fonctions avant tout utilisées en interne par les membres du GRS (Groupe de Recherche sur la Socialisation) 
 License: GPL-3
 Encoding: UTF-8
-Depends: R2HTML, odfWeave
+Depends: R2HTML, odfWeave, tcltk
 LazyData: no
\ No newline at end of file

Added: pkg/R/copie.default.R
===================================================================
--- pkg/R/copie.default.R	                        (rev 0)
+++ pkg/R/copie.default.R	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
@@ -0,0 +1,13 @@
+`copie.default` <-
+function (obj, append=FALSE, file=FALSE, filename="temp.html", ...) {
+  if (file) {
+    HTML(obj, file=filename, append=append)
+    return
+  }
+  if (Sys.info()["sysname"] == "Windows") conn <- file("clipboard", "w")
+  if (Sys.info()["sysname"] == "Darwin") conn <- pipe("pbcopy", "w")
+  if (Sys.info()["sysname"] == "Linux") conn <- pipe("xclip -i", "w")
+  R2HTML::HTML(obj, file = conn, append = append, ...)
+  close(conn)
+}
+

Added: pkg/R/copie.proptab.R
===================================================================
--- pkg/R/copie.proptab.R	                        (rev 0)
+++ pkg/R/copie.proptab.R	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
@@ -0,0 +1,7 @@
+`copie.proptab` <-
+function (obj, percent=NULL, digits=NULL, justify="right", ...) {
+  if (!inherits(obj, "proptab")) stop("Le tableau n'est pas de classe proptab")
+  obj <- format.proptab(obj, digits=digits, percent=percent, justify=justify)
+  copie.default(obj, ...)
+}
+

Added: pkg/R/format.proptab.R
===================================================================
--- pkg/R/format.proptab.R	                        (rev 0)
+++ pkg/R/format.proptab.R	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
@@ -0,0 +1,15 @@
+`format.proptab` <-
+function (x, digits=NULL, percent=NULL, justify="right", ...) {
+  if (!inherits(x, "proptab")) stop("Le tableau n'est pas de classe proptab")
+  if (is.null(digits)) digits <- attr(x, "digits")
+  if (is.null(percent)) percent <- attr(x, "percent")
+  if (percent) {
+    fmt <- paste("%.",digits,"f%%",sep="")
+    x[,] <- sprintf(x, fmt=fmt)
+    result <- format.default(x,justify=justify, ...)
+  }
+  else
+    result <- format.default(round(x,digits), ...)
+  return(result)
+}
+

Added: pkg/R/print.proptab.R
===================================================================
--- pkg/R/print.proptab.R	                        (rev 0)
+++ pkg/R/print.proptab.R	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
@@ -0,0 +1,6 @@
+`print.proptab` <-
+function (x, digits=NULL, percent=NULL, justify="right", ...) {
+  if (!inherits(x, "proptab")) stop("Le tableau n'est pas de classe proptab")
+  x <- format.proptab(x, digits=digits, percent=percent, justify=justify)
+  print.table(x, ...)
+}

Added: pkg/R/selectwd.R
===================================================================
--- pkg/R/selectwd.R	                        (rev 0)
+++ pkg/R/selectwd.R	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
@@ -0,0 +1,10 @@
+`selectwd` <-
+function() {
+  require(tcltk)
+  wd <- tclvalue(tkchooseDirectory())
+  setwd(wd)
+  cat("Nouveau repertoire de travail : ",wd,"\n",sep="")
+  cat("Pour automatiser ce changement dans un script, utilisez :\n")
+  cat("setwd(\"",wd,"\")\n",sep="")
+}
+  

Added: pkg/R/wtd.mean.R
===================================================================
--- pkg/R/wtd.mean.R	                        (rev 0)
+++ pkg/R/wtd.mean.R	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
@@ -0,0 +1,12 @@
+`wtd.mean` <-
+function (x, weights = NULL, normwt = "ignored", na.rm = TRUE) 
+{
+    if (!length(weights)) 
+        return(mean(x, na.rm = na.rm))
+    if (na.rm) {
+        s <- !is.na(x + weights)
+        x <- x[s]
+        weights <- weights[s]
+    }
+    sum(weights * x)/sum(weights)
+}

Added: pkg/R/wtd.table.R
===================================================================
--- pkg/R/wtd.table.R	                        (rev 0)
+++ pkg/R/wtd.table.R	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
@@ -0,0 +1,27 @@
+`wtd.table` <-
+function (x, y = NULL, weights = NULL, normwt = FALSE, na.rm = TRUE) 
+{
+  if (is.null(weights)) weights <- rep(1, length(x))  
+  if (length(x) != length(weights)) stop("x et weights doivent etre de meme longueur")
+  if (!is.null(y) & (length(x) != length(y))) stop("x et y doivent etre de meme longueur")
+  if (na.rm) {
+     s <- !is.na(x) & !is.na(weights)
+     if (!is.null(y)) s <- s & !is.na(y)
+     x <- x[s, drop = FALSE]
+     if (!is.null(y)) y <- y[s, drop = FALSE]
+     weights <- weights[s]
+  }
+  if (normwt) {
+    weights <- weights * length(x)/sum(weights)
+  }
+  if (is.null(y)) {
+    result <- tapply(weights, x, sum, simplify=TRUE)
+  }
+  else {
+    result <- tapply(weights, list(x,y), sum, simplify=TRUE)
+  }
+  result[is.na(result)] <- 0
+  as.table(result)
+}
+
+

Added: pkg/R/wtd.var.R
===================================================================
--- pkg/R/wtd.var.R	                        (rev 0)
+++ pkg/R/wtd.var.R	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
@@ -0,0 +1,18 @@
+`wtd.var` <-
+function (x, weights = NULL, normwt = FALSE, na.rm = TRUE) 
+{
+    if (!length(weights)) {
+        if (na.rm) 
+            x <- x[!is.na(x)]
+        return(var(x))
+    }
+    if (na.rm) {
+        s <- !is.na(x + weights)
+        x <- x[s]
+        weights <- weights[s]
+    }
+    if (normwt) 
+        weights <- weights * length(x)/sum(weights)
+    xbar <- sum(weights * x)/sum(weights)
+    sum(weights * ((x - xbar)^2))/(sum(weights) - 1)
+}

Added: pkg/man/Ponderations.Rd
===================================================================
--- pkg/man/Ponderations.Rd	                        (rev 0)
+++ pkg/man/Ponderations.Rd	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
@@ -0,0 +1,61 @@
+\encoding{UTF-8}
+\name{Pondérations}
+\alias{wtd.mean}
+\alias{wtd.var}
+\alias{wtd.table}
+\title{ Traitement de données pondérées }
+\description{
+  Fonctions permettant le calcul de moyennes (wtd.mean), variances
+  (wtd.var), tris à plat et tableaux croisés (wtd.table) pour des
+  variables pondérées.
+}
+\usage{
+wtd.mean(x, weights = NULL, normwt = "ignored", na.rm = TRUE) 
+wtd.var(x, weights = NULL, normwt = FALSE, na.rm = TRUE) 
+wtd.table(x, y = NULL, weights = NULL, normwt = FALSE, na.rm = TRUE) 
+}
+\arguments{
+  \item{x, y}{ Vecteurs de données. Doit être numérique pour wtd.mean et
+    wtd.var.}
+  \item{weights}{ Vecteur des poids. Doit être de même longueur que x }
+  \item{normwt}{ Normalisation des poids pour que les effectifs totaux
+    pondérés soient les mêmes que les effectifs initiaux }
+  \item{na.rm}{ Suppression des valeurs manquantes }  
+}
+\details{
+  Si \code{weights} n'est pas fourni, les fonctions utilisent une
+  pondération uniforme.
+}
+\value{
+  Pour \code{wtd.table}, si un seul vecteur est fourni la fonction calcule
+  le tri à plat pondéré de la variables. Si deux vecteurs sont passés en
+  paramètres on obtient le tri croisé pondéré des deux variables.
+}
+\author{ Les fonctions \code{wtd.mean} et \code{wtd.var} sont des copies
+  conformes des fonctions du même nom de l'extension \code{Hmisc}. Elles
+  ont été développées par :
+  Frank Harrell 
+   Department of Biostatistics 
+   Vanderbilt University School of Medicine 
+   f.harrell at vanderbilt.edu
+   
+  Pour \code{wtd.table} : Julien Barnier <julien.barnier at ens-lsh.fr> }
+\seealso{ \code{\link{table}}, \code{\link{mean}}, \code{\link{var}},
+  \code{\link[Hmisc]{wtd.table}}, \code{\link[Hmisc]{wtd.quantile} et
+    l'extension \code{survey}}}
+\examples{
+
+data(hdv2003)
+
+mean(hdv2003$age)
+wtd.mean(hdv2003$age, weights=hdv2003$poids)
+
+table(hdv2003$sexe)
+wtd.table(hdv2003$sexe, weights=hdv2003$poids)
+wtd.table(hdv2003$sexe, weights=hdv2003$poids, normwt=TRUE)
+
+table(hdv2003$sexe, hdv2003$hard.rock)
+wtd.table(hdv2003$sexe, hdv2003$hard.rock, weights=hdv2003$poids)
+
+}
+\keyword{univar}
\ No newline at end of file

Added: pkg/man/copie.proptab.Rd
===================================================================
--- pkg/man/copie.proptab.Rd	                        (rev 0)
+++ pkg/man/copie.proptab.Rd	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
@@ -0,0 +1,35 @@
+\encoding{UTF-8}
+\name{copie.proptab}
+\alias{copie.proptab}
+%- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
+\title{ Export d'un objet proptab au format HTML }
+\description{
+  Applique la fonction générique \code{copie} à un tableau de classe \code{proptab}.
+}
+\usage{
+\method{copie}{proptab}(obj, percent=NULL, digits=NULL, justify="right", ...)
+}
+%- maybe also 'usage' for other objects documented here.
+\arguments{
+  \item{obj}{ nom de l'objet à exporter }
+  \item{percent}{ affichage du symbole pourcentage dans les cellules du
+    tableau }
+  \item{digits}{ nombre de décimales à afficher }
+  \item{justify}{ justification du contenu des cellules
+    (\code{"left"}, \code{"right"} ou \code{"centre"}) }
+  \item{...}{ arguments passés à la fonction copie() }
+}
+\details{
+  Pour plus d'informations sur les arguments et les résultats de la
+  fonction, se référer à l'aide des fonctions \code{format.proptab} et
+  \code{copie}.
+}
+\seealso{  \code{\link[rgrs]{copie}}, \code{\link[rgrs]{format.proptab}} }
+\author{ Julien Barnier <julien.barnier at ens-lsh.fr>}
+\examples{
+data(iris)
+tab <- table(cut(iris$Sepal.Length,8),cut(iris$Sepal.Width,4))
+ptab <- lprop(tab, percent=TRUE)
+copie(ptab)
+}
+\keyword{connection}
\ No newline at end of file

Added: pkg/man/format.proptab.Rd
===================================================================
--- pkg/man/format.proptab.Rd	                        (rev 0)
+++ pkg/man/format.proptab.Rd	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
@@ -0,0 +1,28 @@
+\encoding{UTF-8}
+\name{format.proptab}
+\alias{format.proptab}
+%- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
+\title{ Formate le contenu d'un tableau contenant des proportions }
+\description{
+  Cette fonction formate un tableau contenant des pourcentages en
+  contrôlant leur présentation. Cette fonction est prévue pour une
+  utilisation interne, et ne devrait pas être utilisée directement.
+}
+\usage{
+   \method{format}{proptab}(x, digits=NULL, percent=NULL, justify="right", ...)
+}
+%- maybe also 'usage' for other objects documented here.
+\arguments{
+  \item{x}{ tableau à formater }
+  \item{digits}{ indique le nombre de décimales à conserver pour
+    l'affichage. Si \code{NULL}, on utilise l'attribut \code{digits} de \code{x} }
+  \item{percent}{ indique si on doit afficher (\code{TRUE}) ou non
+    (\code{FALSE}) le symbole \% dans chaque case du tableau. Si
+    \code{NULL}, on utilise l'attribut \code{percent} de \code{x} }
+  \item{justify}{ justification du contenu des cellules
+    (\code{"left"}, \code{"right"} ou \code{"centre"}) }
+  \item{...}{ arguments passés à la fonction format() }
+}
+\seealso{  \code{\link[rgrs]{copie.proptab}}, \code{\link[rgrs]{print.proptab}} }
+\author{ Julien Barnier <julien.barnier at ens-lsh.fr>}
+\keyword{print}

Added: pkg/man/print.proptab.Rd
===================================================================
--- pkg/man/print.proptab.Rd	                        (rev 0)
+++ pkg/man/print.proptab.Rd	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
@@ -0,0 +1,33 @@
+\encoding{UTF-8}
+\name{print.proptab}
+\alias{print.proptab}
+%- Also NEED an '\alias' for EACH other topic documented here.
+\title{ Affiche un tableau contenant des proportions }
+\description{
+  Cette fonction affiche un tableau contenant des pourcentages en
+  contrôlant leur présentation.
+}
+\usage{
+   \method{print}{proptab}(x, digits=NULL, percent=NULL, justify="right", ...)
+}
+%- maybe also 'usage' for other objects documented here.
+\arguments{
+  \item{x}{ tableau à afficher }
+  \item{digits}{ indique le nombre de décimales à conserver pour
+    l'affichage. Si \code{NULL}, on utilise l'attribut \code{digits} de \code{tab} }
+  \item{percent}{ indique si on doit afficher (\code{TRUE}) ou non
+    (\code{FALSE}) le symbole \% dans chaque case du tableau. Si
+    \code{NULL}, on utilise l'attribut \code{percent} de \code{tab} }
+  \item{justify}{ justification du contenu des cellules
+    (\code{"left"}, \code{"right"} ou \code{"centre"}) }
+  \item{...}{ arguments passés à la fonction print.table() }
+}
+\seealso{  \code{\link[rgrs]{format.proptab}}, \code{\link[rgrs]{Profils}}, \code{\link{print}} }
+\author{ Julien Barnier <julien.barnier at ens-lsh.fr>}
+\examples{
+tab <- table(x=round(runif(100,1,3)),y=round(runif(100,1,5)))
+ptab <- lprop(tab, digits=1, percent=TRUE)
+print(ptab)
+print(ptab, digits=2, percent=FALSE)
+}
+\keyword{univar}
\ No newline at end of file

Added: pkg/man/selectwd.Rd
===================================================================
--- pkg/man/selectwd.Rd	                        (rev 0)
+++ pkg/man/selectwd.Rd	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
@@ -0,0 +1,21 @@
+\encoding{UTF-8}
+\name{selectwd}
+\alias{selectwd}
+\title{ Sélecteur de répertoire de travail }
+\description{
+  Affiche ue boîte de sélection de répertoire en Tk et modifie le
+  répertoire de travail selon la sélection.
+}
+\usage{
+selectwd()
+}
+\value{
+  La fonction renvoit le répertoire choisi sous forme de chaîne de
+  caractères, et affiche la commande \code{setwd} correspondant à la
+  sélection effectuée.
+}
+\seealso{
+  \code{\link{setwd}}, \code{\link{getwd}}
+}
+\author{ Julien Barnier <julien.barnier at ens-lsh.fr> }
+\keyword{utilities}

Modified: www/rgrs.pdf
===================================================================
--- www/rgrs.pdf	2008-10-20 14:13:43 UTC (rev 30)
+++ www/rgrs.pdf	2008-12-09 16:27:58 UTC (rev 31)
@@ -61,287 +61,321 @@
 (Questions multiples Modalisa)
 endobj
 45 0 obj
-<< /S /GoTo /D (Rfn.print.proptab.1) >>
+<< /S /GoTo /D (Rfn.Pond\351rations.1) >>
 endobj
 48 0 obj
-(print.proptab)
+(Pond\351rations)
 endobj
 49 0 obj
-<< /S /GoTo /D (Rfn.Profils.1) >>
+<< /S /GoTo /D (Rfn.print.proptab.1) >>
 endobj
 52 0 obj
-(Profils)
+(print.proptab)
 endobj
 53 0 obj
-<< /S /GoTo /D (Rfn.quant.cut.1) >>
+<< /S /GoTo /D (Rfn.Profils.1) >>
 endobj
 56 0 obj
-(quant.cut)
+(Profils)
 endobj
 57 0 obj
-<< /S /GoTo /D (Rfn.renomme.variable.1) >>
+<< /S /GoTo /D (Rfn.quant.cut.1) >>
 endobj
 60 0 obj
-(renomme.variable)
+(quant.cut)
 endobj
 61 0 obj
-<< /S /GoTo /D (Rfn.rgrs.update.1) >>
+<< /S /GoTo /D (Rfn.renomme.variable.1) >>
 endobj
 64 0 obj
-(rgrs.update)
+(renomme.variable)
 endobj
 65 0 obj
-<< /S /GoTo /D (Rfn.rp99.1) >>
+<< /S /GoTo /D (Rfn.rgrs.update.1) >>
 endobj
 68 0 obj
-(rp99)
+(rgrs.update)
 endobj
 69 0 obj
-<< /S /GoTo /D (index.0) >>
+<< /S /GoTo /D (Rfn.rp99.1) >>
 endobj
 72 0 obj
-(Index)
+(rp99)
 endobj
 73 0 obj
-<< /S /GoTo /D [74 0 R  /Fit ] >>
+<< /S /GoTo /D (Rfn.selectwd.1) >>
 endobj
-91 0 obj <<
-/Length 982       
+76 0 obj
+(selectwd)
+endobj
+77 0 obj
+<< /S /GoTo /D (index.0) >>
+endobj
+80 0 obj
+(Index)
+endobj
+81 0 obj
+<< /S /GoTo /D [82 0 R  /Fit ] >>
+endobj
+101 0 obj <<
+/Length 1001      
 /Filter /FlateDecode
 >>
 stream
-xÚíYݏ›F¿¿‚·©lö“ªªÒ(9Wѝz¹Ðö!©¬}´˜¥œšþõØ…³­“äÒ‡†{wñìÌÎü~3;[;ë3üñy|öôœq‡bäûT8ñÆ!C4„(8sÞ®®\‚WIúG²•®G^ý¦»+[]?1ëL¥íN–MÒäªtßů@«pGŒû´×J"0õ¨Xµjó JP$D/ê1†"L@”!N¸ý)mÔ­ÔÆÅßv*Fzg"ùÔïUŸ#Š;³ÑÈz»_½¯äñN±·Ž2¿þ‹Áÿ)sv—G"äNÆ.	WySL›ã( Á`î¼3§Ê´fm<­Tkß,ò"o†xOÚz„&³ãµdiÆ:Íe™J«®Viž°šôÆêÀ›_À:(ÕµÅùC± ‘hð#â2iËÈS¦Is*fa4Ƭ£‚G°Gñ)ŸºM>ýàBDÚæNéIâÁhîU[äChŸ'ºÌ¥žöÏì>°{™ä1y)'í
-†#SvûÅw¿÷¿ [sñ™,k¯¨ïÐF?y0«þà`/dê¼jN`, ·˜?AÚÄ¥xuïRȝ²1—ÕÚYÛ …ë&È@ÊÁ/ˆŠÔ¥¥q•$Ävrw«‡EÖšq}ýÆLn°Àk­Úê8dz'5|:€b´#\Ww|ãA=¤X‘˜ñMŸ%yÝW5PLNQ+ÂG_ä) !Od
-G|×W;•)ü™—eª²¼ÜNÙáÀÀÁÊÏñ¹7]8{é#RT²ÌêI	2¹¦?Æ—¶R«ló«Æ–À•éRjuT„‹äï÷P’É3øˆ‡#)Ke;L´ßŒ<+ÔuA¨=®•ämZƒ¶FUyZv<™};6±½Úû4Jõ-½RØ-Q¥UÕ$·®Ðh…\O at 9ýÊíEbZß…Žî–fz½>sÞz„1hþG²f„/“Ôb/ê YÈ—h
-›dHì i	±B÷`1X²àñ‘à³Rc£ô.i*R´`ñ‰¥HÌ‹·–º^ÈŽiþÏÃc+áÖ["à~!¸dQ°DÿsÒ ˜ö»ìÖXÛŸûá¬.¼+j$»»ð¿*¥á‰Œûb‰þ‚x !ß —È? Ñ, ^·²Þ{_±k‹&¯Æ
-—*ëŸþ»•ø?yVXCˆ*Á³ÂZé¼Ü»¯¤Â_8ýyíµ>™ü+­n0¦X„KMù¦Gãß_?Œ¨_ AYÿŸ ÅÄ`sˆàËøìÏ¿?Þ
+xÚíY]œ6}ß_Á[©8þ»ªª6ÚìTÑ®´LÚ‡l¥²à™¥a€X%ýõ½` ÃªeH:Q¥–‡óaßë{ι×vövÖøoÚÛ‹çWŒ;#ߧÂÙîÊ	’pD Q mì¼]ݺ¯Âè]¸×®G^ýjš'{S>sÙ¾Â!)!hk#&¸ãQŽö­‰Kéý6v¼úʶcÙX&ÔÎF!åS¿±äf#Ø"ˆËÎÖÖ
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To get the complete diff run:
    svnlook diff /svnroot/rgrs -r 31

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