<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi,<br><br></div>can you please try again (from branch 'develop'). I have pushed a fix that should solve the issue.<br></div>The MPI flags were stored in CPPFLAGS, which I now append to INCFLAGS<br>
<br></div>mkoctfile -p INCFLAGS<br>mkoctfile -p CPPFLAGS<br><br></div><div>Please flag this thread as SOLVED if this fixes the issue.<br></div><div>Thanks.<br><br></div><div>Bests,<br></div>Renaud<br></div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On 3 March 2014 10:30, Renaud Gaujoux <span dir="ltr"><<a href="mailto:renaud@mancala.cbio.uct.ac.za" target="_blank">renaud@mancala.cbio.uct.ac.za</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr"><div>One more thought: have you tried installing after doing<div class=""><br><br>export  CPPFLAGS="-I/usr/include/mpi -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX"<br><br></div>?<br></div><div><br></div>
</div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On 3 March 2014 10:16, Renaud Gaujoux <span dir="ltr"><<a href="mailto:renaud@mancala.cbio.uct.ac.za" target="_blank">renaud@mancala.cbio.uct.ac.za</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Actually, the flags are most likely to be found in mkoctfile config.<br></div>Currently I use the flags returned by:<br></div><br>mkoctfile -p INCFLAGS<br><br></div>Might be easier if you could look if those effectively appear in this variable or any other (do mkoctfile --help to list all variables). They have to come from somewhere...<br>


</div>Thanks.<span><font color="#888888"><br><br></font></span></div><span><font color="#888888">Renaud<br><div><div><br></div></div></font></span></div><div><div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On 3 March 2014 10:05, Renaud Gaujoux <span dir="ltr"><<a href="mailto:renaud@mancala.cbio.uct.ac.za" target="_blank">renaud@mancala.cbio.uct.ac.za</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Good.<br></div>The MPI issue seems to be due to some compilation flags not being carried over when compiling RcppOctave library. <br>


</div>The MPI specific flags "-I/usr/include/mpi -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX" are correctly used when compiling the Octave modules, so these flags should be available from octave-config.<br>
Will look into it later.<br></div>Thanks.<br><br></div>Bests,<br></div>Renaud<br><div><div><div><br><br><br></div></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>