<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div>Hi Bernard,<br><br></div>thank you for reporting this.<br></div>It looks like there are 2 different issues here:<br></div>  * with mpi: this issue is due to Octave trying to compile modules with MPI support. I have seen this before and am not yet sure why/how to fix it.<br>
</div>  * without mpi: this seems to be due to incompatibilities with 3.8, on which I have not tested RcppOctave<br><br></div><div>I cannot look into these errors now, but will do in the next couple of weeks.<br></div><div>
<br></div>Just to get a log of these errors for the latest dev version, can you please run the same installations using the version on github:<br><br></div><div>library(devtools)<br></div>install_github("RcppOctave", 'renozao', ref = 'develop')<br>
<br></div>Thank you.<br><br></div>Bests,<br>Renaud<br><div><div><div><br></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 8 February 2014 04:45, kam kammon <span dir="ltr"><<a href="mailto:kammon101@hotmail.ca" target="_blank">kammon101@hotmail.ca</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


<div><div dir="ltr">Hi, I am trying to install Rcppoctave from R with install.packages('RcppOctave') without success.<br><br>My OS is Ubuntu 13.10. R version 3.0.2, Octave version 3.8.0 (Octave is compiled from source with prefix=/usr/local)<br>
<br>I have tried installing hdf5  with mpi (libhdf5-mpi-dev, libhdf5-openmpi-dev and libhdf5-openmpi-7 from repository ) and without mpi (libhdf5-dev and libhdf5-7 from repository) and in both cases RcppOctave would not install. <br>
<br>When libgdf5 is installed with mpi the install log shows "/usr/include/H5public.h:63:20: fatal error: mpi.h: No such file or directory"  while without mpi it shows a different error. <br><br><br>I am attaching the installation log for both instances for further investigations.<br>
<br>Not sure if this is relevant, but when hdf5 is installed with mpi Octave needs to be recompiled  with <br><br>export  CPPFLAGS="-I/usr/include/mpi -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX"<br><br>Otherwise some octave-forge packages don't install.<br>
<br><a href="http://octave.1599824.n4.nabble.com/Error-installing-package-on-classdef-tip-td4658542.html#a4658460" target="_blank">http://octave.1599824.n4.nabble.com/Error-installing-package-on-classdef-tip-td4658542.html#a4658460</a><br>
<br>Thanks,<br><br>Bernard<br>                                    </div></div>


<br>_______________________________________________<br>
Rcppoctave-user mailing list<br>
<a href="mailto:Rcppoctave-user@lists.r-forge.r-project.org">Rcppoctave-user@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="http://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcppoctave-user" target="_blank">http://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcppoctave-user</a><br>
<br>
<br>
<br></blockquote></div><br></div>