<div dir="ltr"><div><div>Couple of questions to understand what is going on:<br><br></div>  * why does R CMD config --ldflags returns these extra '..' if they are incorrect?<br></div><div>  * why does the compilation work if the path is incorrect to R library is incorrect?<br>
</div>  * why removing the dots should solve the malloc error?<br><div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 5 November 2013 16:38, Dominick Samperi <span dir="ltr"><<a href="mailto:djsamperi@gmail.com" target="_blank">djsamperi@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">R CMD config --ldflags<div>yields</div><div>-F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R</div><div>
<br></div><div>This needs to be hacked for mkoctfile to:</div><div>-L/Library/Frameworks/R.framework/Libraries -lR</div>
<div>(no '..')</div><div><br></div><div>Applying this to the github source fixes it for</div><div>Mac OS X Mavericks provided the --no-test-load</div><div>and octave_end tricks are used.</div></div><div class="HOEnZb">
<div class="h5"><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 5, 2013 at 9:04 AM, Renaud Gaujoux <span dir="ltr"><<a href="mailto:renaud@mancala.cbio.uct.ac.za" target="_blank">renaud@mancala.cbio.uct.ac.za</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div dir="ltr">Not sure where the extra '..' would come from.<br>Are you installing the latest version from github?<br><br><div><div>devtools::install_github('RcppOctave', 'renozao')<br></div><br>
</div>

</div><div><div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 2 November 2013 07:00, Dominick Samperi <span dir="ltr"><<a href="mailto:djsamperi@gmail.com" target="_blank">djsamperi@gmail.com</a>></span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>It appears that octave_end is not called at all under Mac OS X. But it</div><div>is also not called under Linux! I inserted Rprintf statements to check.</div>


<div><br></div><div>Perhaps the explanation is that failing to call octave_end under Linux</div>
<div>(or Windows?) is non-fatal, but this is fatal under Mac OS X? If this</div><div>is so the Mac OS X behavior is less dangerous...</div><div><br></div><div>If I do not use --no-test-load, I get the result in RcppOctave.log (attached).</div>



<div><br></div><div>Also, I'm attaching RcppOctave/src/modules/Makefile.in<div>with a small edit (the sed script generates a path with an extra '..').</div></div><div><br></div></div><div><div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br><div class="gmail_quote">On Sat, Nov 2, 2013 at 12:19 AM, Renaud Gaujoux <span dir="ltr"><<a href="mailto:renaud@mancala.cbio.uct.ac.za" target="_blank">renaud@mancala.cbio.uct.ac.za</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>The --no-test-load option is used because the embedded Octave session</div><div>
is not terminated properly at test time (during installation), and the </div>

<div>embedded Octave session needs to be explicitly terminated before </div><div>leaving the R session using the 'octave_end' entry point.</div></div></blockquote><div><br></div></div><div>octave_end is normally called when the package is unloaded in .onUnload as well as when the library is unloaded by in R_init_unload (or something like that).</div>




<div>There is no errors on Linux at load test. </div><div>Can you please post the install logs showing the error?</div><div><br></div><div>Thanks<span></span></div>
</blockquote></div><br></div>


</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>


</div></div></blockquote></div><br></div>