<div dir="ltr"><br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Dominick Samperi</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:djsamperi@gmail.com">djsamperi@gmail.com</a>></span><br>
Date: 30 October 2013 07:11<br>Subject: Apple Blues<br>To: Renaud Gaujoux <<a href="mailto:renaud@mancala.cbio.uct.ac.za">renaud@mancala.cbio.uct.ac.za</a>><br><br><br><div dir="ltr">Hello Renaud,<div><br></div><div>
I just tried unsuccessfully to upgrade my Apple desktop to</div><div>Mac OS X 10.9 (Mavericks), but due to a few technical</div><div>problems I had to backtrack to the previous version </div>
<div>10.8 for now. </div><div><br></div><div>After restoring from backups and checking</div><div>that everything works, I discovered that RcppOctave</div><div>does not install. I get the same invalid malloc error that</div>

<div>I was getting before. But this time I have not used</div><div>MacPorts at all, only Homebrew, and the version of</div><div>Octave is 3.6.4 as it should be.</div><div><br></div><div>(I am downloading source, not using install.packages(), because</div>

<div>the latter tends to download old archives.)</div><div><br></div><div>Indeed, with my fresh install of Mac OS X, with the</div><div>command line tools and Xcode installed, R does not</div><div>issue the correct command: R CMD config CXX</div>

<div>returns: llvm-g++-4.2 -arch x86_64.</div><div><br></div><div>But there is no llvm-g++-4.2, only /usr/bin/g++ (version</div><div>4.2.1) and /usr/bin/gcc (version 4.2.1). I tried to work-around</div><div>this problem by defining symbolic links llvm-g++-4.2 and</div>

<div>llvm-gcc-4.2 pointing to these files, but this does not work.</div><div><br></div><div>There are a couple of open issues:</div><div>1. Apple no longer ships binaries named llvm-g++-4.2 and</div><div>   llvm-gcc-4.2 (only g++ and gcc).</div>

<div>2. Apple no longer supports Fortran at all (the R core team</div><div>    provides gfortran-4.2…see R Mac OS FAQ).</div><div>3. 'brew install octave' does not show you what it is doing,</div><div>   and I think it may be using clang instead of gcc, clang++</div>

<div>   instead of g++.</div><div>4. The segfault error when I try to install RcppOctave is</div><div>    probably due to compiler version incompatibilities, either</div><div>    gcc-4.2 vs gcc-4.2.1, or more likely, gcc-4.2.1 vs clang, etc.</div>

<div><br></div><div>Thus under Mac OS X the correct long-term solution is to</div><div>stop using gcc/g++ and follow Apple in using clang/clang++.</div><div>In the mean time, Apple will make life difficult for people who</div>

<div>continue to use gcc/g++/gfortran! (There is an open source </div><div>project to write an LLVM Fortran front-end, but I don't know </div><div>what the status of that project is.)</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>
<br></div><div>Dominick<br>
</div><div><br></div></font></span></div>


</div><br></div>