<div dir="ltr">To make this easier to debug, I added a check that the values in the x given to C_make_glcm are within bounds:<div><br></div>  for(int i=0; i < nr; ++i){<br>    for(int j=0; j < nc; ++j){<br>      int focal_val = x(i,j);<br>      if (focal_val >= n_levels || focal_val < 0) { // sanity check<br>          Rf_error("programmer error: out-of-bounds focal_val=%d: i=%d, j=%d, n_levels=%d", focal_val, i, j, n_levels);<br><div>      } </div><div><br></div><div>Now you don't need valgrind to see the problem; just set a breakpoint at Rf_error.  The debugger shows that the 'x' in given to .Call(_GLCMTextures_C_glcm_textures_helper2,x,...) in this case is a 21-long integer vector with values 1:21.  C_glcm_textures_helper2 seems to use this as a C++ subscript -- should it be 0:20?  (I did not try to analyze the code very closely.)</div><div><br></div><div>-Bill</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Dec 15, 2021 at 9:26 AM Alex Ilich <<a href="mailto:alexilich93@gmail.com">alexilich93@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Thanks, I thought I was onto something there but I guess that wasn't the issue (that only came up because when I made edits to my function to just return the actual values as a check, I was converting them in an unsafe way from int to double). I'm still confused on how the 
valgrind check Bill was running was finding that focal_val was evaluating to 16 leading to an out of bounds error in some cases when the data is constrained to 0-15 (n_levels-1). Additionally if I set out[i] = max(curr_window); and make out an IntegerVector (so that the NA's aren't converted), the maximum value of the resulting surface is 15. focal_val is directly drawn from curr_window so I don't see how it could be 16. If anyone has any thoughts or ideas on this it would be greatly appreciated.</div><div><br></div><div>
<div>Thanks,</div><div>Alex</div><br></div><div>C++ functions: <a href="https://github.com/ailich/GLCMTextures/blob/terra/src/glcm_cpp_functions.cpp" target="_blank">https://github.com/ailich/GLCMTextures/blob/terra/src/glcm_cpp_functions.cpp</a></div><div>R function that calls C++ functions: <a href="https://github.com/ailich/GLCMTextures/blob/terra/R/glcm_textures2.R" target="_blank">https://github.com/ailich/GLCMTextures/blob/terra/R/glcm_textures2.R</a></div><div><br></div><div><br></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Dec 15, 2021 at 11:49 AM Dirk Eddelbuettel <<a href="mailto:edd@debian.org" target="_blank">edd@debian.org</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><br>
On 15 December 2021 at 11:22, Alex Ilich wrote:<br>
| I actually think that the issue may be related to conversions between<br>
| int/IntegerVectors and double/NumericVector/std::vector<double>. I was<br>
| talking with the terra package author to see if the focalCpp function can<br>
| take an IntegerVector instead of a NumericVector/ /std::vector<double>, as<br>
| it seemed initially to be working and he said that Rcpp automatically<br>
| coerces a std::vector<double> to an Rcpp::IntegerVector. However, when I<br>
<br>
That is a misunderstanding. That would be a *major* bug. Brining Rob in just<br>
in case.<br>
<br>
Rcpp faithfully and reliably maps back and forth between<br>
<br>
    std::vector<int32_t>  and     Rcpp::IntegerVector<br>
    std::vector<double>   and     Rcpp::NumericVector<br>
<br>
as well as other numerics and of course std::string etc<br>
<br>
What you may be confusing is that writing something such as<br>
<br>
    > Rcpp::cppFunction("int mysum(IntegerVector x) { return sum(x); }")<br>
    > mysum(c(1.0, 2.0, 3.0))<br>
    [1] 6<br>
    > Rcpp::cppFunction("double myothersum(NumericVector x) { return sum(x); }")<br>
    > myothersum(1:3)  # the : creates an _int_ sequence<br>
    [1] 6<br>
    > myothersum(c(1L,2L,3L)) <br>
    [1] 6<br>
    > <br>
<br>
cast up/down from/to int and double _when access from R_ which is a _very_<br>
different story.<br>
<br>
<br>
| replace the call to C_make_glcm which was causing the issue to just<br>
| out(i,0) = xw[0] (i.e. return the first value), the edges that should be NA<br>
| evaluate to -2147483648 so maybe this automatic conversion doesn't work if<br>
| there are NAs. I can reproduce this using only Rcpp by having a function<br>
| that takes an IntegerVector and returns the first value of that vector as a<br>
| double, in which case NA's are changed to -2147483648 (code below). Is this<br>
| expected behavior, and are there any ways to guard against this?<br>
<br>
It's a bug in your code as you don't cast right. And you also 'call it<br>
incorrectly' just as per my example above. NA is a _double_ as is 1. We then<br>
help you by making the _now int_ value a matching NA _as an int_.<br>
<br>
And here is a *very* important bit: Int NAs are an R-only thing. The<br>
assignment you make is a C/C++ one *which does not know this* and you loose<br>
NAness.<br>
<br>
No more, no less. Just a usage bug on your end.<br>
<br>
| library(Rcpp)<br>
| cppFunction('double C_fun2(IntegerVector x){<br>
|   size_t start = 0;<br>
|   size_t end = x.length()-1;<br>
|   IntegerVector xw = x[Rcpp::Range(start,end)]; //Current window of<br>
| elevation values<br>
|   double out=xw[0];<br>
|   return(out);<br>
| }')<br>
| <br>
| C_fun2(c(NA,1))               <br>
| # -2147483648<br>
<br>
Simpler fixed version:<br>
<br>
<br>
    > Rcpp::cppFunction("double alex(IntegerVector x) { NumericVector y(x); return y[0];}")<br>
    > alex(c(NA, 1))<br>
    [1] NA<br>
    > alex(c(NA_integer_, 1L))   # "correct" call with actual int arguments<br>
    [1] NA<br>
    > <br>
<br>
This ensure we build a proper R-context aware vector of doubles and then<br>
return its first element.  You can use the same logic in your code, we also<br>
do this (I think) when using std::vector<> of these base types as they are so<br>
common.<br>
<br>
Dirk<br>
<br>
| On Mon, Dec 13, 2021 at 3:43 PM Alex Ilich <<a href="mailto:alexilich93@gmail.com" target="_blank">alexilich93@gmail.com</a>> wrote:<br>
| <br>
| > Thanks for digging into this for me. If focal_val is 16, then this is an<br>
| > out of bounds error as the matrix is 16x16 and the maximum index can be 15.<br>
| > What I'm confused about is that focal_val comes from the data which has<br>
| > been transformed to be restricted to integers in the range of 0-15 (0 -<br>
| > n_levels-1). This is explicitly checked for in the glcm_textures2 function<br>
| > with the line " if((terra::global(r, fun = max) > (n_levels-1)) |<br>
| > (terra::global(r, fun = min) < 0)){stop("Error: raster must have values<br>
| > between 0 and n_levels-1")}". Additionally, if I start with numbers in 0-15<br>
| > and don't do any transformation (quantization="none"), I still run into<br>
| > this issue (see code below).<br>
| ><br>
| > Thanks,<br>
| > Alex<br>
| ><br>
| > library(terra)<br>
| > library(raster)<br>
| > library(GLCMTextures)<br>
| ><br>
| > r1b<- terra::rast(volcano)<br>
| > set.seed(5)<br>
| > values(r1b)<- sample(0:15, size = ncell(r1b), replace = TRUE) # Replace<br>
| > values with random integers from 0-15<br>
| > r2b<- glcm_textures2(r1b, w=c(3,7), n_levels = 16, quantization = "none",<br>
| > shift=c(0,1)) #Often leads to Rsession Aborted<br>
| ><br>
| > On Mon, Dec 13, 2021 at 3:12 PM Bill Dunlap <<a href="mailto:williamwdunlap@gmail.com" target="_blank">williamwdunlap@gmail.com</a>><br>
| > wrote:<br>
| ><br>
| >> In this example vgdb shows that valgrind's first complaint is at<br>
| >> (gdb) where 5<br>
| >> #0  0x000000001c1ada01 in C_make_glcm (x=..., n_levels=16, shift=...,<br>
| >> na_opt=...) at glcm_cpp_functions.cpp:73<br>
| >> #1  0x000000001c1b2238 in C_glcm_textures_helper2 (x=..., w2=...,<br>
| >> n_levels=16, shift=..., na_opt=..., ni=1, nw=21)<br>
| >>     at glcm_cpp_functions.cpp:218<br>
| >> #2  0x000000001c1a098e in _GLCMTextures_C_glcm_textures_helper2<br>
| >> (xSEXP=0x19023168, w2SEXP=0x92cbde8,<br>
| >>     n_levelsSEXP=0xa3138d8, shiftSEXP=0x92cc468, na_optSEXP=0xa313398,<br>
| >> niSEXP=0xb655560, nwSEXP=0x1aeec7d0)<br>
| >>     at RcppExports.cpp:94<br>
| >> #3  0x00000000001f6b02 in R_doDotCall (<br>
| >>     ofun=0x1c1a0732 <_GLCMTextures_C_glcm_textures_helper2(SEXP, SEXP,<br>
| >> SEXP, SEXP, SEXP, SEXP, SEXP)>, nargs=7,<br>
| >>     cargs=0x1ffeff6830, call=0x15ed3c88) at<br>
| >> /mnt/c/R/R-svn/trunk/src/main/dotcode.c:622<br>
| >> #4  0x00000000002637ca in bcEval (body=0x15ed4078, rho=0x19023210,<br>
| >> useCache=TRUE)<br>
| >>     at /mnt/c/R/R-svn/trunk/src/main/eval.c:7695<br>
| >><br>
| >> Line 73 is<br>
| >> GLCM(neighbor_val,focal_val) = GLCM(neighbor_val,focal_val)+1;<br>
| >> where GLCM is a 16 x 16 IntegerMatrix and focal_val is 16:<br>
| >>    (gdb) print neighbor_val<br>
| >>    $1 = 9<br>
| >>    (gdb) print focal_val<br>
| >>    $2 = 16<br>
| >>    (gdb) print i<br>
| >>    $3 = 2<br>
| >>    (gdb) print j<br>
| >>    $4 = 1<br>
| >><br>
| >> -Bill<br>
| >><br>
| >> On Mon, Dec 13, 2021 at 11:37 AM Bill Dunlap <<a href="mailto:williamwdunlap@gmail.com" target="_blank">williamwdunlap@gmail.com</a>><br>
| >> wrote:<br>
| >><br>
| >>> Thanks, I hadn't noticed the --use-valgrind option to check.<br>
| >>><br>
| >>> I often run R under valgrind with the command line:<br>
| >>>   $ R --quiet --no-save --debugger=valgrind<br>
| >>> --debugger-args="--track-origins=yes --vgdb=full --vgdb-error=0"<br>
| >>> then in another window start a debugger process with<br>
| >>>   $ gdb RHOME/bin/exec/R<br>
| >>>   ...<br>
| >>>    (gdb) target remote | vgdb<br>
| >>>    (gdb) cont<br>
| >>> You may need to supply a complete path to vgdb, valgrind's interface to<br>
| >>> gdb.<br>
| >>> Then gdb will set breakpoints where valgrind reports memory misuse and<br>
| >>> you can inspect variables, etc., where an error occurs.<br>
| >>> You can check for memory leaks from gdb with<br>
| >>>    (gdb) monitor leak_check full<br>
| >>><br>
| >>> -Bill<br>
| >>><br>
| >>><br>
| >>> On Mon, Dec 13, 2021 at 10:29 AM Dirk Eddelbuettel <<a href="mailto:edd@debian.org" target="_blank">edd@debian.org</a>><br>
| >>> wrote:<br>
| >>><br>
| >>>><br>
| >>>> On 13 December 2021 at 09:15, Bill Dunlap wrote:<br>
| >>>> | I ran your example under valgrind on Linux (Ubuntu 20.04)<br>
| >>>><br>
| >>>> Excellent call, as usual!  Thanks for doing that.<br>
| >>>><br>
| >>>> R actually makes is so easy to run with valgrind by calling<br>
| >>>><br>
| >>>>    R CMD check --use-valgrind somePkg_1.2-3.tar.gz<br>
| >>>><br>
| >>>> that I started to add it to some CI setups.<br>
| >>>><br>
| >>>> Dirk<br>
| >>>><br>
| >>>> | and valgrind found some memory misuse:<br>
| >>>> |<br>
| >>>> | $ R --quiet --no-save --debugger=valgrind<br>
| >>>> | --debugger-args="--track-origins=yes"<br>
| >>>> | ==1533== Memcheck, a memory error detector<br>
| >>>> | ==1533== Copyright (C) 2002-2017, and GNU GPL'd, by Julian Seward et<br>
| >>>> al.<br>
| >>>> | ==1533== Using Valgrind-3.15.0 and LibVEX; rerun with -h for<br>
| >>>> copyright info<br>
| >>>> | ==1533== Command: /home/bill/R-devel/R-build/bin/exec/R --quiet<br>
| >>>> --no-save<br>
| >>>> | ==1533==<br>
| >>>> | > library(terra)<br>
| >>>> | terra version 1.5.2<br>
| >>>> | > library(raster)<br>
| >>>> | Loading required package: sp<br>
| >>>> | > library(GLCMTextures)<br>
| >>>> | ><br>
| >>>> | > r1a<- raster::raster(volcano)<br>
| >>>> | > r2a<- glcm_textures(r1a, w=c(3,7), n_levels = 16, quantization =<br>
| >>>> "equal<br>
| >>>> | prob", shift=c(0,1))<br>
| >>>> | ><br>
| >>>> | > r1b<- terra::rast(volcano)<br>
| >>>> | > r2b<- glcm_textures2(r1b, w=c(3,7), n_levels = 16, quantization =<br>
| >>>> "equal<br>
| >>>> | prob", shift=c(0,1)) #Often leads to Rsession Aborted<br>
| >>>> | ==1533== Invalid read of size 4<br>
| >>>> | ==1533==    at 0x1C1ADA01: C_make_glcm(Rcpp::Matrix<13,<br>
| >>>> | Rcpp::PreserveStorage>, int, Rcpp::Vector<13, Rcpp::PreserveStorage>,<br>
| >>>> | Rcpp::String) (glcm_cpp_functions.cpp:73)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x1C1B2237: C_glcm_textures_helper2(Rcpp::Vector<13,<br>
| >>>> | Rcpp::PreserveStorage>, Rcpp::Vector<13, Rcpp::PreserveStorage>, int,<br>
| >>>> | Rcpp::Vector<13, Rcpp::PreserveStorage>, Rcpp::String, unsigned long,<br>
| >>>> | unsigned long) (glcm_cpp_functions.cpp:218)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x1C1A098D: _GLCMTextures_C_glcm_textures_helper2<br>
| >>>> | (RcppExports.cpp:94)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x1F6B01: R_doDotCall (dotcode.c:622)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x2637C9: bcEval (eval.c:7695)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240653: Rf_eval (eval.c:748)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x243223: R_execClosure (eval.c:1918)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x242EFD: Rf_applyClosure (eval.c:1844)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240E06: Rf_eval (eval.c:871)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x246CD6: do_set (eval.c:2990)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240A8C: Rf_eval (eval.c:823)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x2457DA: do_begin (eval.c:2538)<br>
| >>>> | ==1533==  Address 0xa59c0c4 is 28 bytes before a block of size 64 in<br>
| >>>> arena<br>
| >>>> | "client"<br>
| >>>> | ==1533==<br>
| >>>> | ==1533== Invalid write of size 4<br>
| >>>> | ==1533==    at 0x1C1ADA44: C_make_glcm(Rcpp::Matrix<13,<br>
| >>>> | Rcpp::PreserveStorage>, int, Rcpp::Vector<13, Rcpp::PreserveStorage>,<br>
| >>>> | Rcpp::String) (glcm_cpp_functions.cpp:73)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x1C1B2237: C_glcm_textures_helper2(Rcpp::Vector<13,<br>
| >>>> | Rcpp::PreserveStorage>, Rcpp::Vector<13, Rcpp::PreserveStorage>, int,<br>
| >>>> | Rcpp::Vector<13, Rcpp::PreserveStorage>, Rcpp::String, unsigned long,<br>
| >>>> | unsigned long) (glcm_cpp_functions.cpp:218)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x1C1A098D: _GLCMTextures_C_glcm_textures_helper2<br>
| >>>> | (RcppExports.cpp:94)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x1F6B01: R_doDotCall (dotcode.c:622)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x2637C9: bcEval (eval.c:7695)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240653: Rf_eval (eval.c:748)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x243223: R_execClosure (eval.c:1918)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x242EFD: Rf_applyClosure (eval.c:1844)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240E06: Rf_eval (eval.c:871)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x246CD6: do_set (eval.c:2990)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240A8C: Rf_eval (eval.c:823)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x2457DA: do_begin (eval.c:2538)<br>
| >>>> | ==1533==  Address 0xa59c0c4 is 28 bytes before a block of size 64 in<br>
| >>>> arena<br>
| >>>> | "client"<br>
| >>>> | ==1533==<br>
| >>>> | --1533-- VALGRIND INTERNAL ERROR: Valgrind received a signal 11<br>
| >>>> (SIGSEGV) -<br>
| >>>> | exiting<br>
| >>>> | --1533-- si_code=1;  Faulting address: 0x10A59C138;  sp: 0x10090e2e20<br>
| >>>> |<br>
| >>>> | valgrind: the 'impossible' happened:<br>
| >>>> |    Killed by fatal signal<br>
| >>>> |<br>
| >>>> | host stacktrace:<br>
| >>>> | ==1533==    at 0x580505C4: ??? (in<br>
| >>>> | /usr/lib/x86_64-linux-gnu/valgrind/memcheck-amd64-linux)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x58004EBB: ??? (in<br>
| >>>> | /usr/lib/x86_64-linux-gnu/valgrind/memcheck-amd64-linux)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x58005DA7: ??? (in<br>
| >>>> | /usr/lib/x86_64-linux-gnu/valgrind/memcheck-amd64-linux)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x580A7204: ??? (in<br>
| >>>> | /usr/lib/x86_64-linux-gnu/valgrind/memcheck-amd64-linux)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x580F5FD4: ??? (in<br>
| >>>> | /usr/lib/x86_64-linux-gnu/valgrind/memcheck-amd64-linux)<br>
| >>>> |<br>
| >>>> | sched status:<br>
| >>>> |   running_tid=1<br>
| >>>> |<br>
| >>>> | Thread 1: status = VgTs_Runnable (lwpid 1533)<br>
| >>>> | ==1533==    at 0x483BE63: operator new(unsigned long) (in<br>
| >>>> | /usr/lib/x86_64-linux-gnu/valgrind/vgpreload_memcheck-amd64-linux.so)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x6E92D3C: void std::__cxx11::basic_string<char,<br>
| >>>> | std::char_traits<char>, std::allocator<char> >::_M_construct<char<br>
| >>>> | const*>(char const*, char const*, std::forward_iterator_tag) (in<br>
| >>>> | /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6.0.28)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x1C1B2377: C_glcm_textures_helper2(Rcpp::Vector<13,<br>
| >>>> | Rcpp::PreserveStorage>, Rcpp::Vector<13, Rcpp::PreserveStorage>, int,<br>
| >>>> | Rcpp::Vector<13, Rcpp::PreserveStorage>, Rcpp::String, unsigned long,<br>
| >>>> | unsigned long) (glcm_cpp_functions.cpp:221)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x1C1A098D: _GLCMTextures_C_glcm_textures_helper2<br>
| >>>> | (RcppExports.cpp:94)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x1F6B01: R_doDotCall (dotcode.c:622)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x2637C9: bcEval (eval.c:7695)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240653: Rf_eval (eval.c:748)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x243223: R_execClosure (eval.c:1918)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x242EFD: Rf_applyClosure (eval.c:1844)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240E06: Rf_eval (eval.c:871)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x246CD6: do_set (eval.c:2990)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240A8C: Rf_eval (eval.c:823)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x2457DA: do_begin (eval.c:2538)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240A8C: Rf_eval (eval.c:823)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x244FC9: do_for (eval.c:2420)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240A8C: Rf_eval (eval.c:823)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x2457DA: do_begin (eval.c:2538)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240A8C: Rf_eval (eval.c:823)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x244FC9: do_for (eval.c:2420)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240A8C: Rf_eval (eval.c:823)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x2457DA: do_begin (eval.c:2538)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240A8C: Rf_eval (eval.c:823)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x243223: R_execClosure (eval.c:1918)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x242EFD: Rf_applyClosure (eval.c:1844)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x253F32: bcEval (eval.c:7107)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240653: Rf_eval (eval.c:748)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x243223: R_execClosure (eval.c:1918)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x243D9C: R_execMethod (eval.c:2094)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x8800187: R_dispatchGeneric<br>
| >>>> (methods_list_dispatch.c:1145)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x2B15F4: do_standardGeneric (objects.c:1285)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x253DB3: bcEval (eval.c:7096)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240653: Rf_eval (eval.c:748)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x243223: R_execClosure (eval.c:1918)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x242EFD: Rf_applyClosure (eval.c:1844)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x253F32: bcEval (eval.c:7107)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240653: Rf_eval (eval.c:748)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x243223: R_execClosure (eval.c:1918)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x242EFD: Rf_applyClosure (eval.c:1844)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240E06: Rf_eval (eval.c:871)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x246CD6: do_set (eval.c:2990)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x240A8C: Rf_eval (eval.c:823)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x28EF5E: Rf_ReplIteration (main.c:264)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x28F157: R_ReplConsole (main.c:316)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x290BC0: run_Rmainloop (main.c:1130)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x290BDA: Rf_mainloop (main.c:1137)<br>
| >>>> | ==1533==    by 0x16F74B: main (Rmain.c:29)<br>
| >>>> | client stack range: [0x1FFEED3000 0x1FFF000FFF] client SP:<br>
| >>>> 0x1FFEFF35F0<br>
| >>>> | valgrind stack range: [0x1008FE3000 0x10090E2FFF] top usage: 12336 of<br>
| >>>> | 1048576<br>
| >>>> |<br>
| >>>> |<br>
| >>>> | Note: see also the FAQ in the source distribution.<br>
| >>>> | It contains workarounds to several common problems.<br>
| >>>> | In particular, if Valgrind aborted or crashed after<br>
| >>>> | identifying problems in your program, there's a good chance<br>
| >>>> | that fixing those problems will prevent Valgrind aborting or<br>
| >>>> | crashing, especially if it happened in m_mallocfree.c.<br>
| >>>> |<br>
| >>>> | If that doesn't help, please report this bug to: <a href="http://www.valgrind.org" rel="noreferrer" target="_blank">www.valgrind.org</a><br>
| >>>> |<br>
| >>>> | In the bug report, send all the above text, the valgrind<br>
| >>>> | version, and what OS and version you are using.  Thanks.<br>
| >>>> |<br>
| >>>> | On Mon, Dec 13, 2021 at 8:15 AM Alexander Ilich <<a href="mailto:ailich@mail.usf.edu" target="_blank">ailich@mail.usf.edu</a>><br>
| >>>> wrote:<br>
| >>>> |<br>
| >>>> | > Hi, I'm upgrading one of my R packages to rely on the terra package<br>
| >>>> | > instead of the raster package for the handling of spatial raster<br>
| >>>> data.<br>
| >>>> | > Previously when relying on the raster package I had to convert the<br>
| >>>> data to<br>
| >>>> | > a matrix and send it to C++ to loop through the cells manually, but<br>
| >>>> with<br>
| >>>> | > the new features in the terra package I can supply a C++ function<br>
| >>>> that<br>
| >>>> | > returns multiple values directly to terra::focalCpp to perform focal<br>
| >>>> | > operations<br>
| >>>> | > <<br>
| >>>> <a href="https://desktop.arcgis.com/en/arcmap/10.3/tools/spatial-analyst-toolbox/how-focal-statistics-works.htm" rel="noreferrer" target="_blank">https://desktop.arcgis.com/en/arcmap/10.3/tools/spatial-analyst-toolbox/how-focal-statistics-works.htm</a><br>
| >>>> >.<br>
| >>>> | > I get the same values using both the old and new versions of the<br>
| >>>> functions,<br>
| >>>> | > but the new version often causes the R session to abort, especially<br>
| >>>> at<br>
| >>>> | > larger window sizes. For example, a 3x3 or a 3x5 window seems to<br>
| >>>> always<br>
| >>>> | > run, but a 3x7 window will often cause the R session to abort.<br>
| >>>> However,<br>
| >>>> | > when it doesn't, I get the correct values. Functions followed by 2<br>
| >>>> are the<br>
| >>>> | > terra versions of the function. By commenting out things and<br>
| >>>> rebuilding I<br>
| >>>> | > was able to determine the line that causes the crash in the terra<br>
| >>>> version<br>
| >>>> | > is "NumericMatrix curr_GLCM = C_make_glcm(curr_window, n_levels,<br>
| >>>> shift,<br>
| >>>> | > na_opt); //Tabulate the GLCM"; however, this line is also included<br>
| >>>> in the<br>
| >>>> | > raster version of the function so I'm not sure why this would<br>
| >>>> happen. Any<br>
| >>>> | > help would be greatly appreciated. Here is the github repository<br>
| >>>> | > <<a href="https://github.com/ailich/GLCMTextures/tree/terra" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/ailich/GLCMTextures/tree/terra</a>>, and I've<br>
| >>>> added some<br>
| >>>> | > sample code below to illustrate the issue.<br>
| >>>> | ><br>
| >>>> | > Thanks,<br>
| >>>> | > Alex<br>
| >>>> | ><br>
| >>>> | > install.packages('raster', repos='<a href="https://rspatial.r-universe.dev" rel="noreferrer" target="_blank">https://rspatial.r-universe.dev</a>')<br>
| >>>> | > #install development version of raster<br>
| >>>> | > install.packages('terra', repos='<a href="https://rspatial.r-universe.dev" rel="noreferrer" target="_blank">https://rspatial.r-universe.dev</a>')<br>
| >>>> | > #install development version of terra<br>
| >>>> | ><br>
| >>>> | > remotes::install_github("ailich/GLCMTextures", ref = "terra")<br>
| >>>> #Install<br>
| >>>> | > branch of my package testing terra versions of functions<br>
| >>>> | ><br>
| >>>> | > library(terra)<br>
| >>>> | > library(raster)<br>
| >>>> | > library(GLCMTextures)<br>
| >>>> | ><br>
| >>>> | > r1a<- raster::raster(volcano)<br>
| >>>> | > r2a<- glcm_textures(r1a, w=c(3,7), n_levels = 16, quantization =<br>
| >>>> "equal<br>
| >>>> | > prob", shift=c(0,1))<br>
| >>>> | ><br>
| >>>> | > r1b<- terra::rast(volcano)<br>
| >>>> | > r2b<- glcm_textures2(r1b, w=c(3,7), n_levels = 16, quantization =<br>
| >>>> "equal<br>
| >>>> | > prob", shift=c(0,1)) #Often leads to Rsession Aborted<br>
| >>>> | ><br>
| >>>> | > all.equal(values(r2a),values(r2b)) #TRUE<br>
| >>>> | ><br>
| >>>> | ><br>
| >>>> | ><br>
| >>>> | > #System Information<br>
| >>>> | > #OS: Windows 10<br>
| >>>> | > R.version<br>
| >>>> | > # platform       x86_64-w64-mingw32<br>
| >>>> | > # arch           x86_64<br>
| >>>> | > # os             mingw32<br>
| >>>> | > # system         x86_64, mingw32<br>
| >>>> | > # status<br>
| >>>> | > # major          4<br>
| >>>> | > # minor          0.4<br>
| >>>> | > # year           2021<br>
| >>>> | > # month          02<br>
| >>>> | > # day            15<br>
| >>>> | > # svn rev        80002<br>
| >>>> | > # language       R<br>
| >>>> | > # version.string R version 4.0.4 (2021-02-15)<br>
| >>>> | > # nickname       Lost Library Book<br>
| >>>> | ><br>
| >>>> | > packageVersion("terra")<br>
| >>>> | > # ‘1.5.2’<br>
| >>>> | > packageVersion("raster")<br>
| >>>> | > # ‘3.5.10’<br>
| >>>> | > packageVersion("Rcpp")<br>
| >>>> | > # ‘1.0.7’<br>
| >>>> | > packageVersion("RcppArmadillo")<br>
| >>>> | > # ‘0.10.7.3.0’<br>
| >>>> | > _______________________________________________<br>
| >>>> | > Rcpp-devel mailing list<br>
| >>>> | > <a href="mailto:Rcpp-devel@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">Rcpp-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
| >>>> | ><br>
| >>>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcpp-devel" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcpp-devel</a><br>
| >>>> | _______________________________________________<br>
| >>>> | Rcpp-devel mailing list<br>
| >>>> | <a href="mailto:Rcpp-devel@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">Rcpp-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
| >>>> |<br>
| >>>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcpp-devel" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcpp-devel</a><br>
| >>>> --<br>
| >>>> <a href="https://dirk.eddelbuettel.com" rel="noreferrer" target="_blank">https://dirk.eddelbuettel.com</a> | @eddelbuettel | <a href="mailto:edd@debian.org" target="_blank">edd@debian.org</a><br>
| >>>><br>
| >>> _______________________________________________<br>
| >> Rcpp-devel mailing list<br>
| >> <a href="mailto:Rcpp-devel@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">Rcpp-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
| >> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcpp-devel" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcpp-devel</a><br>
| ><br>
| ><br>
<br>
-- <br>
<a href="https://dirk.eddelbuettel.com" rel="noreferrer" target="_blank">https://dirk.eddelbuettel.com</a> | @eddelbuettel | <a href="mailto:edd@debian.org" target="_blank">edd@debian.org</a><br>
</blockquote></div>
</blockquote></div>