<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<blockquote style="margin-top:0;margin-bottom:0">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<b style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; font-style: inherit; font-variant-ligatures: inherit; font-variant-caps: inherit;">From:</b><span style="font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, sans-serif;"> Dirk Eddelbuettel
 <edd@debian.org></span><br>
</div>
<div>
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>Sent:</b> Thursday, May 6, 2021 8:42 AM</font>
<div> </div>
</div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt">
<div class="PlainText">On 6 May 2021 at 10:45, Iņaki Ucar wrote:<br>
| > The full output is here: <a href="https://github.com/akoyabio/rtree/runs/2502841486?check_suite_focus=true">
https://github.com/akoyabio/rtree/runs/2502841486?check_suite_focus=true</a><br>
| > The message says "See below..." but there is nothing below?<br>
| <br>
| Below I see this:<br>
| <br>
| * checking whether package 'rtree' can be installed ... WARNING<br>
| Found the following significant warnings:<br>
| <br>
|   D:/a/_temp/Library/BH/include/boost/geometry/index/detail/varray_detail.hpp:544:13:<br>
| warning: 'void* memcpy(void*, const void*, size_t)' writing to an<br>
| object of type 'struct std::pair<boost::geometry::model::point<double,<br>
| 2, boost::geometry::cs::cartesian>, unsigned int>' with no trivial<br>
| copy-assignment; use copy-assignment or copy-initialization instead<br>
| [-Wclass-memaccess]<br>
| <br>
| And even more details if you download the artifacts of your build and<br>
| review that file. So it's a Boost thing, and there's probably nothing<br>
| you can do about it beyond talking to CRAN. There are packages on CRAN<br>
| with these warnings.</div>
</span></font></div>
</div>
</blockquote>
<div>
<div class="PlainText"><br>
</div>
</div>
<div class="PlainText"><span style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:14.6667px;background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important">Thank you</span><span style="margin:0px;font-size:14.6667px;color:rgb(0, 0, 0);background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important"><span style="margin:0px"> </span>Iņaki<span style="margin:0px"> for
 pointing me to the actual warning. With some digging I have found the cause but not the solution.</span></span><br>
</div>
<div class="PlainText"><span style="margin:0px;font-size:14.6667px;color:rgb(0, 0, 0);background-color:rgb(255, 255, 255);display:inline !important"><span style="margin:0px"><br>
</span></span></div>
<div class="PlainText"><font color="#000000"><span style="font-size: 14.6667px;">This warning is disabled via #pragma in boost/container/detail/copy_move_algo.hpp; the changeset (from Sept 2018) is here:</span></font></div>
<div class="PlainText"><font color="#000000"><span style="font-size: 14.6667px;"><a href="https://github.com/boostorg/container/commit/6504af87080ec0f5193e0cd623795dedc4a5d9c3" id="LPlnk">https://github.com/boostorg/container/commit/6504af87080ec0f5193e0cd623795dedc4a5d9c3</a><br>
</span></font></div>
<div class="_Entity _EType_OWALinkPreview _EId_OWALinkPreview _EReadonly_1"></div>
<div class="PlainText"><font color="#000000"><br>
</font></div>
<div class="PlainText"><font color="#000000"><span style="font-size: 11pt;">In the BH package, these #pragmas have been commented out here:</span></font></div>
<div class="PlainText"><font color="#000000"><a href="https://github.com/eddelbuettel/bh/commit/54182166369ef0ac1e7a58ef331afc02f1c5dd2c" id="LPlnk"><span style="font-size: 11pt;">https://github.com/eddelbuettel/bh/commit/54182166369ef0ac1e7a58ef331afc02f1c5dd2c</span></a><br>
</font></div>
<div><span style="font-size: 11pt;">which then causes my code to emit the warnings.</span></div>
<div><br>
</div>
<div><span style="font-size: 11pt;">I'm not sure how to proceed. I can try submitting to CRAN with an explanation of the warnings. ISTM it would be better for {BH} to be submitted with the #pragmas in place; then there is just one fix and one exception, rather
 than the possibility of multiple packages having this issue. Dirk, do you have any recommendation?</span></div>
<div class="_Entity _EType_OWALinkPreview _EId_OWALinkPreview_1 _EReadonly_1"></div>
<blockquote style="margin-top:0;margin-bottom:0">
<div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt">
<div class="PlainText"><br>
But for me it actually failed to build at<br>
 - RHub<br>
 - win-builder r-release<br>
 - win-builder r-devel<br>
when I submitted an unchanged tarball (with me as maintainer to get the result). <br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</blockquote>
<div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt">
<div class="PlainText"><br>
</div>
<div class="PlainText">When I submit to RHub and build on "Windows Server 2008 R2 SP1, R-release, 32/64 bit" I get the same errors as I see on GitHub and local builds. I did not try win-builder.</div>
<div class="PlainText"><br>
</div>
</span></font></div>
</div>
<blockquote style="margin-top:0;margin-bottom:0">
<div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt">
<div class="PlainText">So there may be more going on.  Could just be a setup issue which happens at<br>
</div>
<div class="PlainText">RHub and win-builder.  But Boost Geometry may be a more dicey part of Boost.<br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</blockquote>
<div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt">
<div class="PlainText"><br>
</div>
<div class="PlainText">I think the commented-out #pragmas explain these warnings.</div>
</span></font></div>
</div>
<blockquote style="margin-top:0;margin-bottom:0">
<div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt">
<div class="PlainText"><br>
| > Running on my local Windows 10 PC I get this warning and a note:<br>
| ><br>
| > -- R CMD check results ---------------------------------------- rtree 0.2.0 ----<br>
| > Duration: 1m 2.2s<br>
| ><br>
| > > checking whether package 'rtree' can be installed ... WARNING<br>
| >   See below...<br>
| ><br>
| > > checking compiled code ... NOTE<br>
| >   Note: information on .o files for x64 is not available<br>
| >   File 'C:/Research/rtree.Rcheck/rtree/libs/x64/rtree.dll':<br>
| >     Found 'abort', possibly from 'abort' (C), 'runtime' (Fortran)<br>
| >     Found 'exit', possibly from 'exit' (C), 'stop' (Fortran)<br>
| >     Found 'printf', possibly from 'printf' (C)<br>
| <br>
| This is problably a false positive.<br>
<br>
</div>
<div class="PlainText">Maybe. Maybe not. It does not seem to reproduce on Linux.<br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</blockquote>
<div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt">
<div class="PlainText"><br>
</div>
<div class="PlainText">I think this is a false positive, there are other reports of this on Stack Overflow. </div>
<div class="PlainText"><br>
</div>
<div class="PlainText">Thank you both for your help, any suggestions on the best way to proceed are very welcome.</div>
<div class="PlainText"><br>
</div>
<div class="PlainText">Kent</div>
</span></font></div>
</div>
</body>
</html>