<div dir="ltr"><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px">--- re-building ‘lolog-ergm.Rmd’ using rmarkdown<br>Quitting from lines 69-75 (lolog-ergm.Rmd)<br>Error: processing vignette 'lolog-ergm.Rmd' failed with diagnostics:<br>unimplemented type (28) in 'duplicate'<br></blockquote><div><br></div><div>I don't believe there is a type (*SXP) 28 in R.  This could be due to memory misuse.</div>Have you tried running the R code in lolog-ergm.Rmd (and your unit tests) in R<div>after setting gctorture(TRUE)?<div><br><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">Bill Dunlap<br>TIBCO Software<br>wdunlap <a href="http://tibco.com" target="_blank">tibco.com</a></div></div><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Tue, Jan 8, 2019 at 1:31 PM Fellows, Ian <<a href="mailto:ian.fellows@stat.ucla.edu">ian.fellows@stat.ucla.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"> <br>
Hi All,  <br>
<br>
I have a package ( <a href="https://github.com/statnet/lolog" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/statnet/lolog</a> | <a href="https://cran.r-project.org/web/packages/lolog/index.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://cran.r-project.org/web/packages/lolog/index.html</a> ) that makes extensive use of Rcpp modules and passes module objects up and down between R and C++ regularly. I’ve used the package extensively in large simulation studies, and analyses where it has been stable.<br>
<br>
However, I have become aware of an intermittent failure to re-build the vignettes during R CMD check. I’ve only ever encountered the issue during check. Every once in a while I get WARNINGS like the following:<br>
<br>
<br>
-------<br>
<br>
* checking re-building of vignette outputs ... WARNING<br>
Error(s) in re-building vignettes:<br>
  ...<br>
--- re-building ‘lolog-ergm.Rmd’ using rmarkdown<br>
Quitting from lines 69-75 (lolog-ergm.Rmd)<br>
Error: processing vignette 'lolog-ergm.Rmd' failed with diagnostics:<br>
unimplemented type (28) in 'duplicate'<br>
<br>
--- failed re-building ‘lolog-ergm.Rmd’<br>
<br>
--- re-building ‘lolog-introduction.Rmd’ using rmarkdown<br>
--- finished re-building ‘lolog-introduction.Rmd’<br>
<br>
SUMMARY: processing the following file failed:<br>
  ‘lolog-ergm.Rmd’<br>
<br>
Error: Vignette re-building failed.<br>
Execution halted<br>
<br>
-------<br>
<br>
or<br>
<br>
-------<br>
<br>
* checking re-building of vignette outputs ... [336s/452s] WARNING<br>
Error(s) in re-building vignettes:<br>
  ...<br>
--- re-building ‘lolog-ergm.Rmd’ using rmarkdown<br>
--- finished re-building ‘lolog-ergm.Rmd’<br>
<br>
--- re-building ‘lolog-introduction.Rmd’ using rmarkdown<br>
Quitting from lines 355-381 (lolog-introduction.Rmd) <br>
Error: processing vignette 'lolog-introduction.Rmd' failed with diagnostics:<br>
cannot coerce type 'environment' to vector of type 'any'<br>
--- failed re-building ‘lolog-introduction.Rmd’<br>
<br>
SUMMARY: processing the following file failed:<br>
  ‘lolog-introduction.Rmd’<br>
<br>
Error: Vignette re-building failed.<br>
Execution halted<br>
<br>
-------<br>
<br>
<br>
I’ve attempted to isolate the problem to something of a smaller but have thus far been unsuccessful. Since this only happens occasionally, I thought it might have something to do with how I’m passing objects up and down ( see for example: <a href="https://github.com/statnet/lolog/blob/master/inst/include/Model.h#L89" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/statnet/lolog/blob/master/inst/include/Model.h#L89</a> and <a href="https://github.com/statnet/lolog/blob/master/inst/include/util.h#L29" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/statnet/lolog/blob/master/inst/include/util.h#L29</a> ), but that is just a shot in the dark.<br>
<br>
Does anyone have any insight as to how i might be able to better debug this or intuitions about what could be the cause? Is it possible to get a stack trace when rebuilding the vignettes?<br>
<br>
My apologies for the lack of a simple reproducible example.<br>
<br>
Sincerely,<br>
Ian Fellows<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Rcpp-devel mailing list<br>
<a href="mailto:Rcpp-devel@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">Rcpp-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcpp-devel" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcpp-devel</a></blockquote></div>