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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I am developing a simulation model in C++ and I want to expose it to R for testing. The model is in a C++ class and uses the boost::odeint library for numerical integration. I am also using an unordered_map to expose
the model variables to the user. <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I am having some trouble exposing the class functionality to C++, either as separate // [[Rcpp::export]] methods or using RCPP_MODULE. The following code successfully instantiates the model and returns the unordered_map
but crashes Rcpp if I try to access the advance(t,dt) method.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"># sample code embedded in an R script<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">library(Rcpp)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"='-I"C:/boost/boost_1_66_0"')<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">sourceCpp(code='<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> #include <unordered_map><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> #include <string><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> #define BOOST_CONFIG_SUPPRESS_OUTDATED_MESSAGE<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> #include <boost/numeric/odeint.hpp><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> #include <Rcpp.h><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // Enable C++11 via this plugin (Rcpp 0.10.3 or later)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // [[Rcpp::plugins(cpp11)]]<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> using namespace std;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> using namespace boost::numeric::odeint;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> using namespace Rcpp;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> class spring{<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> public:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // unordered_map gives user efficient access to variables by name<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // https://stackoverflow.com/questions/8483985/obtaining-list-of-keys-and-values-from-unordered-map<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // will be more efficient if we intelligently reserve storage for the map at construction time<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // https://stackoverflow.com/questions/15135900/how-to-pass-a-mapdouble-t-from-c-to-r-with-rcpp<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> unordered_map< string , double > variable;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> private:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // declare state_type and system_time<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> typedef boost::array< double , 3 > state_type;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> double system_time;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> const int system_variables = 12; // number of variables available to user<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // declare boost::odeint stepper<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> typedef runge_kutta4< state_type > stepper_type;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> stepper_type stepper;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // state variables<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> double time;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> double xd;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> double x;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // constants<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> const double k = 0.12;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> const double a = 1.0;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> const double w = 1.0;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> const double g = 9.81;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> const double mass = 0.03;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> const double xdic = 0.0;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> const double xic = 0.0;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // other variables<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> double xdd = -999;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> public:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // constructor<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> spring(){<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // reserve buckets to minimise storage and avoid rehashing<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // note: only need variables the user needs to set or get<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> variable.reserve( system_variables );<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> void initialise_model( double a_system_time ){<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // initialise system time<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> system_time = a_system_time;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // initial calculations<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // initial conditions<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> time = 0.0;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> xd = xdic;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> x = xic;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> void pull_variables_from_model(){<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // generic system property<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> variable["system_time"] = system_time;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // state variables<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> variable["time"] = time;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> variable["xd"] = xd;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> variable["x"] = x;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // constants<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> variable["k"] = k;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> variable["a"] = a;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> variable["w"] = w;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> variable["g"] = g;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> variable["mass"] = mass;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> variable["xdic"] = xdic;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> variable["xic"] = xic;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // other variables<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> variable["xdd"] = xdd;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> void push_variables_to_model(){<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // generic system property<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> system_time = variable["system_time"];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // state variables<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> time = variable["time"];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> xd = variable["xd"];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> x = variable["x"];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // constants (cant change these)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // k = variable["k"];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // a = variable["a"];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // w = variable["w"];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // g = variable["g"];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // mass = variable["mass"];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // xdic = variable["xdic"];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // xic = variable["xic"];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // other variables<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> xdd = variable["xdd"];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> private:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> state_type get_state(){<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> state_type a_state;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // return current state<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> a_state[0] = time;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> a_state[1] = xd;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> a_state[2] = x;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> return( a_state );<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> void set_state( state_type a_state ){<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // set state<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> time = a_state[0];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> xd = a_state[1];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> x = a_state[2];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> public:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> void calculate_rate(){<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // calculations<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> xdd = ( mass * g - k * xd - a * x ) / mass;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> public:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // called by boost::odeint::integrate()<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> void operator()( const state_type &a_state , state_type &a_rate, double a_time ){<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // set state<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> system_time = a_time;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> time = a_state[0];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> xd = a_state[1];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> x = a_state[2];<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // calculate rate<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> calculate_rate();<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // return rate<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> a_rate[0] = 1.0;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> a_rate[1] = xdd;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> a_rate[2] = xd;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> void advance( const double end_time , const double time_step ){<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> double a_time;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> state_type a_state;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> a_time = system_time;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> a_state = get_state();<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // https://stackoverflow.com/questions/10976078/using-boostnumericodeint-inside-the-class<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> integrate_const( stepper , *this , a_state, a_time , end_time , time_step );<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> system_time = end_time;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> set_state( a_state );<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> calculate_rate();<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }; // end class spring_type<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> spring my_spring;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // https://stackoverflow.com/questions/34181135/converting-an-stdmap-to-an-rcpplist<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // [[Rcpp::export]]<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> void initialise_model( double t ){<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> my_spring.initialise_model( t );<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // [[Rcpp::export]]<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> void pull_variables_from_model(){<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> my_spring.pull_variables_from_model();<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // [[Rcpp::export]]<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> NumericVector get_spring_variables(){<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> NumericVector my_vector;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> my_vector = my_spring.variable; // coerces unordered_map to named vector<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> return my_vector;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // whenever I try to expose the advance method I get an error<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // // [[Rcpp::export]]<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // void advance( double t , double dt ){<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // my_spring.advance( t , dt );<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> int main(){<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> // do nothing<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> }<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> ') # end of sourceCpp<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"># instantiate and query the model<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">initialise_model(0)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">pull_variables_from_model()<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">x <- get_spring_variables()<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">print(x) # this all works.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"># I now want to do this<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">advance( 1 , 0.1)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">pull_variables_from_model()<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">x <- get_spring_variables() # is this necessary?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">print(x)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"># end of R script<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Thank you<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-NZ"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><b><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-NZ">Simon Woodward</span></b><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-NZ"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="color:black;mso-fareast-language:EN-NZ">Senior Scientist (Mathematical Modelling)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><b><i><span style="font-size:16.0pt;color:black;mso-fareast-language:EN-NZ">Dairy</span></i></b><b><i><span style="font-size:16.0pt;color:#33CC33;mso-fareast-language:EN-NZ">NZ</span></i></b><i><span style="font-size:16.0pt;color:black;mso-fareast-language:EN-NZ"><o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.0pt;color:black;mso-fareast-language:EN-NZ">Cnr Ruakura & Morrinsville Roads | Newstead | Private Bag 3221| Hamilton 3240 | NEW ZEALAND<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.0pt;color:black;mso-fareast-language:EN-NZ">Ph +64 7 858 3750 | DDI +64 7 858 3787 | Fax +64 7 858 3751<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:8.0pt;color:black;mso-fareast-language:EN-NZ">Web
<a href="http://www.dairynz.co.nz/"><span style="color:blue">www.dairynz.co.nz</span></a> |
</span><u><span style="font-size:8.0pt;color:blue;mso-fareast-language:EN-NZ"><a href="http://www.godairy.co.nz/"><span style="color:blue">www.GoDairy.co.nz</span></a></span></u><span style="font-size:8.0pt;color:black;mso-fareast-language:EN-NZ"> |
<a href="http://www.getfresh.co.nz/"><span style="color:blue">www.getfresh.co.nz</span></a>
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p> </o:p></span></p>
</div>
</body>
</html>