
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">

<p>Hello!</p>

<p><br>

</p>

<p>I am trying to create a package that uses Rcpp to translate code from SeqLib ( <a href="https://github.com/walaj/SeqLib" class="OWAAutoLink" id="LPlnk631341" previewremoved="true">https://github.com/walaj/SeqLib</a>) into R. I have compiled SeqLib but, I

 still have problems referencing the function definitions. The current structure of my R package is shown here: <a href="https://github.com/KhagayN/SeqLibr" class="OWAAutoLink" id="LPlnk169672" previewremoved="true">https://github.com/KhagayN/SeqLibr</a></p>

<p><br>

</p>

<p>My makevars links to the location of the header files and to the static libraries. To my understanding, the header files linked via PKG_CXXFLAGS point to the header files and PKG_LIBS points to the static libraries. Then, in rcpp_hello_world.cpp, I reference

 a function called Open within the FastqReader class within the SeqLib namespace but, when I run load_all() I get an effor saying:</p>

<p><br>

</p>

<p>Error in dyn.load(dllfile);</p>

<p>   unable to load shared object 'subsetSeqLib.so': undefined symbol: _ZN6SeqLib11FastqReader40OpenERKSs, which references that Open function from FastqReader. I don't understand why this is happening since I am linked to the static libraries that have the

 definition of that function.</p>

<p><br>

</p>

<p>Thanks for all the help. </p>

<br>

<br>

</div>

</body>

</html>