<div dir="ltr"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">(I guess one downside of Rcpp modules is the use of external pointers, which implies they do not serialize / deserialize well?)</blockquote><div><br></div><div>I think not at all, unless you can force the same memory location for a new R session and everything it loads. This is documented in the Rcpp-modules vignette -- I tried it anyway, and it crashed my R session. :)</div><div> </div><div class="gmail_extra">Best,<br clear="all"><div><div class="m_3789608544587261975gmail_signature"><div>--</div>Hao Ye<br><a href="mailto:hye@ucsd.edu" target="_blank">hye@ucsd.edu</a></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 29, 2016 at 11:02 AM, Kevin Ushey <span dir="ltr"><<a href="mailto:kevinushey@gmail.com" target="_blank">kevinushey@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div>
<div dir="ltr">To be brief -- Rcpp modules are effectively in maintenance mode at this point; we don't plan to extend / improve modules beyond resolving issues if and when they come up. We did get to the bottom of the posted issue -- R packages that use modules
 need to import the whole Rcpp namespace.
<div><br>
</div>
<div>I'm not quite sure what the parallel between reference classes and modules are here -- Rcpp modules allow you to basically expose C++ classes to R with a relatively minimal amount of boilerplate; of course you can write your own R functions (maybe as part
 of a reference class) to do the same, but the techniques are in the end different.</div>
<div><br>
</div>
<div>In sum, I think Rcpp modules are more geared towards developers who are primarily C++ programmers who just want a super-simple way to expose a C++ class to R; other methods are going to lean towards being more R-centric. I can't really call one method
 'better' or 'worse'; they're just different. (I guess one downside of Rcpp modules is the use of external pointers, which implies they do not serialize / deserialize well?)</div><span class="m_3789608544587261975gmail-HOEnZb"><font color="#888888">
<div><br>
</div>
</font></span><div><span class="m_3789608544587261975gmail-HOEnZb"><font color="#888888">Kevin<br>
</font></span><div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote"><span class="m_3789608544587261975gmail-">On Mon, Nov 28, 2016 at 8:40 PM, Christian Gunning <span dir="ltr">
<<a href="mailto:xian@unm.edu" target="_blank">xian@unm.edu</a>></span> wrote:<br>
</span><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span class="m_3789608544587261975gmail-">
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>Dear List,<br>
<br>
</div>
The following is a general request for advice / comment on modern Rcpp development best-practices for package & class development. I looked over the Rcpp gallery, and didn't see anything obvious that answers my questions  - perhaps this discussion could serve
 as a prototype for a new post?<br>
</div>
<br>
</div>
<div>## Background<br>
<br>
</div>
I've used Rcpp modules for several projects where in-place modification was required for performance reasons. I like the interface - it encourages clean code, and yields a nice mix of performance and encapsulation.<br>
<br>
In the past, the lack of serialization has been a minor annoyance. Honestly, it's not something I need, but I dislike having invalid objects in the work-space after a quit/restart. I've spent a little time thinking about work-arounds, which essentially boil
 down to moving back and forth from an R list object.<br>
<br>
</div>
<div>Looking towards the future, I also looked at the recent Rcpp dev history. It looks like modules has had some maintenance issues - for example, the last edits there (i..e, PR 454) were reverted due to Windows toolchain issues (i.e.,
<a href="https://github.com/RcppCore/Rcpp/issues/463" target="_blank">https://github.com/RcppCore/Rc<wbr>pp/issues/463</a>).  From my outside perspective, it appears that the modules code is A) hard, and B) not a current dev priority.<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>## A possible alternative: RefClass<br>
</div>
<div><br>
I'm able to achieve similar behavior (in-place modification using named methods, relatively tidy code) using a combination of R RefClasses and Rcpp attributes. This solves the issue of serialization, and yields reasonably clean code. This has the added benefit
 of allowing easy mixing of R and C++ code in class methods.  <br>
<br>
>From a user perspective, RefClass methods are a nice place for Rcpp functions that modify args in-place, since RefClass implies side-effects. And, in terms of style, if all C++ method functions return void, and have const-correct arglists, then the C++ function
 signatures provide something of a interface spec.<br>
<br>
</div>
<div>Minimal example: <br>
<a href="https://gist.github.com/helmingstay/17d5d9f241c4170a29d1681db0111065" target="_blank">https://gist.github.com/helmin<wbr>gstay/17d5d9f241c4170a29d1681d<wbr>b0111065</a><br>
<br>
<div><br>
## Summary of observations:<br>
</div>
<div><br>
* RefClass + attributes achieves similar outcomes to Rcpp modules, with somewhat better support (serialization, documentation, future?).<br>
</div>
<br>
* Unique to Rcpp modules is the ability to auto-magically generate RefClass-like R bindings for existing C++ class-based code.<br>
<br>
* For "mere mortals", Rcpp modules now look less attractive for routine use, given available alternatives (i.e. for anything but binding auto-generation)<br>
<br>
<br>
</div>
<div>## Questions: <br>
<br>
</div>
<div>A) Any obvious problems with the above observations?<br>
</div>
<div><br>
B) Are there any *gotchas* with using Rcpp "modify-in-place" functions inside RefClass methods?<br>
</div>
<div><br>
C) Is anyone else doing this? Any suggested improvements on the above?<br>
<br>
</div>
<div>Thanks much,<br>
</div>
<div>Christian Gunning<span class="m_3789608544587261975gmail-m_-4497807759398721797HOEnZb"><font color="#888888"><br>
-- <br>
<div class="m_3789608544587261975gmail-m_-4497807759398721797m_-6766626213036231857gmail_signature">A man, a plan, a cat, a ham, a yak, a yam, a hat, a canal – Panama!</div>
</font></span></div>
</div>
</div>
</div>
<br></span><span class="m_3789608544587261975gmail-">
______________________________<wbr>_________________<br>
Rcpp-devel mailing list<br>
<a href="mailto:Rcpp-devel@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">Rcpp-devel@lists.r-forge.r-pro<wbr>ject.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcpp-devel" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-projec<wbr>t.org/cgi-bin/mailman/listinfo<wbr>/rcpp-devel</a><br>
</span></blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div></div>