<div dir="ltr">Hello,<div>I'm trying to compile dplyr on Solaris 11.2</div><div><div>pkg://solaris/entire@0.5.11,5.11-0.175.2.15.0.5.1:20151026T231525Z</div></div><div><br></div><div><br></div><div><div>> install.packages("dplyr");</div><div>trying URL '<a href="http://cran.uni-muenster.de/src/contrib/dplyr_0.4.3.tar.gz">http://cran.uni-muenster.de/src/contrib/dplyr_0.4.3.tar.gz</a>'</div><div>Content type 'application/x-gzip' length 655997 bytes (640 KB)</div><div>==================================================</div><div>downloaded 640 KB</div><div><br></div><div>* installing *source* package 'dplyr' ...</div><div>** package 'dplyr' successfully unpacked and MD5 sums checked</div><div>** libs</div><div>/opt/solarisstudio12.4/bin/CC -m64 -I/usr/local/R/include -DNDEBUG -I../inst/include -DCOMPILING_DPLYR  -I"/usr/local/R/library/Rcpp/include" -I"/usr/local/R/library/BH/include"   -KPIC  -xO3 -m64 -std=c++03 -g  -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o</div><div>"/usr/local/R/library/Rcpp/include/Rcpp/Interrupt.h", line 60: Warning (Anachronism): Using void(*)(void*) to initialize extern "C" void(*)(void*).</div><div>"/usr/local/R/library/Rcpp/include/Rcpp/String.h", line 67: Warning: enc hides Rcpp::String::enc.</div><div>"/usr/local/R/library/Rcpp/include/Rcpp/String.h", line 81: Warning: enc hides Rcpp::String::enc.</div><div>"/usr/local/R/library/Rcpp/include/Rcpp/String.h", line 95: Warning: enc hides Rcpp::String::enc.</div><div>"/usr/local/R/library/Rcpp/include/Rcpp/String.h", line 107: Warning: enc hides Rcpp::String::enc.</div><div>"/usr/local/R/library/BH/include/boost/exception/exception.hpp", line 140: Error: The name exception is ambiguous, exception and Rcpp::exception.</div><div>"../inst/include/dplyr/Result/LazyGroupedSubsets.h", line 17: Warning: data hides dplyr::LazySubsets::data.</div><div>"../inst/include/dplyr/Result/LazyRowwiseSubsets.h", line 14: Warning: data hides dplyr::LazySubsets::data.</div><div>"../inst/include/dplyr/Collecter.h", line 303: Warning: levels hides dplyr::FactorCollecter::levels.</div><div>1 Error(s) and 8 Warning(s) detected.</div><div>*** Error code 2</div><div>make: Fatal error: Command failed for target `RcppExports.o'</div><div>ERROR: compilation failed for package 'dplyr'</div><div>* removing '/usr/local/R/library/dplyr'</div><div><br></div><div>The downloaded source packages are in</div><div>        '/tmp/RtmpUzD2NL/downloaded_packages'</div><div>Updating HTML index of packages in '.Library'</div><div>Making 'packages.html' ... done</div><div>Warning message:</div><div>In install.packages("dplyr") :</div><div>  installation of package 'dplyr' had non-zero exit status</div><div>></div></div><div><br></div><div><div>root@pkglt01 ~ [10:29:52]# more .Rprofile</div><div>local({</div><div> r <- getOption("repos")</div><div>r["CRAN"] <- "<a href="http://cran.uni-muenster.de/">http://cran.uni-muenster.de/</a>"</div><div>options(repos = r)</div><div>my.configure.args <- list(</div><div>"stringi" =</div><div>c("--disable-cxx11",</div><div> "--disable-pkg-config",</div><div>"--with-extra-libs='-lCrun'",</div><div>"--with-extra-libs='-lCstd'"</div><div>));</div><div>options("configure.args" = my.configure.args);</div><div>})</div></div><div><br></div><div><div>root@pkglt01 ~ [10:29:55]# cat .Renviron</div><div>options(<a href="http://internet.info">internet.info</a> = 0)</div><div>TERM=vt220<br></div><div>TAR=/usr/bin/tar</div><div>R_UNZIPCMD=/usr/bin/unzip</div><div>R_ZIPCMD=/usr/bin/zip</div><div>MAKE=/usr/bin/make</div><div>LD_LIBRARY_PATH=/lib:/usr/lib:/opt/solarisstudio12.4/lib/:/usr/local/R/lib:/lib:/usr/local/lib:/usr/gcc/4.8/lib/</div><div>PAGER=/usr/bin/less</div><div>R_BZIPCMD=/usr/bin/bzip2</div><div>R_GZIPCMD=/usr/bin/gzip</div><div>CXXFLAGS = -xO3 -m64 -std=c++03</div><div>CXX1XFLAGS = -xO3 -m64 -std=c++11</div><div>SHLIB_CXXLDFLAGS = -G -lstdc++ -lgcc_s -lCrunG3 -lrt -lm -lc</div><div>SHLIB_CXX1XLDFLAGS = -G -lstdc++ -lgcc_s -lCrunG3 -lrt -lm -lc</div><div>LDFLAGS = -norunpath -m64 -KPIC -DPIC -lc -L/opt/solarisstudio12.4/lib/sparcv9  -R/opt/solarisstudio12.4/lib/sparcv9 -lsunperf -lfsu -lmtsk -lpicl -lkstat -L/usr/local/R/lib -R/usr/local/R/lib -L/usr/include/openssl -R/usr/include/openssl -L/usr/include/openssl/fips-140 -R/usr/include/openssl/fips-140 -L/usr/gcc/4.8/lib -R/usr/gcc/4.8/lib</div><div>CC = /opt/solarisstudio12.4/bin/cc -xc99 -m64</div><div>CXX = /opt/solarisstudio12.4/bin/CC -m64</div></div><div><br></div><div><div>root@pkglt01 ~ [10:33:39]# cat /usr/local/R/etc/Makeconf</div><div># etc/Makeconf.  Generated from Makeconf.in by configure.</div><div>#</div><div># ${R_HOME}/etc/Makeconf</div><div>#</div><div># R was configured using the following call</div><div># (not including env. vars and site configuration)</div><div># configure  '--enable-R-shlib' '--with-blas=-xlic_lib=sunperf -lsunmath ' '--with-lapack' '--with-tcltk=no' '--with-ICU=no' '--enable-prebuilt-html' '--with-cairo' '--with-internal-tzcode' '--disable-long-double' 'CC=/opt/SunProd/studio12u3/solarisstudio12.3/bin/cc -xc99 -m64' 'CXX=/opt/SunProd/studio12u3/solarisstudio12.3/bin/CC -m64' 'F77=/opt/SunProd/studio12u3/solarisstudio12.3/bin/f95 -m64' 'FC=/opt/SunProd/studio12u3/solarisstudio12.3/bin/f95 -m64' 'CFLAGS=-xlibmieee -DLINK_SIZE=2' 'CPPFLAGS=</div><div><br></div><div>## This fails if it contains spaces, or if it is quoted</div><div>include $(R_SHARE_DIR)/make/<a href="http://vars.mk">vars.mk</a></div><div><br></div><div>AR = ar</div><div>## Used by packages 'maps' and 'mapdata'</div><div>AWK = gawk</div><div>BLAS_LIBS = -xlic_lib=sunperf -lsunmath</div><div>C_VISIBILITY =</div><div>CC = /opt/solarisstudio12.4/bin/cc -xc99 -m64</div><div>CFLAGS = -O -xlibmieee -DLINK_SIZE=2 $(LTO)</div><div>CPICFLAGS = -KPIC</div><div>CPPFLAGS =</div><div>CXX = /opt/solarisstudio12.4/bin/CC -m64</div><div>CXXCPP = $(CXX) -E</div><div>CXXFLAGS = -xO3 -m64 -std=c++03 -g $(LTO)</div><div>CXXPICFLAGS = -KPIC</div><div>CXX1X =</div><div>CXX1XFLAGS = -xO3 -m64 -std=c++11</div><div>CXX1XPICFLAGS =</div><div>CXX1XSTD =</div><div>DYLIB_EXT = .so</div><div>DYLIB_LD = $(CC)</div><div>DYLIB_LDFLAGS = -G -xopenmp# $(CFLAGS) $(CPICFLAGS)</div><div>DYLIB_LINK = $(DYLIB_LD) $(DYLIB_LDFLAGS) $(LDFLAGS)</div><div>ECHO = echo</div><div>ECHO_C =</div><div>ECHO_N = -n</div><div>ECHO_T =</div><div>## NB, set FC before F77 as on Solaris make, setting FC sets F77</div><div>FC = /opt/solarisstudio12.4/bin/f95 -m64</div><div>FCFLAGS = -O -g $(LTO)</div><div>## additional libs needed when linking with $(FC), e.g. on Solaris</div><div>FCLIBS = -lfai -lfsu</div><div>F77 = /opt/solarisstudio12.4/bin/f95 -m64</div><div>F77_VISIBILITY =</div><div>FFLAGS = -O -g $(LTO)</div><div>FLIBS =  -lifai -lsunimath -lfai -lfai2 -lfsumai -lfprodai -lfminlai -lfmaxlai -lfminvai -lfmaxvai -lfui -lfsu -lsunmath -lmtsk -lm</div><div>FCPICFLAGS = -PIC</div><div>FPICFLAGS = -PIC</div><div>FOUNDATION_CPPFLAGS =</div><div>FOUNDATION_LIBS =</div><div>JAR = /usr/jdk/instances/jdk1.8.0/bin/jar</div><div>JAVA = /usr/jdk/instances/jdk1.8.0/jre/bin/java</div><div>JAVAC = /usr/jdk/instances/jdk1.8.0/bin/javac</div><div>JAVAH = /usr/jdk/instances/jdk1.8.0/include</div><div>## JAVA_HOME might be used in the next three.</div><div>## They are for packages 'JavaGD' and 'rJava'</div><div>JAVA_HOME = /usr/jdk/instances/jdk1.8.0</div><div>JAVA_CPPFLAGS = -I/usr/jdk/instances/jdk1.8.0/include -I/usr/jdk/instances/jdk1.8.0/include/solaris</div><div>JAVA_LIBS = -L/usr/jdk/instances/jdk1.8.0/jre/lib -L/usr/jdk/instances/jdk1.8.0/lib -L/usr/jdk/instances/jdk1.8.0/db/lib</div><div>JAVA_LD_LIBRARY_PATH =</div><div>LAPACK_LIBS =</div><div>## we only need this is if it is external, as otherwise link to R</div><div>LIBINTL=</div><div>LIBM = -lm</div><div>LIBR0 = -L$(R_HOME)/lib$(R_ARCH)</div><div>LIBR1 = -lR</div><div>LIBR = -L$(R_HOME)/lib$(R_ARCH) -lR</div><div>LIBS =  -lnsl -lsocket -lrt -lsunmath -ldl -lm -liconv -lncurses -lreadline -lbz2</div><div>## needed by R CMD config</div><div>LIBnn = lib</div><div>LIBTOOL = $(SHELL) "$(R_HOME)/bin/libtool"</div><div>#LDFLAGS =</div><div>LDFLAGS = -norunpath -m64 -KPIC -DPIC -lc -L/opt/solarisstudio12.4/lib/sparcv9  -R/opt/solarisstudio12.4/lib/sparcv9 -lsunperf -lfsu -lmtsk -lpicl -lkstat -L/usr/local/R/lib -R/usr/local/R/lib</div><div>LTO =</div><div>## needed to build applications linking to static libR</div><div>MAIN_LD = $(CC)</div><div>MAIN_LDFLAGS = -xopenmp</div><div>MAIN_LINK = $(MAIN_LD) $(MAIN_LDFLAGS) $(LDFLAGS)</div><div>MKINSTALLDIRS = $(R_HOME)/bin/mkinstalldirs</div><div>OBJC =</div><div>OBJCFLAGS = -g -O2 $(LTO)</div><div>OBJC_LIBS =</div><div>OBJCXX =</div><div>R_ARCH =</div><div>RANLIB = ranlib</div><div>SAFE_FFLAGS = -g</div><div>SED = /usr/xpg4/bin/sed</div><div>SHELL = /bin/bash</div><div>SHLIB_CFLAGS =</div><div>SHLIB_CXXFLAGS =</div><div>SHLIB_CXXLD = $(CXX)</div><div>SHLIB_CXXLDFLAGS = -G -lstdc++ -lgcc_s -lCrunG3 -lrt -lm -lc</div><div>SHLIB_CXX1XLD = $(CXX1X) $(CXX1XSTD)</div><div>SHLIB_CXX1XLDFLAGS = -G -lstdc++ -lgcc_s -lCrunG3 -lrt -lm -lc</div><div>SHLIB_EXT = .so</div><div>SHLIB_FCLD = $(FC)</div><div>SHLIB_FCLDFLAGS = -G</div><div>SHLIB_FFLAGS =</div><div>SHLIB_LD = $(CC)</div><div>SHLIB_LDFLAGS = -G# $(CFLAGS) $(CPICFLAGS)</div><div>SHLIB_LIBADD =</div><div>## We want to ensure libR is picked up from $(R_HOME)/lib</div><div>## before e.g. /usr/local/lib if a version is already installed.</div><div>SHLIB_LINK = $(SHLIB_LD) $(SHLIB_LDFLAGS) $(LIBR0) $(LDFLAGS)</div><div>SHLIB_OPENMP_CFLAGS = -xopenmp</div><div>SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS = -xopenmp</div><div>SHLIB_OPENMP_FCFLAGS = -xopenmp</div><div>SHLIB_OPENMP_FFLAGS = -xopenmp</div><div>STRIP_LIBS =</div><div>STRIP_STATIC_LIBS =</div><div>TCLTK_CPPFLAGS =</div><div>TCLTK_LIBS =</div><div>YACC = bison -y</div><div><br></div><div>## for linking to libR.a</div><div>STATIC_LIBR = #  "$(R_HOME)/lib$(R_ARCH)/libR.a"  $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)  $(LIBINTL) -lreadline -lncurses  $(LIBS)</div><div><br></div><div>R_XTRA_CFLAGS =</div><div>R_XTRA_CPPFLAGS =  -I$(R_INCLUDE_DIR) -DNDEBUG</div><div>R_XTRA_CXXFLAGS =</div><div>R_XTRA_FFLAGS =</div><div><br></div><div>ALL_CFLAGS = $(R_XTRA_CFLAGS) $(PKG_CFLAGS) $(CPICFLAGS) $(SHLIB_CFLAGS) $(CFLAGS)</div><div>ALL_CPPFLAGS = $(R_XTRA_CPPFLAGS) $(PKG_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(CLINK_CPPFLAGS)</div><div>ALL_CXXFLAGS = $(R_XTRA_CXXFLAGS) $(PKG_CXXFLAGS) $(CXXPICFLAGS) $(SHLIB_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS)</div><div>ALL_OBJCFLAGS = $(PKG_OBJCFLAGS) $(CPICFLAGS) $(SHLIB_CFLAGS) $(OBJCFLAGS)</div><div>ALL_OBJCXXFLAGS = $(PKG_OBJCXXFLAGS) $(CXXPICFLAGS) $(SHLIB_CXXFLAGS) $(OBJCXXFLAGS)</div><div>ALL_FFLAGS = $(R_XTRA_FFLAGS) $(PKG_FFLAGS) $(FPICFLAGS) $(SHLIB_FFLAGS) $(FFLAGS)</div><div>## LIBR here as a couple of packages use this without SHLIB_LINK</div><div>ALL_LIBS = $(PKG_LIBS) $(SHLIB_LIBADD) $(LIBR)# $(LIBINTL)</div><div><br></div><div>.SUFFIXES:</div><div>.SUFFIXES: .c .cc .cpp .d .f .f90 .f95 .m .mm .M .o</div><div><br></div><div>.c.o:</div><div>        $(CC) $(ALL_CPPFLAGS) $(ALL_CFLAGS) -c $< -o $@</div><div>.c.d:</div><div>        @echo > $@</div><div>.m.d:</div><div>        @echo > $@</div><div>.cc.o:</div><div>        $(CXX) $(ALL_CPPFLAGS) $(ALL_CXXFLAGS) -c $< -o $@</div><div>.cpp.o:</div><div>        $(CXX) $(ALL_CPPFLAGS) $(ALL_CXXFLAGS) -c $< -o $@</div><div>.cc.d:</div><div>        @echo > $@</div><div>.cpp.d:</div><div>        @echo > $@</div><div>.m.o:</div><div>        $(OBJC) $(ALL_CPPFLAGS) $(ALL_OBJCFLAGS) -c $< -o $@</div><div>.mm.o:</div><div>        $(OBJCXX) $(ALL_CPPFLAGS) $(ALL_OBJCXXFLAGS) -c $< -o $@</div><div>.M.o:</div><div>        $(OBJCXX) $(ALL_CPPFLAGS) $(ALL_OBJCXXFLAGS) -c $< -o $@</div><div>.f.o:</div><div>        $(F77) $(ALL_FFLAGS) -c $< -o $@</div><div>.f95.o:</div><div>        $(FC) $(PKG_FCFLAGS) $(FCPICFLAGS) $(FCFLAGS) -c  $< -o $@</div><div>.f90.o:</div><div>        $(FC) $(PKG_FCFLAGS) $(FCPICFLAGS) $(FCFLAGS) -c  $< -o $@</div></div><div><br></div><div>/root/.bash_profile</div><div><div>JAVA_HOME="/usr/jdk/instances/jdk1.8.0"</div><div>JAVAH=${JAVA_HOME}/include</div><div>PATH="/opt/solarisstudio12.4/bin:${JAVA_HOME}/bin:$PATH:/usr/sfw/bin/:/usr/xpg4/bin:/usr/xpg6/bin:/usr/gnu/bin:/usr/local/maven/bin:/usr/gnu/bin:/usr/local/texlive20150523/bin/sparc-solaris"</div><div>R_LD_LIBRARY_PATH="/lib:/usr/lib:/opt/solarisstudio12.4/lib/:/usr/local/R/lib/:/usr/gcc/4.8/lib/:/usr/jdk/instances/jdk1.8.0/lib"</div><div>LD_LIBRARY_PATH="${R_LD_LIBRARY_PATH}:${LD_LIBRARY_PATH}"</div><div>PS1="\u@\h \w [\$(date +%k:%M:%S)]# "</div><div>R_HOME=/usr/local/R</div><div>#JAVA_LD_LIBRARY_PATH=${JAVA_HOME}/jre/lib:${JAVA_HOME}/lib:${JAVA_HOME}/db/lib</div><div>JAVA_CPPFLAGS="-I${JAVA_HOME}/include -I${JAVA_HOME}/include/solaris"</div><div>JAVA_LIBS="-L${JAVA_HOME}/jre/lib -L${JAVA_HOME}/lib -L${JAVA_HOME}/db/lib"</div><div>#JAVA_LIBS=/usr/jdk/instances/jdk1.8.0/include:/usr/jdk/instances/jdk1.8.0/include/solaris</div><div>export JAVA_HOME JAVAH PATH R_LD_LIBRARY_PATH LD_LIBRARY_PATH R_HOME JAVA_CPPFLAGS JAVA_LIBS</div></div><div><br></div><div>Any idea what should I fine tune also?</div><div>Thanks!</div><div><br></div></div>