<div dir="ltr">Dirk,<div><br></div><div><span style="color:rgb(80,0,80);font-family:arial,sans-serif;font-size:13.333333015441895px">Thanks for checking this out and suggesting </span><span style="color:rgb(80,0,80);font-family:arial,sans-serif;font-size:13.333333015441895px">that it is likely just my machine. </span><span style="color:rgb(80,0,80);font-family:arial,sans-serif;font-size:13.333333015441895px">After a successful build / run on travis cl, we've basically confirmed that my </span><span style="color:rgb(80,0,80);font-family:arial,sans-serif;font-size:13.333333015441895px">machine has the issue.</span></div>

<div><font color="#500050" face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#500050" face="arial, sans-serif">Thank you,</font></div><div><font color="#500050" face="arial, sans-serif">Edward<br></font><div><div class="gmail_extra">

<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 7, 2014 at 2:32 PM, Dirk Eddelbuettel <span dir="ltr"><<a href="mailto:edd@debian.org" target="_blank">edd@debian.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">

<br>
Edward,<br>
<div class=""><br>
On 7 May 2014 at 12:05, Edward Roualdes wrote:<br>
| I've narrowed down this R CMD CHECK warning all the way from my code (https://<br>
| <a href="http://github.com/roualdes/btf" target="_blank">github.com/roualdes/btf</a>) to RcppEigen.package.skeleton() to an even smaller<br>
| example.  Any thoughts / suggestsions to get rid of this warning which will<br>
| keep such packages off of CRAN are much appreciated.  Below are the steps to<br>
| recreate the warning and some details along the way.<br>
<br>
</div>Sorry, I think I read your email the wrong way in my first reply.<br>
<div class=""><br>
| > library(RcppEigen)<br>
| > RcppEigen.package.skeleton('abc')<br>
| ...<br>
| Warning message:                                                              <br>
|              <br>
| The following packages are referenced using Rcpp::depends attributes however<br>
| are not listed in the Depends and LinkingTo fields of the package DESCRIPTION<br>
| file: RcppEigen <br>
<br>
</div>That should be harmless.  You did cut off the messages showing that we DO<br>
added RcppEigen to Imports and LinkingTo.<br>
<br>
For the other warning, I see these chiefly as failures of the default<br>
package.skeleton() we wrap around: incomplete help pages etc pp, incomplete<br>
sections in help pages.<br>
<br>
The resulted page builds / checks for me (after fixing the one .Rd file's<br>
examples section).<br>
<br>
I too find it highly annoying that package.skeleton() creates packages with<br>
so many warnings. It would be worth replacing / enhancing, and if I have time<br>
and nothing more pressing to work on I may.<br>
<div class=""><br>
| As expected, installing $ R CMD INSTALL ~/Desktop/abc and functionality work<br>
| just fine.  But, running $ R CMD BUILD ~/Desktop/abc/ && R CMD CHECK ~/<br>
<br>
</div>Right.<br>
<div class=""><br>
| abc_1.0.tar.gz provides a number of easily fixed warnings, and then the<br>
| following of which I fail to understand.<br>
|<br>
| * checking compiled code ... WARNING<br>
| File ‘/Users/easy-e/Desktop/abc.Rcheck/abc/libs/abc.so’:<br>
|   Found ‘___assert_rtn’, possibly from ‘assert’ (C)<br>
|     Objects: ‘RcppExports.o’, ‘rcppeigen_hello_world.o’<br>
<br>
</div>Now that would be a real warning bug, and I don't have it with gcc / g++ 4.8.<br>
<div class=""><br>
| A similar problem comes up with the following code as the only file in a<br>
| package's src/ directory.<br>
|<br>
| #include <RcppEigen.h><br>
| // [[Rcpp::depends(RcppEigen)]]<br>
| // [[Rcpp::export]]<br>
| Rcpp::List len(const Eigen::VectorXd& y) {<br>
|   int n = y.size();<br>
|   return Rcpp::List::create(Rcpp::Named("n") = n);<br>
| }<br>
<br>
</div>As I showed you, that too builds without issue for me.<br>
<div class=""><br>
| An attempt to learn from other packages ( sparseLTSEigen / lme4) was made, but<br>
| I found no such luck. Please let me know what I can do to help.<br>
<br>
</div>I appreciate the offer for help.  Right now I don't have a reproducible<br>
problem for you to work on (apart from creating a new / better<br>
package.skeleton() or a post process for it...)<br>
<br>
Cheers, Dirk<br>
<div class=""><div class="h5"><br>
--<br>
Dirk Eddelbuettel | <a href="mailto:edd@debian.org">edd@debian.org</a> | <a href="http://dirk.eddelbuettel.com" target="_blank">http://dirk.eddelbuettel.com</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div></div></div>