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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">Thanks for the info. Learning to work with github is – alas – still on my todo-list. I tried
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">> install_github("Rcpp")<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">Installing github repo Rcpp/master from hadley<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">Downloading Rcpp.zip from https://github.com/hadley/Rcpp/archive/master.zip<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">Installing package from c:\temp\RtmpwLANoa/Rcpp.zip<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">Installing Rcpp<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">"C:/programs/R/current/bin/x64/R" --vanilla CMD build  \<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">  "c:\temp\RtmpwLANoa\devtoolse9c47705010\Rcpp-master" --no-manual --no-resave-data
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">* checking for file 'c:\temp\RtmpwLANoa\devtoolse9c47705010\Rcpp-master/DESCRIPTION' ... OK<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">* preparing 'Rcpp':<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">* checking DESCRIPTION meta-information ... OK<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">* cleaning src<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">* installing the package to process help pages<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">* creating vignettes ...Warning: running command '"C:/programs/R/current/bin/x64/Rscript" --vanilla --default-packages= -e "tools::buildVignettes(dir =
 '.', tangle = TRUE)"' had status 1<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">ERROR<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">Error in loadVignetteBuilder(vigns$pkgdir) :
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">  vignette builder 'highlight' not found<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">Calls: <Anonymous> -> loadVignetteBuilder<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">In addition: Warning message:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">In tools::buildVignettes(dir = ".", tangle = TRUE) :<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">  Files named as vignettes but with no recognized vignette engine:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">   'vignettes/Rcpp-FAQ.Rnw'<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">   'vignettes/Rcpp-attributes.Rnw'<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">   'vignettes/Rcpp-extending.Rnw'<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">  
</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">'vignettes/Rcpp-modules.Rnw'<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">   'vignettes/Rcpp-package.Rnw'<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">   'vignettes/Rcpp-quickref.Rnw'<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">   'vignettes/Rcpp-sugar.Rnw'<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">(Is a VignetteBuilder field missing?)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">Execution halted<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">Error: Command failed (1)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">Any insights on what I should do?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">When will this “bugfix” propagate to CRAN (I need to update a package!).<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">All the best
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D">Søren<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> jj@rstudio.com [mailto:jj@rstudio.com]
<b>On Behalf Of </b>JJ Allaire<br>
<b>Sent:</b> 16. februar 2014 21:54<br>
<b>To:</b> Søren Højsgaard<br>
<b>Cc:</b> rcpp-devel@lists.r-forge.r-project.org (rcpp-devel@r-forge.wu-wien.ac.at)<br>
<b>Subject:</b> Re: [Rcpp-devel] using [[Rcpp::interfaces(r, cpp)]] causes a package to fail<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">That's a bug! (introduced when we were adding support for checking user interrupts from Rcpp code). Now fixed on master: <a href="https://github.com/RcppCore/Rcpp/commit/c356c701d79773ba35113872bb6e32d66804f362">https://github.com/RcppCore/Rcpp/commit/c356c701d79773ba35113872bb6e32d66804f362</a><o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Sat, Feb 15, 2014 at 1:16 AM, Søren Højsgaard <<a href="mailto:sorenh@math.aau.dk" target="_blank">sorenh@math.aau.dk</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Dear all<br>
<br>
If in a package I have<br>
// [[Rcpp::interfaces(r, cpp)]]<br>
in all .cpp files then things work.<br>
<br>
However, if in a .cpp file I have<br>
// [[Rcpp::interfaces(r, cpp)]]<br>
then compilation fails with the message:<br>
<br>
* checking whether package 'mypack' can be installed ...Warning: running command '"C:/programs/R/current/bin/x64/Rcmd.exe" INSTALL -l "c:/Documents/stat/Rdevel/gmwR-DEVEL/gRbaseDEVEL/c-code/c-code-gRbase/array-ops-2014/mypack.Rcheck" --no-html "c:\DOCUME~2\stat\Rdevel\GMWR-D~1\GRBASE~1\c-code\C-CODE~1\ARRAY-~1\MYPACK~1.RCH\00_PKG~1\mypack"'
 had status 1  ERROR Installation failed.<br>
See 'c:/Documents/stat/Rdevel/gmwR-DEVEL/gRbaseDEVEL/c-code/c-code-gRbase/array-ops-2014/mypack.Rcheck/00install.out<br>
<br>
<br>
The 00install.out says<br>
* installing *source* package 'mypack' ...<br>
<br>
** libs<br>
<br>
*** arch - i386<br>
<br>
g++ -m32 -I"C:/programs/R/current/include" -DNDEBUG -I../inst/include/   -I"C:/programs/R/current/library/Rcpp/include" -I"C:/programs/R/current/library/RcppEigen/include" -I"C:/programs/R/current/library/RcppArmadillo/include" -I"d:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/include"
     -O2 -Wall  -mtune=core2 -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_cell2entry_cpp(SEXP, SEXP)':<br>
<br>
RcppExports.cpp:37:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_cell2entry2_cpp(SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:72:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_nextCell_cpp(SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:107:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_nextCellSlicePrim_cpp(SEXP, SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:143:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_nextCellSlice_cpp(SEXP, SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:179:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_slice2entry_cpp(SEXP, SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:215:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_getCellNumberPrim_cpp(SEXP, SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:251:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_getCellNumber_cpp(SEXP, SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:287:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_permuteCellEntries_cpp(SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:322:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
<br>
make: *** [RcppExports.o] Error 1<br>
Warning: running command 'make -f "Makevars.win" -f "C:/programs/R/current/etc/i386/Makeconf" -f "C:/programs/R/current/share/make/<a href="http://winshlib.mk" target="_blank">winshlib.mk</a>" SHLIB_LDFLAGS='$(SHLIB_CXXLDFLAGS)' SHLIB_LD='$(SHLIB_CXXLD)' SHLIB="mypack.dll"
 OBJECTS="RcppExports.o array-ops14-prim.o rcppeigen_hello_world.o spdinv-arma.o utils-all-subsets.o"' had status 2<br>
<br>
g++ -m32 -I"C:/programs/R/current/include" -DNDEBUG -I../inst/include/   -I"C:/programs/R/current/library/Rcpp/include" -I"C:/programs/R/current/library/RcppEigen/include" -I"C:/programs/R/current/library/RcppArmadillo/include" -I"d:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/include"
     -O2 -Wall  -mtune=core2 -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_cell2entry_cpp(SEXP, SEXP)':<br>
<br>
RcppExports.cpp:37:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_cell2entry2_cpp(SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:72:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_nextCell_cpp(SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:107:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_nextCellSlicePrim_cpp(SEXP, SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:143:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_nextCellSlice_cpp(SEXP, SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:179:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_slice2entry_cpp(SEXP, SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:215:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_getCellNumberPrim_cpp(SEXP, SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:251:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_getCellNumber_cpp(SEXP, SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:287:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
RcppExports.cpp: In function 'SEXPREC* mypack_permuteCellEntries_cpp(SEXP, SEXP)':<br>
RcppExports.cpp:322:9: error: 'jumpToTop' is not a member of 'Rcpp::internal'<br>
<br>
make: *** [RcppExports.o] Error 1<br>
Warning: running command 'make -f "Makevars.win" -f "C:/programs/R/current/etc/i386/Makeconf" -f "C:/programs/R/current/share/make/<a href="http://winshlib.mk" target="_blank">winshlib.mk</a>" SHLIB_LDFLAGS='$(SHLIB_CXXLDFLAGS)' SHLIB_LD='$(SHLIB_CXXLD)' SHLIB="mypack.dll"
 OBJECTS="RcppExports.o array-ops14-prim.o rcppeigen_hello_world.o spdinv-arma.o utils-all-subsets.o" symbols.rds' had status 2<br>
<br>
ERROR: compilation failed for package 'mypack'<br>
<br>
* removing 'c:/Documents/stat/Rdevel/gmwR-DEVEL/gRbaseDEVEL/c-code/c-code-gRbase/array-ops-2014/mypack.Rcheck/mypack'<br>
<br>
I have this sessionInfo()<br>
<br>
> sessionInfo()<br>
R version 3.0.2 Patched (2014-02-12 r64985)<br>
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)<br>
<br>
locale:<br>
[1] LC_COLLATE=Danish_Denmark.1252  LC_CTYPE=Danish_Denmark.1252    LC_MONETARY=Danish_Denmark.1252<br>
[4] LC_NUMERIC=C                    LC_TIME=Danish_Denmark.1252<br>
<br>
attached base packages:<br>
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base<br>
<br>
other attached packages:<br>
[1] Rcpp_0.11.0    devtools_1.4.1 shTools_1.0    markdown_0.6.4 knitr_1.5<br>
<br>
loaded via a namespace (and not attached):<br>
 [1] compiler_3.0.2          digest_0.6.4            evaluate_0.5.1          formatR_0.10<br>
 [5] grid_3.0.2              httr_0.2                lattice_0.20-24         Matrix_1.1-2<br>
 [9] memoise_0.1             parallel_3.0.2          RcppArmadillo_0.4.000.2 RcppEigen_0.3.2.0.2<br>
[13] RCurl_1.95-4.1          stringr_0.6.2           tools_3.0.2             whisker_0.3-2<br>
<br>
Any thoughts on what is going on?<br>
<br>
Cheers<br>
Søren<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--------------------------------------------------<br>
Dr. Søren Højsgaard, Head of Department<br>
Department of Mathematical Sciences<br>
Aalborg University<br>
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DK-9220 Aalborg Ø<br>
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Phone +45 9940 8801; cell phone +45 2485 5748<br>
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Rcpp-devel mailing list<br>
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