<div dir="ltr">Dear Rcpp people,<div><br></div><div>I am trying to get a new package to CRAN called {dendextendRcpp}. Here is the repos:</div><div><a href="https://github.com/talgalili/dendextendRcpp">https://github.com/talgalili/dendextendRcpp</a><br>

</div><div><br></div><div>(note that this package relies on the {dendextend} which has just been<a href="http://cran.r-project.org/web/packages/dendextend/"> released to CRAN</a> today :) )</div><div><br></div><div><br></div>

<div>The package loads fine for me (on R-devel, with Windows 7), however Kurt Hornik (CRAN maintainer) could not get the package to load on Linux. Following is the error massage that he got. Any input (either here or on the git repo) will be most appreciated.</div>

<div><br></div><div>With regards,<br></div><div>Tal</div><div><br></div><div>========================</div><div><br></div><div>(p.s: I suspect this might be because I use .hpp files in src. Should I use something else?)</div>

<div><br></div><div><br></div><div><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">* installing *source* package ‘dendextendRcpp’ ...</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">** libs</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">clang++ -std=c++11 -I/home/Hornik/tmp/R-d-clang/</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I"/home/Hornik/lib/R/Library/</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">3.1/x86_64-linux-gnu/Rcpp/</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">include"   -fpic  -g -O3 -Wall -Wno-unused -pedantic -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">clang++ -std=c++11 -I/home/Hornik/tmp/R-d-clang/</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I"/home/Hornik/lib/R/Library/</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">3.1/x86_64-linux-gnu/Rcpp/</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">include"   -fpic  -g -O3 -Wall -Wno-unused -pedantic -c cut_lower.cpp -o cut_lower.o</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">cut_lower.cpp:35:7: error: no matching function for call to 'get_height'</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">   if(get_height(tree) <= height) {</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      ^~~~~~~~~~</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">./get_branches_heights.hpp:29:</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">8: note: candidate function not viable: no known conversion from 'List' (aka 'Vector<19>') to 'RObject' (aka 'RObject_Impl<PreserveStorage></span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">') for 1st argument</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">double get_height(RObject x);</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">       ^</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">cut_lower.cpp:36:13: error: no matching member function for call to 'push_back'</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      lower.push_back(tree);</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      ~~~~~~^~~~~~~~~</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">/usr/bin/../lib/gcc/x86_64-</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">linux-gnu/4.8/../../../../</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">include/c++/4.8/bits/stl_</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">vector.h:901:7: note: candidate function not viable: no known conversion from 'List' (aka 'Vector<19>') to 'const value_type' (aka 'const Rcpp::RObject_Impl<</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">PreserveStorage>') for 1st argument</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      push_back(const value_type& __x)</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      ^</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">/usr/bin/../lib/gcc/x86_64-</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">linux-gnu/4.8/../../../../</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">include/c++/4.8/bits/stl_</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">vector.h:919:7: note: candidate function not viable: no known conversion from 'List' (aka 'Vector<19>') to 'value_type' (aka 'Rcpp::RObject_Impl<</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">PreserveStorage>') for 1st argument</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      push_back(value_type&& __x)</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      ^</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">cut_lower.cpp:84:7: error: no matching function for call to 'is_leaf'</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">   if(is_leaf( tree )) {</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      ^~~~~~~</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">./is_functions.hpp:35:6: note: candidate function not viable: no known conversion from 'List' (aka 'Vector<19>') to 'RObject' (aka 'RObject_Impl<PreserveStorage></span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">') for 1st argument</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">bool is_leaf(RObject x);</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">     ^</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">3 errors generated.</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">make: *** [cut_lower.o] Error 1</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">clang++ -std=c++11 -I/home/Hornik/tmp/R-d-clang/</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I"/home/Hornik/lib/R/Library/</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">3.1/x86_64-linux-gnu/Rcpp/</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">include"   -fpic  -g -O3 -Wall -Wno-unused -pedantic -c cut_lower.cpp -o cut_lower.o</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">cut_lower.cpp:35:7: error: no matching function for call to 'get_height'</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">   if(get_height(tree) <= height) {</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      ^~~~~~~~~~</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">./get_branches_heights.hpp:29:</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">8: note: candidate function not viable: no known conversion from 'List' (aka 'Vector<19>') to 'RObject' (aka 'RObject_Impl<PreserveStorage></span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">') for 1st argument</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">double get_height(RObject x);</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">       ^</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">cut_lower.cpp:36:13: error: no matching member function for call to 'push_back'</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      lower.push_back(tree);</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      ~~~~~~^~~~~~~~~</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">/usr/bin/../lib/gcc/x86_64-</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">linux-gnu/4.8/../../../../</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">include/c++/4.8/bits/stl_</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">vector.h:901:7: note: candidate function not viable: no known conversion from 'List' (aka 'Vector<19>') to 'const value_type' (aka 'const Rcpp::RObject_Impl<</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">PreserveStorage>') for 1st argument</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      push_back(const value_type& __x)</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      ^</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">/usr/bin/../lib/gcc/x86_64-</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">linux-gnu/4.8/../../../../</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">include/c++/4.8/bits/stl_</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">vector.h:919:7: note: candidate function not viable: no known conversion from 'List' (aka 'Vector<19>') to 'value_type' (aka 'Rcpp::RObject_Impl<</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">PreserveStorage>') for 1st argument</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      push_back(value_type&& __x)</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      ^</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">cut_lower.cpp:84:7: error: no matching function for call to 'is_leaf'</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">   if(is_leaf( tree )) {</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">      ^~~~~~~</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">./is_functions.hpp:35:6: note: candidate function not viable: no known conversion from 'List' (aka 'Vector<19>') to 'RObject' (aka 'RObject_Impl<PreserveStorage></span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">') for 1st argument</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">bool is_leaf(RObject x);</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">     ^</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">3 errors generated.</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">make: *** [cut_lower.o] Error 1</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">

<span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">ERROR: compilation failed for package ‘dendextendRcpp’</span><br style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">* removing ‘/home/Hornik/tmp/CRAN/</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">dendextendRcpp.Rcheck/</span><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.666666984558105px">dendextendRcpp’</span><br>

</div><div><br></div></div>