<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div><div>Apple is rapidly moving away from gcc/g++ towards clang/clang++,<br>resulting in some tricky versioning issues. I tried to update to<br></div>Mavericks but had to backtrack due to technical problems (Paragon<br>
</div>NTFS filesystem support fails).<br><br></div>After reinstalling Mac OS X 10.8 and installing R for Mac OS I found<br>that "R CMD config CXX" returns "llvm-g++-4.2 -arch x86_64", but<br></div>llvm-g++-4.2 is not shipped with the latest version of<br>
</div>Xcode5/command line tools. This will obviously cause package<br></div>installs to fail. A work-around is to create a symbolic link to<br></div>/usr/bin/g++ (this will work until Apple no longer ships g++).<br><br></div>
In general, what "R CMD config CXX" returns depends on the<br>value of CXX at the time R is built, and this may not be consistent<br>with your particular Mac OS environment (depends on OS version,<br></div><div>
command line tools version, etc.)<br><br>Dominick<br><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 31, 2013 at 11:18 AM, Romain Francois <span dir="ltr"><<a href="mailto:romain@r-enthusiasts.com" target="_blank">romain@r-enthusiasts.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Le 31/10/2013 15:59, baptiste auguie a écrit :<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
Dear Rcpp gurus,<br>
<br>
Today a CRAN maintainer informed us of the failure of a few Rcpp-related<br>
packages to build under the new version of the Mac operating system, OS<br>
X 10.9 aka Mavericks.<br>
I do have access to a Mac, but I'm reluctant (in fact, unable) to update<br>
to Mavericks, therefore I'm in the dark when it comes to fixing /testing<br>
for the errors reported in the log file. On a positive note, it appears<br>
at first sight that most of the errors are relatively benign, and<br>
similar-looking issues are reported for all the packages involved. That<br>
gives me hope that once the underlying issue is well identified, most<br>
packages can be fixed with minimal changes.<br>
<br>
Here's the info we were given from CRAN,<br>
<br>
"OS X 10.9 (aka Mavericks) has a new C++ compiler, clang++ with libcxx<br>
headers/runtime.  Your package fails to compile with that compiler: see<br></div>
the appropriate log at <a href="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/__bdr/Mavericks/" target="_blank">http://www.stats.ox.ac.uk/pub/<u></u>__bdr/Mavericks/</a><div class="im"><br>
<<a href="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/bdr/Mavericks/" target="_blank">http://www.stats.ox.ac.uk/<u></u>pub/bdr/Mavericks/</a>> ."<br>
<br>
My two packages are cda and planar. The error seems to occur in the<br>
Modules definition, e.g. from this line in my code<br>
<br>
<a href="https://github.com/baptiste/planar/blob/master/src/multilayer.cpp#L231" target="_blank">https://github.com/baptiste/<u></u>planar/blob/master/src/<u></u>multilayer.cpp#L231</a><br>
<br>
where "function" is judged ambiguous, as far as I understand. This<br>
"function" is presumably something from<br>
Rcpp/include/Rcpp/module/<u></u>Module_generated_function.h but I am not<br>
familiar with that code.<br>
<br>
Any ideas, hints?<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
baptiste<br>
</div></blockquote>
<br>
I'll have a look. It is likely to be a bug in some part of Rcpp's code bloat.<br>
<br>
I will try to find a solution that does not involve releasing a new Rcpp as 0.10.6 was just released.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Romain<br>
<br>
-- <br>
Romain Francois<br>
Professional R Enthusiast<br>
<a href="tel:%2B33%280%29%206%2028%2091%2030%2030" value="+33628913030" target="_blank">+33(0) 6 28 91 30 30</a><br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Rcpp-devel mailing list<br>
<a href="mailto:Rcpp-devel@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">Rcpp-devel@lists.r-forge.r-<u></u>project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcpp-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<u></u>project.org/cgi-bin/mailman/<u></u>listinfo/rcpp-devel</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>