<div dir="ltr"><div class="gmail_extra">On Mon, Oct 14, 2013 at 10:18 AM, Dirk Eddelbuettel <span dir="ltr"><<a href="mailto:edd@debian.org" target="_blank">edd@debian.org</a>></span> wrote:<br><div class="gmail_quote">

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><br>
I also run a little script 'update.r' every couple of days which updates<br>
/usr/local/lib/R/site-library/ based on what changed on CRAN (by calling<br>
update.packages(), more or less -- see the examples in the littler package)<br>
and those do not fail either.<br></blockquote><div><br></div><div>That's basically what biocLite() does, so in this respect I do the same.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">

<div class="im">
| etc. and have installed R-3.0.2 in order to maintain Bioconductor packages for<br>
| the upcoming release.  As of a few days ago, Rcpp stopped updating itself<br>
| either via biocLite() or via command line installation.  I forced /usr/lib64/<br>
<br>
</div>Forcing is never good. </blockquote><div><br></div><div>This was the key.  Second pair of eyeballs never hurt nobody, it seems!</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">


<div class="im"><br>
| export PKG_CPPFLAGS=`Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()"`<br>
| export PKG_CPPFLAGS=" -I. -lpthread "$PKG_CPPFLAGS<br>
| export PKG_LIBS=`Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()"`<br>
<br>
</div>Same. I never need any of these.<br></blockquote><div><br></div><div>Well, if you don't, I probably don't either.  So...</div><div>I squashed these and it worked like a charm.  </div><div><br></div><div>THANK YOU!</div>

<div><br></div><div> </div><div>just a side note:</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">

Let us start with the obvious. You tell the linker about<br>
<br>
    /usr/lib64/R/library/Rcpp/lib/libRcpp.*<br>
<br>
The linker tells you it is not there.  What does ls -l say?</blockquote><div><br></div><div><div>tim@tim-ThinkPad-T420s:~$ ls -l /usr/lib64/R/library/Rcpp/lib/libRcpp.*</div><div>-rw-rw-r-- 1 tim tim 7523358 Oct 14 10:23 /usr/lib64/R/library/Rcpp/lib/libRcpp.a</div>

<div>-rwxrwxr-x 1 tim tim 3122677 Oct 14 10:23 /usr/lib64/R/library/Rcpp/lib/libRcpp.so</div></div><div><br></div><div>Previously the timestamp was June 24th, but otherwise no different.  That's what threw me.  It turns out that I only needed the PKG_CPPFLAGS set for a particular package (ExALT) that uses Rcpp in a fairly unusual fashion.  I will keep those settings around but commented out so I remember this. </div>

<div><br></div><div>Anyways, it was the fault of PKG_CPPFLAGS, as you helped me deduce.</div><div><br></div><div>I am replying to the list just in case anyone has a similar problem in the future.</div><div><br></div><div>

<div>Thanks again!  I really appreciate your work on Rcpp and support for it.</div></div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>--t</div><div><br></div></div></div></div>