<div dir="ltr"><div>Hi all,</div><div><br></div><div>This is new and perplexing to me.  I have an Ubuntu install of r-base, r-rcpp, etc. and have installed R-3.0.2 in order to maintain Bioconductor packages for the upcoming release.  As of a few days ago, Rcpp stopped updating itself either via biocLite() or via command line installation.  I forced /usr/lib64/R/library/Rcpp/lib into my library path, ran sudo ldconfig, set up environment variables that would seem to fix it e.g.</div>

<div><br></div><div>export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/usr/lib64/R/library/Rcpp/lib/<br></div><div><div>export PKG_CPPFLAGS=`Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()"`</div><div>export PKG_CPPFLAGS=" -I. -lpthread "$PKG_CPPFLAGS</div>

<div>export PKG_LIBS=`Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()"`</div></div><div><br></div><div>but, alas, no joy:</div><div><br></div><div># ...everything going fine up to this point...</div><div><div>g++ -shared -L/usr/local/lib64 -o Rcpp.so Date.o Module.o Rcpp_init.o Timer.o api.o attributes.o barrier.o exceptions.o -L/usr/lib64/R/library/Rcpp/lib -lRcpp -Wl,-rpath,/usr/lib64/R/library/Rcpp/lib -L/usr/lib64/R/lib -lR</div>

<div>/usr/local/bin/ld: cannot find -lRcpp</div><div>collect2: ld returned 1 exit status</div><div>make: *** [Rcpp.so] Error 1</div><div>ERROR: compilation failed for package ‘Rcpp’</div><div>* removing ‘/usr/lib64/R/library/Rcpp’</div>

<div>* restoring previous ‘/usr/lib64/R/library/Rcpp’</div></div><div><br></div><div>Searching Google did not reveal anything obvious, and this is a very new problem (it has only arisen in the past week or so).  Anyone have any suggestions?</div>

<div><br></div><div>I was blowing this off but realized that dplyr now depends on Rcpp-0.10.5 so now I have to bite the bullet.  Again, I've never had any issues compiling Rcpp, and I haven't changed my R settings in a long, long time, so I wonder if something changed recently.  Normally I can figure out these things but this time I'm stumped.</div>

<div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div><br></div><div>--t</div><div><br></div><br clear="all"><div><div dir="ltr"><i>He that would live in peace and at ease, </i><div><i>Must not speak all he knows, nor judge all he sees.</i><br>

<div></div></div><div><i><br></i></div><div>Benjamin Franklin, <a href="http://archive.org/details/poorrichardsalma00franrich" target="_blank">Poor Richard's Almanack</a></div></div></div>
</div>